genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83048930--83049031	50	2.0	50	92	3	170	19	13	13	52	1.73
83051153--83051203	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
83051059--83051280	103	2.2	103	92	3	367	31	31	18	18	1.95
83051608--83051671	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
83051615--83051671	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
83058518--83058564	24	2.0	23	88	8	69	29	34	23	12	1.92
83058529--83058709	69	2.6	69	83	10	201	30	30	17	20	1.96
83058684--83058735	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
83059136--83059198	29	2.2	29	81	13	76	30	26	6	36	1.81
83059143--83059198	29	1.9	30	85	7	80	30	23	7	39	1.81
83069475--83069542	19	3.6	19	72	9	59	66	0	4	29	1.11
83069464--83069546	26	3.3	27	75	15	65	65	0	3	31	1.10
83069486--83069546	27	2.3	27	82	5	70	63	0	3	32	1.10
83072944--83072977	16	2.1	16	88	0	50	41	2	20	35	1.68
83076799--83077127	164	2.0	163	91	0	532	34	18	17	29	1.94
83080511--83080551	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
83082933--83082995	30	2.1	29	94	2	108	58	9	3	28	1.45
83086483--83086528	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
83109485--83109636	75	2.0	75	96	0	277	46	13	11	28	1.79
83110821--83110851	15	2.1	15	100	0	62	45	0	6	48	1.28
83118263--83118444	40	4.6	40	93	2	233	23	21	28	26	1.99
83118262--83118473	80	2.7	80	82	5	241	24	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83126685--83126735	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
83126448--83126813	103	3.6	104	93	3	609	30	30	19	18	1.96
83127138--83127201	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
83127145--83127201	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
83130701--83130921	40	5.5	40	92	0	361	23	17	28	30	1.97
83136645--83136680	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
83136813--83137046	39	6.0	39	92	2	328	32	27	19	20	1.97
83145094--83145134	21	2.0	21	90	0	64	48	17	17	17	1.81
83145093--83145141	21	2.3	21	82	0	62	46	14	20	18	1.83
83151197--83151261	28	2.3	29	81	2	69	29	23	3	44	1.68
83166580--83166707	55	2.3	56	77	9	145	17	27	28	25	1.98
83181976--83182026	25	2.0	25	96	0	93	31	5	3	58	1.40
83181972--83182036	25	2.7	23	79	13	67	32	4	7	55	1.49
83183182--83183246	28	2.3	29	81	2	69	29	23	3	44	1.68
83186270--83186314	13	3.5	13	77	17	58	6	33	42	17	1.76
83186260--83186301	12	3.4	12	75	18	50	7	33	40	19	1.78
83186240--83186318	25	3.2	25	94	0	131	10	34	37	17	1.84
83186240--83186338	50	2.0	49	84	5	128	9	32	37	21	1.85
83189639--83189980	174	2.0	175	88	0	506	35	14	14	34	1.88
83193481--83193532	25	2.0	27	85	11	72	25	19	5	50	1.69
83193963--83193994	11	2.9	11	95	0	55	28	9	18	43	1.81
83200613--83200645	12	2.8	12	90	0	57	24	18	0	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83201504--83201639	63	2.1	64	82	2	157	46	6	21	25	1.75
83201615--83201640	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
83202811--83202855	18	2.5	17	75	10	54	55	2	2	40	1.24
83207441--83207484	23	2.0	23	87	12	67	47	29	2	20	1.62
83208836--83208869	13	2.6	13	90	0	50	2	17	38	41	1.65
83210445--83210490	22	2.0	22	84	12	58	43	2	0	54	1.12
83213133--83213203	37	1.9	37	91	0	115	40	22	12	23	1.88
83213174--83213238	22	3.0	22	76	0	76	33	23	18	24	1.96
83216708--83216846	47	3.2	46	72	19	116	41	0	2	56	1.11
83216768--83216861	30	2.9	30	82	14	107	42	0	1	56	1.06
83222248--83222317	33	2.1	33	97	0	131	58	4	10	27	1.49
83222508--83222555	24	2.0	24	84	8	62	58	4	6	31	1.42
83222632--83222679	23	2.1	23	84	0	60	64	2	2	31	1.16
83222648--83222740	40	2.3	42	76	12	104	65	2	3	29	1.20
83225980--83226255	3	92.7	3	69	15	137	26	5	4	63	1.35
83226749--83226783	15	2.3	15	90	0	52	20	2	8	68	1.29
83228494--83228641	43	3.4	43	84	3	199	28	16	27	28	1.97
83228492--83228684	86	2.2	86	84	2	235	29	15	25	30	1.95
83228576--83228684	43	2.5	43	79	5	121	30	16	22	30	1.96
83228712--83228777	31	2.1	31	88	0	96	50	22	7	19	1.73
83229030--83229081	21	2.5	21	83	0	68	1	44	23	30	1.64
83229489--83229517	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83234551--83234979	9	46.7	9	68	14	164	35	1	15	47	1.56
83234582--83234979	64	6.6	60	83	10	419	35	1	15	47	1.55
83234660--83234771	42	2.5	44	87	10	156	36	1	14	47	1.55
83234596--83234842	106	2.3	108	92	5	417	36	1	14	47	1.55
83234994--83235075	43	1.9	43	87	5	121	53	4	6	35	1.47
83235024--83235384	99	3.5	99	78	11	431	52	3	6	36	1.45
83239064--83239107	14	3.2	13	83	6	52	50	31	0	18	1.47
83239148--83239206	21	2.9	21	87	2	75	37	40	0	22	1.54
83239251--83239304	14	3.9	14	82	0	63	46	29	0	24	1.53
83239404--83239434	15	2.1	15	100	0	62	54	0	0	45	0.99
83239663--83239771	40	2.7	40	75	2	103	27	19	25	27	1.99
83239754--83240072	175	1.8	176	88	0	487	31	18	19	30	1.96
83242900--83242965	13	5.1	13	81	0	87	31	6	25	36	1.81
83243603--83243647	13	3.6	12	81	6	54	40	28	8	22	1.84
83252465--83252729	40	6.7	40	91	1	374	26	27	23	23	2.00
83260352--83260561	40	5.3	39	84	4	203	27	27	22	23	1.99
83260392--83260561	40	4.2	41	88	3	222	27	26	22	24	2.00
83263460--83263509	26	1.9	26	87	0	73	36	24	22	18	1.95
83283811--83283845	18	1.9	18	88	0	52	42	14	20	22	1.88
83286102--83286206	4	26.5	4	69	5	70	26	9	0	63	1.25
83286097--83286206	24	4.6	24	75	10	82	26	10	0	63	1.25
83286562--83286599	6	6.3	6	96	0	67	47	0	2	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83291211--83291471	47	5.5	47	92	1	423	32	8	30	29	1.86
83291211--83291471	96	2.8	94	92	2	423	32	8	30	29	1.86
83291590--83291668	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
83293103--83293154	22	2.4	22	90	0	77	32	32	25	9	1.88
83293406--83293457	27	1.9	27	88	0	77	30	13	19	36	1.90
83306029--83306074	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
83306036--83306080	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
83319481--83319531	19	2.7	19	93	0	84	25	9	27	37	1.87
83320460--83320764	134	2.3	133	82	2	337	36	17	17	28	1.93
83320680--83320860	95	1.9	96	83	3	240	34	16	19	29	1.94
83320460--83321507	44	22.8	46	73	10	512	34	16	18	29	1.94
83320566--83321507	229	4.1	227	78	7	772	34	16	19	29	1.94
83320460--83321445	139	7.2	133	73	10	485	34	17	18	29	1.94
83320818--83321509	95	7.5	95	78	8	633	34	16	19	30	1.94
83324362--83324476	53	2.2	51	78	9	124	30	10	0	59	1.31
83324539--83324568	14	2.1	15	93	6	53	26	6	0	66	1.16
83324551--83324601	23	2.3	23	79	3	59	21	9	0	68	1.18
83324806--83324870	17	4.3	15	68	24	55	40	1	3	55	1.25
83326838--83327089	42	6.0	42	93	1	432	30	21	27	21	1.98
83326838--83327089	85	3.0	84	94	1	432	30	21	27	21	1.98
83327162--83327237	32	2.6	29	81	8	82	59	17	6	17	1.58
83327459--83327520	21	3.0	21	85	0	88	3	51	16	29	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83327498--83327528	15	2.0	16	93	6	55	0	51	16	32	1.44
83327932--83327960	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
83328127--83328165	17	2.4	17	86	4	53	48	0	10	41	1.37
83333153--83333377	9	24.6	9	75	8	150	38	0	12	48	1.48
83333153--83333377	18	12.3	18	77	8	168	38	0	12	48	1.48
83333206--83333377	27	6.2	27	78	9	166	38	1	13	47	1.50
83333129--83333349	113	1.9	114	86	4	313	38	0	12	47	1.48
83333482--83333537	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
83333714--83333780	24	2.8	24	86	10	102	44	7	19	28	1.77
83338956--83338987	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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