genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77938629--77938666	20	1.9	20	94	0	67	55	15	0	28	1.41
77940812--77940851	20	2.0	20	90	0	62	32	15	30	22	1.94
77941832--77941872	21	2.0	21	86	9	59	68	4	9	17	1.35
77947583--77947621	12	3.2	12	81	0	51	30	58	2	7	1.39
77947599--77947639	9	4.6	9	82	11	57	21	63	2	12	1.40
77947618--77947695	30	2.6	30	79	0	93	24	57	3	14	1.53
77947754--77947873	27	4.2	27	70	15	98	26	60	3	10	1.45
77947836--77947953	24	4.9	24	69	8	69	28	56	4	10	1.51
77947826--77948191	102	3.5	101	74	12	306	27	58	4	9	1.48
77947886--77948022	63	2.2	63	84	2	168	27	60	3	8	1.42
77947611--77948027	84	5.0	84	72	10	230	26	57	4	11	1.52
77947952--77948085	24	5.3	24	71	15	101	26	60	3	9	1.45
77947889--77948027	30	4.5	31	73	12	126	29	59	3	7	1.41
77947948--77948191	48	4.8	48	71	14	181	26	59	3	10	1.47
77947973--77948125	36	4.4	36	68	18	117	26	59	3	10	1.46
77947965--77948061	39	2.5	39	80	9	108	26	59	3	10	1.45
77948073--77948178	42	2.5	42	83	3	115	26	59	3	10	1.47
77948043--77948202	24	6.4	24	71	12	90	27	58	3	10	1.47
77947953--77948191	102	2.3	101	92	1	361	26	59	3	10	1.47
77948334--77948391	12	5.1	12	75	8	50	18	60	6	13	1.55
77948463--77948514	9	5.8	9	75	8	52	23	63	1	11	1.37
77947860--77948641	111	7.3	108	70	16	421	25	57	4	12	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77948112--77948610	123	4.1	123	78	13	408	24	57	5	12	1.56
77948555--77948610	12	4.7	12	80	4	51	21	60	7	10	1.53
77948595--77948723	9	14.0	9	72	13	75	24	59	4	10	1.50
77948583--77948626	15	2.9	15	82	0	52	27	63	4	4	1.33
77948364--77948640	108	2.5	106	84	5	279	24	58	4	11	1.52
77948598--77948709	18	6.2	18	73	10	86	25	59	4	10	1.49
77948400--77948701	36	8.2	36	67	13	125	25	57	4	11	1.53
77948505--77948771	147	1.8	147	86	3	394	25	58	4	11	1.53
77948459--77948771	75	4.2	74	71	11	235	25	58	4	11	1.52
77948591--77948771	36	4.9	34	65	24	84	25	59	3	11	1.49
77948181--77948790	129	4.8	129	73	11	486	24	57	5	12	1.56
77948432--77948821	147	2.6	147	77	9	391	24	58	4	12	1.53
77951304--77951364	31	2.0	31	90	6	97	49	9	4	36	1.58
77959531--77959571	21	2.0	21	95	0	73	43	12	17	26	1.84
77959533--77959578	21	2.2	21	88	0	65	43	10	19	26	1.84
77969326--77969358	15	2.2	15	100	0	66	33	39	0	27	1.57
77969693--77969720	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
77972994--77973167	41	4.0	42	79	14	176	30	25	13	29	1.94
77973063--77973198	48	2.9	48	85	5	161	30	25	13	30	1.94
77973078--77973245	47	3.6	47	81	5	171	30	25	14	29	1.95
77973267--77973508	31	7.8	31	92	0	369	25	26	20	28	1.99
77973484--77973612	50	2.5	51	86	2	179	24	21	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77975781--77975825	20	2.3	19	85	7	63	22	0	2	75	0.91
77986132--77986164	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
77990963--77991085	50	2.5	50	98	0	237	33	15	24	26	1.95
77991075--77991111	13	2.8	13	100	0	74	8	24	35	32	1.85
77991098--77991206	31	3.5	31	85	0	164	24	18	28	28	1.98
77991224--77991395	47	3.7	46	83	4	175	29	13	26	30	1.95
77991275--77991480	42	4.7	41	77	17	159	29	13	28	28	1.94
77991242--77991410	48	3.5	48	85	7	195	27	12	28	30	1.93
78009624--78009668	22	2.0	22	100	0	90	15	8	31	44	1.77
78011475--78012050	44	12.8	45	77	7	476	31	16	21	30	1.95
78011473--78012050	89	6.4	88	75	5	557	31	16	21	30	1.95
78011475--78012050	133	4.3	133	79	6	570	31	16	21	30	1.95
78011556--78012050	273	1.8	274	83	2	672	31	16	21	30	1.95
78013721--78013748	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
78013785--78013889	3	35.0	3	92	0	174	0	0	35	63	1.01
78018050--78018076	10	2.7	10	100	0	54	55	0	0	44	0.99
78020058--78020206	74	2.0	74	97	0	280	28	10	22	39	1.86
78020411--78020488	21	3.7	21	92	0	120	25	43	14	16	1.85
78023932--78024275	172	2.0	172	96	0	634	22	17	20	39	1.92
78026821--78026853	18	1.9	17	88	11	50	24	21	0	54	1.45
78030640--78030673	14	2.4	14	90	0	50	41	2	17	38	1.65
78031067--78031151	41	2.1	41	97	0	161	41	8	18	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78031177--78031226	15	2.9	17	72	21	59	46	0	2	52	1.12
78033552--78033647	45	2.2	45	98	1	185	39	10	14	35	1.80
78033880--78033914	17	1.9	18	88	11	54	40	11	2	45	1.55
78036734--78036774	17	2.4	17	91	0	64	58	7	14	19	1.59
78039674--78039732	28	2.1	28	81	12	68	22	16	15	45	1.84
78040372--78040429	20	2.9	20	73	0	62	34	8	22	34	1.85
78043653--78043684	16	2.0	16	93	0	55	21	0	6	71	1.07
78051482--78051558	28	2.6	29	80	12	86	44	0	5	50	1.24
78057552--78057950	132	3.0	131	87	2	532	27	17	18	35	1.94
78061849--78061896	12	3.8	12	79	15	60	62	14	0	22	1.32
78061844--78061900	27	2.1	27	100	0	114	57	14	0	28	1.37
78066588--78066663	29	2.6	29	85	4	100	34	17	22	26	1.96
78070222--78070293	23	3.1	23	83	2	90	48	5	0	45	1.25
78070656--78070710	20	2.8	20	70	16	51	54	3	0	41	1.18
78074488--78074517	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
78081751--78081782	6	5.3	6	100	0	64	31	50	0	18	1.48
78087415--78087471	26	2.2	26	96	3	107	40	12	12	35	1.80
78088504--78088822	135	2.3	138	86	5	436	45	15	7	31	1.74
78092854--78092931	29	2.6	31	81	4	97	53	11	10	24	1.67
78092887--78092943	29	2.0	29	82	6	71	59	8	8	22	1.55
78095749--78096004	39	6.5	39	91	2	363	18	21	28	30	1.97
78095748--78096004	77	3.3	78	91	3	392	19	21	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78095748--78096004	116	2.2	117	88	4	383	19	21	28	30	1.97
78103746--78104058	43	7.3	43	81	3	292	28	30	16	24	1.96
78103746--78103983	129	1.8	129	89	1	370	27	32	16	23	1.96
78103746--78104058	86	3.7	86	80	3	328	28	30	16	24	1.96
78103747--78104058	129	2.4	129	82	3	353	28	30	16	24	1.96
78104660--78104706	24	2.0	24	95	0	85	8	31	8	51	1.63
78107602--78107635	18	1.9	17	88	5	50	44	0	2	52	1.16
78108760--78108882	41	3.0	41	86	1	158	21	21	22	33	1.97
78112090--78112179	42	2.1	43	87	6	130	31	6	14	47	1.70
78116470--78116596	40	3.2	40	86	3	168	22	23	27	25	2.00
78116588--78116914	43	7.6	43	95	0	600	11	25	33	30	1.90
78126482--78126521	21	1.9	21	89	0	62	30	12	0	57	1.36
78128251--78128279	13	2.1	14	93	6	51	72	0	13	13	1.13
78129993--78130040	6	8.0	6	90	0	78	16	31	0	52	1.45
78131383--78131424	21	2.0	21	100	0	84	33	14	9	42	1.78
78131563--78131603	19	2.3	18	91	8	66	39	4	0	56	1.21
78138290--78138354	33	2.0	33	100	0	130	58	7	9	24	1.55
78138545--78138589	17	2.7	18	80	13	51	64	2	2	31	1.18
78138637--78138700	18	3.5	19	70	18	55	62	6	1	29	1.29
78140713--78141211	205	2.5	200	90	1	764	29	20	17	31	1.96
78141204--78141296	44	2.1	44	89	0	141	25	27	13	32	1.94
78149531--78149560	14	2.1	14	93	0	51	46	10	6	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78167793--78167821	10	2.9	10	100	0	58	0	31	17	51	1.45
78173464--78173488	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
78187084--78187135	25	2.1	25	92	0	86	42	13	0	44	1.44
78189974--78190134	80	2.0	81	98	1	315	29	17	18	34	1.94
78191381--78191488	26	4.2	26	93	0	171	34	6	22	37	1.80
78194737--78194808	25	2.9	25	81	4	83	36	16	25	22	1.94
78194744--78194865	50	2.4	50	77	5	138	37	18	23	20	1.94
78196493--78196566	36	2.1	36	97	0	139	52	8	14	24	1.69
78196689--78196738	24	2.1	24	92	0	82	36	16	16	32	1.90
78199754--78199800	10	4.6	10	80	12	51	53	27	2	17	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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