genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77209060--77209302	128	1.9	127	88	2	362	25	18	29	26	1.98
77214721--77214789	23	3.3	23	63	23	60	42	5	10	42	1.62
77214717--77214798	40	2.0	40	95	0	146	47	6	9	36	1.61
77216558--77216612	27	2.0	27	92	0	92	29	5	34	30	1.80
77217160--77217258	30	3.3	30	94	0	180	26	50	6	17	1.69
77217822--77217936	29	4.3	28	75	16	102	33	6	4	56	1.44
77217790--77217936	78	1.9	78	80	5	172	34	6	4	55	1.46
77217887--77217973	24	3.5	24	77	12	70	31	5	5	57	1.46
77217930--77217988	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
77223339--77223371	5	6.6	5	100	0	66	39	0	0	60	0.97
77224440--77224464	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
77224963--77225015	20	2.7	20	96	0	97	15	5	20	58	1.57
77225299--77225349	9	5.4	9	90	9	52	74	0	0	25	0.82
77225299--77225349	5	9.8	5	91	8	68	74	0	0	25	0.82
77232673--77233038	75	4.9	74	84	5	396	30	17	20	31	1.96
77232669--77232943	151	1.8	150	84	3	374	32	18	18	30	1.95
77233027--77233071	13	3.4	13	81	6	54	17	8	4	68	1.32
77232955--77233323	100	3.8	98	79	11	381	27	16	18	37	1.92
77233255--77233558	77	4.0	74	81	7	321	29	16	20	32	1.95
77233670--77233807	71	1.9	71	91	0	222	34	15	18	31	1.92
77233581--77234159	155	3.7	155	79	11	452	29	16	18	34	1.94
77233812--77234117	78	4.1	78	88	5	411	28	16	21	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77234138--77234370	87	2.7	88	80	5	258	29	15	19	34	1.93
77235006--77235104	30	3.3	30	92	0	171	26	49	6	18	1.70
77235582--77235633	24	2.2	23	83	10	61	36	3	0	59	1.16
77235659--77235787	25	5.2	25	75	10	95	34	6	4	55	1.46
77235773--77235831	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
77235946--77235980	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
77239311--77239364	27	2.0	27	85	10	74	46	1	0	51	1.11
77250510--77250624	44	2.6	44	83	2	131	36	13	23	26	1.92
77261627--77261687	26	2.4	25	81	13	63	62	3	4	29	1.32
77262689--77262742	24	2.2	24	83	6	65	18	1	3	75	1.03
77267922--77268036	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
77267947--77268036	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
77268142--77268206	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
77275760--77275874	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
77275785--77275874	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
77275980--77276044	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
77280356--77280505	77	1.9	78	87	4	223	46	6	6	40	1.54
77280901--77280964	31	2.1	29	85	5	83	43	7	7	40	1.62
77282194--77282245	27	1.9	27	92	0	86	36	17	17	28	1.92
77285746--77285799	22	2.5	21	78	6	63	33	3	7	55	1.45
77285890--77285923	16	2.1	16	89	10	52	38	0	2	58	1.13
77285997--77286065	19	3.4	19	68	26	52	26	7	1	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77285973--77286063	42	2.2	42	82	9	114	27	8	3	60	1.42
77286040--77286105	27	2.4	28	82	10	73	31	9	1	57	1.39
77292481--77292521	21	1.9	22	85	5	57	48	2	0	48	1.14
77292698--77292731	18	1.9	17	88	5	50	55	2	0	41	1.15
77292998--77293043	23	2.0	24	91	4	76	26	0	2	71	0.97
77295559--77295742	49	3.7	49	78	5	208	29	25	17	27	1.98
77295561--77295747	100	1.9	100	93	0	320	29	25	18	26	1.98
77300518--77300563	17	2.9	16	81	9	58	71	0	0	28	0.86
77307563--77307614	21	2.5	21	93	0	86	55	9	23	11	1.64
77310945--77311000	28	2.0	28	96	0	103	32	19	21	26	1.97
77311782--77311827	23	2.0	23	82	4	56	67	0	6	26	1.15
77311858--77312173	3	102.3	3	68	16	121	58	2	9	28	1.44
77313518--77313558	16	2.5	17	80	11	59	31	0	0	68	0.90
77313542--77313612	30	2.3	30	76	11	72	43	2	7	46	1.45
77317484--77317545	21	2.9	21	79	15	65	50	0	1	48	1.10
77319015--77319060	21	2.2	20	84	7	56	23	2	8	65	1.32
77319228--77319293	28	2.4	26	76	14	62	25	1	10	62	1.37
77328476--77328535	29	2.1	29	90	0	93	41	1	6	50	1.39
77333514--77333558	19	2.5	18	83	16	58	11	13	2	73	1.19
77338749--77338792	15	3.3	13	82	14	54	54	2	6	36	1.40
77338789--77338825	15	2.4	16	82	13	51	62	0	8	29	1.24
77341865--77341925	31	2.0	31	83	0	77	49	13	1	36	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77341884--77341942	31	1.9	31	85	0	82	49	10	5	35	1.59
77342777--77342816	21	1.9	21	84	0	53	40	35	7	17	1.78
77343503--77343541	19	2.0	20	90	5	62	74	5	0	20	1.01
77353641--77353810	37	4.7	35	67	20	100	43	1	6	48	1.39
77353565--77353841	107	2.4	113	82	11	359	42	1	4	50	1.33
77353699--77353744	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
77353639--77353849	107	2.0	108	97	0	397	43	1	5	49	1.35
77353806--77353847	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
77353797--77353838	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
77353992--77354082	45	2.0	44	85	2	119	35	27	5	31	1.80
77354063--77354114	16	3.2	16	86	0	68	38	30	0	30	1.58
77357018--77357059	22	2.0	22	85	4	59	30	4	2	61	1.29
77357316--77357386	29	2.4	29	83	4	81	33	4	5	56	1.42
77357585--77357621	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
77372892--77372916	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
77378282--77378358	14	5.2	15	75	9	52	66	0	0	33	0.92
77378313--77378344	7	4.6	7	100	0	64	71	0	0	28	0.86
77379007--77379058	24	2.2	24	92	0	86	57	9	1	30	1.42
77384039--77384086	25	2.0	24	84	12	62	52	2	0	45	1.12
77385920--77385962	12	3.3	12	79	17	50	60	2	0	37	1.10
77385929--77385958	15	2.0	15	100	0	60	60	0	0	40	0.97
77389883--77390052	37	4.7	35	67	20	100	43	1	6	48	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77389807--77390083	107	2.4	113	82	11	359	42	1	4	50	1.33
77389941--77389986	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
77389881--77390091	107	2.0	108	97	0	397	43	1	5	49	1.35
77390048--77390089	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
77390039--77390080	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
77390234--77390324	45	2.0	44	85	2	119	35	27	5	31	1.80
77390303--77390362	16	3.8	16	86	0	75	33	31	0	35	1.58
77390305--77390372	16	4.2	16	86	0	64	35	30	0	33	1.58
77394326--77394372	20	2.3	21	82	10	53	8	51	2	38	1.45
77397423--77397599	48	3.6	48	87	6	255	47	17	12	22	1.81
77397651--77397741	6	15.2	6	89	0	101	59	15	5	19	1.55
77397753--77397828	24	3.2	24	85	7	109	56	10	11	21	1.64
77397651--77397828	6	29.7	6	76	8	76	55	12	9	21	1.66
77400742--77400766	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
77401270--77401306	17	2.2	17	90	0	56	37	0	0	62	0.96
77402705--77402738	13	2.4	14	90	9	52	38	0	5	55	1.24
77403361--77403422	16	3.8	17	76	14	51	59	12	0	27	1.34
77409287--77409385	31	3.3	30	66	16	80	40	18	19	22	1.91
77410647--77410699	27	2.0	27	100	0	106	43	7	7	41	1.61
77418286--77418334	25	1.9	26	83	4	64	46	8	12	32	1.71
77427974--77428005	16	2.0	16	93	0	55	34	12	3	50	1.56
77429928--77429961	17	2.0	17	88	0	50	44	0	14	41	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77431716--77431799	23	3.7	23	91	0	114	50	38	2	9	1.48
77432785--77432817	16	2.1	16	94	0	57	3	15	6	75	1.11
77438061--77438177	6	19.5	6	92	0	153	17	24	34	23	1.96
77438061--77438177	18	6.5	18	92	0	171	17	24	34	23	1.96
77441145--77441255	37	3.0	37	95	0	204	27	12	12	46	1.78
77442695--77442762	23	2.8	24	75	20	70	39	1	2	55	1.24
77448350--77448423	33	2.2	34	74	18	82	43	4	0	52	1.20
77448356--77448463	31	3.4	33	81	8	118	50	4	0	45	1.22
77448417--77448557	15	9.5	14	75	16	83	61	3	2	32	1.25
77448454--77448481	11	2.5	11	100	0	56	64	7	0	28	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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