genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18017298--18017511	94	2.3	94	80	0	239	21	27	18	32	1.97
18017298--18017509	48	4.5	48	76	7	148	21	27	18	32	1.96
18021619--18021670	20	2.5	21	75	18	54	32	3	5	57	1.40
18028319--18028378	27	2.2	27	85	11	79	36	0	3	60	1.14
18032618--18032656	21	1.9	21	89	5	62	20	28	17	33	1.96
18044560--18044789	40	5.8	40	92	1	336	24	28	21	25	1.99
18049446--18049515	28	2.5	27	81	11	79	48	7	1	42	1.39
18049988--18050146	74	2.1	74	97	2	300	35	20	11	33	1.88
18055049--18055096	17	2.8	17	84	9	62	54	14	0	31	1.41
18058224--18058307	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
18058890--18058931	22	1.9	22	85	9	59	66	11	7	14	1.43
18062405--18062430	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18065712--18065922	112	1.9	116	82	6	270	52	12	4	30	1.58
18066082--18066130	14	3.3	15	82	8	64	75	6	0	18	1.00
18066080--18066149	30	2.2	30	80	14	79	71	5	4	18	1.23
18066398--18066464	29	2.2	29	84	12	82	59	0	5	34	1.22
18066398--18066529	34	4.1	32	78	18	123	62	0	3	32	1.18
18066413--18066485	29	2.5	28	78	12	76	63	0	4	32	1.14
18066452--18066528	23	3.2	23	77	17	68	66	1	1	31	1.08
18066398--18066512	12	10.4	11	72	18	87	62	0	4	32	1.21
18066560--18066612	25	2.2	24	86	10	72	69	0	0	30	0.88
18069551--18069660	26	4.2	26	94	2	168	37	22	5	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18071155--18071251	44	2.2	45	83	5	117	26	27	14	30	1.95
18071238--18071656	45	9.3	44	65	15	214	27	25	14	32	1.95
18071191--18071685	90	5.5	90	88	0	740	27	26	14	31	1.95
18082763--18082802	14	2.9	14	88	0	53	47	7	32	12	1.69
18084632--18084842	112	1.9	116	82	6	270	52	12	4	30	1.58
18085004--18085052	14	3.3	15	82	8	64	75	6	0	18	1.00
18085316--18085468	12	13.4	12	75	18	98	62	1	3	32	1.19
18085313--18085467	20	8.1	19	70	16	81	63	1	3	31	1.18
18085433--18085467	17	2.0	18	88	5	54	68	2	0	28	1.04
18085455--18085492	19	1.9	19	89	5	58	47	2	2	47	1.30
18089609--18089645	17	2.2	17	95	0	65	27	29	10	32	1.90
18090643--18090674	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
18091101--18091157	29	2.0	29	96	0	105	5	31	8	54	1.53
18091318--18091350	14	2.5	13	90	9	50	63	18	0	18	1.31
18093074--18093113	20	2.0	20	95	4	73	40	0	0	60	0.97
18093082--18093122	20	2.1	20	86	4	57	43	0	0	56	0.99
18093113--18093149	19	2.0	19	94	5	67	37	0	10	51	1.37
18093119--18093179	19	3.2	19	84	11	72	39	0	8	52	1.31
18094845--18095016	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
18094838--18095013	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
18102420--18102591	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
18102413--18102588	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18104855--18104897	19	2.3	19	100	0	86	23	0	37	39	1.55
18107122--18107146	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
18123972--18124290	118	2.7	118	83	5	364	29	30	16	23	1.96
18125066--18125177	42	2.6	42	85	1	143	26	11	31	30	1.92
18125281--18125356	5	14.4	5	74	15	64	76	0	3	19	0.94
18125280--18125333	27	2.0	27	85	7	74	75	0	1	22	0.89
18140764--18140852	20	4.7	20	80	5	96	62	2	6	28	1.32
18140759--18140904	3	47.3	3	78	10	125	60	4	6	28	1.39
18142388--18143002	44	14.0	44	76	5	422	27	21	19	30	1.98
18149501--18149765	46	5.7	47	78	10	240	23	30	19	26	1.98
18160831--18160936	3	35.0	3	75	12	92	63	1	6	28	1.30
18160939--18160966	3	9.3	3	100	0	56	35	32	0	32	1.58
18161977--18162025	24	2.0	24	100	0	98	44	0	12	42	1.41
18162374--18162430	27	2.1	27	83	0	69	63	5	0	31	1.17
18163839--18163878	14	2.7	15	88	7	64	25	2	0	72	0.97
18165791--18165820	8	3.8	8	95	0	51	13	10	0	76	1.01
18179754--18179890	24	5.5	24	76	13	111	61	6	2	29	1.36
18179754--18179867	24	4.6	26	83	6	114	63	4	3	28	1.30
18179754--18180022	26	10.4	25	71	16	151	61	4	4	29	1.35
18180065--18180145	25	3.2	25	81	10	101	71	2	1	24	1.05
18180065--18180145	26	3.2	25	82	8	92	71	2	1	24	1.05
18186872--18186913	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18186978--18187024	22	2.2	21	82	10	60	55	2	2	40	1.24
18194289--18194337	25	2.0	23	81	14	55	24	20	24	30	1.98
18194318--18194386	24	2.9	23	77	10	77	34	17	23	24	1.96
18203065--18203266	42	4.6	42	74	11	147	28	15	23	32	1.95
18206233--18206348	42	2.8	42	81	5	137	31	16	22	30	1.96
18208831--18208901	34	2.1	34	94	0	124	30	8	23	36	1.85
18211403--18211435	16	2.1	16	94	0	57	39	15	18	27	1.90
18214526--18214658	42	3.1	41	76	12	117	28	18	24	28	1.98
18218895--18218951	23	2.4	24	88	2	80	38	21	19	21	1.93
18218895--18218961	24	2.9	22	77	6	62	35	19	20	23	1.95
18219447--18219504	29	2.0	29	93	0	98	31	27	13	27	1.94
18225319--18225378	27	2.1	27	87	6	84	60	6	0	33	1.23
18225987--18226052	28	2.4	28	89	2	98	18	43	18	19	1.88
18233938--18233972	17	2.1	17	100	0	70	40	11	0	48	1.39
18242473--18242504	16	1.9	17	93	6	57	40	3	0	56	1.15
18248826--18248883	28	2.1	28	100	0	116	37	17	0	44	1.49
18249052--18249155	48	2.2	48	89	1	156	36	6	1	54	1.38
18249110--18249162	15	3.1	17	76	23	58	37	0	1	60	1.08
18251438--18251559	22	5.4	22	75	8	111	29	13	24	32	1.93
18251449--18251568	46	2.7	43	80	6	141	27	11	25	35	1.91
18253461--18253491	14	2.2	14	94	0	53	48	0	3	48	1.17
18264909--18265018	38	2.8	38	83	2	139	20	20	24	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18269278--18269433	42	3.7	41	80	9	161	30	24	16	28	1.96
18270728--18270803	22	3.5	21	85	8	100	14	25	34	26	1.94
18273829--18273945	42	2.8	42	81	0	126	27	23	16	32	1.96
18280007--18280121	50	2.2	52	82	8	155	33	14	13	39	1.85
18280386--18280515	69	1.9	69	95	0	233	29	17	15	37	1.91
18282359--18282390	16	1.9	17	93	6	57	65	0	21	12	1.25
18282356--18282397	17	2.5	17	84	7	59	64	0	26	9	1.24
18282478--18282517	15	2.5	16	84	12	55	52	0	32	15	1.43
18284455--18284645	96	2.0	96	83	6	244	15	33	15	36	1.89
18291056--18291132	31	2.5	30	78	2	91	22	28	35	14	1.93
18291182--18291215	18	1.9	18	88	5	52	14	29	44	11	1.81
18293816--18293855	20	2.0	20	85	9	55	37	20	27	15	1.92
18296361--18296408	9	5.2	9	80	14	53	27	0	2	70	0.98
18296361--18296396	17	2.1	17	94	0	63	22	0	2	75	0.94
18296363--18296396	8	4.1	8	88	7	50	20	0	2	76	0.92
18301388--18301456	31	2.2	31	92	0	111	40	31	4	23	1.74
18312563--18312633	34	2.1	34	83	0	88	35	30	5	28	1.80
18318184--18318369	41	4.6	40	87	4	248	23	24	27	24	2.00
18318186--18318339	81	1.9	82	89	4	240	22	24	27	25	2.00
18323330--18323386	24	2.2	24	78	9	60	68	12	5	14	1.37
18331688--18331840	47	3.2	47	85	4	200	23	13	28	34	1.92
18331783--18331905	53	2.2	55	81	7	142	21	12	30	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18348378--18348645	47	5.7	46	71	15	169	27	19	29	23	1.98
18348383--18348645	140	1.9	141	82	8	340	28	19	28	23	1.98
18357510--18357552	15	2.9	15	92	0	68	16	13	13	55	1.69
18365760--18366025	47	5.7	48	78	8	239	28	18	28	24	1.98
18365760--18366025	140	1.9	141	83	5	351	28	18	28	24	1.98
18368820--18369141	161	2.0	161	93	0	545	33	24	10	31	1.89
18372617--18372842	114	2.0	114	91	0	371	20	23	35	20	1.96
18374117--18374165	25	2.0	25	83	0	62	34	12	18	34	1.88
18377204--18377362	43	3.7	42	75	12	137	25	18	25	30	1.98
18377245--18377367	42	2.9	42	78	4	131	26	17	24	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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