genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37537553--37537617	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
37544716--37544754	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
37545192--37545279	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
37545387--37545444	28	2.1	28	90	0	89	32	8	27	31	1.87
37545932--37545975	21	2.0	23	86	8	65	29	34	13	22	1.93
37549310--37549482	46	3.8	45	77	13	190	21	20	28	28	1.98
37549305--37549475	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
37556893--37557065	46	3.8	45	74	15	165	21	19	28	30	1.97
37564751--37564798	25	1.9	25	87	8	71	58	18	4	18	1.55
37567649--37567771	62	2.0	63	98	1	239	33	17	7	42	1.76
37567650--37567749	30	3.2	30	69	17	96	32	18	8	42	1.79
37580888--37581063	46	3.8	46	76	12	189	21	21	27	28	1.99
37580885--37581055	93	1.8	93	92	0	288	21	22	28	28	1.99
37588523--37588616	29	3.3	29	82	2	120	24	13	31	29	1.94
37590538--37591159	47	13.3	47	94	0	1059	27	29	8	34	1.87
37590660--37590735	22	3.3	22	64	10	62	25	31	11	31	1.91
37590683--37590760	25	3.2	25	63	17	65	30	30	5	33	1.79
37590542--37591159	140	4.4	141	95	0	1087	27	29	8	34	1.87
37600615--37600651	16	2.3	16	90	0	56	56	16	13	13	1.67
37611010--37611066	25	2.3	24	82	11	71	29	26	22	21	1.99
37611060--37611116	25	2.3	25	100	0	114	31	15	26	26	1.96
37614139--37614295	27	5.8	27	86	0	179	31	21	7	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37614193--37614413	54	4.1	53	79	6	160	36	20	9	34	1.84
37614109--37614306	81	2.4	81	76	0	198	34	22	7	35	1.82
37614261--37614414	27	5.8	27	84	3	195	39	20	10	29	1.85
37614396--37614779	27	14.3	27	86	0	491	33	20	22	24	1.97
37614261--37614492	54	4.3	52	79	9	168	37	21	15	26	1.92
37614288--37614780	81	6.1	81	81	4	281	34	19	19	25	1.96
37615206--37615270	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
37615429--37615530	27	3.8	27	85	7	127	18	22	21	37	1.94
37615667--37615808	6	22.8	6	65	19	51	21	16	11	49	1.78
37615667--37615808	31	4.5	31	84	0	158	21	16	11	49	1.78
37615667--37615806	62	2.2	62	84	3	174	22	16	12	49	1.78
37615752--37615814	12	5.2	12	77	11	65	23	20	9	46	1.80
37619257--37619348	20	4.3	20	79	12	85	45	16	18	19	1.85
37619267--37619346	22	3.6	22	80	9	92	47	16	17	18	1.83
37622511--37622568	30	1.9	30	100	0	116	48	12	6	32	1.67
37633437--37633638	107	1.9	107	97	0	386	42	24	6	25	1.79
37642261--37642483	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
37642341--37642518	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
37647245--37647275	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
37647242--37647281	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
37650099--37650254	27	5.7	27	81	6	156	26	16	28	28	1.97
37650099--37650254	81	1.9	82	84	6	210	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37650098--37650251	55	2.9	52	82	7	175	26	16	27	28	1.97
37650091--37650275	27	6.8	26	74	10	97	25	16	28	29	1.97
37650091--37650275	82	2.3	81	77	4	203	25	16	28	29	1.97
37662758--37662913	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
37662757--37662910	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
37662758--37662913	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
37662750--37662934	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
37662750--37662934	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
37672618--37672648	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
37672615--37672654	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
37684619--37684835	94	2.3	94	83	6	262	26	17	30	24	1.97
37684619--37684835	47	4.6	47	75	8	185	26	17	30	24	1.97
37695766--37695985	40	5.6	39	82	7	250	22	22	29	25	1.99
37695771--37695985	79	2.7	78	86	4	272	22	22	29	25	1.99
37704252--37704472	40	5.6	40	82	10	249	22	22	28	26	1.99
37704256--37704472	80	2.7	78	86	4	285	22	22	29	25	1.99
37707577--37707650	36	2.1	36	100	0	148	29	21	22	25	1.99
37707613--37707785	47	3.7	46	74	15	140	26	19	30	24	1.98
37707650--37707780	47	2.8	48	80	12	146	25	17	32	24	1.97
37708512--37708588	24	3.0	24	71	20	75	46	2	12	37	1.56
37728910--37728965	13	4.7	13	75	18	59	46	3	0	50	1.19
37728910--37728979	35	2.0	35	100	0	140	45	2	0	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37730018--37730081	31	2.1	31	100	0	128	29	6	18	45	1.74
37733619--37733843	79	2.8	80	81	11	255	26	22	26	24	2.00
37733619--37733843	40	5.7	40	86	5	262	26	22	26	24	2.00
37733619--37733843	119	1.9	120	81	9	282	26	22	26	24	2.00
37733675--37733876	79	2.6	79	82	9	200	28	20	26	24	1.99
37740290--37740462	27	6.6	27	82	10	171	28	28	15	27	1.96
37740290--37740462	53	3.3	51	80	12	174	28	28	15	27	1.96
37748110--37748260	55	2.8	54	86	1	194	29	29	15	25	1.96
37748110--37748260	27	5.6	27	87	1	194	29	29	15	25	1.96
37752436--37752660	79	2.8	80	81	11	255	26	22	26	24	2.00
37752436--37752660	40	5.7	40	86	5	262	26	22	26	24	2.00
37752436--37752660	119	1.9	120	81	9	282	26	22	26	24	2.00
37752443--37752693	79	3.2	78	79	12	235	27	21	26	24	1.99
37756873--37757135	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
37764814--37765076	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
37772265--37772470	39	5.3	38	87	3	277	30	28	20	20	1.98
37772253--37772519	117	2.3	118	79	5	306	28	27	20	23	1.99
37772484--37772594	39	2.8	39	91	0	177	27	24	19	28	1.99
37774799--37774838	19	2.2	18	86	4	53	20	22	40	17	1.92
37774904--37774965	28	2.2	29	85	2	81	25	14	32	27	1.95
37777813--37777845	14	2.4	14	94	0	57	30	3	0	66	1.06
37778460--37778494	17	2.1	17	89	10	54	31	20	0	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37781437--37781561	29	4.3	29	85	1	171	24	15	31	28	1.95
37784707--37784930	40	5.7	40	85	8	273	24	22	27	25	2.00
37784707--37784930	79	2.8	79	86	8	294	24	22	27	25	2.00
37784707--37784963	79	3.3	79	82	9	233	25	21	27	24	1.99
37786337--37786397	30	2.1	29	93	3	104	27	13	22	36	1.92
37787949--37788016	29	2.4	28	76	11	66	44	7	0	48	1.30
37791162--37791252	29	3.2	28	84	7	112	26	16	29	27	1.97
37792367--37792410	18	2.4	18	100	0	88	38	11	18	31	1.86
37803059--37803144	28	3.0	27	83	8	91	26	17	29	26	1.98
37809036--37809259	40	5.7	40	86	7	273	24	22	27	25	2.00
37809036--37809259	79	2.8	80	85	8	287	24	22	27	25	2.00
37809036--37809292	79	3.3	79	82	9	224	25	22	27	24	2.00
37810666--37810726	30	2.1	29	93	3	104	27	13	22	36	1.92
37811761--37811828	29	2.4	28	76	11	66	44	7	0	48	1.30
37814974--37815064	29	3.2	28	84	7	112	26	16	29	27	1.97
37824056--37824180	29	4.3	29	88	1	180	25	16	29	28	1.96
37826295--37826333	18	2.2	17	86	9	51	35	2	0	61	1.10
37837456--37837482	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
37845794--37845977	67	2.8	64	75	13	180	23	30	16	29	1.96
37854335--37854621	48	5.9	48	78	2	279	29	17	25	27	1.97
37856358--37856431	38	1.9	38	86	0	103	29	16	8	45	1.76
37858579--37858611	16	2.0	17	94	5	59	24	27	12	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37860925--37861021	39	2.5	39	81	5	108	25	29	24	19	1.98
37860958--37861109	78	1.9	78	82	5	191	26	29	21	22	1.99
37860992--37861116	39	3.2	39	91	1	198	27	29	20	22	1.99
37867527--37867639	39	2.9	39	91	0	181	28	29	20	22	1.98
37869368--37869408	22	1.9	22	95	5	75	21	29	39	9	1.86
37872159--37872343	79	2.3	80	81	7	207	24	23	27	24	2.00
37872159--37872343	40	4.7	40	82	6	207	24	23	27	24	2.00
37872212--37872376	79	2.1	79	80	6	183	26	21	27	24	2.00
37880460--37880756	99	3.0	99	92	0	504	33	23	15	27	1.95
37883871--37884073	27	7.6	27	83	7	225	31	27	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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