genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5961234--5961331	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
5961224--5961331	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
5964135--5964175	16	2.5	16	88	4	55	60	19	0	19	1.36
5965731--5965785	29	1.9	28	82	10	67	50	0	1	47	1.11
5968474--5968502	5	6.0	5	92	8	51	20	0	0	79	0.74
5972322--5972403	41	2.0	41	85	0	110	25	29	21	23	1.99
5975224--5975260	19	2.0	20	89	10	60	35	0	5	59	1.20
5976297--5976346	20	2.5	20	78	15	57	52	10	10	28	1.67
5978259--5978314	28	2.0	28	100	0	112	57	14	7	21	1.61
5984724--5984865	27	5.3	26	84	4	140	35	21	24	18	1.95
5984724--5984863	54	2.6	55	85	2	167	35	20	25	18	1.95
5986483--5986592	26	4.2	26	95	0	175	36	24	4	34	1.76
5990329--5990361	17	2.0	17	88	5	50	27	0	18	54	1.44
5991223--5991283	16	3.7	17	70	27	51	36	1	1	60	1.16
5994985--5995077	40	2.3	40	98	0	177	44	21	6	27	1.77
5997282--5997319	20	2.0	20	89	5	60	39	15	10	34	1.82
6000291--6000372	26	3.1	26	74	10	67	62	0	1	36	1.03
6000847--6001025	18	9.9	18	89	4	265	36	15	10	37	1.82
6000847--6001025	35	5.0	36	91	4	256	36	15	10	37	1.82
6000847--6001025	53	3.3	54	93	3	292	36	15	10	37	1.82
6000850--6001037	88	2.1	89	90	7	303	37	13	11	37	1.81
6001793--6002511	83	8.7	83	94	0	1215	26	21	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6002544--6002723	44	4.1	44	78	8	222	27	26	16	29	1.97
6003631--6003728	1	98.0	1	71	0	61	0	15	0	84	0.62
6003631--6003727	5	16.8	6	82	15	109	0	15	0	84	0.62
6003631--6003728	12	8.5	11	80	12	108	0	15	0	84	0.62
6003631--6003728	18	5.6	18	86	13	143	0	15	0	84	0.62
6010215--6010374	18	8.9	18	87	8	229	36	15	11	37	1.83
6010215--6010374	35	4.5	35	92	5	225	36	15	11	37	1.83
6010215--6010366	53	2.9	53	94	3	254	36	14	11	37	1.83
6014705--6014750	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
6014870--6014919	26	1.9	26	87	0	73	32	2	4	62	1.25
6018559--6018598	11	3.6	11	87	12	64	77	7	5	10	1.11
6024617--6024715	28	3.5	29	86	9	125	27	15	28	29	1.96
6032611--6032709	28	3.5	29	86	9	125	27	15	28	29	1.96
6035278--6035318	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
6035280--6035327	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
6038246--6038417	93	1.8	93	93	0	299	27	30	21	20	1.98
6038238--6038413	46	3.8	46	81	4	219	28	30	21	20	1.98
6041470--6041509	19	2.1	19	90	0	62	52	5	5	37	1.45
6046492--6046741	120	2.1	118	79	7	265	41	8	20	30	1.81
6049539--6049607	31	2.2	31	86	0	93	37	11	11	39	1.78
6050561--6050606	21	2.2	21	84	7	58	26	0	2	71	0.97
6050573--6050614	22	2.0	21	90	4	66	23	0	4	71	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6059976--6060137	54	3.0	53	81	3	173	27	13	25	33	1.93
6060099--6060189	47	1.9	47	93	0	155	26	13	27	32	1.93
6062099--6062130	6	5.3	6	92	0	55	18	3	15	62	1.45
6062093--6062136	12	3.7	12	87	0	61	18	11	15	54	1.70
6062102--6062137	18	2.0	18	88	0	54	16	11	16	55	1.68
6062245--6062288	18	2.4	18	92	0	70	31	13	15	38	1.87
6066144--6066230	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
6067666--6067701	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
6104387--6104437	23	2.4	22	87	9	70	43	23	11	21	1.85
6104394--6104437	23	1.9	23	95	0	79	43	25	13	18	1.86
6107097--6107239	25	5.8	25	69	10	89	20	26	18	33	1.96
6107097--6107239	74	1.9	74	81	2	171	20	26	18	33	1.96
6110305--6110359	28	2.0	28	96	0	101	45	32	1	20	1.61
6114835--6114877	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
6117183--6117283	45	2.2	45	80	3	123	41	18	17	21	1.90
6118349--6118399	5	10.6	5	91	8	88	60	0	0	39	0.97
6118356--6118409	13	4.0	13	92	4	81	59	0	1	38	1.08
6118794--6118907	33	3.5	33	74	8	83	27	28	17	26	1.98
6118886--6119118	117	2.0	117	90	1	369	29	24	12	33	1.92
6132949--6133005	29	1.9	29	86	10	80	52	8	5	33	1.55
6134307--6134340	13	2.6	14	86	13	54	73	0	0	26	0.83
6135608--6135650	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6140317--6140381	18	3.4	18	76	12	67	38	9	29	23	1.85
6143906--6143969	26	2.7	22	71	17	65	53	4	4	37	1.43
6143988--6144046	31	1.9	31	85	0	82	47	3	5	44	1.42
6144574--6144637	26	2.4	26	85	15	78	70	3	0	26	1.02
6144594--6144644	20	2.5	20	73	17	52	68	1	0	29	1.00
6149004--6149045	7	5.7	7	86	10	57	40	0	0	59	0.97
6149002--6149045	23	1.9	23	95	0	79	38	0	0	61	0.96
6152843--6152878	8	4.5	8	89	10	56	0	11	2	86	0.68
6152844--6152878	15	2.2	16	95	5	63	0	11	2	85	0.69
6153631--6153790	42	3.8	41	76	8	144	33	18	23	24	1.97
6153631--6153790	43	3.8	41	76	11	146	33	18	23	24	1.97
6153631--6153796	41	4.0	41	74	9	138	31	18	24	25	1.97
6153870--6153950	31	2.5	33	84	4	103	59	20	4	14	1.54
6154185--6154239	21	2.6	21	79	0	56	5	49	16	29	1.68
6154650--6154678	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
6159166--6159219	9	6.0	9	75	0	54	33	1	16	48	1.57
6159165--6159218	18	3.0	18	77	0	63	35	1	14	48	1.55
6160706--6160827	25	5.0	24	76	8	102	17	24	21	36	1.94
6160786--6160832	24	2.0	24	87	8	69	12	27	25	34	1.92
6176247--6176290	6	7.7	6	85	14	58	84	0	0	15	0.63
6176248--6176290	5	8.8	5	87	7	54	83	0	0	16	0.64
6185856--6185896	19	2.1	20	86	4	57	48	7	7	36	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6192383--6192632	66	3.8	64	76	13	199	24	29	16	29	1.97
6195959--6196006	25	1.9	25	83	8	62	0	29	4	66	1.10
6198036--6198069	6	5.3	6	86	13	50	20	0	2	76	0.92
6200204--6200255	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
6202175--6202226	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
6206414--6206460	21	2.2	21	96	0	85	25	25	8	40	1.84
6214254--6214287	9	3.8	9	84	0	50	23	8	8	58	1.56
6217040--6217113	25	3.0	25	84	4	78	70	2	4	22	1.17
6217931--6218016	23	3.7	23	81	4	84	44	15	9	31	1.78
6226012--6226060	18	2.8	18	81	9	57	28	0	6	65	1.16
6226016--6226068	19	2.8	18	78	16	54	28	0	7	64	1.21
6234272--6234311	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
6234373--6234512	27	5.2	28	87	5	166	35	22	23	19	1.96
6236131--6236240	26	4.2	26	92	2	168	35	24	5	34	1.79
6237347--6237378	15	2.1	15	100	0	64	40	0	21	37	1.54
6239389--6239665	138	2.0	138	88	0	410	41	8	5	45	1.56
6241641--6241767	55	2.3	55	79	5	132	29	25	25	18	1.98
6242384--6242436	6	8.8	6	79	8	63	18	0	1	79	0.83
6242384--6242435	7	7.4	7	77	14	54	17	0	1	80	0.80
6242384--6242436	13	3.8	13	85	9	70	18	0	1	79	0.83
6244582--6244621	15	2.8	14	88	7	62	27	7	7	57	1.53
6253111--6253415	151	2.0	151	99	0	601	26	11	27	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6255617--6255662	22	2.1	22	88	8	67	39	0	26	34	1.57
6257191--6257218	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
6257217--6257263	3	15.7	3	100	0	94	0	0	31	68	0.90
6262036--6262069	16	2.1	16	88	0	50	70	0	0	29	0.87
6268605--6268765	79	2.0	80	95	1	288	45	7	3	43	1.47
6269411--6269449	20	2.0	20	85	10	53	43	17	5	33	1.72
6271881--6271924	19	2.2	20	88	4	63	43	9	0	47	1.35
6272752--6273229	113	4.3	112	82	8	535	30	16	19	33	1.95
6273340--6273404	28	2.4	27	85	10	87	23	1	23	52	1.56
6281638--6281663	13	2.0	13	100	0	52	92	0	7	0	0.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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