genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12610814--12610858	21	2.3	19	84	7	54	6	11	22	60	1.54
12638129--12638486	75	4.8	75	88	1	457	29	21	22	26	1.99
12638133--12638397	35	7.1	34	69	21	149	29	20	21	28	1.98
12638121--12638378	40	6.9	38	70	20	159	30	19	21	28	1.98
12641522--12641571	25	2.0	25	100	0	100	44	0	24	32	1.54
12645541--12645592	6	8.7	6	85	8	61	9	17	38	34	1.82
12645538--12645592	18	3.1	18	84	10	76	10	16	38	34	1.84
12653494--12653541	19	2.6	19	83	3	62	33	2	16	47	1.58
12653555--12653647	43	2.2	43	90	3	143	26	6	15	51	1.67
12656212--12656282	15	4.3	15	69	19	52	40	2	11	45	1.55
12664588--12664614	6	4.5	6	100	0	54	18	0	0	81	0.69
12670622--12670659	20	1.9	20	88	0	58	31	7	7	52	1.59
12675236--12675485	27	9.3	26	81	5	171	40	21	8	30	1.81
12675236--12675485	54	4.7	53	76	7	220	40	21	8	30	1.81
12675236--12675485	81	3.1	81	78	6	222	40	21	8	30	1.81
12675262--12675520	81	3.2	81	77	8	201	40	22	8	29	1.82
12675503--12675564	26	2.3	27	83	2	81	37	14	19	29	1.91
12675917--12676310	216	1.8	217	82	3	517	23	20	21	34	1.97
12676290--12676353	27	2.4	27	80	12	78	20	18	18	42	1.90
12676479--12676672	6	31.5	6	73	16	148	18	19	14	47	1.83
12676479--12676651	25	7.5	25	76	17	167	18	19	15	46	1.84
12676496--12676615	31	3.7	31	74	16	116	19	19	15	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12676479--12676651	68	2.5	68	96	0	310	18	19	15	46	1.84
12688153--12688227	21	3.5	20	78	18	87	42	4	13	40	1.63
12688169--12688241	24	3.2	24	77	18	100	42	4	9	43	1.56
12688153--12688241	45	2.0	45	100	0	178	41	4	11	42	1.61
12688508--12688605	42	2.3	41	81	10	119	32	13	22	31	1.92
12689822--12689875	20	2.7	20	91	0	90	22	35	27	14	1.93
12690639--12690789	35	4.3	35	83	0	194	33	29	3	33	1.74
12690585--12690825	70	3.5	70	82	4	256	33	31	4	30	1.78
12695457--12695508	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
12697426--12697477	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
12697960--12698066	55	1.9	56	90	1	171	54	11	12	22	1.69
12701093--12701146	27	2.0	27	92	0	90	25	18	37	18	1.94
12701558--12701591	16	2.1	16	88	0	50	44	8	0	47	1.34
12701752--12701776	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
12706192--12706274	31	2.7	30	86	3	112	44	7	9	38	1.65
12714887--12714919	17	1.9	17	93	0	57	30	39	3	27	1.72
12715149--12715297	3	50.3	3	71	14	78	28	4	2	64	1.25
12718045--12718070	11	2.4	11	100	0	52	38	0	11	50	1.39
12720079--12720184	49	2.2	49	84	3	133	36	27	8	27	1.86
12723924--12723964	20	2.0	20	85	0	55	34	2	0	63	1.08
12723926--12723986	17	3.4	17	79	16	61	29	1	0	68	0.99
12731867--12731897	3	10.3	3	92	0	53	67	3	0	29	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12733249--12733306	22	2.6	22	76	10	73	29	12	18	39	1.87
12736173--12736208	18	1.9	19	88	5	56	36	22	0	41	1.54
12736479--12736534	17	3.4	16	76	9	51	1	23	5	69	1.18
12736550--12736576	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
12746036--12746171	57	2.4	56	80	10	161	22	16	2	58	1.52
12746021--12746188	27	6.0	28	78	5	144	22	17	4	56	1.57
12753092--12753202	38	2.9	37	74	8	105	32	29	17	20	1.95
12753817--12753860	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
12754188--12754213	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
12757634--12757716	2	41.5	2	100	0	166	0	50	0	49	1.00
12759377--12759429	27	2.0	27	88	7	81	37	7	9	45	1.65
12761387--12761415	15	1.9	15	100	0	58	68	0	0	31	0.89
12764460--12764488	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
12764806--12764849	23	1.9	23	86	9	63	65	4	2	27	1.23
12770012--12770054	17	2.5	17	80	3	50	62	0	2	34	1.08
12775480--12775592	27	4.2	26	84	7	136	38	22	23	15	1.93
12775480--12775592	54	2.1	54	86	3	156	38	22	23	15	1.93
12777011--12777081	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
12778589--12778790	75	2.7	75	86	1	280	22	22	21	34	1.97
12778578--12778812	75	3.1	74	79	10	262	23	21	19	34	1.96
12779177--12779219	2	21.5	2	95	0	77	0	51	0	48	1.00
12780966--12780993	13	2.2	13	100	0	56	35	17	21	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12785086--12785218	69	1.9	69	93	0	230	36	10	16	36	1.83
12786471--12786758	75	3.8	76	83	2	359	23	21	20	34	1.97
12789000--12789060	26	2.4	25	83	8	79	18	9	6	65	1.43
12789003--12789061	25	2.4	24	81	10	75	18	10	6	64	1.46
12790524--12790578	22	2.5	22	91	5	85	10	36	29	23	1.89
12794789--12794851	33	1.9	32	81	9	74	20	12	11	55	1.67
12795964--12796051	38	2.2	40	84	4	108	47	5	2	44	1.39
12803688--12803721	16	2.1	17	89	10	54	29	0	5	64	1.17
12804348--12804417	23	3.0	23	83	6	79	24	11	22	41	1.87
12805062--12805092	3	10.3	3	92	0	53	32	0	3	64	1.09
12805064--12805093	15	2.0	15	100	0	60	33	0	6	60	1.23
12807162--12807190	14	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
12807349--12807385	18	2.1	18	94	0	65	40	0	0	59	0.97
12808212--12808260	25	2.0	25	91	0	80	24	14	2	59	1.46
12809569--12809601	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
12809840--12809944	45	2.3	45	93	0	183	21	26	15	36	1.93
12809909--12810170	46	5.7	46	83	4	296	20	22	14	42	1.88
12809927--12810170	93	2.6	92	84	3	312	20	23	14	41	1.89
12811716--12811764	20	2.4	21	76	6	57	0	32	0	67	0.91
12811978--12812027	21	2.5	20	84	9	75	46	4	0	50	1.20
12812125--12812196	29	2.5	27	72	18	65	45	4	0	50	1.21
12814058--12814096	11	3.6	11	80	19	55	76	5	17	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12814049--12814096	15	2.9	17	87	9	64	77	4	18	0	0.93
12814055--12814104	21	2.4	21	96	0	91	78	4	18	0	0.91
12814049--12814101	21	2.3	24	78	18	76	79	3	16	0	0.88
12821879--12821921	18	2.4	18	92	0	68	20	20	11	46	1.82
12823882--12823920	17	2.4	16	87	8	53	15	20	0	64	1.30
12823909--12823943	18	1.9	19	88	11	56	11	17	0	71	1.14
12849537--12849563	7	3.9	7	100	0	54	74	0	14	11	1.08
12853978--12854027	27	2.0	26	84	11	68	40	0	2	58	1.10
12853975--12854038	26	2.5	25	78	9	67	43	0	1	54	1.09
12853965--12854035	25	2.7	26	78	10	81	40	0	1	57	1.07
12854337--12854401	4	15.5	4	75	15	60	75	0	23	1	0.89
12854344--12854401	24	2.3	25	85	14	75	77	0	20	1	0.86
12854345--12854396	17	2.9	17	88	5	68	76	0	21	1	0.87
12854557--12854670	60	1.9	60	92	0	192	37	0	9	52	1.34
12854557--12854665	33	3.5	32	70	15	102	39	0	8	52	1.32
12856862--12856907	24	1.9	24	95	0	83	17	17	15	50	1.79
12856955--12857006	22	2.4	22	93	0	86	15	34	25	25	1.95
12859378--12859446	24	2.9	24	82	0	75	18	42	1	37	1.60
12859402--12859462	24	2.5	24	81	0	68	14	39	4	40	1.68
12863441--12863484	19	2.2	21	88	8	65	40	2	0	56	1.11
12864367--12864425	28	2.1	27	84	9	75	33	10	3	52	1.52
12867007--12867038	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12867933--12867993	32	1.9	32	100	0	122	19	26	26	27	1.99
12871987--12872073	29	3.0	29	91	0	138	22	27	29	19	1.98
12873469--12873578	42	2.6	42	91	0	175	25	23	17	33	1.96
12874252--12874285	18	1.9	18	88	5	52	64	5	5	23	1.38
12880993--12881101	42	2.5	42	80	12	123	30	24	14	30	1.95
12882744--12882914	93	1.8	93	97	0	324	28	29	21	21	1.98
12882739--12882911	46	3.7	46	80	13	228	29	28	20	21	1.98
12883334--12883393	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
12886472--12886658	50	3.8	49	82	7	207	25	18	28	28	1.98
12890617--12890680	31	2.1	31	84	0	83	35	9	3	51	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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