genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
397001--397092	19	4.8	19	70	15	73	28	4	2	65	1.23
396947--397071	57	2.2	57	83	8	148	29	6	1	62	1.29
397042--397108	17	3.8	17	76	19	66	25	2	2	68	1.18
397168--397395	92	2.5	90	77	9	230	37	7	19	35	1.80
403670--403770	51	1.9	53	84	6	134	40	20	20	17	1.91
405071--405118	20	2.3	21	92	3	80	50	4	0	45	1.21
409232--409270	16	2.4	16	84	12	53	58	2	0	38	1.12
411587--411636	22	2.5	19	80	9	55	58	8	10	24	1.57
411752--411794	17	2.4	17	80	7	50	53	0	0	46	1.00
416496--416539	22	1.9	22	81	9	52	27	4	6	61	1.41
423583--423687	27	3.9	27	81	9	108	35	22	22	19	1.96
425295--425402	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
431332--431365	12	2.8	12	100	0	68	17	26	29	26	1.98
434659--434695	16	2.3	16	90	0	56	43	8	2	45	1.47
446430--446459	14	2.1	14	93	0	51	43	23	23	10	1.83
446453--446515	29	2.2	29	85	0	90	26	20	25	26	1.99
446943--447003	19	3.1	19	81	9	70	47	1	0	50	1.10
449188--449218	16	2.0	15	93	6	53	67	0	0	32	0.91
451872--451928	29	1.9	30	89	3	89	47	21	3	28	1.67
452228--452261	16	2.2	16	89	5	52	52	0	2	44	1.16
457534--457580	24	2.0	24	91	0	76	42	14	14	27	1.86
474549--474670	58	2.0	60	95	4	221	40	6	9	43	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
475172--475229	30	2.0	28	83	9	73	46	0	0	53	1.00
477924--478026	18	5.4	18	70	13	80	37	24	24	13	1.91
477944--478008	21	3.2	21	74	12	73	41	21	24	12	1.87
477926--478029	39	2.7	39	96	0	190	39	24	24	12	1.89
479010--479054	18	2.5	18	100	0	90	40	13	4	42	1.64
481833--481921	31	3.0	30	85	4	108	34	10	12	42	1.76
485537--485572	19	1.9	19	94	5	65	41	2	5	50	1.40
487722--487755	14	2.4	14	86	13	52	58	0	0	41	0.98
495625--495664	15	2.4	16	84	16	55	47	7	0	45	1.31
496391--496419	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
501908--502070	80	2.0	83	86	3	233	32	9	11	46	1.73
503863--503894	4	8.0	4	100	0	64	25	0	50	25	1.50
511600--511643	21	2.1	21	83	8	54	45	4	4	45	1.44
511610--511660	21	2.5	20	78	12	50	39	7	1	50	1.42
511811--511864	16	3.6	14	79	13	56	81	7	3	7	0.97
512172--512215	22	2.0	22	81	0	52	61	2	9	27	1.38
525295--525344	24	2.1	24	84	0	64	16	8	32	44	1.76
525673--525702	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
535249--535332	18	4.3	21	72	13	72	41	2	29	26	1.68
535249--535344	39	2.5	39	89	0	138	39	2	30	28	1.68
535330--535374	21	2.1	21	87	0	63	40	2	31	26	1.68
535351--535457	33	3.1	34	78	14	114	44	0	26	28	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
540727--540766	11	3.5	11	89	6	53	25	7	5	62	1.42
542159--542221	31	2.0	32	82	11	78	47	12	4	34	1.63
546025--546061	13	2.8	13	100	0	74	56	5	0	37	1.22
546024--546087	21	2.8	21	81	13	65	60	3	1	34	1.22
553633--553664	16	2.0	16	100	0	64	50	6	18	25	1.70
563791--563826	14	2.6	14	90	0	54	52	0	0	47	1.00
566496--566533	20	1.9	20	94	0	67	31	28	5	34	1.80
572356--572399	21	2.2	20	83	4	52	54	4	11	29	1.56
572319--572496	25	7.4	25	68	19	112	53	5	8	32	1.54
572629--572676	25	2.0	23	88	8	69	62	4	0	33	1.14
572909--572989	13	6.2	13	68	16	60	54	3	3	38	1.36
572919--573043	25	4.9	27	73	20	81	52	4	6	36	1.46
572922--573043	24	4.8	26	72	20	80	52	4	6	36	1.47
573164--573190	12	2.2	12	100	0	54	48	7	0	44	1.31
573189--573244	29	1.9	29	85	7	78	55	3	1	39	1.28
573230--573405	22	7.8	22	67	21	71	60	3	3	31	1.31
599263--599334	19	3.8	17	73	20	54	29	2	5	62	1.32
603663--603720	29	2.0	29	83	6	73	53	10	8	27	1.64
610872--610919	21	2.2	21	88	3	69	50	0	0	50	1.00
611433--611485	21	2.5	21	81	9	63	37	1	1	58	1.20
620133--620179	4	11.8	4	100	0	94	51	25	0	23	1.49
621195--621248	19	2.9	18	76	10	56	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
622552--622638	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
624088--624123	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
630666--630718	25	2.1	25	89	0	79	54	5	0	39	1.24
637071--637131	27	2.3	26	83	11	70	63	1	0	34	1.04
637099--637164	35	2.0	34	82	8	82	60	0	0	39	0.97
647738--647813	39	2.0	39	82	7	93	40	3	11	43	1.60
652110--652177	34	2.0	34	100	0	136	26	14	8	50	1.72
658872--658910	18	2.2	17	86	4	51	64	2	0	33	1.08
666470--666527	20	2.9	19	73	12	53	36	6	18	37	1.78
668855--668880	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
669798--669826	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
673926--673957	16	2.0	16	93	0	55	40	12	6	40	1.68
677770--677811	22	1.9	22	85	9	59	47	2	11	38	1.53
693471--693520	9	5.6	9	82	0	64	44	18	8	30	1.78
693544--693570	14	1.9	14	100	0	54	22	0	3	74	0.98
693539--693573	6	5.5	6	87	12	52	17	0	2	80	0.84
697858--697899	19	2.2	20	86	4	59	47	0	2	50	1.14
699698--699832	69	2.0	69	87	0	198	35	20	13	31	1.91
705975--706016	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
705979--706015	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
707995--708059	26	2.5	26	76	11	71	69	1	0	29	0.98
708039--708081	22	2.0	21	86	4	59	67	4	0	27	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710471--710588	48	2.4	48	75	4	119	42	13	5	38	1.66
714060--714085	13	2.0	13	100	0	52	15	15	15	53	1.73
714387--714511	51	2.5	51	78	0	151	42	12	6	39	1.68
726829--726870	21	2.0	21	100	0	84	33	4	4	57	1.41
729625--729667	22	2.0	22	85	0	59	37	25	16	20	1.93
730573--730610	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
731098--731138	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
734486--734526	21	2.1	19	86	9	55	51	17	0	31	1.46
738146--738203	17	3.3	17	82	4	62	72	1	1	24	1.03
738171--738209	19	2.1	19	100	0	78	61	5	5	28	1.39
738778--738820	23	1.9	23	85	4	61	55	4	6	32	1.47
738958--738985	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
750634--750685	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
759922--759970	15	3.3	15	78	13	57	59	0	0	40	0.98
766934--766976	13	3.3	12	78	15	50	27	2	2	67	1.15
771882--772126	122	2.0	123	95	2	440	25	18	18	37	1.94
774578--774707	45	2.9	45	89	0	179	31	20	13	34	1.91
775659--775708	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
780297--780346	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
784954--785024	24	3.0	24	87	4	99	53	7	22	16	1.67
786293--786404	55	2.0	55	85	0	152	25	29	23	22	1.99
787045--787248	48	4.2	48	79	3	196	32	17	21	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787045--787248	96	2.1	96	83	0	255	32	17	21	28	1.95
788580--788730	53	2.8	53	87	6	205	30	27	16	25	1.97
793315--793358	17	2.4	18	85	11	54	63	0	2	34	1.07
793884--793970	43	2.0	43	95	0	156	29	13	8	48	1.71
795002--795039	19	2.0	20	89	5	60	57	0	0	42	0.98
795018--795067	22	2.2	23	78	3	57	60	2	0	38	1.09
795719--795762	3	14.7	3	95	0	61	34	40	0	25	1.56
797249--797300	16	3.2	16	77	17	54	13	11	0	75	1.06
797259--797310	24	2.2	24	89	0	77	15	5	0	78	0.92
797259--797314	8	6.9	8	81	4	67	16	5	0	78	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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