genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80981552--80981622	29	2.5	28	75	22	67	28	7	1	63	1.29
80981599--80981653	20	2.8	20	82	0	65	29	7	0	63	1.21
80981615--80981641	14	1.9	14	100	0	54	25	7	0	66	1.17
80981786--80981834	25	2.0	25	83	0	62	32	6	2	59	1.34
80985260--80985299	20	2.0	20	85	4	55	55	5	7	32	1.50
80987873--80987977	14	7.5	13	68	19	52	35	2	1	60	1.23
80987821--80988048	44	5.1	43	70	23	127	35	3	3	57	1.33
80987836--80988018	64	2.8	64	78	19	170	35	2	3	58	1.29
80987967--80988071	22	4.6	24	72	21	82	31	4	3	60	1.36
80987929--80988015	38	2.2	40	82	10	108	35	3	3	57	1.32
80987823--80988081	87	2.9	91	78	11	270	34	3	3	58	1.32
80987834--80988052	24	9.9	22	70	25	92	34	3	3	57	1.33
80988306--80988350	17	2.4	18	82	17	56	31	6	6	55	1.52
80993994--80994035	21	2.0	21	100	0	84	42	4	14	38	1.66
80994172--80994214	20	2.2	20	83	8	52	37	0	4	58	1.19
80997192--80997225	17	2.0	17	88	0	50	47	0	11	41	1.40
81007977--81008082	29	3.6	30	85	12	123	41	3	21	33	1.71
81008355--81008393	11	3.4	11	83	13	51	33	5	5	56	1.43
81011032--81011064	11	3.0	11	100	0	66	27	27	0	45	1.54
81011229--81011331	48	2.2	48	92	3	174	32	5	1	60	1.32
81012227--81012269	7	6.0	7	91	2	68	25	4	13	55	1.58
81012765--81012830	30	2.2	30	91	0	105	28	45	18	7	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81013335--81013472	55	2.6	54	81	12	158	39	2	3	55	1.30
81013438--81013467	9	3.4	9	90	9	53	36	0	0	63	0.95
81013766--81013828	30	2.1	30	88	5	92	57	11	3	28	1.49
81017458--81017491	17	1.9	18	94	5	61	44	32	0	23	1.54
81026204--81026538	164	2.0	164	98	0	652	40	18	16	24	1.90
81035515--81036003	259	1.9	260	82	5	623	40	10	13	35	1.79
81035753--81036512	307	2.5	293	79	6	808	40	8	14	36	1.77
81035764--81036533	295	2.6	300	79	6	819	40	8	14	36	1.77
81038416--81038453	18	2.1	18	90	0	58	42	7	36	13	1.73
81055911--81055954	16	2.7	16	82	3	52	70	4	25	0	1.06
81055911--81055953	12	3.5	13	81	9	54	69	4	25	0	1.07
81064134--81064159	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
81066135--81066183	12	4.2	12	71	23	50	46	10	8	34	1.67
81067977--81068008	9	3.6	9	91	0	55	28	9	15	46	1.77
81070380--81070672	118	2.5	118	96	1	536	39	15	2	43	1.60
81070943--81070982	21	1.9	21	89	0	62	25	10	17	47	1.78
81073826--81074143	173	1.8	173	85	5	451	28	18	12	39	1.88
81076146--81076206	22	2.7	23	94	5	115	44	24	14	16	1.85
81076233--81076272	19	2.1	19	95	0	71	40	20	10	30	1.85
81078828--81078856	7	4.1	7	100	0	58	13	0	0	86	0.58
81082849--81082944	3	32.0	3	95	0	165	67	30	0	2	1.02
81086569--81086609	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81095295--81095331	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
81098269--81098321	21	2.3	23	75	21	58	43	0	3	52	1.19
81098435--81098495	3	20.7	3	80	9	72	39	0	1	59	1.08
81098434--81098495	19	3.6	16	79	16	70	40	0	1	58	1.08
81101816--81102095	141	2.0	139	94	2	492	33	18	18	28	1.95
81103871--81104236	178	2.1	178	88	2	538	36	18	8	36	1.81
81107018--81107189	93	1.8	93	93	2	301	27	30	20	20	1.98
81107010--81107184	46	3.8	45	80	10	210	28	29	20	21	1.98
81107015--81107204	46	4.1	44	71	21	122	28	28	20	21	1.98
81112323--81112441	45	2.6	46	82	9	136	29	14	27	28	1.95
81119926--81120131	46	4.4	46	76	11	165	31	16	27	24	1.97
81120033--81120152	47	2.6	47	80	9	120	30	18	26	25	1.98
81126143--81126187	19	2.3	20	81	11	58	15	6	6	71	1.29
81130880--81131252	105	3.6	105	94	1	633	29	30	20	19	1.97
81133120--81133172	22	2.4	22	87	6	72	13	18	43	24	1.86
81135136--81135182	17	2.8	17	87	3	60	74	2	6	17	1.12
81169079--81169190	27	4.1	27	83	11	140	38	23	23	15	1.92
81170429--81170471	22	2.0	22	85	0	59	67	2	23	6	1.27
81176898--81177009	27	4.2	26	83	7	134	37	22	24	16	1.93
81176900--81177006	54	2.0	54	87	3	153	38	20	24	16	1.93
81178858--81178942	42	2.0	42	93	0	143	28	18	22	30	1.97
81184707--81184741	13	2.7	13	95	0	61	31	34	34	0	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81185145--81185268	62	2.0	62	100	0	248	35	29	11	24	1.90
81185875--81186009	49	2.8	49	79	2	146	25	28	18	27	1.98
81190423--81190468	24	1.9	24	82	8	58	15	15	4	65	1.43
81213002--81213216	49	4.6	47	74	12	156	29	27	16	26	1.97
81213233--81213358	46	2.8	45	83	9	166	22	27	19	30	1.97
81225339--81225442	27	3.9	27	77	8	86	39	21	21	18	1.93
81225835--81225865	16	2.0	15	93	6	53	3	19	25	51	1.62
81231966--81232030	27	2.4	27	89	0	94	35	23	24	16	1.95
81239839--81239947	23	4.7	23	94	0	173	50	39	3	6	1.46
81240218--81240262	19	2.3	20	88	7	74	24	11	11	53	1.68
81240340--81240382	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
81240648--81240705	29	2.0	29	96	0	107	37	22	10	29	1.87
81241657--81241749	32	2.9	32	95	0	159	51	18	3	26	1.61
81246084--81246132	3	16.3	3	100	0	98	67	0	32	0	0.91
81246147--81246183	17	2.2	17	95	0	65	51	18	13	16	1.76
81251047--81251101	14	4.2	13	77	11	51	52	1	1	43	1.22
81251204--81251262	22	2.7	23	82	14	72	57	0	5	37	1.21
81251387--81251628	15	15.9	15	66	23	68	59	1	4	34	1.26
81251399--81251549	19	7.8	19	69	23	68	60	0	3	35	1.20
81251581--81251643	3	20.3	3	75	23	51	61	0	0	38	0.96
81251585--81251643	23	2.4	24	86	11	68	62	0	0	37	0.95
81251584--81251643	15	4.0	15	77	16	70	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81253402--81253954	206	2.7	205	90	1	831	27	21	19	31	1.97
81262941--81263165	40	5.7	40	87	5	271	24	26	22	26	2.00
81262941--81263165	79	2.8	78	82	7	265	24	26	22	26	2.00
81264999--81265038	20	2.0	20	85	9	55	45	17	5	32	1.70
81269322--81269376	14	4.2	13	77	11	51	52	1	1	43	1.22
81269479--81269537	22	2.7	23	82	14	72	57	0	5	37	1.21
81269699--81269735	16	2.3	17	86	13	60	64	0	0	35	0.94
81269752--81269925	13	12.4	14	64	25	50	60	2	2	33	1.24
81269875--81269917	16	2.6	16	82	14	52	62	2	0	34	1.08
81271460--81271496	4	9.2	4	100	0	74	27	0	0	72	0.84
81273080--81273111	8	4.0	8	95	0	55	9	3	0	87	0.64
81274073--81274127	17	3.1	17	85	15	60	74	1	5	18	1.10
81274073--81274147	23	3.2	23	76	1	60	72	1	9	17	1.18
81274100--81274147	11	4.2	11	78	7	51	75	0	8	16	1.04
81274100--81274140	17	2.3	18	87	4	57	75	0	7	17	1.02
81281793--81281833	19	2.2	18	86	4	55	41	4	2	51	1.36
81284611--81284788	61	2.9	59	71	16	150	43	1	3	51	1.28
81284703--81284761	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
81284716--81284771	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
81284742--81284810	22	3.3	22	69	22	67	43	2	0	53	1.15
81284688--81284828	17	8.6	17	67	22	61	45	1	0	52	1.14
81285050--81285101	16	3.2	16	88	0	86	34	36	0	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81288273--81288340	35	1.9	36	82	14	88	41	2	0	55	1.15
81288933--81288962	15	2.0	15	93	0	51	43	0	3	53	1.17
81289277--81289312	18	1.9	19	88	5	56	61	0	5	33	1.19
81302482--81302580	33	3.0	33	90	0	162	32	40	10	17	1.83
81306579--81306666	42	2.1	42	100	0	176	30	15	29	23	1.96
81315588--81315682	3	31.7	3	75	12	88	61	1	6	31	1.28
81315536--81315677	26	5.5	25	70	19	87	60	1	9	28	1.37
81315593--81315680	17	4.9	17	74	16	63	61	1	6	30	1.29
81315810--81315864	22	2.5	23	82	8	69	61	5	1	30	1.29
81318185--81318223	8	4.8	8	82	17	53	15	0	2	82	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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