genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86208988--86209243	41	6.3	41	90	1	399	20	24	20	34	1.96
86213036--86213080	20	2.3	20	84	3	56	46	13	0	40	1.43
86217968--86218007	21	1.9	21	84	0	53	50	12	0	37	1.41
86219626--86219688	7	8.9	7	77	16	58	34	1	1	61	1.15
86219628--86219676	15	3.2	16	86	13	68	36	0	0	63	0.95
86219619--86219688	19	3.8	18	78	14	72	32	1	1	64	1.11
86219721--86219788	20	3.1	20	71	24	57	29	1	4	64	1.21
86220129--86220188	17	3.4	18	73	15	54	26	1	3	68	1.15
86223425--86223508	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
86223429--86223522	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
86223713--86223799	21	4.0	23	75	13	85	14	21	26	36	1.93
86236261--86236320	14	3.9	16	85	14	67	33	1	1	63	1.14
86236259--86236313	19	2.9	19	78	7	60	32	1	0	65	1.03
86236695--86236732	19	2.0	20	84	5	51	31	5	0	63	1.17
86236691--86236756	28	2.4	27	73	12	62	31	6	0	62	1.20
86241574--86241653	38	2.1	38	86	4	108	22	20	27	30	1.98
86241625--86241757	43	3.1	43	92	2	216	14	23	33	29	1.94
86242087--86242213	45	2.9	44	78	10	127	24	21	28	25	1.99
86243277--86243336	30	2.0	30	90	0	93	26	1	11	60	1.41
86250676--86250789	45	2.5	44	88	4	165	42	11	21	24	1.86
86250673--86250803	45	2.9	45	86	2	129	40	12	21	25	1.88
86250876--86250988	27	4.2	27	78	4	111	35	15	26	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86250873--86250989	54	2.2	54	84	3	155	35	15	26	22	1.94
86250945--86251005	27	2.3	27	85	5	79	42	19	19	18	1.89
86252828--86252977	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
86252852--86253035	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
86261976--86262025	26	1.9	26	84	8	66	52	4	6	38	1.45
86264090--86264188	49	2.0	49	100	0	198	26	8	4	61	1.42
86272456--86272674	102	2.2	102	98	0	422	30	25	22	21	1.99
86272482--86272647	50	3.3	50	62	24	121	34	24	21	19	1.96
86272637--86272872	43	5.5	43	82	0	274	26	31	19	22	1.98
86272635--86272871	129	1.8	129	88	0	366	26	31	19	22	1.98
86273132--86273178	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
86277296--86277379	21	3.7	21	72	20	69	42	27	3	26	1.71
86277279--86277375	49	2.0	46	88	5	140	41	25	4	28	1.74
86277346--86277390	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
86278962--86279072	32	3.3	32	66	24	93	59	6	12	21	1.55
86278995--86279100	32	3.0	37	62	27	93	57	7	13	21	1.60
86278963--86279100	69	2.0	69	100	0	276	57	7	13	21	1.59
86279256--86279306	3	17.3	3	79	4	59	62	3	3	29	1.31
86279366--86279403	12	3.2	12	82	10	51	73	0	2	23	0.95
86280897--86281019	45	2.8	45	76	9	117	30	16	12	41	1.84
86280965--86281078	44	2.6	45	83	4	133	32	19	16	31	1.94
86282463--86282573	46	2.4	46	95	1	197	29	21	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86282450--86282719	37	6.6	45	85	10	207	28	21	14	36	1.92
86282535--86282681	37	4.0	37	94	0	251	27	19	12	39	1.89
86290139--86290249	46	2.4	46	95	1	197	29	21	17	31	1.96
86290126--86290395	37	6.6	45	85	10	207	28	21	14	36	1.92
86290211--86290357	37	4.0	37	94	0	251	27	19	12	39	1.89
86298679--86298719	19	2.2	19	90	0	64	29	4	21	43	1.73
86303591--86303647	3	19.3	3	81	3	71	63	3	3	29	1.28
86303735--86303788	27	1.9	29	85	7	76	53	3	16	25	1.59
86305312--86305361	24	2.1	24	96	0	91	50	16	16	18	1.79
86308237--86308267	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
86312345--86312380	18	1.9	19	94	5	65	55	0	0	44	0.99
86312347--86312380	8	3.8	9	85	14	52	55	0	0	44	0.99
86322987--86323043	28	2.0	28	93	0	96	28	19	12	40	1.87
86323753--86323820	33	2.1	33	100	0	136	39	23	11	25	1.88
86337502--86337539	12	3.2	12	96	3	69	50	0	0	50	1.00
86339047--86339088	20	2.2	19	87	12	59	38	0	4	57	1.20
86340645--86340757	45	2.5	45	83	0	145	23	17	15	42	1.88
86340735--86340778	6	7.2	6	79	5	52	20	20	13	45	1.85
86342338--86342519	91	2.0	92	88	5	271	25	23	12	39	1.89
86343898--86344183	43	6.7	43	72	11	219	24	16	24	33	1.96
86343898--86344181	129	2.2	129	97	0	532	24	16	25	33	1.96
86346402--86346987	311	1.9	310	81	5	711	33	15	13	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86350468--86350502	17	2.1	17	100	0	70	48	5	28	17	1.69
86352609--86352702	46	2.0	46	100	0	188	58	12	13	14	1.64
86359979--86360022	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
86360042--86360083	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
86360046--86360082	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
86360101--86360171	15	4.6	15	72	16	56	49	2	1	46	1.25
86372278--86372315	20	1.9	20	88	0	58	42	2	2	52	1.29
86376798--86376845	24	2.0	24	100	0	96	29	12	20	37	1.90
86385560--86385610	19	2.7	20	78	9	61	37	1	0	60	1.08
86391486--86391539	27	2.0	26	86	10	74	24	1	1	72	1.05
86392319--86392379	33	1.9	33	83	6	81	39	8	4	47	1.55
86392528--86392595	8	7.9	8	79	12	64	73	1	0	25	0.92
86392526--86392595	36	1.9	37	88	2	106	72	1	0	25	0.92
86392512--86392595	18	4.6	18	76	18	61	71	2	0	26	0.98
86392507--86392599	28	3.3	27	76	14	73	73	2	1	23	1.01
86392787--86392826	19	2.1	19	90	0	62	37	7	0	55	1.29
86393200--86393304	39	2.7	40	83	5	117	34	8	1	55	1.42
86393202--86393306	20	5.4	19	66	10	68	33	8	1	56	1.41
86395921--86395960	18	2.4	16	84	15	55	65	7	0	27	1.20
86396668--86396719	27	2.0	26	85	11	70	25	19	11	44	1.84
86397300--86397332	17	1.9	17	88	11	50	36	0	0	63	0.95
86398706--86398759	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86399558--86399595	5	7.6	5	100	0	76	81	0	0	18	0.69
86402393--86402541	24	6.1	24	71	12	74	60	2	7	29	1.38
86402622--86402653	15	2.1	15	94	0	55	71	0	0	28	0.86
86403270--86403316	16	2.9	16	78	15	60	80	4	0	14	0.85
86403270--86403320	6	8.2	6	77	14	50	80	3	0	15	0.86
86408435--86408475	22	1.9	21	90	5	64	51	0	43	4	1.23
86411357--86411542	43	4.3	43	82	4	214	30	29	17	22	1.97
86412899--86412950	23	2.4	22	81	12	54	44	25	3	26	1.71
86414048--86414100	22	2.4	22	96	0	97	35	30	15	18	1.92
86415901--86415934	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
86416110--86416168	21	2.8	20	80	12	66	45	33	0	20	1.51
86416336--86416387	14	3.6	14	76	2	50	55	26	0	17	1.42
86416356--86416395	20	1.9	21	85	10	55	57	20	0	22	1.41
86416343--86416473	28	4.6	28	70	9	77	51	22	0	25	1.54
86416434--86416473	21	1.9	21	84	0	53	47	22	0	30	1.52
86416930--86416971	7	5.9	7	91	2	66	45	40	0	14	1.45
86418846--86418946	39	2.6	39	88	0	148	39	22	25	11	1.88
86420331--86420477	40	3.7	40	84	0	177	26	21	19	31	1.97
86421883--86421974	42	2.2	43	82	9	109	36	7	8	46	1.63
86428061--86428123	30	2.1	30	93	0	108	26	4	22	46	1.72
86428961--86428995	13	2.8	13	91	4	54	0	8	2	88	0.61
86430350--86430375	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86446043--86446084	14	3.2	14	87	9	54	59	14	7	19	1.57
86447865--86447889	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
86449618--86449659	20	2.0	22	86	13	61	28	0	7	64	1.20
86449778--86449809	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
86450115--86450227	56	2.0	56	100	0	226	38	7	19	33	1.81
86472007--86472061	15	3.4	15	78	14	56	34	0	1	63	1.05
86477711--86477804	44	2.1	44	84	4	116	36	25	4	34	1.76
86477786--86477822	16	2.3	16	90	0	56	29	27	2	40	1.70
86478542--86478583	21	2.0	21	81	9	50	19	26	0	54	1.44
86479406--86479524	40	3.0	39	86	9	136	36	16	9	37	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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