genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90845288--90845354	21	3.0	23	76	21	72	29	5	0	64	1.17
90845462--90845510	25	2.0	25	87	0	71	32	4	2	61	1.26
90845401--90845577	24	7.2	24	70	15	85	28	6	5	59	1.45
90849480--90849708	125	1.8	125	80	3	273	29	16	17	35	1.93
90850460--90850565	9	11.0	10	65	24	50	56	2	4	35	1.35
90850625--90850662	20	2.0	20	89	5	60	31	2	0	65	1.06
90852043--90852161	40	2.9	42	86	6	165	33	21	23	21	1.97
90852334--90852396	14	4.6	14	69	21	53	30	1	23	44	1.63
90853148--90853182	17	2.0	18	88	5	54	42	14	2	40	1.60
90853410--90853536	68	1.9	68	86	3	184	44	10	17	27	1.81
90856858--90857192	168	2.0	168	98	0	643	27	13	20	39	1.89
90858411--90858616	43	4.9	43	76	7	181	27	13	26	32	1.93
90858411--90858610	83	2.4	83	76	9	208	28	13	27	32	1.93
90861383--90861464	37	2.2	38	88	4	121	26	18	9	45	1.80
90862789--90862919	35	3.6	35	77	9	136	33	25	10	30	1.90
90865854--90866033	40	4.5	39	87	3	243	30	29	22	17	1.97
90865854--90866040	80	2.3	80	89	1	286	31	28	22	18	1.97
90870821--90870871	22	2.3	22	82	3	57	15	11	3	68	1.34
90871846--90871949	3	34.7	3	82	11	115	29	5	1	62	1.29
90872513--90872981	253	1.9	253	86	0	679	29	13	18	38	1.89
90874339--90874369	14	2.2	14	100	0	62	54	6	0	38	1.26
90878327--90878353	14	1.9	14	100	0	54	29	18	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90880619--90881042	3	142.7	3	66	16	136	29	7	2	60	1.35
90880619--90880656	14	2.6	15	91	8	69	31	5	0	63	1.17
90880632--90880700	23	3.0	22	73	10	66	34	4	0	60	1.16
90880634--90880746	47	2.4	47	82	7	122	31	7	0	60	1.30
90880857--90881042	43	4.3	43	74	10	139	28	6	3	61	1.36
90881280--90881363	18	4.8	18	71	22	81	32	10	1	55	1.42
90882746--90882787	21	2.0	21	95	0	75	42	16	19	21	1.89
90884318--90884360	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
90886295--90886368	37	2.0	37	100	0	148	32	18	10	37	1.86
90898787--90898827	21	2.0	21	85	0	55	56	9	19	14	1.66
90898787--90898831	22	2.1	21	83	4	54	53	8	22	15	1.69
90903934--90903987	11	5.0	11	86	4	74	18	46	5	29	1.72
90904528--90904598	18	3.9	18	85	7	99	32	15	12	39	1.85
90908601--90908643	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
90908590--90908639	22	2.3	22	82	3	57	24	46	2	28	1.64
90908601--90908642	21	2.0	22	90	4	68	21	47	2	28	1.63
90909179--90909247	18	3.8	18	82	3	77	30	23	11	34	1.90
90910873--90910915	11	4.0	11	81	6	52	18	46	4	30	1.69
90911455--90911527	18	4.1	18	84	7	94	36	21	8	32	1.83
90917126--90917161	18	2.0	18	88	0	54	33	5	22	38	1.77
90919590--90919651	23	2.9	21	81	9	70	29	0	3	67	1.06
90919610--90919652	23	1.9	23	95	4	79	30	0	4	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90929855--90929902	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
90929941--90930017	9	7.9	9	72	16	64	35	7	22	35	1.83
90929950--90930021	11	7.1	11	70	17	57	36	11	20	31	1.88
90929939--90930021	20	4.2	20	93	0	148	36	10	20	32	1.87
90930074--90930216	24	6.0	24	91	7	229	29	20	21	27	1.98
90930074--90930195	47	2.6	48	96	3	221	30	20	20	28	1.98
90930075--90930216	71	2.0	72	91	6	236	28	21	21	28	1.99
90931681--90931721	18	2.3	18	91	0	64	14	21	51	12	1.75
90937905--90937952	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
90937981--90938035	20	2.8	20	91	2	85	32	7	23	36	1.82
90937981--90938044	9	6.8	9	75	15	58	32	6	23	37	1.80
90937999--90938056	29	2.0	29	89	0	89	34	8	24	32	1.86
90938101--90938268	24	7.0	24	89	7	252	30	20	20	28	1.98
90938460--90938523	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
90940227--90940281	27	2.0	27	100	0	110	49	14	10	25	1.76
90943661--90943695	13	2.7	13	100	0	70	22	31	45	0	1.53
90945177--90945462	18	15.3	18	69	12	112	37	15	11	35	1.84
90945177--90945462	36	7.6	36	69	12	182	37	15	11	35	1.84
90945567--90946084	59	8.9	59	73	11	361	38	21	19	20	1.94
90945452--90946495	336	3.0	343	93	4	1796	37	22	19	21	1.95
90946251--90946463	59	3.5	59	85	7	291	39	18	21	20	1.92
90946369--90946399	6	5.2	6	96	0	53	48	16	19	16	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90946251--90946458	65	3.3	64	86	5	273	40	19	20	19	1.92
90946461--90946589	45	2.9	45	96	2	233	40	22	19	17	1.91
90958628--90958701	29	2.6	29	100	0	148	31	37	16	14	1.89
90962242--90962309	34	2.0	34	86	8	95	47	14	0	38	1.45
90962317--90962370	22	2.5	22	81	0	63	38	14	0	46	1.45
90962411--90962460	24	2.1	23	85	10	66	42	18	2	38	1.61
90962313--90962492	94	1.9	92	83	4	227	41	17	1	40	1.57
90970764--90970802	12	3.2	12	82	13	53	25	10	0	64	1.25
90970827--90970871	19	2.4	19	85	7	56	48	0	0	51	1.00
90970990--90971030	3	13.7	3	100	0	82	0	31	0	68	0.90
90972271--90972311	16	2.5	17	80	8	57	31	0	0	68	0.90
90972815--90972861	19	2.3	21	82	7	62	31	0	8	59	1.27
90977031--90977061	13	2.3	14	94	5	55	54	6	6	32	1.51
90977738--90977794	13	4.6	13	76	12	57	15	1	40	42	1.58
90982758--90982914	83	1.9	83	81	5	192	38	10	9	40	1.73
90983526--90984020	126	3.9	126	89	0	758	35	16	20	27	1.94
90988242--90988320	30	2.7	28	79	11	86	10	16	41	31	1.81
90988267--90988336	15	4.6	16	75	18	69	10	12	42	34	1.77
90988262--90988336	30	2.5	30	88	0	105	9	14	42	33	1.78
90989864--90989917	21	2.7	20	86	13	76	57	3	5	33	1.40
90991303--90991380	28	2.7	29	77	15	90	55	1	0	43	1.08
90991328--90991374	20	2.5	18	78	18	51	57	2	0	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90991320--90991374	9	6.1	9	73	23	53	56	1	0	41	1.10
90991321--90991378	19	3.2	19	75	22	61	55	1	0	43	1.10
90994603--90994646	18	2.4	18	96	0	79	52	18	2	27	1.57
90994623--90994677	28	2.0	28	82	7	67	56	20	0	23	1.42
90997141--90997207	25	2.8	24	74	17	66	26	19	20	32	1.97
90999900--90999956	25	2.3	24	82	11	71	61	1	1	35	1.17
90999974--91000053	33	2.4	35	81	8	87	61	1	11	26	1.37
91000096--91000188	3	31.7	3	69	12	50	66	3	5	24	1.28
91000109--91000193	9	8.9	10	72	18	65	67	3	4	24	1.26
91001603--91002342	44	16.6	44	71	13	385	28	21	18	31	1.97
91001642--91002070	134	3.2	131	81	7	413	27	21	19	31	1.97
91001854--91002298	180	2.5	180	88	1	658	28	21	17	32	1.96
91001861--91002252	96	4.3	93	74	13	320	29	20	18	31	1.96
91002510--91002809	100	3.0	100	96	0	555	28	13	17	41	1.87
91003084--91003208	65	1.9	65	90	0	196	46	10	20	23	1.81
91018222--91018269	7	7.3	7	85	4	57	72	0	4	22	1.01
91018217--91018271	12	4.3	13	80	11	69	76	0	3	20	0.94
91023944--91023982	17	2.3	17	100	0	78	30	15	5	48	1.66
91027739--91027814	9	7.9	10	72	18	63	67	2	5	25	1.25
91027750--91027829	23	3.5	23	75	16	76	68	1	6	23	1.19
91031488--91031512	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
91034529--91034583	28	2.0	27	82	3	65	41	30	1	25	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91034721--91034783	13	4.5	13	75	14	54	11	0	53	34	1.36
91034730--91034864	30	4.4	32	82	10	165	12	0	48	38	1.47
91034743--91034879	17	8.6	17	68	24	102	13	0	47	38	1.48
91034741--91034858	61	1.9	61	98	0	227	12	0	46	39	1.48
91034830--91034884	19	3.0	19	81	7	69	12	1	47	38	1.52
91035458--91035976	87	5.8	90	77	12	382	36	18	15	28	1.92
91035800--91035832	14	2.4	14	100	0	66	60	6	9	24	1.49
91035588--91035977	177	2.2	175	82	11	447	36	18	15	29	1.92
91035583--91035994	85	4.6	88	80	8	329	36	18	15	29	1.92
91035925--91036198	69	3.9	67	80	16	281	29	20	16	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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