genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7686889--7686961	19	3.8	20	78	10	80	63	1	2	32	1.17
7686876--7686961	18	4.6	19	76	11	79	62	1	2	33	1.15
7686897--7686977	40	2.2	35	86	10	108	59	1	2	37	1.19
7686917--7686977	10	5.6	10	75	17	59	57	0	1	40	1.08
7686916--7687026	45	2.4	47	79	8	113	56	1	4	36	1.30
7687210--7687296	18	4.7	19	69	11	72	40	1	0	58	1.05
7687210--7687265	19	3.0	20	82	10	64	42	1	0	55	1.10
7701331--7701385	16	3.4	16	87	0	83	34	5	29	30	1.80
7701367--7701460	44	2.1	46	86	4	129	31	6	27	34	1.82
7701531--7701581	25	2.0	25	82	17	61	39	0	7	52	1.30
7701615--7701700	24	3.8	22	78	12	86	53	1	0	45	1.07
7704144--7704224	40	2.0	40	100	0	162	37	14	14	33	1.88
7706536--7706568	12	3.0	11	87	12	50	66	0	0	33	0.92
7706569--7706596	6	4.7	6	100	0	56	35	0	28	35	1.58
7707709--7707768	21	2.7	22	79	7	68	36	3	5	55	1.38
7708155--7708212	31	1.9	30	89	3	89	44	8	12	34	1.72
7711098--7711244	43	3.4	42	80	10	147	29	25	20	24	1.99
7720837--7720905	30	2.3	31	85	7	88	47	20	10	21	1.79
7720936--7720980	21	2.2	20	92	4	72	26	15	26	31	1.96
7722720--7722753	16	2.1	16	88	0	50	29	14	5	50	1.67
7725301--7725369	31	2.2	32	82	10	90	24	10	17	47	1.78
7729966--7730001	14	2.6	14	95	0	63	33	13	13	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7736961--7737008	23	2.0	24	84	11	64	56	2	10	31	1.45
7737140--7737235	18	5.3	18	82	5	88	59	2	8	30	1.38
7737132--7737188	3	19.0	3	100	0	114	66	0	0	33	0.92
7754860--7754891	13	2.3	15	89	10	50	18	3	0	78	0.89
7760860--7760907	25	1.9	25	83	8	62	56	4	0	39	1.19
7761294--7761337	18	2.4	18	92	0	70	43	9	27	20	1.82
7762901--7762952	25	2.1	24	82	10	61	69	1	0	28	0.99
7762957--7762985	7	4.3	7	95	4	51	55	0	0	44	0.99
7764949--7764986	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
7765000--7765051	10	5.1	10	83	2	59	23	5	1	69	1.20
7766923--7766988	20	3.3	20	72	20	66	63	1	1	33	1.13
7767450--7767502	15	3.8	15	80	9	51	67	0	1	30	1.01
7767443--7767495	21	2.5	20	82	8	61	66	0	1	32	1.03
7767443--7767504	28	2.3	26	80	5	70	66	0	1	32	1.02
7767477--7767501	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
7770956--7771009	22	2.4	23	84	9	67	37	3	0	59	1.15
7776159--7776204	22	2.1	22	83	0	56	19	8	21	50	1.75
7776765--7776949	94	2.0	94	89	0	280	34	14	12	37	1.85
7791972--7792032	32	2.0	30	84	12	79	65	1	3	29	1.18
7791992--7792073	39	2.1	39	97	0	155	65	2	7	24	1.30
7795759--7795807	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
7797313--7797358	21	2.2	21	88	7	67	19	4	6	69	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7802324--7802534	40	5.3	40	83	2	244	47	26	12	13	1.78
7806318--7806356	18	2.2	18	100	0	78	30	7	20	41	1.80
7809086--7809137	18	2.9	18	76	0	59	26	7	21	44	1.79
7811282--7811478	92	2.1	92	92	0	322	32	24	12	29	1.92
7812293--7812372	23	3.2	23	65	19	61	33	13	1	51	1.50
7812280--7812387	52	2.1	52	100	0	216	32	12	1	52	1.50
7813201--7813239	17	2.3	17	86	8	53	33	7	15	43	1.75
7821380--7821435	12	5.0	11	78	10	60	64	3	0	32	1.11
7821380--7821435	21	2.8	20	80	20	71	64	3	0	32	1.11
7821385--7821450	12	5.2	13	72	22	52	68	3	0	28	1.05
7821380--7821446	33	2.1	32	91	2	107	65	4	0	29	1.12
7821393--7821451	18	3.1	18	81	13	57	67	3	0	28	1.06
7827060--7827172	25	4.4	25	76	6	84	23	26	18	30	1.98
7827315--7827362	26	1.9	26	83	8	64	47	2	10	39	1.49
7830727--7830796	35	2.0	35	100	0	140	34	11	20	34	1.88
7832956--7833008	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
7834495--7834600	26	4.1	26	93	0	185	35	24	7	32	1.84
7841484--7841591	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
7842195--7842276	43	1.9	43	100	0	164	32	25	18	23	1.97
7844622--7844757	67	2.0	67	94	0	236	31	21	9	37	1.86
7845383--7845451	36	1.9	36	84	0	93	27	24	23	24	2.00
7851234--7851272	19	2.1	19	85	9	53	2	15	2	79	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7851832--7851985	63	2.4	63	80	0	164	25	21	27	25	1.99
7851817--7852013	63	3.1	63	77	2	146	24	21	28	24	1.99
7856133--7856175	2	21.5	2	90	0	68	2	48	2	46	1.27
7856573--7856610	17	2.2	18	86	13	53	60	15	23	0	1.35
7869589--7869641	19	2.8	19	79	0	61	39	22	16	20	1.92
7869612--7869770	77	2.1	77	84	0	201	30	23	24	22	1.99
7870313--7870368	28	1.9	29	92	7	96	26	33	26	12	1.92
7875112--7875319	64	3.2	64	79	10	206	21	29	17	31	1.96
7875830--7875890	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
7878106--7878158	20	2.8	17	81	18	61	77	1	0	20	0.87
7878106--7878158	6	8.5	6	84	14	63	77	1	0	20	0.87
7878108--7878158	26	1.9	27	92	4	86	78	1	0	19	0.85
7885074--7885114	20	2.0	20	90	4	64	63	4	12	19	1.46
7897790--7897828	21	1.9	20	89	5	60	23	0	10	66	1.22
7917254--7917302	18	2.8	17	84	9	55	65	6	2	26	1.27
7917469--7917493	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
7925669--7925718	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
7930295--7930344	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
7936531--7936688	82	1.9	81	85	1	217	32	18	20	29	1.96
7936612--7937256	176	3.6	176	79	6	653	26	23	19	30	1.98
7936883--7936968	43	2.0	45	84	9	115	24	29	13	32	1.94
7943726--7943874	44	3.4	44	77	0	109	29	20	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7943749--7943865	44	2.6	44	82	1	135	28	21	25	24	1.99
7943842--7944173	182	1.8	181	85	3	470	33	17	20	28	1.95
7945148--7945180	12	2.8	12	95	0	57	63	0	12	24	1.28
7946083--7946122	20	2.0	20	90	9	64	70	2	7	20	1.24
7946365--7946654	155	1.9	155	97	0	553	35	13	17	34	1.88
7947748--7947784	2	18.5	2	88	0	56	45	2	2	48	1.30
7948927--7949666	371	2.0	368	88	1	1097	30	19	20	29	1.97
7950282--7950379	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
7950282--7950372	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
7950351--7950395	23	2.0	22	82	4	54	40	4	17	37	1.70
7958977--7959364	196	2.0	196	93	0	668	36	18	20	25	1.95
7959452--7959745	78	3.8	78	89	1	446	31	19	23	24	1.98
7959759--7959957	89	2.2	89	83	6	251	33	14	28	24	1.94
7959759--7959957	44	4.5	45	84	3	242	33	14	28	24	1.94
7960307--7960404	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
7960307--7960397	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
7960307--7960420	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
7960687--7960721	18	2.0	17	88	5	52	28	0	0	71	0.86
7968851--7968888	19	2.0	20	84	5	51	34	0	18	47	1.49
7970805--7970857	25	2.1	25	100	0	106	49	3	15	32	1.62
7972540--7972614	38	2.0	37	97	2	141	42	18	17	21	1.89
7972670--7972721	20	2.6	20	72	6	52	21	3	3	71	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7974584--7974630	25	1.9	24	83	12	60	34	2	17	46	1.59
7981176--7981244	34	2.0	34	97	0	129	40	13	20	26	1.88
7988508--7988563	13	4.5	13	80	13	73	48	17	0	33	1.48
7988506--7988550	23	2.0	23	95	0	81	44	20	0	35	1.51
7989412--7989441	9	3.4	9	95	4	53	36	0	0	63	0.95
7989411--7989452	8	4.8	9	83	13	52	35	0	0	64	0.94
7989405--7989451	19	2.6	18	77	12	51	36	0	0	63	0.94
7994000--7994060	6	10.2	6	100	0	122	49	16	0	34	1.46
8012558--8012877	46	7.0	46	89	2	403	21	23	13	40	1.89
8015233--8015274	17	2.3	18	88	8	59	0	28	0	71	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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