genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66072546--66072955	148	2.8	144	93	4	712	31	26	5	36	1.80
66072546--66072955	196	2.1	196	98	0	784	31	26	5	36	1.80
66072934--66072976	21	2.0	21	100	0	86	32	25	4	37	1.77
66085990--66086172	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
66085991--66086174	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
66086043--66086207	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
66093515--66093739	49	4.5	50	84	2	292	26	19	26	28	1.99
66093514--66093739	101	2.3	98	86	2	308	26	19	26	27	1.99
66095488--66095576	39	2.2	40	84	4	117	37	20	13	29	1.91
66100665--66100689	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
66109223--66109394	46	3.7	46	72	17	158	29	28	18	23	1.98
66111753--66111824	32	2.3	32	90	2	110	38	12	22	26	1.89
66113254--66113294	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
66115544--66115858	94	3.4	93	78	6	323	26	20	30	23	1.98
66115544--66115899	47	7.6	46	72	12	190	26	20	30	23	1.98
66115682--66115899	49	4.6	48	75	14	168	25	20	30	23	1.99
66117456--66117605	42	3.5	42	86	0	192	30	24	14	30	1.95
66117547--66117670	65	1.9	65	90	3	196	28	23	16	31	1.96
66117816--66117979	42	3.9	42	86	4	213	28	21	15	33	1.95
66117816--66117979	85	1.9	84	86	1	229	28	21	15	33	1.95
66121654--66121744	42	2.2	42	82	4	103	28	12	24	35	1.91
66121668--66121820	42	3.7	40	77	6	126	30	15	24	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66121866--66121930	32	2.0	32	100	0	130	33	9	21	35	1.85
66128242--66128402	42	3.8	42	81	1	196	30	24	14	29	1.95
66128344--66128467	65	1.9	65	88	0	185	28	24	16	30	1.97
66128409--66128514	42	2.5	42	85	0	140	27	22	16	33	1.96
66128293--66128509	107	2.0	107	93	0	371	28	24	16	30	1.97
66132377--66132416	20	2.0	20	85	5	53	37	27	2	32	1.70
66140213--66140421	46	4.5	46	86	1	276	20	24	16	39	1.92
66142586--66142665	27	3.0	27	70	18	76	55	3	1	40	1.26
66142583--66142638	24	2.3	24	81	3	67	57	1	1	39	1.20
66147243--66147418	46	3.8	44	76	10	174	22	20	27	28	1.99
66147239--66147410	93	1.8	93	89	0	272	22	20	28	27	1.99
66153043--66153085	22	1.9	23	95	4	79	39	6	13	39	1.72
66153051--66153097	22	2.1	22	84	0	58	40	8	17	34	1.79
66155463--66155502	15	2.6	16	84	15	57	40	0	0	60	0.97
66155463--66155501	14	2.5	15	88	12	53	41	0	0	58	0.98
66156106--66156151	19	2.4	19	85	10	67	58	8	0	32	1.28
66157599--66157624	10	2.6	10	100	0	52	0	15	0	84	0.62
66161239--66161289	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
66161162--66161528	102	3.6	104	93	3	611	19	20	30	29	1.97
66168346--66168393	24	1.9	25	91	8	80	8	27	33	31	1.86
66168552--66168604	27	2.0	26	92	3	88	13	22	33	30	1.92
66168268--66168636	104	3.6	103	92	4	600	18	20	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66181105--66181319	107	2.0	107	92	3	362	19	18	30	32	1.95
66188351--66188401	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
66188452--66188504	26	2.0	26	96	0	97	15	22	33	28	1.94
66188167--66188536	105	3.6	104	94	2	602	18	20	30	30	1.96
66196713--66196797	30	2.8	30	87	3	109	20	27	30	22	1.98
66197144--66197210	33	2.0	33	94	0	116	53	16	4	25	1.61
66197149--66197204	16	3.5	16	75	15	62	53	17	5	23	1.64
66201169--66201217	24	2.0	24	96	0	89	24	16	22	36	1.94
66203831--66203874	23	1.9	23	81	9	54	38	11	6	43	1.67
66213782--66213838	24	2.4	24	90	0	96	28	17	12	42	1.85
66213797--66213839	13	3.5	13	84	15	65	30	13	13	41	1.84
66213789--66213833	11	3.9	11	86	11	63	26	20	15	37	1.92
66217111--66217152	18	2.3	18	91	0	66	30	4	21	42	1.73
66217119--66217154	18	2.0	18	100	0	72	27	0	22	50	1.50
66218610--66218738	46	2.8	46	91	2	206	31	29	20	19	1.97
66237250--66237304	19	2.8	20	75	13	60	60	1	3	34	1.25
66237330--66237378	15	3.5	15	83	8	59	46	2	0	51	1.12
66248101--66248199	42	2.3	42	79	5	110	31	22	19	27	1.98
66248165--66248249	44	1.9	44	80	4	100	34	21	21	23	1.97
66252521--66252597	13	5.9	13	75	13	70	44	12	0	42	1.43
66252527--66252608	27	3.1	27	80	5	87	41	15	0	42	1.47
66257838--66257868	13	2.4	13	100	0	62	41	16	6	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66264273--66264308	19	1.9	18	88	5	54	25	0	13	61	1.33
66266299--66266364	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
66266316--66266376	19	3.1	19	95	4	104	36	16	9	37	1.82
66269938--66270037	19	5.3	19	91	7	159	37	15	10	38	1.80
66269929--66270037	36	2.8	37	87	9	148	38	14	10	36	1.80
66270366--66280289	220	45.4	220	87	4	13274	28	21	17	32	1.96
66270875--66271035	89	1.8	87	86	7	236	27	22	16	32	1.96
66271536--66271696	89	1.8	87	81	5	198	27	22	18	31	1.97
66278200--66278282	43	1.9	43	85	2	112	24	22	18	34	1.96
66278273--66278432	88	1.8	87	82	6	207	27	20	19	32	1.97
66278637--66278719	43	1.9	43	82	7	105	24	22	19	33	1.97
66369267--66374760	222	24.9	218	75	15	3748	27	21	17	33	1.96
66369267--66374760	440	12.5	443	73	16	2696	27	21	17	33	1.96
66374761--66379282	219	20.2	216	69	21	1089	27	22	17	33	1.96
66374778--66376913	223	9.6	214	74	16	1124	27	22	17	32	1.96
66390177--66395527	220	24.3	220	80	9	5519	28	22	17	32	1.96
66394933--66395093	89	1.8	86	82	7	207	26	22	18	32	1.97
66395416--66395616	89	2.3	89	86	0	267	27	21	17	33	1.96
66395198--66395842	309	2.1	310	87	1	918	28	22	16	32	1.96
66394973--66396056	529	2.0	529	89	2	1658	27	22	17	32	1.96
66395503--66398262	220	12.5	220	88	0	3863	28	21	17	32	1.96
66394754--66396220	749	2.0	749	89	1	2258	27	21	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66396929--66397011	43	1.9	43	82	2	103	28	27	13	30	1.94
66398102--66398345	89	2.8	89	85	3	316	29	20	17	32	1.96
66398411--66398571	89	1.8	89	82	5	211	27	23	17	31	1.97
66398231--66414317	220	73.1	220	83	5	14920	28	21	17	32	1.96
66397442--66399011	749	2.1	749	88	1	2310	28	21	17	32	1.96
66399658--66399740	43	1.9	43	82	2	103	28	27	13	30	1.94
66400391--66400550	88	1.8	87	84	6	216	27	21	18	32	1.97
66401830--66401989	88	1.8	88	85	6	227	26	21	18	32	1.97
66403705--66403865	89	1.8	89	84	5	220	27	21	18	32	1.96
66404364--66404524	89	1.8	87	86	5	234	26	23	17	32	1.97
66405464--66405623	87	1.8	87	85	6	225	26	24	18	30	1.98
66405601--66405692	43	2.1	46	85	6	127	25	25	16	33	1.96
66406123--66406283	89	1.8	89	85	5	229	27	23	16	32	1.96
66407221--66407381	89	1.8	88	85	5	227	26	24	18	30	1.98
66407363--66407450	44	2.0	44	86	2	124	25	25	17	32	1.96
66409871--66410146	136	2.0	136	90	0	426	27	21	18	33	1.96
66409871--66410066	47	4.3	47	66	18	124	27	21	18	33	1.96
66411659--66412019	177	2.0	177	87	1	517	29	23	16	30	1.96
66412933--66413093	89	1.8	87	82	5	207	28	21	17	32	1.96
66413812--66413972	89	1.8	89	84	5	220	28	21	18	31	1.97
66413679--66414871	561	2.1	567	85	4	1593	28	21	16	33	1.95
66413899--66414664	341	2.2	347	84	3	963	28	20	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66414252--66416608	220	10.8	220	88	1	3341	28	22	16	32	1.96
66415473--66415633	89	1.8	87	85	7	227	27	24	18	29	1.98
66415620--66415702	43	1.9	43	82	2	103	26	27	15	30	1.96
66418648--66418996	40	8.8	40	93	0	547	26	28	21	23	1.99
66419049--66419160	38	2.9	38	93	2	181	24	26	18	30	1.98
66421572--66421992	47	8.8	47	92	2	655	29	29	8	32	1.86
66421572--66421992	96	4.4	96	91	3	658	29	29	8	32	1.86
66423342--66423519	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
66423342--66423519	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
66423363--66423518	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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