Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  6  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1597094--1597128
16
2.2
16
94
0
61
45
2
17
34
1.63
1603845--1603879
17
2.1
17
88
0
52
65
2
0
31
1.07
1608111--1608135
7
3.6
7
100
0
50
12
0
0
88
0.53
1608106--1608144
14
2.8
13
81
11
51
15
7
0
76
0.99
1612647--1612716
35
2.0
35
100
0
140
45
5
22
25
1.74
1618391--1619042
216
3.0
216
97
0
1214
40
12
13
33
1.82
1620388--1620723
166
2.0
166
98
0
645
40
17
15
26
1.89
1620554--1620955
205
2.0
205
88
1
599
39
19
16
24
1.92
1627448--1627472
11
2.3
11
100
0
50
28
0
0
72
0.86
1627670--1627744
38
2.0
38
100
0
150
40
8
24
28
1.83
1628367--1628402
18
1.9
19
88
5
56
52
2
16
27
1.57
1631132--1631163
16
1.9
17
93
6
57
53
0
6
40
1.26
1634663--1634706
20
2.3
19
80
4
52
43
0
2
54
1.12
1640770--1640835
33
2.0
33
100
0
132
30
18
21
30
1.97
1648362--1648405
20
2.1
21
87
4
63
54
0
0
45
0.99
1650691--1650933
39
6.0
39
85
9
324
23
28
24
23
1.99
1650764--1650933
88
1.9
88
95
0
304
22
28
24
25
1.99
1657463--1657539
40
1.9
40
91
0
127
23
25
19
31
1.98
1657469--1657723
39
6.5
40
83
4
193
27
27
22
22
1.99
1657804--1657876
28
2.6
28
86
0
110
28
23
9
38
1.86
1660895--1660947
11
4.6
11
75
9
52
49
0
0
50
1.00
1660913--1660963
22
2.3
21
77
9
57
52
0
0
47
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1663439--1663486
24
2.0
24
100
0
96
45
33
0
20
1.52
1664029--1664083
24
2.3
23
81
9
58
50
1
1
45
1.22
1664053--1664110
25
2.2
26
87
12
82
55
0
0
44
0.99
1664046--1664100
16
3.6
16
71
28
57
54
0
0
45
0.99
1664207--1664256
16
3.2
16
78
13
59
36
6
0
58
1.23
1664236--1664277
19
2.2
20
91
4
68
47
0
2
50
1.14
1667068--1667092
13
1.9
13
100
0
50
24
0
0
76
0.80
1668746--1668776
8
3.9
8
91
0
53
70
0
0
29
0.87
1675902--1675948
25
2.0
25
83
8
62
27
14
4
53
1.60
1676209--1676474
46
6.0
46
84
7
325
22
24
14
39
1.91
1676388--1676463
38
2.0
38
97
0
143
25
26
17
31
1.97
1680085--1680192
44
2.4
44
86
6
137
29
23
12
34
1.92
1685925--1686189
41
6.6
40
88
3
372
23
23
27
25
2.00
1685924--1686156
81
2.9
81
98
0
448
23
23
28
24
2.00
1694009--1694313
40
7.6
40
86
2
407
23
22
27
26
2.00
1694008--1694313
81
3.8
81
91
1
456
23
22
27
26
2.00
1696356--1696511
58
2.7
58
83
9
185
44
2
1
51
1.26
1696655--1696698
16
2.8
16
82
0
61
20
29
2
47
1.62
1696601--1696854
78
3.3
78
99
0
499
28
23
5
42
1.76
1696733--1696776
16
2.8
16
82
0
61
20
29
2
47
1.62
1705529--1705597
25
2.7
25
81
4
75
26
20
26
27
1.99
1707500--1707895
197
2.0
197
93
1
677
34
12
16
36
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1708759--1708826
32
2.1
32
94
0
118
35
4
32
27
1.77
1711119--1711153
16
2.1
17
89
10
54
28
17
0
54
1.43
1711870--1711913
17
2.6
17
82
10
54
0
27
2
70
0.99
1711865--1711916
18
2.8
18
77
16
61
0
25
1
73
0.94
1717661--1717696
18
1.9
20
88
11
58
52
0
0
47
1.00
1718728--1718753
3
8.7
3
100
0
52
34
0
0
65
0.93
1721241--1721296
27
2.1
27
100
0
112
28
14
17
39
1.89
1724090--1724211
46
2.6
46
81
5
136
27
22
13
36
1.92
1728430--1728551
46
2.6
47
84
5
147
26
22
13
36
1.92
1739136--1739161
13
2.0
13
100
0
52
30
7
0
61
1.24
1748734--1748771
18
2.1
19
90
5
60
26
0
0
73
0.83
1748774--1748845
22
3.2
22
80
7
81
45
0
2
51
1.15
1748789--1748862
24
3.1
25
79
15
93
41
0
2
55
1.14
1748842--1748899
21
2.8
20
82
14
66
36
0
1
62
1.06
1748855--1748914
20
3.1
19
80
11
68
41
0
0
58
0.98
1749105--1749141
18
1.9
18
89
10
56
45
0
5
48
1.25
1749140--1749188
13
3.7
13
78
5
53
65
0
2
32
1.04
1749152--1749187
7
5.3
7
86
6
56
66
0
2
30
1.06
1749140--1749192
20
2.7
20
82
11
81
64
0
1
33
1.05
1749210--1749252
18
2.5
17
89
10
70
37
4
0
58
1.19
1749213--1749257
18
2.5
18
85
7
65
37
4
0
57
1.19
1749306--1749371
24
2.8
24
84
9
73
18
3
3
75
1.06
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1749406--1749454
4
11.8
4
81
16
55
18
4
0
77
0.92
1749410--1749473
18
3.7
17
81
8
67
20
3
0
76
0.92
1749410--1749464
15
3.7
15
73
22
62
18
3
0
78
0.90
1749539--1749580
20
2.1
20
86
8
59
38
0
0
61
0.96
1749514--1749616
33
3.1
33
89
8
140
38
1
0
58
1.16
1749532--1749576
21
2.1
21
87
4
63
37
0
0
62
0.96
1749536--1749590
12
4.9
11
77
18
60
38
0
1
60
1.08
1749602--1749639
20
1.9
20
84
10
51
44
5
0
50
1.24
1749795--1749835
22
1.9
21
85
14
57
39
0
0
60
0.96
1749798--1749858
31
1.9
32
83
3
79
40
1
0
57
1.08
1749651--1749858
115
1.8
113
83
10
280
37
2
4
55
1.34
1750004--1750033
7
4.1
7
95
4
51
43
0
0
56
0.99
1753278--1753354
30
2.6
30
89
0
109
25
19
25
28
1.99
1755551--1755690
70
2.0
71
87
1
201
43
5
2
47
1.41
1755770--1755845
20
3.8
20
72
14
68
53
2
5
38
1.37
1755763--1755843
40
2.0
40
90
0
126
54
3
4
37
1.40
1756322--1756365
19
2.2
20
92
4
72
47
9
0
43
1.35
1756758--1756819
21
3.0
21
77
11
65
54
1
1
41
1.19
1756778--1756819
22
2.0
20
86
9
57
57
2
0
40
1.12
1756761--1756819
20
2.8
21
76
18
61
55
1
1
40
1.20
1756815--1756887
23
3.1
23
71
7
65
53
2
0
43
1.15
1756885--1756926
21
2.0
21
85
4
57
76
4
0
19
0.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1756987--1757012
9
2.9
9
100
0
52
76
0
0
23
0.78
1757090--1757132
20
2.2
20
83
8
52
55
2
2
39
1.25
1757089--1757152
33
2.0
33
93
3
112
56
1
1
40
1.18
1757122--1757164
21
2.0
22
90
4
70
55
2
0
41
1.12
1757204--1757238
10
3.7
9
88
11
52
77
0
0
22
0.78
1759601--1759649
20
2.5
21
77
12
59
53
10
2
34
1.47
1769201--1769235
5
7.0
5
100
0
70
60
0
0
40
0.97
1769757--1769891
72
1.9
73
98
1
263
34
8
14
41
1.78
1770923--1770960
20
1.9
20
94
0
67
55
18
0
26
1.43
1782640--1782698
29
2.0
30
83
9
77
64
8
0
27
1.22
1789753--1789825
30
2.3
31
83
6
94
27
15
34
23
1.94
1791377--1791406
14
2.1
14
93
0
51
46
3
6
43
1.46
1794085--1794145
29
2.1
29
84
0
77
18
16
21
44
1.87
1804687--1804762
39
1.9
39
91
0
125
14
23
22
39
1.91
1806470--1806508
19
2.1
19
85
9
53
43
2
0
53
1.14
1812471--1812556
31
2.8
31
80
1
111
41
12
9
36
1.75
1815650--1815683
15
2.3
15
89
0
50
8
8
2
79
1.03
1815763--1815829
20
3.3
20
97
0
125
46
2
0
50
1.16
1815888--1815941
22
2.4
23
81
6
65
38
3
1
55
1.28
1815942--1816015
11
6.7
12
77
12
52
39
1
0
59
1.06
1815942--1816007
10
6.1
11
76
13
66
39
1
0
59
1.07
1815949--1816014
21
3.2
20
85
8
87
40
1
0
57
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1815805--1816002
104
1.9
104
82
11
246
38
2
1
57
1.21
1816129--1816162
13
2.4
14
90
9
52
23
0
8
67
1.18
1816290--1816318
10
3.0
10
95
5
51
62
0
0
37
0.96
1826370--1826541
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
1826363--1826538
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
1833600--1833741
44
3.2
44
79
7
155
30
23
20
26
1.98
1835466--1835545
3
27.0
3
76
12
67
30
6
2
61
1.34
1835845--1835878
13
2.7
12
90
9
50
17
2
0
79
0.86
1851214--1851587
44
8.6
43
73
10
203
29
20
22
27
1.98
1853119--1853209
3
30.3
3
76
8
78
29
7
2
60
1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311