genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38634840--38635011	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
38634833--38635008	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
38644251--38644285	17	2.1	17	89	5	54	31	8	2	57	1.44
38647497--38647538	14	3.0	14	86	13	52	71	2	11	14	1.24
38647505--38647543	20	1.9	21	84	5	53	74	0	15	10	1.07
38647558--38647606	24	2.0	25	84	4	64	69	4	26	0	1.06
38650124--38650162	7	5.9	7	88	8	55	48	0	38	12	1.42
38653405--38653476	37	1.9	37	88	0	108	27	34	13	23	1.93
38653674--38653748	22	3.3	22	63	7	60	28	30	10	30	1.90
38653601--38653915	93	3.4	94	94	2	548	29	30	7	32	1.86
38653601--38653915	47	6.8	47	95	2	548	29	30	7	32	1.86
38658436--38658479	18	2.5	17	78	10	52	40	15	11	31	1.83
38660327--38660372	22	2.1	22	83	0	56	4	15	2	78	1.01
38660322--38660372	17	3.1	16	78	10	50	5	15	1	76	1.07
38660380--38660409	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
38661923--38661963	11	3.9	11	84	6	50	34	0	2	63	1.08
38661922--38661959	16	2.4	16	91	8	60	34	0	2	63	1.09
38663483--38663562	25	3.3	25	86	5	94	18	23	18	38	1.93
38663506--38663563	22	2.5	23	88	8	82	17	22	18	41	1.90
38663565--38663590	10	2.6	10	100	0	52	42	7	19	30	1.79
38664829--38664869	7	5.9	7	94	0	73	46	0	39	14	1.45
38678762--38678792	10	3.1	10	100	0	62	48	19	9	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38681571--38682058	95	5.2	95	87	6	649	51	8	9	30	1.65
38681576--38682071	185	2.7	179	83	8	641	51	8	9	30	1.65
38682389--38682440	17	3.1	17	91	0	86	38	9	1	50	1.46
38686279--38686461	40	4.6	40	82	6	187	24	20	27	28	1.99
38686313--38686498	79	2.4	79	79	8	191	26	19	26	27	1.99
38686359--38686508	40	3.8	39	81	7	126	25	21	28	25	1.99
38694123--38694306	40	4.7	38	78	9	165	24	19	27	28	1.99
38694191--38694352	39	4.1	39	81	7	139	26	19	27	26	1.99
38694176--38694342	79	2.1	79	81	4	185	25	19	27	27	1.99
38704344--38704377	18	1.9	18	88	5	52	23	5	20	50	1.70
38705587--38705634	19	2.5	18	81	18	53	66	2	4	27	1.21
38705837--38705894	26	2.2	26	81	6	64	56	5	3	34	1.38
38705945--38705983	14	2.8	14	80	0	51	46	7	0	46	1.31
38707342--38707387	23	2.0	23	82	4	56	19	4	8	67	1.35
38719564--38719623	30	2.0	30	96	0	111	20	18	11	50	1.77
38722847--38723110	47	5.7	45	75	10	192	28	19	28	23	1.98
38722889--38723109	47	4.7	48	79	8	197	29	19	28	23	1.98
38722847--38723110	140	1.9	141	84	3	363	28	19	28	23	1.98
38742377--38742424	21	2.2	23	85	7	64	39	0	0	60	0.97
38743570--38743608	11	3.6	11	82	6	53	2	20	0	76	0.90
38746013--38746049	3	12.3	3	94	0	65	32	2	0	64	1.07
38745995--38746095	12	7.9	12	71	17	55	26	4	0	67	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38746171--38746230	15	4.0	14	79	14	57	18	5	3	73	1.16
38746171--38746216	15	3.1	15	84	9	58	15	6	2	76	1.09
38747106--38747146	21	1.9	23	85	14	61	12	24	12	51	1.73
38749937--38750159	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
38752741--38752784	12	3.7	11	80	14	52	29	0	50	20	1.49
38754116--38754180	27	2.4	27	89	0	94	36	12	13	36	1.83
38754134--38754271	27	5.1	27	73	6	75	37	19	15	27	1.92
38754172--38754288	27	4.3	26	78	8	103	41	18	17	22	1.91
38754172--38754288	54	2.2	54	81	3	137	41	18	17	22	1.91
38754323--38754368	23	2.0	23	84	16	60	23	13	19	43	1.86
38755548--38755603	30	1.9	28	85	7	76	17	21	42	17	1.89
38759264--38759293	15	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
38762453--38762656	43	4.7	43	80	7	216	24	13	19	42	1.87
38762452--38762682	86	2.7	85	80	5	234	22	14	19	42	1.88
38762431--38762682	43	5.9	44	76	8	207	22	15	19	42	1.88
38771483--38771710	46	5.0	46	88	3	316	20	24	14	40	1.90
38781623--38781727	44	2.4	45	82	9	119	34	22	15	27	1.94
38781694--38781814	40	3.0	41	74	10	115	31	24	17	26	1.97
38788341--38788430	43	2.1	43	93	0	153	23	21	31	24	1.98
38788341--38788468	43	3.0	43	88	0	148	25	18	30	25	1.98
38804468--38804563	43	2.2	44	81	9	126	37	18	20	22	1.94
38804488--38804586	43	2.3	43	81	10	105	41	19	17	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38804626--38804726	42	2.4	43	80	8	127	38	18	15	26	1.91
38811212--38811246	18	1.9	18	88	0	52	14	42	25	17	1.86
38816681--38817027	132	2.6	128	82	5	388	26	19	19	34	1.95
38819880--38819915	16	2.1	18	90	10	58	16	25	47	11	1.79
38826300--38826582	96	2.9	95	92	1	440	26	27	17	28	1.97
38826302--38826584	48	5.9	48	77	4	293	27	27	16	28	1.97
38828963--38828995	12	2.8	12	95	0	57	45	9	21	24	1.80
38829893--38829934	8	5.4	8	80	5	50	19	9	0	71	1.13
38829885--38829952	31	2.2	32	82	12	79	22	7	0	70	1.11
38837585--38837618	10	3.3	10	87	4	50	41	0	5	52	1.25
38843408--38843564	43	3.7	42	69	12	115	31	23	21	23	1.99
38849866--38849948	38	2.2	39	88	2	123	21	46	20	10	1.81
38858760--38858916	43	3.7	42	78	10	149	33	24	17	24	1.96
38858802--38858910	44	2.5	44	84	7	134	33	26	18	22	1.97
38866913--38867045	40	3.3	39	84	10	162	30	26	19	24	1.98
38866913--38867091	80	2.2	81	81	5	195	29	25	20	25	1.99
38874849--38875034	40	4.7	40	88	5	252	26	27	22	24	2.00
38877301--38877463	43	3.8	43	75	8	145	33	23	16	26	1.96
38877309--38877484	43	4.1	42	72	15	137	32	23	16	27	1.96
38879903--38880182	96	2.9	96	86	0	382	27	24	17	30	1.97
38879905--38880184	48	5.9	48	73	2	204	28	24	17	30	1.97
38902157--38902328	93	1.8	93	91	2	283	27	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38902149--38902324	46	3.8	46	77	12	189	28	27	21	22	1.99
38917100--38917165	34	1.9	34	90	0	105	30	24	19	25	1.98
38917107--38917194	34	2.6	33	80	8	88	28	23	22	25	1.99
38921514--38921540	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
38921633--38921686	17	3.2	17	84	10	83	44	11	16	27	1.82
38926587--38926640	21	2.6	21	96	0	99	14	35	31	18	1.91
38927975--38928088	39	2.9	39	94	0	192	26	29	21	22	1.99
38927931--38928085	78	2.0	78	81	7	181	27	29	21	22	1.99
38932097--38932146	25	2.0	25	88	0	73	34	24	16	26	1.95
38932192--38932249	20	2.9	20	92	0	98	34	12	18	34	1.88
38932298--38932428	24	5.5	24	90	1	210	32	22	19	25	1.98
38940358--38940413	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
38940347--38940413	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
38940462--38940630	24	7.0	24	88	4	225	30	23	20	26	1.99
38940463--38940630	72	2.3	72	89	3	248	30	22	20	26	1.98
38946776--38946889	39	2.9	39	90	0	174	27	28	21	23	1.99
38948947--38949008	27	2.3	27	94	0	106	64	12	17	4	1.44
38951424--38951459	18	2.0	18	88	0	54	27	13	30	27	1.94
38953957--38954077	22	5.4	22	71	9	84	24	19	21	34	1.96
38953979--38954083	23	4.7	22	76	13	97	23	19	20	36	1.95
38953924--38954083	45	3.5	45	78	5	153	24	18	22	35	1.96
38953943--38954076	68	2.0	68	83	5	173	23	17	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38953993--38954105	23	4.8	23	76	11	97	23	22	21	32	1.98
38955191--38955336	67	2.2	67	88	0	220	23	21	24	30	1.99
38963107--38963231	23	5.5	22	80	9	128	24	18	20	36	1.95
38963074--38963231	45	3.5	45	80	5	158	25	18	20	36	1.95
38969138--38969173	19	1.9	19	94	5	65	41	16	0	41	1.48
38969581--38969612	13	2.5	13	94	0	55	3	18	0	78	0.89
38970654--38970712	29	2.0	29	93	0	100	37	35	6	20	1.79
38973211--38973310	51	2.0	51	80	4	112	33	29	16	22	1.95
38975963--38976024	20	3.1	20	81	9	72	9	24	20	45	1.81
38979329--38979904	47	12.1	47	91	2	909	31	9	29	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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