genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76521232--76521429	43	4.6	43	94	0	351	29	34	26	10	1.89
76521427--76521529	38	2.7	38	87	0	134	29	24	22	24	1.99
76522852--76522918	23	2.9	23	97	2	125	47	38	4	8	1.55
76524351--76524394	23	2.0	23	86	8	65	0	34	4	61	1.16
76524443--76524490	5	9.6	5	100	0	96	60	0	0	39	0.97
76528046--76528148	48	2.1	48	82	3	118	17	29	22	31	1.97
76529781--76529892	43	2.6	43	98	0	215	29	33	26	10	1.90
76529890--76529989	38	2.6	38	90	0	146	30	27	20	23	1.98
76535285--76535350	33	2.0	33	96	0	123	34	9	6	50	1.59
76537227--76537274	18	2.7	18	81	15	55	29	0	0	70	0.87
76537236--76537274	17	2.2	18	86	13	55	28	0	0	71	0.86
76538368--76538438	31	2.3	32	85	4	92	52	2	0	45	1.15
76550172--76550300	35	3.6	35	78	8	143	31	24	13	31	1.93
76553685--76553772	42	2.1	42	97	0	167	18	6	15	59	1.58
76566197--76566277	37	2.2	37	86	2	110	41	13	14	29	1.84
76573778--76573841	29	2.2	30	86	8	96	35	7	12	43	1.71
76573768--76574619	425	2.0	425	98	0	1650	35	20	11	32	1.89
76576102--76576166	26	2.4	28	84	7	80	61	1	0	36	1.05
76576105--76576166	28	2.3	25	81	13	70	62	1	0	35	1.05
76576218--76576247	5	5.8	5	92	7	51	0	43	56	0	0.99
76580470--76580511	15	2.8	15	79	13	50	59	0	11	28	1.33
76584506--76584658	44	3.5	44	80	1	155	26	23	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76584769--76584943	94	1.9	93	81	3	217	28	18	16	36	1.93
76584712--76585426	44	16.0	44	72	7	251	31	19	14	34	1.92
76584745--76585158	135	3.1	135	81	5	480	29	17	15	36	1.91
76584852--76585427	89	6.5	89	71	9	289	31	20	14	34	1.92
76585295--76585550	140	1.8	140	79	1	298	31	19	14	33	1.93
76598575--76598736	85	1.9	84	83	3	209	63	2	4	29	1.28
76600877--76600931	27	2.0	28	82	7	67	38	0	1	60	1.08
76602058--76602107	21	2.5	20	84	12	68	0	32	2	66	1.03
76602081--76602135	21	2.5	22	79	8	58	0	36	1	61	1.06
76606969--76607025	29	1.9	30	86	10	82	21	31	33	14	1.92
76617462--76617495	11	3.0	11	91	4	50	35	0	0	64	0.94
76620324--76620904	44	13.5	44	72	12	340	29	22	19	28	1.98
76620456--76620772	40	7.6	41	69	10	122	31	21	19	27	1.97
76620452--76620861	127	3.2	127	95	0	732	30	21	20	27	1.98
76628969--76629025	27	2.1	28	86	3	80	10	1	7	80	0.96
76628976--76629034	28	2.1	27	81	9	66	8	5	8	77	1.10
76629039--76629227	28	6.6	28	69	19	104	17	3	0	78	0.92
76629062--76629241	10	17.4	10	68	14	98	16	3	0	79	0.90
76628967--76629187	29	7.4	28	69	21	87	14	3	3	77	1.04
76629133--76629194	25	2.4	27	83	5	83	14	3	1	80	0.91
76629044--76629237	22	8.7	21	70	19	108	17	3	0	78	0.93
76629041--76629237	23	8.8	22	69	18	97	17	3	0	78	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76629045--76629241	14	13.8	13	68	23	80	17	3	0	78	0.92
76629368--76629538	24	7.2	24	71	12	77	10	5	2	81	0.95
76629367--76629529	23	7.0	22	69	15	103	9	6	2	81	0.95
76629362--76629539	18	10.1	17	73	18	91	10	6	2	80	0.96
76629367--76629539	1	173.0	1	68	0	58	10	5	2	81	0.94
76629446--76629570	17	7.8	16	68	14	53	16	4	1	78	0.98
76638554--76638728	45	3.8	46	79	13	216	29	29	20	20	1.98
76638561--76638731	93	1.8	92	96	1	315	28	29	21	21	1.98
76642678--76642711	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
76648089--76648145	28	2.0	30	86	6	82	63	1	0	35	1.05
76649145--76649183	17	2.3	18	86	8	55	25	7	15	51	1.70
76651608--76651632	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
76656386--76656440	29	1.9	28	92	3	92	20	12	10	56	1.66
76656384--76656449	29	2.2	29	84	7	89	24	12	10	53	1.69
76680465--76680525	31	2.0	31	83	6	79	31	3	3	62	1.27
76682030--76682068	11	3.6	11	79	6	53	82	2	2	12	0.89
76684386--76684442	24	2.4	24	78	18	66	35	0	3	61	1.13
76688637--76688661	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
76690461--76690513	27	2.0	26	85	3	70	37	5	13	43	1.67
76693710--76693797	41	2.2	40	78	13	90	43	3	6	46	1.47
76695813--76695849	18	2.0	19	89	5	58	27	0	0	72	0.84
76700314--76700392	41	1.9	42	86	2	115	35	21	16	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76701431--76701465	5	7.0	5	100	0	70	40	0	0	60	0.97
76704682--76704721	21	2.0	20	95	5	71	12	40	30	17	1.86
76705273--76705332	10	6.0	10	84	11	70	23	8	1	66	1.28
76707627--76707769	46	2.9	47	79	7	135	24	14	28	32	1.95
76709382--76709441	29	2.1	29	90	0	93	28	8	16	46	1.76
76712338--76712376	14	2.8	14	96	0	69	38	2	20	38	1.66
76712462--76712504	18	2.4	18	88	0	68	44	6	0	48	1.29
76726304--76726570	104	2.6	104	93	1	455	29	30	20	18	1.97
76726896--76726959	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
76726903--76726959	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
76733787--76734054	104	2.6	105	93	1	450	29	30	20	18	1.97
76734382--76734445	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
76734389--76734445	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
76735570--76735624	25	2.2	25	83	6	67	32	18	21	27	1.96
76736118--76736142	8	3.1	8	100	0	50	36	12	0	52	1.39
76759753--76759789	6	6.0	6	90	6	56	48	0	0	51	1.00
76760971--76761007	14	2.6	14	86	0	56	24	2	5	67	1.25
76763238--76763277	17	2.4	17	95	4	73	47	0	5	47	1.24
76770310--76770456	40	3.7	40	75	5	118	30	22	14	31	1.94
76772012--76772050	20	2.0	20	89	0	60	46	20	0	33	1.51
76773187--76773301	42	2.7	42	86	4	160	28	26	13	31	1.94
76773272--76773395	47	2.7	46	83	2	149	29	25	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76773400--76773428	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
76773427--76773606	31	5.8	31	90	2	281	26	27	18	27	1.98
76773582--76773710	50	2.5	51	88	5	190	26	22	15	35	1.94
76780639--76780681	13	3.2	13	83	6	59	0	9	16	74	1.06
76784558--76784724	85	2.0	85	83	2	210	27	12	19	40	1.88
76785816--76786060	132	1.9	132	86	1	357	32	18	19	29	1.96
76788747--76789361	44	14.0	44	82	3	720	26	30	14	28	1.95
76792909--76792939	14	2.2	14	94	0	53	64	6	16	12	1.47
76793046--76793331	75	3.7	75	84	6	351	32	21	17	28	1.96
76793335--76793964	73	8.2	72	74	12	505	33	24	17	25	1.96
76793333--76794058	232	3.1	232	92	1	1186	34	23	16	25	1.95
76803793--76803837	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
76806050--76806093	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
76808488--76808532	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
76808561--76808674	28	3.9	28	71	19	81	26	21	27	25	1.99
76808553--76808697	61	2.4	61	85	8	179	26	19	26	27	1.99
76809929--76809967	21	1.9	20	89	5	60	64	10	2	23	1.37
76810016--76810058	22	2.0	22	86	9	61	60	4	0	34	1.17
76810492--76810524	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
76810959--76811000	11	3.9	11	75	6	50	66	0	33	0	0.92
76811629--76811667	21	2.0	20	85	10	53	15	0	35	48	1.45
76819957--76820282	163	2.0	163	96	1	600	32	24	22	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76821170--76821413	132	1.8	132	89	1	382	32	17	19	30	1.95
76826739--76826861	61	2.0	61	98	0	237	28	28	9	33	1.89
76826938--76826981	21	2.2	20	84	12	54	38	9	2	50	1.47
76827725--76827794	30	2.4	28	79	9	77	30	4	8	57	1.48
76829079--76829108	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
76829543--76829567	6	4.2	6	100	0	50	32	0	16	52	1.44
76833040--76833236	109	1.8	109	88	0	304	42	18	16	22	1.89
76833030--76833347	109	2.9	107	75	8	282	44	17	14	23	1.85
76834511--76834552	20	2.1	20	100	0	84	52	19	4	23	1.65
76836139--76836167	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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