genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27742419--27742505	42	2.1	42	85	8	115	32	28	13	25	1.94
27743612--27743690	41	1.9	41	94	0	140	43	16	6	34	1.73
27744728--27744784	28	2.0	28	93	0	96	42	12	12	33	1.80
27745262--27745293	15	2.1	15	100	0	64	31	0	21	46	1.52
27747219--27747298	8	9.9	8	75	20	51	28	0	3	67	1.08
27747222--27747272	15	3.5	14	79	15	50	25	0	1	72	0.95
27747224--27747265	21	2.0	21	90	4	66	21	0	2	76	0.90
27747239--27747273	15	2.3	15	90	0	52	22	0	0	77	0.78
27748177--27748447	115	2.4	111	88	4	379	28	19	21	30	1.97
27750988--27751039	25	2.0	26	85	3	70	19	13	3	63	1.44
27754563--27754769	24	8.3	26	68	11	96	19	23	22	34	1.96
27754764--27754825	25	2.5	25	83	0	79	27	24	16	32	1.96
27754786--27754833	25	1.9	25	86	0	69	25	22	18	33	1.97
27759247--27759338	46	2.0	46	95	0	166	42	18	14	25	1.87
27760440--27760575	55	2.5	55	80	2	148	27	28	25	17	1.98
27763224--27763277	27	2.0	27	100	0	108	48	25	3	22	1.67
27763873--27763969	27	3.5	28	92	4	162	32	28	12	25	1.92
27765980--27766034	23	2.4	23	82	8	69	21	7	0	70	1.11
27772301--27772383	24	3.4	24	80	6	71	36	18	24	21	1.95
27775325--27775466	38	3.7	38	78	3	153	35	24	11	28	1.91
27797599--27797771	46	3.7	46	74	13	174	23	20	26	30	1.99
27797596--27797766	93	1.8	93	91	0	279	22	21	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27804948--27805118	46	3.8	45	79	12	206	21	21	28	29	1.98
27804945--27805113	92	1.8	91	94	1	302	21	21	28	28	1.98
27820319--27820351	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
27821388--27821437	25	2.0	25	92	0	82	38	12	18	32	1.87
27823402--27823472	27	2.6	27	82	12	92	30	8	19	40	1.81
27823404--27823513	54	2.0	54	85	3	150	33	8	18	40	1.80
27828743--27828771	9	3.2	9	100	0	58	20	10	24	44	1.82
27835003--27835246	50	4.9	50	76	3	247	32	25	16	26	1.96
27835056--27835245	101	1.9	101	83	0	245	34	24	16	24	1.95
27835595--27835641	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
27835862--27835920	30	2.0	30	82	0	73	27	27	5	40	1.77
27837299--27837388	34	2.6	34	83	0	117	25	18	25	30	1.98
27839349--27839394	15	3.2	15	77	22	62	34	4	0	60	1.16
27839340--27839394	28	2.0	28	96	0	101	32	5	0	61	1.19
27839343--27839407	28	2.3	27	87	7	87	33	6	0	60	1.22
27840235--27840273	21	1.9	20	84	5	51	46	23	0	30	1.53
27844218--27844358	27	5.2	27	83	6	153	17	23	24	35	1.95
27844218--27844358	54	2.6	53	90	2	210	17	23	24	35	1.95
27846827--27847140	47	6.6	47	88	4	414	29	29	8	32	1.86
27858402--27858542	27	5.2	27	82	8	171	17	23	24	35	1.95
27858402--27858542	54	2.6	53	90	2	210	17	23	24	35	1.95
27862433--27862536	47	2.2	47	91	1	165	32	27	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27862417--27862536	46	2.6	45	86	5	168	31	26	15	25	1.96
27862490--27862590	52	1.9	53	85	2	141	29	27	16	25	1.97
27865086--27865182	30	3.2	30	78	10	90	57	13	17	11	1.64
27865094--27865173	15	5.4	15	77	7	83	58	12	17	11	1.62
27865105--27865182	15	5.2	15	74	9	61	56	14	16	12	1.68
27868726--27868918	47	4.0	49	80	9	182	30	27	17	24	1.97
27872496--27872581	40	2.2	39	97	2	163	12	27	19	39	1.88
27876269--27876431	42	3.9	42	77	7	152	28	15	26	28	1.96
27882626--27882778	44	3.6	43	79	10	170	33	22	18	25	1.97
27885699--27885754	27	2.1	27	100	0	112	28	7	10	53	1.62
27886513--27886586	27	2.7	27	89	0	103	25	18	17	37	1.93
27886579--27886665	27	3.2	27	95	0	147	32	16	17	34	1.92
27891622--27891651	16	1.9	16	93	6	53	30	36	6	26	1.82
27894597--27894635	20	1.9	20	84	5	51	51	0	23	25	1.49
27907066--27907188	46	2.7	46	94	0	210	29	25	21	23	1.99
27919548--27919615	25	2.9	24	82	6	77	58	5	5	29	1.45
27938549--27938594	19	2.4	20	82	10	60	73	4	4	17	1.15
27938631--27938692	27	2.3	27	88	2	90	64	1	1	32	1.13
27938665--27938712	20	2.3	21	79	13	55	62	4	0	33	1.14
27940894--27940948	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
27941010--27941219	24	8.8	23	70	16	83	57	3	6	32	1.43
27941010--27941076	24	2.9	24	84	4	84	58	5	5	29	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27941699--27941797	30	3.3	30	92	0	171	17	7	50	25	1.71
27941734--27941787	18	3.3	18	66	28	57	18	9	50	22	1.75
27942434--27942639	87	2.4	87	81	4	227	36	17	14	31	1.90
27942832--27942864	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
27942679--27943029	91	3.9	90	81	8	389	35	17	18	28	1.94
27942935--27943986	75	14.3	75	85	4	1356	33	19	16	30	1.93
27942935--27943986	148	7.1	147	86	4	1331	33	19	16	30	1.93
27942935--27943966	221	4.7	221	93	1	1689	33	19	16	30	1.94
27944156--27944200	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
27943984--27944288	100	3.0	101	89	3	438	40	18	17	23	1.91
27944169--27944344	90	2.0	87	86	3	244	36	19	18	25	1.94
27960784--27961238	99	4.8	92	73	19	226	26	17	19	36	1.94
27960943--27960986	14	3.3	12	84	12	52	13	11	9	65	1.46
27960942--27960987	13	3.4	13	85	8	65	13	10	8	67	1.42
27960874--27961165	99	2.8	103	85	7	364	23	18	19	38	1.93
27960888--27961239	99	3.6	99	81	12	340	26	17	19	37	1.93
27961176--27962152	72	13.4	71	76	15	806	32	15	19	32	1.93
27961156--27962173	148	6.9	149	77	13	865	32	16	18	33	1.93
27961165--27962148	146	6.7	146	76	13	630	32	15	18	33	1.93
27961315--27962132	438	1.9	437	85	11	1147	32	15	18	33	1.93
27963334--27963432	30	3.3	30	81	8	130	24	50	7	18	1.71
27963977--27964031	24	2.4	24	84	6	69	36	7	0	56	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27964049--27964100	22	2.3	23	90	3	79	32	3	7	55	1.46
27974622--27974700	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27974909--27975652	47	15.9	47	94	4	1323	30	29	8	32	1.87
27977880--27977931	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
27978093--27978320	117	1.9	118	84	2	307	25	26	21	25	2.00
27978093--27978323	40	5.9	40	86	2	308	25	26	22	25	2.00
27978327--27978429	37	2.7	38	79	5	120	28	27	20	24	1.99
27986438--27986621	27	6.8	27	86	3	244	29	27	15	27	1.96
27994552--27994756	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
27998339--27998403	27	2.4	27	84	5	87	41	7	21	29	1.81
28004865--28004906	20	2.2	20	87	8	61	28	7	7	57	1.52
28015742--28015809	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
28015911--28015986	29	2.6	28	85	10	100	28	28	15	26	1.96
28018595--28018654	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
28021624--28021799	56	3.1	56	90	0	280	34	25	13	27	1.93
28030706--28030839	46	2.9	47	78	9	148	29	20	28	21	1.98
28031896--28031935	21	2.0	21	90	5	64	12	35	27	25	1.92
28033385--28033484	50	2.0	50	100	0	200	30	10	18	42	1.82
28036767--28036881	44	2.6	44	72	1	115	25	16	27	30	1.97
28037319--28037426	26	4.2	26	93	0	180	30	7	25	36	1.84
28054213--28054385	27	6.4	27	80	5	179	27	15	27	29	1.96
28054214--28054368	81	1.9	81	85	5	215	27	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28059356--28059564	77	2.7	77	84	6	280	24	18	29	27	1.98
28059388--28059564	39	4.5	39	94	1	275	23	18	30	27	1.98
28059392--28059598	77	2.7	78	86	3	211	25	18	29	26	1.98
28067258--28067467	40	5.3	40	92	0	314	23	20	29	26	1.99
28070709--28070855	43	3.5	42	77	5	127	21	17	28	32	1.96
28075892--28076317	47	9.1	47	89	0	620	35	11	27	25	1.91
28075891--28076256	25	15.5	24	62	23	82	35	11	27	26	1.91
28076012--28076086	22	3.3	22	66	23	64	32	13	29	25	1.93
28076291--28076409	46	2.6	46	90	0	193	35	9	30	25	1.87
28078918--28078982	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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