genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1326485--1326672	103	1.8	103	88	2	288	36	9	18	36	1.83
1329114--1329419	150	2.0	151	93	0	524	31	19	20	28	1.97
1329382--1329444	32	2.0	32	96	3	119	41	19	28	11	1.85
1329555--1329586	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
1331488--1331605	40	3.0	40	94	0	200	28	27	19	23	1.98
1339363--1339480	40	3.0	40	96	0	209	28	28	19	22	1.98
1348972--1348996	10	2.5	10	100	0	50	20	0	0	80	0.72
1353464--1353504	20	2.0	20	86	9	57	56	7	2	34	1.40
1356582--1356607	6	4.3	6	100	0	52	0	19	15	65	1.27
1356998--1357082	45	1.9	44	88	7	127	42	2	1	54	1.21
1372065--1372126	30	2.1	30	90	0	97	40	17	14	27	1.89
1375793--1375851	31	1.9	31	92	0	100	27	23	18	30	1.98
1375859--1376008	50	3.0	50	94	0	255	27	20	15	36	1.93
1378060--1378085	12	2.2	12	100	0	52	34	42	0	23	1.54
1382838--1382867	15	1.9	16	93	6	53	33	6	6	53	1.53
1389675--1389747	18	4.1	18	84	7	94	35	20	9	34	1.85
1402405--1402439	18	1.9	18	88	0	52	40	0	0	60	0.97
1405308--1405376	28	2.6	25	76	13	66	57	2	2	36	1.28
1405307--1405378	27	2.6	28	75	12	69	58	2	2	36	1.27
1406263--1406333	37	1.9	37	91	0	115	35	29	16	18	1.93
1407800--1407854	27	2.0	28	82	10	69	34	3	0	61	1.13
1407806--1407848	15	2.9	15	76	13	52	32	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1417787--1417845	28	2.1	28	96	0	109	38	11	33	15	1.84
1417864--1417940	37	2.1	38	90	2	120	36	14	27	22	1.92
1422707--1422751	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
1428089--1428129	20	2.0	20	90	0	64	21	39	26	12	1.89
1428573--1428615	20	2.2	20	100	0	86	41	18	9	30	1.82
1429802--1429846	23	2.0	23	81	0	54	62	0	6	31	1.21
1431818--1431851	15	2.2	16	89	5	52	38	0	0	61	0.96
1433295--1433331	2	18.5	2	94	0	65	45	2	0	51	1.15
1439900--1439935	16	2.2	17	90	5	56	66	0	13	19	1.24
1443896--1444032	54	2.6	54	80	1	132	41	12	15	30	1.84
1452069--1452317	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
1452068--1452317	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
1452412--1452443	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1453306--1453380	13	5.9	13	68	27	54	53	4	0	42	1.19
1454945--1454990	23	2.0	23	95	0	83	67	0	0	32	0.91
1455368--1455505	72	1.9	72	93	0	240	36	18	14	29	1.91
1455416--1455811	109	3.7	109	87	5	556	38	16	14	31	1.88
1457896--1457947	16	3.4	16	79	15	56	55	1	11	30	1.46
1458265--1458374	45	2.4	45	92	3	177	18	19	20	42	1.89
1458344--1458405	32	2.0	31	93	3	106	22	16	17	43	1.87
1458265--1458489	119	1.9	120	90	3	364	18	18	21	41	1.91
1458301--1458448	74	2.0	76	93	4	255	20	17	20	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1458667--1458857	18	10.6	18	76	12	160	35	11	15	38	1.83
1458655--1458857	72	2.8	72	80	8	191	35	11	14	37	1.82
1460179--1460427	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
1460178--1460427	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
1460522--1460553	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1460765--1460822	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
1461517--1461566	23	2.1	24	88	3	75	0	34	4	62	1.14
1461508--1461571	28	2.3	27	76	12	67	0	29	4	65	1.13
1461612--1461662	3	19.0	3	74	22	51	60	0	0	39	0.97
1461610--1461665	8	6.8	8	77	22	62	60	0	0	39	0.97
1461604--1461665	5	12.2	5	79	20	67	59	0	0	40	0.97
1461615--1461674	13	4.4	13	76	12	57	61	1	0	36	1.06
1461604--1461674	37	1.9	37	83	11	92	60	1	0	38	1.06
1462152--1462215	18	3.6	18	80	0	74	37	10	14	37	1.81
1466253--1466501	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
1466252--1466501	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
1466596--1466627	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1469061--1469106	23	2.0	23	95	0	83	67	0	0	32	0.91
1469484--1469621	72	1.9	72	93	0	240	36	18	14	29	1.91
1469532--1469924	107	3.7	108	87	6	550	37	16	14	31	1.88
1472009--1472060	16	3.4	16	79	15	56	55	1	11	30	1.46
1472457--1472519	32	2.0	32	96	0	117	22	17	17	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1472378--1472590	45	5.1	43	80	16	241	18	18	21	41	1.91
1472378--1472603	120	1.9	120	90	2	364	18	19	21	41	1.91
1472781--1472971	18	10.6	18	76	12	160	35	11	15	38	1.83
1472769--1472971	72	2.8	72	80	8	191	35	11	14	37	1.82
1474296--1474544	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
1474295--1474544	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
1474639--1474670	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1475604--1475653	23	2.1	24	88	3	75	0	34	4	62	1.14
1475595--1475658	28	2.3	27	76	12	67	0	29	4	65	1.13
1475691--1475746	12	5.0	12	78	22	68	58	0	0	41	0.98
1475691--1475749	5	12.2	5	81	18	72	59	0	0	40	0.97
1475691--1475749	24	2.4	25	89	10	88	59	0	0	40	0.97
1476237--1476300	18	3.6	18	80	0	74	37	10	14	37	1.81
1476930--1477175	110	2.2	110	84	3	332	42	16	13	28	1.85
1477205--1478211	107	9.3	107	80	7	1026	32	13	14	39	1.86
1477205--1478211	216	4.6	214	80	8	1028	32	13	14	39	1.86
1480999--1481570	110	5.2	110	79	11	457	38	15	12	34	1.84
1481598--1482695	107	10.3	108	81	6	1067	31	12	14	40	1.84
1483644--1483697	26	2.1	26	100	0	108	37	22	11	29	1.89
1484317--1484361	18	2.5	19	82	10	58	26	11	24	37	1.89
1486262--1486302	22	1.9	21	85	14	57	75	2	12	9	1.13
1487261--1487369	38	2.8	40	73	5	105	22	20	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1488027--1488064	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
1489986--1490047	12	5.8	11	75	21	53	54	3	1	40	1.26
1489945--1490070	49	2.6	48	87	5	164	52	3	1	42	1.29
1498940--1498979	17	2.4	17	84	12	55	47	2	2	47	1.29
1498935--1499023	44	2.0	44	82	4	108	47	4	6	41	1.50
1500178--1500252	27	2.6	30	81	14	95	37	0	1	61	1.05
1501623--1501674	20	2.6	19	81	6	59	61	0	1	36	1.07
1501623--1501674	10	5.3	9	78	15	50	61	0	1	36	1.07
1503875--1503927	22	2.5	21	81	6	54	47	0	1	50	1.12
1521390--1521419	15	1.9	16	93	6	53	66	3	0	30	1.07
1523421--1523500	42	2.0	40	85	5	106	40	1	3	55	1.26
1524040--1524071	15	2.1	15	100	0	64	56	0	12	31	1.37
1525371--1525399	6	4.8	6	100	0	58	17	17	17	48	1.82
1525377--1525489	45	2.5	45	85	0	163	17	16	21	44	1.87
1525344--1525491	45	3.0	51	79	12	159	18	18	20	42	1.89
1525670--1525839	18	9.4	18	78	5	164	35	12	15	35	1.86
1525860--1525928	36	1.9	36	84	0	93	36	7	15	40	1.76
1525655--1525919	18	14.3	18	72	10	77	36	12	14	36	1.84
1525859--1525928	18	3.9	18	76	0	59	35	7	15	41	1.75
1527125--1527173	5	9.8	5	95	0	89	38	0	20	40	1.53
1533589--1533620	3	10.7	3	93	0	55	71	0	28	0	0.86
1536699--1536772	21	3.7	21	85	7	102	17	16	17	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1541342--1541396	26	2.1	26	100	0	110	41	23	7	27	1.80
1552377--1552402	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
1552524--1552594	23	2.9	24	81	8	90	63	1	0	35	1.03
1552535--1552568	17	1.9	17	88	5	50	67	0	0	32	0.91
1552539--1552577	12	3.3	12	78	7	53	71	0	0	28	0.86
1552681--1552738	29	2.0	28	83	3	71	37	0	1	60	1.07
1553594--1553658	24	2.8	23	77	13	62	38	1	4	55	1.30
1564135--1564511	185	2.0	185	100	0	754	36	24	10	28	1.88
1570007--1570106	49	2.0	49	90	0	155	45	8	8	39	1.63
1576798--1576832	18	1.9	18	94	0	61	42	22	34	0	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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