genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.303.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98744104--98744143	16	2.6	15	85	14	55	32	0	5	62	1.17
98744161--98744221	31	2.0	31	83	6	79	44	3	1	50	1.28
98746653--98746921	103	2.6	103	98	0	520	44	14	17	22	1.85
98750666--98750713	22	2.1	24	88	7	73	37	0	0	62	0.95
98752722--98752747	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
98757524--98757617	49	1.9	49	85	8	129	19	12	26	41	1.87
98760041--98760134	49	1.9	49	85	8	129	19	12	26	41	1.87
98761823--98761847	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
98761881--98761995	58	2.0	59	81	8	137	66	0	6	26	1.14
98761920--98761965	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
98761876--98761953	29	2.6	31	72	13	74	66	0	5	28	1.12
98761885--98762042	52	3.2	49	76	13	142	65	0	5	28	1.18
98761920--98762040	18	7.1	16	71	19	70	66	0	4	27	1.17
98763184--98763227	16	2.7	17	89	6	65	36	0	9	54	1.32
98763219--98763252	17	2.1	17	88	5	52	41	2	8	47	1.50
98763205--98763255	22	2.3	21	75	15	50	37	1	9	50	1.47
98763539--98763593	25	2.3	25	77	20	64	43	1	18	36	1.61
98763960--98764000	22	1.9	21	85	5	55	70	4	19	4	1.24
98766862--98766900	14	2.8	14	81	11	53	46	2	12	38	1.56
98782708--98782971	45	5.9	45	92	0	411	25	19	15	39	1.92
98783085--98783116	16	2.0	16	100	0	64	50	25	12	12	1.75
98786753--98786956	104	1.9	104	82	5	250	33	10	16	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98792355--98792379	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
98794379--98794447	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
98794434--98794464	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
98794779--98794811	14	2.4	14	85	15	50	72	15	12	0	1.12
98798776--98798926	52	2.9	51	80	8	169	30	28	15	25	1.96
98800575--98800621	24	1.9	25	83	12	62	31	2	4	61	1.27
98803565--98803610	23	2.0	23	100	0	92	43	4	13	39	1.63
98804277--98804421	37	4.0	37	90	3	224	25	22	15	36	1.94
98804277--98804421	73	2.0	72	90	1	227	25	22	15	36	1.94
98804385--98804607	52	4.6	46	85	7	257	29	22	13	34	1.92
98804474--98804507	7	4.7	7	88	3	50	26	26	2	44	1.69
98804384--98804607	98	2.3	98	80	9	253	29	23	13	34	1.93
98807606--98807800	49	4.0	49	93	0	309	31	29	14	24	1.95
98809053--98809198	37	4.0	37	92	1	233	25	21	16	36	1.94
98809162--98809429	52	5.6	46	87	6	349	29	22	14	34	1.93
98809251--98809284	7	4.7	7	88	3	50	26	26	2	44	1.69
98809258--98809429	45	3.7	46	83	12	215	29	22	13	34	1.93
98827399--98827455	30	1.9	29	85	3	78	33	3	0	63	1.12
98827422--98827460	21	1.9	21	94	5	71	38	0	0	61	0.96
98829454--98829494	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
98833245--98833302	28	2.1	28	100	0	116	36	10	13	39	1.79
98837457--98837501	22	2.0	22	91	0	72	35	2	2	60	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98838541--98838585	20	2.1	22	84	8	58	55	0	4	40	1.20
98838522--98838585	29	2.2	29	80	5	67	54	1	3	40	1.25
98840581--98840640	31	1.9	32	82	3	77	56	8	5	30	1.50
98841178--98841219	15	2.8	15	78	7	50	52	0	0	47	1.00
98860057--98860099	17	2.6	16	85	10	59	53	0	0	46	1.00
98865688--98865721	17	2.1	17	88	5	52	58	2	0	38	1.13
98866361--98866469	43	2.5	43	93	0	191	37	11	2	48	1.53
98866523--98866633	41	2.6	45	81	9	124	28	15	0	54	1.47
98868164--98868206	22	2.0	22	90	9	70	48	9	2	39	1.48
98880068--98880095	13	2.2	13	100	0	56	17	14	35	32	1.90
98891291--98891337	23	2.0	23	100	0	94	19	38	0	42	1.51
98900035--98900093	31	1.9	31	85	0	82	37	1	10	50	1.46
98900561--98900608	17	2.6	17	87	9	60	18	4	6	70	1.25
98904285--98904324	20	2.0	20	100	0	80	20	5	10	65	1.42
98908003--98908032	14	2.1	14	93	0	51	33	13	10	43	1.77
98909105--98909307	91	2.2	89	82	5	237	28	6	11	53	1.63
98909081--98909324	91	2.7	88	75	10	215	29	6	11	52	1.62
98926855--98927004	21	7.1	21	75	8	108	18	18	14	48	1.82
98926861--98927006	42	3.5	42	78	3	159	19	19	14	46	1.84
98929643--98929682	19	2.0	21	85	9	57	42	5	0	52	1.23
98941047--98941093	15	3.2	15	75	6	60	34	0	4	61	1.15
98941047--98941091	14	3.1	14	77	3	54	33	0	4	62	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98948652--98948683	16	1.9	17	93	6	57	37	0	0	62	0.95
98963053--98963109	29	2.0	29	86	3	80	47	8	0	43	1.34
98973757--98974166	132	3.1	130	75	7	380	35	15	18	30	1.92
98977067--98977120	25	2.2	25	83	6	65	44	1	3	50	1.30
98982392--98982416	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
98990003--98990052	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
98994631--98994680	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
98998348--98998390	21	2.0	23	86	9	63	62	4	9	23	1.44
99007377--99007431	24	2.3	25	78	12	62	38	0	7	54	1.28
99012544--99013476	340	2.7	342	84	5	1190	27	22	18	31	1.97
99026216--99026254	21	1.9	20	94	5	69	33	7	30	28	1.85
99036502--99036535	16	2.0	18	88	11	54	14	0	8	76	1.01
99036611--99036674	29	2.1	31	86	11	89	25	7	0	67	1.17
99038897--99038953	24	2.4	24	88	5	80	12	40	21	26	1.88
99039058--99039119	21	2.8	22	74	16	56	16	29	16	38	1.90
99039058--99039156	45	2.2	45	82	7	112	14	25	20	40	1.89
99044784--99044949	83	2.0	83	95	0	296	50	15	4	30	1.63
99045002--99045117	40	3.2	40	60	31	94	50	5	3	41	1.42
99044985--99045127	70	2.0	70	100	0	286	47	5	2	44	1.41
99045115--99045159	22	2.0	22	91	0	72	51	2	11	35	1.50
99049384--99049436	26	2.0	26	100	0	106	35	18	15	30	1.92
99052836--99053062	50	4.5	50	92	0	364	35	15	22	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99053042--99053100	31	1.9	31	100	0	118	28	20	25	25	1.99
99053055--99053146	46	2.0	46	89	0	139	26	22	23	27	2.00
99069246--99069302	30	1.9	30	100	0	114	57	3	10	28	1.48
99074970--99075013	3	14.3	3	90	9	63	70	0	29	0	0.88
99076396--99076440	19	2.5	18	83	16	58	60	0	6	33	1.23
99076856--99076916	30	2.1	30	82	8	74	39	1	0	59	1.08
99085112--99085150	21	1.9	20	85	15	53	41	20	33	5	1.74
99088853--99088904	25	2.1	25	81	0	59	28	9	9	51	1.66
99088861--99088904	20	2.2	20	83	0	52	31	11	9	47	1.71
99092540--99092847	126	2.4	125	80	1	337	26	14	19	38	1.90
99094310--99094377	16	4.2	16	92	0	118	27	0	36	35	1.58
99094605--99094745	17	8.6	17	65	21	61	52	0	1	45	1.14
99094643--99094691	24	2.1	22	85	14	64	55	0	2	42	1.11
99094662--99094717	15	4.0	15	73	17	57	55	0	0	44	0.99
99094672--99094734	26	2.5	25	82	10	83	58	1	0	39	1.07
99098081--99098175	37	2.6	37	81	0	100	21	6	12	60	1.54
99102463--99102487	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
99104991--99105050	24	2.5	24	72	8	59	41	1	0	56	1.09
99111193--99111434	108	2.2	108	84	1	315	17	18	19	44	1.87
99111532--99111610	36	2.2	35	82	8	97	11	17	25	45	1.82
99113570--99113630	29	2.1	29	100	0	122	37	18	4	39	1.72
99118556--99118624	25	2.8	24	76	8	66	34	0	2	62	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99127850--99128118	130	2.0	132	97	2	479	35	17	12	34	1.88
99131172--99131213	17	2.5	17	80	11	50	33	0	11	54	1.37
99131512--99131555	18	2.3	19	85	14	56	59	2	6	31	1.36
99134456--99134495	19	2.1	19	85	0	53	62	0	0	37	0.95
99134652--99134685	18	1.9	18	88	5	52	58	0	0	41	0.98
99134812--99134855	22	2.0	22	82	4	54	27	2	4	65	1.23
99134843--99134890	22	2.2	22	85	7	62	27	2	4	66	1.21
99154190--99154224	18	1.9	18	94	0	61	25	17	20	37	1.94
99155055--99155254	41	4.9	41	86	3	260	31	21	24	23	1.99
99155662--99155709	14	3.4	14	80	5	60	25	2	25	47	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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