genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83870380--83870442	33	2.0	31	84	6	81	33	3	3	60	1.28
83878614--83878882	46	5.6	49	83	10	301	35	13	22	28	1.92
83878614--83878882	98	2.7	98	91	0	439	35	13	22	28	1.92
83878846--83878954	37	3.0	37	87	2	168	35	15	23	24	1.94
83881921--83881981	30	2.0	30	96	0	113	22	11	14	50	1.75
83882153--83882398	120	2.0	120	100	0	492	32	14	12	41	1.83
83884243--83884274	16	2.0	16	100	0	64	31	12	18	37	1.88
83884489--83884580	48	1.9	48	90	0	148	38	20	9	31	1.85
83885991--83886028	18	2.2	18	85	4	51	57	5	2	34	1.35
83893686--83893752	20	3.4	22	78	19	76	49	5	0	44	1.27
83893703--83893752	19	2.5	20	84	12	68	52	6	0	42	1.26
83894170--83894224	22	2.4	22	78	9	56	40	1	1	56	1.21
83895017--83895113	45	2.1	46	88	1	142	24	5	8	61	1.44
83910306--83910456	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
83912701--83912742	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
83915382--83915574	47	4.0	48	80	8	187	24	17	28	30	1.97
83926581--83926652	35	2.0	37	86	10	105	37	0	5	56	1.22
83927111--83927165	26	2.1	26	86	0	74	21	0	16	61	1.34
83927206--83927248	21	2.0	23	90	9	72	39	0	4	55	1.20
83927206--83927256	20	2.5	21	81	12	61	39	0	5	54	1.24
83928509--83928552	23	2.0	22	86	13	63	43	11	6	38	1.67
83931922--83931995	35	2.1	35	92	0	121	27	14	5	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83936723--83936795	26	2.8	26	84	12	96	45	13	12	28	1.80
83938126--83938275	43	3.5	43	75	11	146	24	17	25	32	1.97
83943722--83944095	48	7.8	48	90	0	527	24	15	30	29	1.95
83948834--83949038	44	4.7	44	83	4	220	25	19	24	30	1.98
83948944--83949047	42	2.4	44	84	7	133	25	15	24	35	1.94
83950975--83951008	14	2.5	14	90	4	52	79	0	20	0	0.73
83952219--83952270	21	2.4	22	78	12	54	32	0	21	46	1.52
83952230--83952279	21	2.4	21	78	18	59	34	0	16	50	1.45
83952273--83952318	6	7.8	6	83	11	60	50	0	15	34	1.44
83953087--83953325	45	5.3	45	91	0	343	20	18	20	41	1.91
83953506--83953696	18	10.6	18	76	11	142	35	12	15	37	1.85
83953494--83953660	36	4.6	36	75	8	160	36	12	15	35	1.85
83953494--83953660	72	2.3	72	83	5	194	36	12	15	35	1.85
83961981--83962040	6	10.0	6	92	0	102	3	0	46	50	1.18
83968627--83968675	16	2.8	19	73	20	52	75	0	12	12	1.05
83968639--83968671	15	2.1	16	88	5	50	75	0	12	12	1.04
83970398--83970430	7	4.7	7	85	14	50	12	0	42	45	1.41
83970576--83970885	128	2.5	126	86	7	466	38	16	19	26	1.92
83971819--83971847	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
83982916--83982970	21	2.5	22	72	16	60	65	5	0	29	1.15
83987450--83987578	42	3.1	43	77	10	124	44	15	17	22	1.87
84005696--84005803	11	9.9	11	67	24	52	52	3	0	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84005712--84005803	37	2.4	36	80	8	96	52	4	1	42	1.28
84007268--84007302	12	2.9	12	100	0	70	17	14	0	68	1.21
84014228--84014280	22	2.4	21	72	9	52	32	16	0	50	1.46
84015344--84015445	18	5.4	18	71	11	78	12	23	24	39	1.90
84015344--84015431	39	2.3	39	96	2	160	12	25	23	38	1.90
84019223--84019257	3	11.7	3	93	0	61	34	28	0	37	1.58
84022312--84022379	9	6.9	10	73	20	54	58	1	0	39	1.07
84022305--84022388	40	2.1	39	84	6	107	52	1	1	45	1.16
84022310--84022386	20	3.9	19	73	10	66	57	1	1	40	1.15
84026038--84026071	6	5.7	6	96	0	50	35	20	0	44	1.52
84030785--84030891	43	2.5	43	84	3	135	26	17	21	34	1.96
84031191--84031223	17	2.0	17	88	5	50	24	9	15	51	1.72
84038520--84038642	43	2.9	43	86	4	151	22	17	26	33	1.96
84041886--84042035	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
84041910--84042093	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
84046322--84046471	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
84046346--84046528	67	2.8	64	77	8	192	30	16	30	22	1.96
84061984--84062010	6	4.5	6	100	0	54	29	18	0	51	1.46
84062361--84062410	26	1.9	26	91	0	82	34	18	8	40	1.79
84062387--84062720	27	12.3	27	76	3	208	39	19	8	31	1.83
84062958--84063080	41	3.0	41	86	0	165	21	21	28	27	1.99
84063227--84063286	22	2.7	22	85	10	70	20	21	25	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84065867--84065933	28	2.4	28	92	5	109	32	7	26	32	1.84
84083317--84083489	46	3.7	46	77	10	190	22	20	27	30	1.98
84083314--84083484	93	1.8	93	91	0	279	22	20	28	29	1.98
84089741--84089807	28	2.4	28	84	0	98	38	10	22	28	1.87
84089880--84090053	39	4.5	39	92	1	269	17	20	29	31	1.96
84094539--84094613	23	3.2	23	77	5	71	37	21	20	21	1.95
84098594--84098643	22	2.3	21	83	12	66	40	24	0	36	1.55
84100932--84101017	43	2.0	43	100	0	172	34	20	16	27	1.94
84103614--84104017	47	8.6	47	93	1	673	32	8	29	29	1.87
84104136--84104214	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
84125452--84125479	12	2.3	12	100	0	56	42	17	7	32	1.77
84133726--84133811	45	1.9	45	90	0	136	22	16	29	32	1.95
84135589--84135624	13	2.8	13	86	0	54	38	50	0	11	1.38
84140951--84141002	25	2.0	28	85	11	74	50	1	19	28	1.58
84141441--84141530	45	2.0	45	100	0	180	26	17	20	35	1.95
84143669--84143713	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
84154531--84154926	27	14.7	27	75	9	256	30	8	20	40	1.82
84154533--84154926	54	7.3	53	78	10	320	30	8	20	40	1.82
84154531--84154927	81	4.9	80	84	4	444	30	8	20	40	1.83
84154533--84154927	80	4.9	80	85	4	451	30	8	20	40	1.82
84156632--84156660	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
84162123--84162160	20	1.9	20	94	0	67	7	7	0	84	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84163949--84163992	22	2.0	22	100	0	88	31	18	18	31	1.95
84166440--84166478	20	1.9	21	89	5	62	35	15	0	48	1.45
84166660--84166802	43	3.4	42	76	9	139	29	27	17	25	1.97
84167452--84167510	26	2.4	25	80	5	66	54	15	1	28	1.51
84169035--84169080	23	2.0	22	83	4	56	43	2	4	50	1.34
84169091--84169328	5	48.0	5	65	21	60	34	4	1	59	1.25
84169099--84169338	12	19.8	12	64	23	76	34	4	1	60	1.24
84169091--84169338	17	14.0	17	68	22	95	34	4	1	60	1.24
84169091--84169336	14	17.9	14	67	25	84	34	4	1	59	1.24
84169276--84169338	31	2.0	31	93	0	108	38	0	0	61	0.96
84171551--84171697	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
84171597--84171777	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
84171594--84171777	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
84179358--84179504	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
84179404--84179584	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
84179401--84179584	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
84181995--84182093	42	2.4	42	94	0	171	29	15	25	30	1.95
84181995--84182116	42	2.9	40	85	9	163	28	14	26	30	1.95
84193262--84193354	5	18.2	5	75	16	61	74	2	4	19	1.09
84193282--84193332	6	9.0	6	82	8	54	78	1	3	15	0.99
84193262--84193354	17	5.7	16	75	14	84	74	2	4	19	1.09
84202527--84202784	40	6.5	40	90	4	355	24	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84209289--84209336	9	5.0	9	76	14	51	72	0	12	14	1.11
84210307--84210426	56	2.1	56	96	0	222	45	9	22	22	1.80
84211286--84211509	79	2.8	79	82	8	267	25	21	27	25	1.99
84211286--84211509	40	5.7	40	83	8	271	25	21	27	25	1.99
84211325--84211542	79	2.8	79	83	6	230	27	20	27	25	1.99
84213513--84213730	40	5.5	40	91	2	325	23	22	27	26	1.99
84216633--84216776	55	2.6	55	77	0	162	13	24	33	29	1.93
84224833--84224883	24	2.1	24	88	0	75	41	7	21	29	1.81
84224955--84225006	23	2.3	23	83	9	63	63	3	11	21	1.43
84236350--84236433	31	2.7	31	94	1	143	30	26	14	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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