Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  305  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99602978--99603027
8
6.6
8
77
13
52
36
2
0
62
1.07
99602969--99603023
21
2.6
20
76
21
58
32
1
0
65
1.03
99602985--99603033
22
2.3
21
92
3
80
40
0
0
59
0.98
99606167--99606301
50
2.7
50
89
1
200
29
29
16
24
1.96
99610710--99610786
31
2.5
31
79
10
86
54
6
7
31
1.54
99611882--99611954
22
3.3
22
75
7
67
45
1
1
52
1.18
99611873--99612026
78
1.9
80
81
11
183
44
1
3
51
1.26
99612819--99612888
29
2.3
29
82
4
86
32
10
15
41
1.81
99617135--99617175
18
2.2
19
83
12
50
56
7
12
24
1.61
99617188--99617230
11
3.9
11
78
0
50
60
11
6
20
1.54
99619822--99619857
5
7.0
5
93
6
63
38
0
0
61
0.96
99619892--99619952
30
2.0
30
81
9
70
59
6
34
0
1.24
99621419--99621553
39
3.4
39
76
8
123
23
20
27
28
1.99
99626031--99626103
20
3.8
20
67
20
57
47
0
1
50
1.09
99644012--99644064
22
2.4
24
75
18
60
43
1
1
52
1.23
99645193--99645219
7
3.9
7
100
0
54
11
0
0
88
0.50
99653822--99653898
29
2.5
31
78
14
81
59
9
3
27
1.45
99654991--99655030
16
2.4
16
87
8
53
42
2
0
55
1.13
99675109--99675140
14
2.3
14
100
0
64
37
0
6
56
1.25
99675213--99675260
22
2.2
22
82
10
55
54
0
0
45
0.99
99675242--99675279
20
1.9
20
89
10
60
55
0
0
44
0.99
99675212--99675279
27
2.5
27
76
7
66
52
0
0
47
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99681653--99682020
130
2.8
130
87
0
504
33
17
18
29
1.94
99682659--99682702
22
2.0
22
95
0
79
47
4
6
40
1.50
99684652--99684869
47
4.6
47
79
5
190
26
14
27
32
1.94
99690111--99690154
20
2.2
20
88
8
63
47
0
2
50
1.13
99691448--99691481
18
1.9
18
88
5
52
58
17
11
11
1.62
99697884--99697928
2
22.5
2
95
0
81
48
48
0
2
1.13
99699659--99699711
26
2.0
26
100
0
106
30
15
18
35
1.92
99709048--99709102
25
2.2
26
93
3
94
18
3
14
63
1.44
99718004--99718056
18
2.7
19
80
11
54
22
5
7
64
1.41
99718016--99718056
18
2.2
19
86
4
57
17
4
7
70
1.28
99727130--99727440
153
2.0
153
100
0
622
39
9
14
36
1.78
99730240--99730407
3
56.0
3
75
13
125
64
1
2
30
1.19
99732523--99732565
18
2.3
19
92
4
70
60
0
11
27
1.31
99734867--99735463
214
2.9
210
89
7
851
33
21
17
27
1.96
99735291--99736128
73
11.3
72
83
9
896
32
19
16
30
1.94
99735291--99736318
296
3.6
286
81
11
1021
33
19
16
30
1.94
99735473--99736128
144
4.5
145
85
7
817
33
19
16
30
1.94
99748737--99748779
18
2.3
19
92
4
70
60
0
11
27
1.31
99748852--99748933
9
9.5
8
72
22
51
58
3
6
31
1.40
99749628--99749660
7
4.7
7
96
0
57
0
12
3
84
0.72
99756705--99756747
4
10.8
4
100
0
86
48
0
25
25
1.51
99756959--99756995
15
2.4
16
86
8
51
18
16
21
43
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99758299--99758486
92
2.0
93
92
1
315
47
13
19
19
1.81
99769189--99769222
12
2.8
12
95
0
59
29
0
0
70
0.87
99777584--99777617
14
2.4
14
90
0
50
17
5
2
73
1.16
99785678--99785803
47
2.6
47
96
2
225
57
5
2
34
1.35
99785682--99785805
24
5.2
24
68
11
94
57
5
2
34
1.35
99785836--99785899
32
2.1
32
88
5
96
60
9
3
26
1.42
99785928--99785976
22
2.2
22
81
0
62
61
10
10
18
1.55
99789454--99789484
16
1.9
16
93
0
53
41
0
3
54
1.16
99789564--99789594
12
2.6
12
94
0
53
74
0
25
0
0.82
99802106--99802151
24
1.9
24
90
4
67
30
0
4
65
1.12
99802585--99802626
20
2.1
20
86
8
59
59
7
4
28
1.44
99806320--99806352
4
8.2
4
87
12
50
72
27
0
0
0.85
99820219--99820243
12
2.1
12
100
0
50
40
0
0
60
0.97
99825576--99825647
36
2.0
35
86
7
101
79
5
8
6
1.06
99825606--99825652
11
4.3
11
78
10
51
78
6
10
4
1.06
99828379--99828407
6
4.8
6
100
0
58
13
17
34
34
1.89
99835080--99835131
25
2.0
25
85
10
70
26
7
7
57
1.54
99840780--99840854
21
3.5
22
80
7
82
40
26
20
13
1.89
99841027--99841061
10
3.6
10
92
3
54
40
20
0
40
1.52
99842279--99842305
5
5.4
5
100
0
54
59
0
0
40
0.98
99842328--99842356
8
3.6
8
100
0
58
62
0
0
37
0.96
99843311--99843372
29
2.1
30
82
14
76
50
3
3
43
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99847788--99847842
16
3.4
16
92
0
92
38
5
34
21
1.77
99847847--99847900
27
2.0
27
100
0
108
22
3
37
37
1.72
99848050--99848205
17
10.5
15
65
30
61
54
2
1
41
1.22
99848055--99848088
17
2.0
17
100
0
68
58
0
0
41
0.98
99848172--99848205
17
2.0
17
100
0
68
58
0
0
41
0.98
99848284--99848322
17
2.5
15
84
15
60
61
0
0
38
0.96
99848289--99848322
17
2.0
17
100
0
68
58
0
0
41
0.98
99848354--99848393
20
2.0
21
85
5
55
60
5
0
35
1.19
99848035--99848438
117
3.5
117
95
0
720
52
3
1
42
1.30
99848405--99848438
17
2.0
17
94
0
59
55
2
0
41
1.15
99848414--99848503
23
3.9
22
72
18
67
53
5
0
41
1.24
99848454--99848517
32
2.0
32
81
0
74
48
3
0
48
1.17
99850938--99850996
29
2.0
29
96
0
109
28
10
8
52
1.64
99857857--99857902
24
1.9
24
86
0
65
52
2
0
45
1.13
99857956--99857995
20
2.0
21
90
5
64
30
0
5
65
1.14
99883135--99883173
19
2.1
19
85
0
51
53
0
0
46
1.00
99883202--99883260
31
1.9
31
86
10
86
54
3
0
42
1.17
99883244--99883280
17
2.2
17
90
0
56
54
2
0
43
1.14
99883817--99883872
23
2.4
23
100
0
112
53
19
8
17
1.70
99889381--99889427
24
1.9
25
82
4
60
27
6
8
57
1.53
99889538--99889590
26
2.0
26
100
0
106
24
7
15
52
1.68
99889964--99890033
31
2.2
31
80
9
79
60
5
1
32
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99891550--99891592
17
2.5
17
81
7
52
60
6
0
32
1.23
99896315--99896357
20
2.1
20
86
4
59
65
6
6
20
1.41
99899125--99899173
22
2.2
22
78
7
55
38
2
6
53
1.38
99899356--99899390
17
2.0
18
88
5
54
40
5
0
54
1.24
99901577--99901870
46
6.3
47
90
7
429
35
13
21
29
1.92
99901511--99901870
98
3.8
93
86
8
485
34
13
22
29
1.92
99901511--99901859
144
2.4
144
95
0
628
34
14
21
29
1.93
99901834--99901942
37
3.0
37
90
2
177
35
16
22
24
1.95
99903198--99903341
49
2.9
49
92
1
225
23
14
29
31
1.94
99906468--99906760
46
6.3
46
91
4
408
35
14
21
29
1.93
99906724--99906832
37
3.0
37
90
2
177
35
16
22
24
1.95
99908509--99908703
53
3.7
52
84
4
239
33
17
22
26
1.96
99909934--99910161
46
5.0
46
86
0
294
41
13
22
22
1.88
99914774--99914914
53
2.7
53
88
2
203
26
17
26
29
1.98
99919440--99919525
21
4.1
21
87
0
109
16
23
25
34
1.95
99920607--99920631
13
1.9
13
100
0
50
16
8
48
28
1.74
99921708--99921764
22
2.4
23
81
16
64
52
1
1
43
1.21
99921709--99921752
24
1.9
24
86
9
65
52
2
2
43
1.26
99926494--99926552
31
1.9
31
85
0
82
42
6
13
37
1.71
99928086--99928253
82
2.0
84
82
12
202
47
1
2
48
1.24
99928380--99928444
30
2.2
30
83
10
80
41
0
6
52
1.26
99931074--99931122
24
2.0
24
100
0
98
12
4
34
48
1.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99931074--99931132
24
2.5
24
91
5
84
11
3
32
52
1.54
99968088--99968116
14
2.0
15
93
6
51
20
0
3
75
0.94
99985109--99985134
13
2.0
13
100
0
52
38
0
30
30
1.58
99988110--99988139
6
5.0
6
100
0
60
33
0
0
66
0.92
99988500--99988525
12
2.2
12
100
0
52
30
30
7
30
1.85
99989273--99989307
16
2.1
17
89
5
54
20
28
0
51
1.47
99990279--99990303
2
12.5
2
100
0
50
52
0
48
0
1.00
100003909--100003952
21
2.1
21
95
0
79
38
25
13
22
1.91
100005850--100006009
78
2.1
78
100
0
320
43
11
3
41
1.58
100011992--100012030
3
13.0
3
100
0
78
33
0
0
66
0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311