genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2845346--2845391	16	3.1	15	82	14	60	41	0	0	58	0.98
2849519--2849547	15	2.0	15	93	6	51	55	6	0	37	1.27
2850159--2850194	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
2850931--2851019	44	2.0	44	84	4	117	35	26	19	17	1.94
2851802--2851835	14	2.5	14	90	4	52	0	32	0	67	0.91
2851890--2851936	21	2.2	21	88	0	67	40	0	0	59	0.97
2851894--2851939	16	3.1	15	82	14	60	41	0	0	58	0.98
2855033--2855125	41	2.3	41	92	1	152	32	21	17	29	1.96
2856117--2856174	19	3.1	19	80	7	64	44	5	5	44	1.48
2857996--2858128	50	2.6	51	87	1	205	29	24	15	31	1.95
2858708--2858748	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
2858674--2858747	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
2862901--2863332	224	1.9	222	84	8	581	32	21	16	29	1.95
2863972--2864049	41	1.9	41	84	5	104	28	14	14	43	1.83
2864181--2864276	8	11.9	8	81	12	90	19	0	0	80	0.72
2864183--2864293	7	15.4	7	80	10	109	18	0	1	79	0.82
2864185--2864274	29	3.1	28	87	4	126	20	0	0	80	0.72
2864798--2864848	15	3.5	15	72	5	50	47	25	3	23	1.69
2864971--2865043	37	2.0	37	88	0	110	21	0	27	50	1.49
2865085--2865307	41	5.5	41	90	2	351	19	24	24	31	1.98
2872868--2873020	44	3.3	43	82	13	189	30	22	15	32	1.95
2872868--2873034	51	3.4	50	85	7	213	29	22	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2882407--2882453	19	2.4	20	89	3	69	23	14	17	44	1.85
2882534--2882573	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2882529--2882573	20	2.4	18	85	7	54	46	2	0	51	1.13
2883534--2883586	24	2.2	24	100	0	106	33	43	0	22	1.54
2885432--2885492	16	4.0	16	75	10	56	39	6	1	52	1.37
2885430--2885488	30	1.9	31	89	3	93	40	8	1	49	1.43
2885578--2885667	31	2.9	30	74	11	83	50	6	3	40	1.45
2894050--2894225	90	2.0	90	93	0	298	35	16	13	34	1.88
2897621--2897698	15	5.2	15	67	11	61	44	7	21	25	1.79
2897617--2897698	30	2.7	30	94	0	137	46	7	21	24	1.77
2903404--2903652	50	4.8	50	84	4	275	20	29	23	26	1.99
2903403--2903652	100	2.4	104	87	6	348	21	29	23	26	1.99
2903747--2903778	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
2903990--2904047	30	1.9	30	85	0	80	31	22	3	43	1.70
2905050--2905173	30	4.1	30	92	1	194	43	5	24	26	1.76
2905102--2905151	15	3.3	15	72	10	57	46	8	20	26	1.78
2906181--2906256	31	2.4	33	78	13	86	46	5	3	44	1.44
2906210--2906275	31	2.2	30	81	5	71	51	7	1	39	1.40
2914657--2914715	31	1.9	30	83	13	75	37	15	25	22	1.93
2919294--2919359	31	2.2	31	86	2	89	21	6	13	59	1.56
2921710--2921911	100	2.0	101	98	0	388	52	12	6	28	1.64
2922605--2922649	23	2.0	23	86	0	63	6	8	13	71	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2922873--2922907	13	2.6	14	86	4	54	74	0	0	25	0.82
2926433--2926509	39	2.0	39	100	0	154	53	18	10	18	1.72
2934325--2934440	43	2.7	42	85	6	153	31	6	18	43	1.76
2941958--2941997	15	2.7	15	88	0	53	27	30	37	5	1.78
2952252--2952319	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
2954742--2954829	46	1.9	46	97	0	167	36	13	27	22	1.92
2954804--2954835	16	2.0	16	100	0	64	43	12	25	18	1.85
2954758--2954891	62	2.2	62	93	0	223	37	14	26	22	1.92
2954820--2954985	46	3.6	46	91	1	244	39	15	24	21	1.91
2954742--2954937	108	1.8	108	95	0	356	36	13	25	23	1.92
2955870--2956383	261	2.0	261	98	0	992	29	15	23	31	1.95
2957826--2957854	10	2.7	11	94	5	51	17	0	0	82	0.66
2960533--2960618	43	2.0	43	93	0	145	52	2	24	20	1.58
2960591--2960641	19	2.7	18	85	8	75	52	0	23	23	1.47
2961123--2961169	24	2.0	24	83	8	60	21	0	23	55	1.44
2964103--2964193	44	2.1	44	89	0	137	30	13	9	46	1.75
2965195--2965476	98	2.9	98	89	2	433	47	14	13	25	1.80
2965329--2965496	49	3.4	48	67	18	121	45	12	13	29	1.80
2966547--2966579	15	2.1	16	88	5	50	48	3	0	48	1.17
2968530--2968704	60	2.8	62	83	5	230	12	28	13	45	1.80
2968525--2968704	62	3.0	61	85	4	238	12	28	13	45	1.81
2971631--2971738	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2978000--2978484	3	163.3	3	68	10	203	60	2	8	29	1.37
2978447--2978484	14	2.6	14	91	4	58	68	0	2	28	1.03
2978422--2978475	17	2.9	19	82	17	69	61	3	5	29	1.36
2986553--2986589	11	3.3	11	85	7	56	37	0	10	51	1.37
2986544--2986589	23	2.0	23	100	0	92	39	0	13	47	1.42
2986544--2986582	12	3.3	12	85	7	62	41	0	12	46	1.42
2991600--2991640	18	2.3	18	83	8	57	73	0	2	24	0.96
2991803--2991866	27	2.4	26	89	7	94	40	3	6	50	1.43
2991893--2991919	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2992945--2993296	182	1.9	187	94	5	633	36	13	15	34	1.87
2995613--2995662	20	2.5	20	77	6	57	34	0	4	62	1.14
2996428--2996490	29	2.2	29	88	0	90	44	9	20	25	1.82
3001899--3001939	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
3020191--3020234	17	2.6	17	92	0	70	13	29	29	27	1.94
3021133--3021197	15	4.4	16	66	25	52	21	24	0	53	1.46
3021118--3021199	43	1.9	43	92	0	137	24	24	0	51	1.49
3025030--3025069	20	2.0	20	95	0	71	37	5	32	25	1.77
3027224--3027257	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
3027914--3027950	17	2.1	18	90	5	58	59	0	8	32	1.27
3029842--3030277	83	5.2	83	95	0	728	27	19	19	33	1.96
3030119--3030521	202	2.0	202	92	0	662	29	20	18	32	1.96
3035072--3035111	19	2.1	19	100	0	80	35	25	10	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3041936--3041969	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
3042634--3042670	17	2.1	18	90	5	58	59	0	8	32	1.27
3042882--3042941	26	2.4	25	78	13	70	60	3	10	26	1.45
3065672--3065725	26	2.1	26	85	0	72	37	12	1	48	1.53
3066966--3066995	15	1.9	16	93	6	53	26	0	0	73	0.84
3072098--3072138	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
3086654--3086714	26	2.4	25	76	13	61	36	26	1	36	1.66
3092483--3092551	18	3.9	17	80	3	75	33	13	21	31	1.92
3092484--3092554	36	2.0	36	88	5	108	33	15	19	30	1.93
3104078--3104117	20	2.0	21	90	5	64	40	10	0	50	1.36
3104070--3104117	20	2.2	21	85	10	62	37	10	2	50	1.49
3105389--3105479	29	3.1	29	76	9	85	39	3	9	47	1.53
3105574--3105634	31	2.0	30	81	9	70	49	8	18	24	1.74
3110164--3110222	23	2.6	23	79	15	61	44	15	5	35	1.68
3115250--3115306	21	2.7	21	75	0	60	38	24	22	14	1.91
3115994--3116055	28	2.1	28	91	5	97	50	6	1	41	1.38
3121739--3121770	14	2.3	14	100	0	64	28	15	9	46	1.77
3123263--3123785	126	4.1	127	86	2	689	27	16	17	37	1.92
3123817--3123850	7	5.0	7	89	7	52	44	38	0	17	1.49
3123871--3123933	34	1.9	32	90	6	99	46	17	0	36	1.49
3123980--3124061	41	2.0	41	92	0	137	45	28	0	26	1.54
3123985--3124070	41	2.1	41	89	4	129	47	25	0	26	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3124345--3124406	30	2.0	31	81	9	74	41	1	4	51	1.33
3124602--3124647	16	2.7	18	83	12	53	21	0	10	67	1.21
3124595--3124646	22	2.5	20	81	9	59	25	0	7	67	1.17
3129273--3129313	21	2.0	21	85	9	57	0	14	39	46	1.45
3129262--3129320	30	2.0	30	89	0	91	1	15	38	44	1.56
3130953--3130982	6	5.2	6	92	8	53	83	0	0	16	0.65
3131508--3131564	26	2.1	26	87	6	78	47	0	1	50	1.11
3131605--3131666	30	2.1	30	87	0	88	58	12	1	27	1.44
3131697--3131739	22	2.0	22	81	9	52	60	11	9	18	1.57
3138159--3138435	46	6.0	46	90	1	369	40	14	24	21	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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