genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58773972--58774052	39	2.0	40	95	2	146	22	16	28	33	1.95
58774395--58774542	43	3.4	42	73	12	147	10	27	12	50	1.71
58774395--58774556	46	3.6	43	78	10	173	9	26	12	50	1.72
58774417--58774556	43	3.1	45	81	5	185	10	25	15	50	1.74
58777955--58778111	43	3.7	43	81	5	158	25	17	26	31	1.97
58779187--58779243	30	1.9	30	85	0	78	15	29	31	22	1.95
58782472--58782584	44	2.7	41	76	14	113	24	17	25	31	1.97
58789356--58789380	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
58790669--58790733	32	2.0	32	100	0	130	33	12	21	32	1.90
58794645--58794690	24	1.9	24	82	8	58	28	30	15	26	1.96
58801139--58801352	46	4.5	46	77	10	184	29	18	28	23	1.98
58801139--58801411	49	5.7	47	77	11	227	29	19	27	22	1.98
58801227--58801411	98	1.9	97	85	5	257	30	21	28	20	1.98
58801234--58801449	49	4.4	49	78	9	192	29	20	27	22	1.98
58805512--58805619	41	2.6	41	86	2	146	19	21	25	34	1.96
58805859--58805920	18	3.4	18	79	16	83	37	3	17	41	1.66
58805852--58805922	36	2.0	36	100	0	142	36	2	18	42	1.65
58807975--58808018	14	2.9	15	86	6	54	13	15	13	56	1.67
58810489--58810652	46	3.5	46	84	5	195	28	17	29	25	1.98
58810480--58810696	92	2.4	91	80	6	233	25	17	30	26	1.97
58810534--58810842	44	6.7	46	80	9	233	23	18	30	26	1.98
58810581--58810839	137	1.9	140	84	8	352	22	18	31	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58810670--58810843	93	1.8	97	86	7	259	21	19	31	27	1.98
58821956--58821998	19	2.2	20	83	8	52	58	0	41	0	0.98
58822291--58822315	12	2.1	12	100	0	50	8	32	44	16	1.76
58833350--58833574	47	4.8	47	79	10	237	22	30	19	28	1.98
58833349--58833574	93	2.4	94	80	8	264	22	30	19	28	1.98
58833350--58833615	140	1.9	141	83	5	351	22	29	19	28	1.98
58833349--58833618	94	2.9	91	77	11	269	22	29	19	28	1.98
58833350--58833615	47	5.7	47	77	9	235	22	29	19	28	1.98
58836986--58837032	23	2.0	23	100	0	94	40	25	8	25	1.84
58839014--58839083	28	2.5	28	85	0	86	32	11	25	30	1.91
58839031--58839092	28	2.2	28	82	0	79	40	8	22	29	1.82
58841629--58841701	25	2.9	25	84	8	94	28	24	19	27	1.98
58841926--58842004	31	2.6	31	88	4	117	29	18	26	25	1.98
58847390--58847482	32	2.8	31	74	9	87	24	21	24	29	1.99
58849780--58850004	40	5.7	40	83	5	269	25	27	21	25	1.99
58849782--58850004	119	1.9	120	84	6	301	25	27	21	25	1.99
58858414--58858495	33	2.4	34	78	8	96	29	17	21	31	1.96
58858414--58858507	32	2.9	31	72	15	82	26	19	24	29	1.98
58863309--58863355	11	4.5	11	79	12	55	34	10	21	34	1.88
58863405--58863475	25	2.8	25	89	2	106	26	23	22	26	2.00
58863404--58863488	25	3.4	24	84	7	100	29	22	22	25	1.99
58863695--58863777	30	2.7	31	87	3	125	32	20	25	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58863695--58863772	31	2.6	30	89	2	120	32	21	25	20	1.98
58871720--58871783	30	2.2	29	91	2	101	23	15	23	37	1.93
58875644--58875730	39	2.2	39	91	0	138	28	28	22	19	1.98
58883022--58883148	39	3.3	39	93	2	211	29	26	22	21	1.99
58894979--58895096	43	2.8	42	79	7	130	32	23	17	26	1.97
58894997--58895096	42	2.3	43	83	8	132	32	22	19	27	1.97
58905228--58905418	40	4.8	40	90	2	269	23	24	29	23	1.99
58913222--58913412	40	4.8	40	90	2	269	23	24	29	23	1.99
58924378--58924407	15	1.9	16	93	6	53	30	0	30	40	1.57
58926108--58926199	28	3.3	28	92	0	148	20	34	21	22	1.96
58927376--58927546	46	3.7	46	77	9	177	21	29	21	27	1.98
58929859--58929985	43	3.0	43	86	0	173	21	18	29	30	1.97
58938980--58939117	42	3.2	43	77	9	140	32	23	18	25	1.97
58938980--58939132	43	3.6	43	77	8	141	33	23	17	24	1.96
58942797--58942960	46	3.5	46	76	14	192	28	28	21	21	1.99
58942795--58942967	93	1.9	93	95	0	310	27	27	22	21	1.99
58949008--58949127	44	2.8	43	75	10	111	25	16	24	34	1.96
58949065--58949165	42	2.4	43	81	5	116	28	18	22	29	1.98
58949021--58949165	44	3.4	43	73	13	129	26	17	24	31	1.97
58949021--58949177	43	3.7	43	72	13	135	26	17	24	31	1.97
58951332--58951358	11	2.5	11	100	0	54	29	0	18	51	1.46
58964414--58964594	40	4.6	40	81	4	188	24	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58966166--58966253	42	2.1	42	91	0	140	26	19	21	32	1.97
58971210--58971422	46	4.6	47	75	12	158	24	27	18	30	1.98
58971248--58971421	94	1.9	92	84	4	233	24	27	18	29	1.98
58977485--58977517	16	2.1	16	88	5	50	78	3	0	18	0.87
58980282--58980688	131	3.1	129	79	4	429	28	18	18	34	1.95
58980419--58980727	132	2.4	131	80	4	293	28	19	18	34	1.95
58983877--58983923	23	2.0	23	100	0	94	25	12	4	57	1.54
58991313--58991406	48	2.0	48	86	0	134	44	19	25	10	1.82
58992213--58992488	133	2.1	133	86	2	385	25	18	25	30	1.98
58992572--58992677	46	2.4	45	80	6	117	32	20	24	22	1.98
58998186--58998703	47	11.0	47	92	0	788	32	11	28	26	1.92
58998276--58998350	23	3.2	23	63	29	59	32	10	29	28	1.90
58998186--58998703	234	2.2	235	90	1	806	32	11	28	26	1.92
58998186--58998703	281	1.8	281	91	1	851	32	11	28	26	1.92
59000201--59000514	40	7.9	40	92	1	479	22	22	28	26	1.99
59000522--59000758	57	4.2	57	87	1	298	23	18	28	29	1.98
59000526--59000739	28	7.6	27	71	9	122	22	19	27	30	1.98
59000522--59000721	29	7.0	29	69	5	129	22	18	28	31	1.97
59001874--59002205	47	7.1	47	95	0	538	32	11	28	26	1.92
59002037--59002158	22	5.3	22	62	30	58	31	13	30	25	1.93
59003344--59003810	131	3.6	129	77	9	410	27	18	19	34	1.95
59003521--59003810	132	2.2	131	84	5	354	27	19	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59027213--59027270	24	2.3	24	82	5	71	62	0	0	37	0.96
59032709--59032882	27	6.6	27	84	7	180	28	28	14	28	1.95
59032709--59032882	52	3.3	52	83	11	203	28	28	14	28	1.95
59032730--59032881	79	1.9	78	84	9	202	28	28	14	28	1.95
59040636--59040812	27	6.6	27	85	4	189	29	28	13	28	1.94
59040636--59040812	54	3.3	54	84	7	209	29	28	13	28	1.94
59040657--59040811	81	1.9	81	84	7	208	29	28	14	28	1.95
59075932--59076108	49	3.6	48	85	8	200	23	31	18	25	1.97
59075930--59076293	94	3.9	97	78	11	311	23	29	18	27	1.98
59076029--59076295	46	5.7	47	76	13	187	23	29	18	28	1.98
59079827--59080143	46	6.7	47	78	10	251	23	31	18	26	1.97
59079827--59080142	94	3.4	94	79	9	310	24	31	18	26	1.97
59079876--59080140	140	1.9	141	83	4	347	24	31	17	26	1.97
59083717--59084096	47	8.1	47	93	0	591	32	9	29	28	1.88
59084215--59084293	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
59088810--59088873	25	2.4	27	80	10	71	37	1	7	53	1.40
59088823--59088875	27	2.0	25	85	7	70	41	0	5	52	1.25
59089806--59089836	15	2.1	15	93	0	53	0	16	0	83	0.64
59093553--59093724	93	1.8	93	92	2	292	28	28	20	22	1.99
59093546--59093724	46	3.8	49	78	13	189	29	28	20	21	1.98
59096104--59096191	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
59096104--59096182	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59096115--59096191	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
59099112--59099283	93	1.8	93	92	2	292	29	29	20	20	1.98
59099105--59099280	46	3.8	46	76	14	191	30	28	20	20	1.98
59101824--59101885	25	2.4	27	81	5	74	38	1	4	54	1.31
59101825--59101889	27	2.5	25	82	5	76	40	1	6	52	1.36
59102810--59102841	5	6.2	5	92	7	55	0	21	0	78	0.76
59102810--59102865	15	3.6	16	80	7	62	3	26	0	69	1.04
59104068--59104145	26	2.9	26	77	7	75	38	15	16	29	1.90
59107486--59107579	41	2.2	43	81	7	104	26	18	22	32	1.97
59114518--59114858	47	8.0	39	76	16	222	31	24	14	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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