genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90404910--90404948	13	3.1	13	85	7	53	17	0	0	82	0.68
90404910--90404941	15	2.3	15	89	10	50	12	0	0	87	0.54
90406265--90406318	22	2.3	24	87	9	76	33	1	3	61	1.25
90407146--90407184	20	2.0	21	90	10	64	41	0	2	56	1.13
90412251--90412286	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
90418679--90418751	36	2.0	36	100	0	146	27	10	31	30	1.91
90429164--90429233	31	2.3	28	76	13	68	44	2	0	52	1.15
90435515--90435711	41	4.8	41	91	5	308	28	21	22	27	1.99
90435926--90436023	33	2.9	33	84	7	108	30	10	22	36	1.87
90442719--90442915	41	4.8	41	91	2	306	28	20	22	27	1.99
90443130--90443227	33	2.9	33	84	7	108	30	10	22	36	1.87
90454260--90454297	18	2.1	18	90	0	58	55	0	5	39	1.23
90455328--90455369	16	2.8	15	85	7	50	69	0	4	26	1.08
90457623--90457667	23	2.0	23	90	0	72	20	0	17	62	1.33
90461598--90461651	17	2.9	19	86	10	85	38	9	14	37	1.79
90461598--90461674	17	3.8	22	80	13	62	37	7	15	38	1.77
90461938--90461972	18	2.0	18	88	5	54	25	0	0	74	0.82
90470951--90471012	28	2.3	27	80	5	79	35	4	1	58	1.29
90471009--90471051	9	4.7	9	80	5	50	25	2	2	69	1.12
90471009--90471051	19	2.3	18	80	4	50	25	2	2	69	1.12
90472935--90473070	25	5.5	25	80	10	102	18	26	21	33	1.96
90473440--90473674	121	2.0	120	94	0	416	32	14	11	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90475626--90475693	30	2.2	31	82	7	77	48	20	10	20	1.78
90478552--90478913	47	7.6	47	73	15	234	27	18	29	24	1.98
90478552--90478910	94	3.8	96	75	14	262	27	18	29	24	1.98
90478552--90478918	140	2.6	138	81	8	382	27	18	29	24	1.98
90482690--90482808	60	2.0	60	100	0	238	33	0	12	53	1.39
90482822--90482986	72	2.5	60	76	20	195	29	0	15	54	1.45
90482852--90483041	38	5.2	37	67	15	137	29	0	14	55	1.43
90482902--90482926	12	2.1	12	100	0	50	36	0	8	56	1.29
90482845--90483045	72	2.8	72	94	0	357	29	0	14	55	1.43
90482890--90483003	34	3.2	34	67	18	97	32	0	14	53	1.41
90485003--90485053	23	2.2	23	82	0	57	58	5	5	29	1.45
90485585--90485650	28	2.4	26	85	9	87	43	0	1	54	1.09
90487342--90487460	60	2.0	60	100	0	238	33	0	12	53	1.39
90487474--90487638	72	2.5	60	76	20	195	29	0	15	54	1.45
90487504--90487693	38	5.2	37	67	15	137	29	0	14	55	1.43
90487554--90487578	12	2.1	12	100	0	50	36	0	8	56	1.29
90487497--90487697	72	2.8	72	94	0	357	29	0	14	55	1.43
90487542--90487655	34	3.2	34	67	18	97	32	0	14	53	1.41
90489655--90489705	23	2.2	23	82	0	57	58	5	5	29	1.45
90490237--90490302	28	2.4	26	85	9	87	43	0	1	54	1.09
90491994--90492112	60	2.0	60	100	0	238	33	0	12	53	1.39
90492156--90492345	38	5.2	37	67	15	137	29	0	14	55	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90492206--90492230	12	2.1	12	100	0	50	36	0	8	56	1.29
90492149--90492349	72	2.8	72	94	0	357	29	0	14	55	1.43
90492194--90492307	34	3.2	34	67	18	97	32	0	14	53	1.41
90494306--90494356	23	2.2	23	82	0	57	58	5	5	29	1.45
90494888--90494953	28	2.4	26	85	9	87	43	0	1	54	1.09
90496646--90496764	60	2.0	60	100	0	238	33	0	12	53	1.39
90496808--90496997	38	5.2	37	67	15	137	29	0	14	55	1.43
90496858--90496882	12	2.1	12	100	0	50	36	0	8	56	1.29
90496801--90497001	72	2.8	72	94	0	357	29	0	14	55	1.43
90496846--90496959	34	3.2	34	67	18	97	32	0	14	53	1.41
90498957--90499007	23	2.2	23	82	0	57	58	5	5	29	1.45
90499409--90499530	3	40.7	3	72	15	92	60	1	7	30	1.33
90499409--90499530	20	5.8	21	77	14	119	60	1	7	30	1.33
90499559--90499606	15	3.3	14	85	8	60	62	6	10	20	1.49
90501264--90501321	25	2.3	25	87	0	80	27	22	20	29	1.99
90502540--90502583	21	2.0	22	83	16	56	15	40	25	18	1.90
90502858--90502906	25	1.9	25	83	4	62	61	4	2	32	1.26
90506741--90506794	15	3.4	15	78	12	63	11	27	7	53	1.63
90516570--90516635	31	2.1	31	88	0	96	45	15	12	27	1.81
90518583--90518625	22	2.0	22	85	0	59	58	6	4	30	1.45
90521510--90521747	131	1.8	131	90	3	390	37	19	16	26	1.93
90524374--90524403	14	2.1	14	100	0	60	20	36	13	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90524548--90524764	79	2.7	79	89	1	346	20	22	21	35	1.96
90538460--90538502	21	2.1	21	86	4	61	48	23	2	25	1.62
90541559--90541592	12	2.9	11	87	12	50	61	0	2	35	1.11
90541708--90541745	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
90542784--90542840	22	2.6	21	89	8	87	12	3	54	29	1.54
90545744--90545782	12	3.2	13	85	7	55	38	5	0	56	1.22
90546162--90546188	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
90550910--90550961	16	3.2	16	88	0	77	28	0	34	36	1.58
90550942--90551036	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
90551198--90551232	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
90551156--90551228	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
90551345--90551379	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
90551117--90551391	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
90551465--90551499	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
90551575--90551606	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
90551328--90551620	120	2.4	120	91	2	473	50	5	1	42	1.34
90555493--90555518	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
90561470--90561496	14	1.9	14	100	0	54	37	7	3	51	1.48
90564275--90564299	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
90567099--90567211	41	2.8	41	89	2	165	38	20	21	20	1.94
90567099--90567236	41	3.4	41	85	4	136	37	21	20	20	1.94
90567794--90567849	29	1.9	29	96	0	103	33	39	8	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90567971--90568059	37	2.4	36	74	5	88	43	22	1	32	1.61
90568022--90568058	14	2.5	15	95	4	67	43	24	2	29	1.68
90569142--90569193	19	2.7	20	84	6	70	26	38	1	32	1.68
90571685--90571734	23	2.2	23	96	0	91	36	14	16	34	1.88
90572292--90572449	9	16.6	9	72	11	118	46	20	0	32	1.55
90572303--90572416	39	2.9	39	97	0	210	45	20	0	34	1.51
90572339--90572447	57	1.9	57	86	0	155	45	22	0	31	1.58
90572292--90572449	48	3.3	47	78	3	163	46	20	0	32	1.55
90573634--90573903	137	2.0	137	96	0	504	31	24	18	25	1.97
90575690--90575773	26	3.2	26	94	0	150	36	23	4	34	1.76
90577338--90577446	41	2.6	41	85	4	130	41	22	18	18	1.91
90577628--90577718	7	12.4	7	71	9	56	26	1	26	46	1.60
90577629--90577713	21	3.9	21	77	11	98	27	1	27	44	1.62
90577636--90577729	46	2.0	46	97	0	179	28	2	26	42	1.67
90577756--90577853	7	14.0	7	73	8	65	20	0	40	38	1.53
90577779--90577846	21	3.2	22	76	15	72	20	0	42	36	1.52
90578595--90578652	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
90578596--90578653	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
90578598--90578653	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
90579966--90580004	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
90580500--90580540	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
90584393--90584798	209	1.9	209	97	0	776	36	10	16	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90584797--90584842	13	3.8	13	72	21	55	34	13	15	36	1.86
90584801--90584842	22	1.9	22	100	0	84	35	11	14	38	1.83
90589458--90589505	21	2.3	21	100	0	96	22	18	58	0	1.39
90589840--90589903	22	2.9	22	90	0	101	21	10	20	46	1.81
90589884--90590020	43	3.2	43	86	0	193	21	18	22	37	1.94
90590635--90590674	21	1.9	21	85	10	55	50	0	12	37	1.41
90592778--90592807	14	2.1	14	93	0	51	40	6	6	46	1.56
90592892--90592943	16	3.4	15	79	15	54	63	3	0	32	1.12
90592882--90592990	30	3.5	30	72	13	96	58	3	0	37	1.16
90598147--90598172	9	2.9	9	100	0	52	80	0	0	19	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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