genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82325507--82325574	20	3.5	19	78	9	75	63	1	8	26	1.32
82325524--82325583	18	3.2	18	71	17	50	65	1	6	26	1.27
82327403--82327444	21	2.0	21	82	13	52	23	0	28	47	1.52
82327651--82327696	24	1.9	24	81	0	56	28	13	17	41	1.86
82328510--82328575	26	2.5	28	71	14	68	37	1	7	53	1.39
82342472--82342531	21	3.0	21	82	4	79	40	15	26	18	1.90
82349564--82349661	42	2.3	42	85	3	126	54	3	2	40	1.28
82349638--82349674	17	2.2	16	95	4	65	54	5	0	40	1.24
82355995--82356079	15	5.7	15	72	5	55	54	16	17	11	1.71
82361613--82361824	52	4.3	47	84	5	183	30	28	15	25	1.96
82361627--82361808	52	3.6	51	83	6	221	28	28	17	25	1.98
82367328--82367377	15	3.5	15	82	15	61	42	10	24	24	1.85
82378524--82378580	22	2.5	23	75	13	55	43	1	3	50	1.29
82381081--82381117	15	2.3	17	86	9	51	37	0	10	51	1.37
82389126--82389166	21	1.9	22	90	5	66	58	31	2	7	1.38
82392323--82392356	18	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
82394285--82394328	22	2.0	21	83	12	54	59	4	2	34	1.30
82394514--82394566	27	2.0	25	82	7	61	60	1	1	35	1.19
82394539--82394583	16	2.8	16	82	3	63	68	0	4	26	1.08
82397207--82397264	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
82400394--82400432	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
82414584--82414638	21	2.6	21	79	0	65	23	34	29	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82419042--82419117	2	38.0	2	100	0	152	0	0	50	50	1.00
82422439--82422476	19	2.0	20	85	10	53	57	2	0	39	1.12
82422686--82422744	30	1.9	31	86	3	84	27	18	1	52	1.55
82426059--82426092	17	2.1	17	88	5	52	32	5	14	47	1.69
82426751--82426844	48	2.0	48	85	8	129	41	27	11	19	1.86
82429289--82429382	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
82432150--82432268	48	2.5	48	83	0	148	21	7	39	31	1.81
82432408--82432456	23	2.1	23	82	17	57	28	4	2	65	1.22
82440518--82440557	21	2.0	20	90	5	62	45	17	0	37	1.49
82446549--82446629	42	1.9	42	84	0	108	34	22	13	29	1.92
82464113--82464161	24	2.0	24	100	0	98	46	4	16	32	1.65
82464364--82464402	19	2.1	19	100	0	78	30	33	5	30	1.79
82466200--82466273	38	1.9	38	88	0	112	40	2	0	56	1.13
82471060--82471098	19	2.1	19	90	9	62	35	17	2	43	1.63
82471724--82471749	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
82473445--82473520	30	2.5	30	93	0	134	32	21	17	28	1.95
82475551--82475726	46	3.8	46	76	4	156	22	21	27	28	1.99
82475547--82475719	93	1.9	93	87	0	256	23	21	28	27	1.99
82484198--82484224	9	3.0	9	100	0	54	88	0	0	11	0.50
82484784--82484815	16	2.0	16	100	0	64	43	18	18	18	1.88
82486380--82486424	22	2.1	21	84	12	56	22	2	2	73	1.05
82490784--82490832	6	8.7	6	88	8	68	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82491522--82491556	17	2.1	17	88	0	52	54	0	0	45	0.99
82503734--82503895	41	3.9	41	74	12	152	23	22	27	27	1.99
82507685--82508253	284	2.0	284	94	0	996	32	21	14	31	1.93
82511391--82511478	18	4.9	18	72	10	65	61	2	0	36	1.09
82511928--82511970	22	2.0	21	90	4	68	27	2	6	62	1.33
82512092--82512169	9	8.1	9	78	10	75	33	2	3	60	1.28
82512093--82512169	10	7.9	10	76	9	70	32	2	3	61	1.28
82512093--82512173	30	2.8	29	83	12	103	30	2	4	61	1.30
82512092--82512167	19	3.9	19	78	11	75	31	2	3	61	1.28
82526972--82527010	6	6.5	6	90	0	60	20	0	61	17	1.34
82548195--82548236	22	1.9	22	85	0	57	52	0	0	47	1.00
82548262--82548298	16	2.3	17	81	13	51	56	0	0	43	0.99
82548331--82548387	15	3.5	15	71	17	51	49	1	3	45	1.29
82549636--82549672	19	1.9	19	89	10	58	48	13	5	32	1.65
82556422--82556459	20	1.9	20	88	0	58	26	13	31	28	1.93
82577034--82577159	46	2.7	46	95	0	216	20	19	29	30	1.97
82579549--82579574	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
82579719--82579774	28	2.0	27	82	3	67	41	1	12	44	1.53
82581100--82581127	13	2.2	13	100	0	56	21	14	25	39	1.91
82584196--82584768	48	12.0	48	81	2	562	26	18	29	25	1.98
82588704--82588760	30	2.0	30	82	6	73	49	0	5	45	1.24
82589623--82589688	29	2.3	30	76	12	75	68	7	10	13	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82590943--82591005	19	3.3	19	84	6	65	55	6	0	38	1.25
82590943--82590996	20	2.8	19	86	5	65	57	5	0	37	1.22
82590959--82591011	19	2.8	19	86	8	65	50	5	0	43	1.25
82590971--82591038	35	2.0	34	82	5	84	48	4	0	47	1.22
82595091--82595741	131	5.0	131	83	2	641	27	19	17	35	1.94
82595091--82595741	261	2.5	261	78	5	704	27	19	17	35	1.94
82597256--82597305	23	2.3	21	86	10	73	32	2	4	62	1.25
82604274--82604574	131	2.3	126	78	9	302	36	15	18	28	1.93
82604378--82604632	128	2.0	130	88	4	383	34	15	19	30	1.93
82608024--82608408	132	2.9	132	88	1	540	27	24	19	27	1.99
82619983--82620319	128	2.6	125	80	8	356	35	17	18	27	1.94
82619865--82620355	131	3.8	128	79	6	413	34	18	18	28	1.95
82623283--82623349	26	2.6	26	95	0	116	10	5	34	49	1.62
82632266--82632321	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
82632373--82632437	14	4.6	14	74	11	53	33	3	0	63	1.10
82632752--82632879	15	8.1	15	66	22	57	29	5	0	64	1.22
82632755--82632804	13	3.8	13	77	17	50	28	4	0	68	1.08
82634139--82634171	14	2.4	14	90	10	50	45	36	3	15	1.61
82634142--82634194	23	2.3	23	80	6	63	47	33	5	13	1.66
82639916--82639948	15	2.1	16	88	5	50	42	3	0	54	1.15
82642096--82642345	106	2.4	106	87	1	367	39	28	10	21	1.87
82644375--82644459	27	3.2	26	76	6	91	57	1	8	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82645354--82645394	19	2.0	21	86	9	59	73	4	7	14	1.22
82658981--82659159	58	3.1	58	93	0	295	24	19	13	41	1.88
82672473--82672513	22	1.9	22	85	5	57	19	4	4	70	1.24
82675184--82675240	21	2.7	21	83	0	78	40	24	17	17	1.91
82675688--82675720	11	2.8	12	90	9	59	33	9	0	57	1.30
82675688--82675731	12	3.8	11	90	6	61	31	11	0	56	1.35
82676151--82676205	27	2.0	27	82	0	65	5	14	10	69	1.35
82676164--82676198	16	2.2	16	90	10	54	2	8	11	77	1.10
82676249--82676287	15	2.6	15	95	0	69	48	7	0	43	1.31
82677752--82677814	25	2.5	25	77	10	74	31	20	22	25	1.98
82679258--82679292	18	1.9	18	88	11	54	40	2	0	57	1.14
82683374--82683402	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
82684383--82684420	16	2.4	16	100	0	76	50	0	15	34	1.45
82684539--82684671	45	3.0	44	76	9	112	24	17	25	33	1.96
82697433--82697503	30	2.4	31	82	15	80	39	4	4	52	1.41
82702153--82702187	17	2.1	17	94	0	61	31	14	5	48	1.67
82710115--82710160	23	2.0	23	82	0	56	32	23	28	15	1.95
82710846--82710914	38	1.9	37	85	11	99	39	4	0	56	1.19
82711915--82711966	16	3.2	17	81	8	63	67	0	15	17	1.24
82720299--82720344	21	2.2	20	84	3	56	45	10	2	41	1.51
82724358--82724456	48	2.0	49	94	1	173	42	13	9	35	1.75
82727566--82727605	18	2.2	18	100	0	80	55	5	15	25	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82728147--82728181	18	1.9	18	88	11	54	37	2	17	42	1.64
82728476--82728622	43	3.4	43	81	3	145	29	14	23	32	1.94
82735382--82735518	37	3.5	38	79	7	132	27	18	21	31	1.97
82738870--82738920	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
82738792--82739057	103	2.6	103	93	0	460	18	20	30	30	1.96
82745883--82745933	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
82745805--82746070	103	2.6	103	93	0	451	18	20	30	30	1.96
82750944--82751061	57	2.1	57	85	7	159	49	4	17	28	1.66
82755777--82755811	18	1.9	18	100	0	70	48	11	5	34	1.63
82758608--82758641	14	2.4	14	90	0	50	64	5	5	23	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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