genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41897459--41897496	20	1.9	20	89	10	60	42	10	10	36	1.74
41901992--41902167	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
41901989--41902160	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
41909496--41909671	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
41909493--41909664	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
41912035--41912093	30	2.0	30	86	6	84	49	11	6	32	1.66
41941390--41941565	46	3.8	46	77	12	189	21	19	28	30	1.98
41941387--41941556	93	1.8	93	92	0	286	21	20	28	30	1.98
41947610--41947649	21	1.9	21	100	0	80	40	15	37	7	1.75
41948302--41948337	17	2.1	17	100	0	72	27	36	11	25	1.90
41976543--41976641	50	2.0	50	91	0	162	52	16	10	21	1.72
41984641--41984683	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
41986920--41986961	15	2.7	16	82	13	52	54	19	11	14	1.70
41995340--41995392	11	5.0	11	84	6	74	32	18	13	35	1.90
41995332--41995392	21	2.9	21	90	4	97	34	18	11	36	1.86
41995332--41995390	5	11.4	5	75	7	55	35	18	10	35	1.85
41995332--41995398	10	6.6	10	81	11	75	35	17	10	35	1.85
42003196--42003248	11	5.0	11	79	6	65	30	18	13	37	1.89
42003191--42003242	16	3.3	15	69	10	50	32	19	11	36	1.87
42003188--42003248	21	2.9	21	85	4	88	32	18	11	37	1.86
42003188--42003254	10	6.6	10	78	11	66	34	17	10	37	1.85
42003285--42003333	25	2.0	25	87	0	71	28	12	22	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42006795--42006899	43	2.5	42	76	7	113	30	18	23	27	1.97
42009978--42010022	23	2.0	23	90	0	72	31	2	0	66	1.04
42009986--42010040	29	2.0	27	85	7	74	30	1	0	67	1.01
42010038--42010122	39	2.2	40	84	2	109	24	1	8	65	1.27
42013175--42013280	50	2.1	50	84	3	142	41	20	8	29	1.82
42013253--42013366	36	3.2	36	82	5	151	42	17	7	31	1.78
42013253--42013366	35	3.2	34	82	8	147	42	17	7	31	1.78
42018410--42018654	49	4.9	49	82	4	303	30	26	17	25	1.97
42024447--42024545	41	2.4	41	94	0	171	22	19	29	29	1.98
42026327--42026662	47	7.1	47	90	2	501	32	11	29	26	1.92
42026636--42026772	46	3.0	46	87	0	193	34	8	31	26	1.85
42031290--42031365	20	3.8	20	79	8	64	31	0	7	60	1.25
42031309--42031355	22	2.2	22	88	7	71	34	0	8	57	1.29
42031739--42031792	15	3.5	15	75	9	54	5	22	0	72	1.05
42031749--42031794	17	2.5	19	79	13	60	4	26	0	69	1.07
42039969--42040594	278	2.2	279	84	3	832	24	17	24	33	1.96
42039977--42040612	209	3.0	207	81	5	586	24	16	25	34	1.95
42039962--42040594	139	4.5	137	78	4	599	24	17	24	33	1.96
42039962--42040595	70	9.1	70	80	3	636	24	17	24	33	1.96
42042151--42042326	46	3.8	46	72	10	142	21	21	28	28	1.98
42042196--42042269	20	3.3	20	68	22	58	17	22	33	25	1.96
42043081--42043122	21	2.0	22	90	4	68	28	2	47	21	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42043081--42043122	11	4.0	10	87	3	57	28	2	47	21	1.63
42047165--42047239	18	4.2	18	89	0	96	33	14	21	30	1.93
42047774--42047815	11	3.9	11	84	9	52	30	2	45	21	1.65
42050863--42050889	14	1.9	14	100	0	54	33	0	22	44	1.53
42054179--42054354	46	3.8	46	78	10	196	20	21	29	28	1.98
42054175--42054347	93	1.9	93	92	0	292	20	21	30	27	1.98
42062010--42062050	3	13.7	3	94	0	73	70	0	29	0	0.87
42067759--42067852	33	2.9	33	74	18	99	28	26	21	23	1.99
42067790--42067844	29	1.9	28	88	3	83	27	27	23	21	1.99
42067858--42067940	31	2.7	31	94	3	143	27	25	16	30	1.97
42068147--42068229	25	3.4	24	86	6	105	25	21	22	30	1.99
42069035--42069122	27	3.3	27	76	9	81	21	19	19	39	1.92
42069130--42069373	27	9.0	27	77	7	179	32	7	19	40	1.80
42069361--42069517	27	5.8	27	86	0	206	40	8	21	29	1.82
42069333--42069542	81	2.6	81	82	0	267	38	8	20	32	1.82
42088266--42088669	55	7.6	56	73	13	300	23	23	16	36	1.94
42088278--42088678	210	1.9	210	91	0	651	23	23	15	36	1.94
42093791--42093865	22	3.0	26	66	25	61	24	21	32	22	1.98
42093744--42093968	49	4.5	49	84	2	279	24	19	28	27	1.98
42093744--42093976	99	2.3	101	82	2	283	24	19	28	27	1.99
42105897--42106119	46	4.8	48	73	16	218	22	17	28	31	1.97
42105946--42106112	47	3.6	47	76	13	200	22	17	29	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42105895--42106119	93	2.4	93	96	1	416	22	18	28	31	1.97
42110065--42110098	16	2.1	17	88	5	52	23	0	26	50	1.50
42110460--42110632	43	4.0	44	75	14	155	24	17	26	31	1.97
42123687--42123896	43	4.9	43	90	1	323	30	31	24	13	1.93
42123687--42123896	85	2.5	86	92	1	350	30	31	24	13	1.93
42130211--42130475	142	1.9	142	81	6	331	27	19	29	23	1.98
42132264--42132351	6	14.3	6	76	13	72	48	14	17	19	1.81
42132264--42132361	31	3.2	31	91	0	124	48	14	17	19	1.80
42132309--42132371	31	2.2	26	86	13	81	52	14	14	19	1.75
42132782--42133058	27	10.3	27	86	3	360	24	20	19	35	1.95
42133040--42133275	27	8.7	27	79	0	121	28	8	22	39	1.84
42133043--42133253	54	3.9	54	76	3	201	28	9	22	39	1.84
42133042--42133275	81	2.9	80	78	3	236	28	8	23	39	1.84
42135226--42135328	31	3.3	32	89	2	131	50	11	16	21	1.76
42135743--42135965	27	8.3	27	86	0	302	24	20	20	34	1.96
42135758--42136100	54	6.4	54	80	10	208	26	14	20	37	1.92
42135743--42135992	81	3.1	80	78	7	272	25	18	20	35	1.95
42135949--42136209	27	9.7	27	79	5	231	28	7	22	40	1.81
42140776--42140807	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
42143213--42143332	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
42150804--42150833	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
42152049--42152135	30	2.9	30	87	0	129	10	25	33	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42152080--42152142	30	2.1	30	90	0	99	7	25	33	33	1.85
42154587--42154937	176	2.0	177	96	0	641	33	9	25	31	1.88
42162415--42162441	10	2.7	10	100	0	54	62	0	11	25	1.28
42179909--42180018	43	2.5	42	82	5	139	23	29	21	25	1.99
42181926--42181955	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
42182855--42183055	53	3.7	54	74	3	181	20	22	18	37	1.94
42187791--42187939	41	3.5	44	75	12	141	29	30	14	25	1.95
42189082--42189110	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
42190711--42190755	20	2.2	21	92	4	74	68	4	20	6	1.29
42190898--42190928	14	2.2	14	94	0	53	38	9	12	38	1.77
42194143--42194300	43	3.7	43	77	4	140	32	27	14	24	1.94
42195757--42195793	19	2.0	19	89	5	58	21	8	13	56	1.63
42196967--42196999	17	2.0	17	88	5	50	39	0	15	45	1.46
42212698--42212729	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
42222375--42222413	18	2.1	19	90	4	62	71	15	2	10	1.23
42222381--42222419	18	2.2	18	85	0	51	74	10	7	7	1.22
42224919--42225087	78	2.1	79	85	5	234	26	27	21	24	1.99
42224917--42225087	40	4.3	40	90	4	240	26	28	21	23	1.99
42224917--42225138	118	1.9	118	81	3	268	26	27	22	23	1.99
42225130--42225199	35	2.1	35	94	5	126	34	28	12	24	1.92
42225218--42225568	175	2.0	175	97	0	666	32	20	11	34	1.89
42372977--42373146	39	4.3	39	84	7	202	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42372924--42373146	79	2.8	78	80	9	220	25	21	28	25	1.99
42372924--42373144	40	5.6	39	80	9	216	25	21	28	25	1.99
42373004--42373180	78	2.2	80	82	4	200	25	21	28	24	1.99
42380860--42381082	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
42380940--42381117	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
42385666--42385704	21	1.9	20	84	5	51	33	0	17	48	1.48
42387981--42388135	42	3.7	43	74	14	142	24	16	24	34	1.96
42399221--42399268	25	1.9	25	87	8	71	35	22	20	20	1.96
42404454--42404674	48	4.6	48	81	4	250	28	20	26	23	1.99
42404451--42404678	96	2.4	95	85	0	294	27	21	27	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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