genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67383835--67383904	25	2.8	25	89	4	97	24	22	27	25	2.00
67384703--67384766	27	2.4	27	83	0	83	20	25	17	37	1.93
67384820--67384871	27	1.9	27	84	0	68	34	13	13	38	1.84
67384882--67384980	27	3.7	26	77	8	76	27	8	22	42	1.81
67385016--67385103	27	3.3	26	87	6	113	38	4	26	30	1.76
67385014--67385130	54	2.2	54	82	0	135	35	6	25	32	1.83
67390294--67390376	30	2.7	31	90	3	134	21	26	20	31	1.98
67390597--67390667	25	2.8	25	91	2	106	28	22	23	25	2.00
67395040--67395222	77	2.3	81	82	10	227	24	22	27	25	2.00
67395040--67395222	40	4.7	40	84	9	225	24	22	27	25	2.00
67395093--67395255	80	2.1	76	83	8	195	25	20	27	25	1.99
67402976--67403152	39	4.6	38	79	13	168	22	20	28	27	1.99
67444046--67444174	46	2.8	46	91	0	204	19	20	29	31	1.97
67450573--67450602	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
67450882--67450914	15	2.2	15	100	0	66	36	6	6	51	1.51
67455634--67455674	21	2.0	21	95	0	73	43	4	26	24	1.74
67464735--67464861	47	2.7	46	77	14	136	28	19	26	25	1.99
67475897--67476115	46	4.7	46	77	8	178	26	21	29	22	1.99
67477021--67477069	25	2.0	25	95	0	89	18	28	32	20	1.96
67477379--67477424	13	3.5	13	90	0	74	13	47	17	21	1.81
67493849--67493993	43	3.4	42	78	5	148	33	20	15	31	1.93
67514904--67514969	34	1.9	34	90	0	105	25	18	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67517897--67518083	93	2.0	93	91	0	302	25	22	21	30	1.99
67529677--67529747	25	2.8	25	79	10	83	28	25	19	26	1.99
67529968--67530048	31	2.7	30	84	5	103	32	18	24	24	1.97
67529968--67530040	29	2.4	29	88	4	101	31	20	26	21	1.98
67534267--67534522	47	5.5	46	71	14	186	29	19	27	23	1.98
67534267--67534522	46	5.5	45	74	13	191	29	19	27	23	1.98
67535499--67535554	29	2.0	28	86	10	78	16	21	44	17	1.86
67541721--67541898	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67541722--67541877	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67541718--67541898	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67544573--67544613	22	1.9	21	85	5	55	14	34	26	24	1.94
67550565--67550736	27	6.3	27	80	7	168	27	13	28	30	1.95
67558694--67558871	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67558695--67558850	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67558691--67558871	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67564481--67564650	46	3.7	46	73	13	177	20	18	30	30	1.97
67564472--67564643	93	1.8	93	94	0	308	21	19	29	29	1.98
67571976--67572146	46	3.7	46	78	6	184	27	19	29	22	1.98
67582487--67582515	13	2.2	13	100	0	58	13	13	13	58	1.63
67584519--67584558	21	2.0	20	90	5	62	15	0	55	30	1.41
67586848--67586876	15	1.9	15	100	0	58	27	20	13	37	1.91
67593315--67593578	40	6.5	40	85	4	309	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67598378--67598428	24	2.1	24	100	0	102	15	7	33	43	1.76
67601219--67601423	43	4.9	43	87	4	271	25	20	29	24	1.99
67601226--67601447	43	5.4	40	86	5	261	25	22	28	23	1.99
67601219--67601447	80	2.8	82	88	5	295	26	21	27	24	1.99
67605388--67605518	46	2.8	48	75	16	148	22	19	28	29	1.98
67618093--67618124	13	2.4	14	94	5	57	21	0	6	71	1.07
67620280--67620306	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
67632831--67633002	79	2.2	78	83	7	213	25	22	28	24	1.99
67632778--67633000	40	5.6	39	79	7	207	25	21	27	24	1.99
67632858--67633034	79	2.2	80	82	4	198	25	22	27	23	2.00
67640730--67640906	39	4.5	39	83	7	189	25	20	28	24	1.99
67640683--67640906	79	2.8	78	80	9	215	25	21	28	25	1.99
67640763--67640937	79	2.2	80	81	5	196	26	22	27	24	2.00
67648448--67648518	34	2.1	34	91	0	115	23	18	11	46	1.81
67654635--67654755	23	5.3	23	82	5	124	23	24	18	33	1.97
67654636--67654755	45	2.7	46	82	11	142	24	25	17	33	1.96
67659722--67659800	26	3.0	26	92	1	122	30	20	16	32	1.94
67660010--67660052	23	1.9	23	90	4	70	20	4	51	23	1.66
67676853--67676898	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
67676860--67676904	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
67682478--67682535	11	5.5	10	75	17	55	13	8	1	75	1.10
67682480--67682551	32	2.3	32	81	15	80	18	6	1	73	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67690854--67690892	20	2.1	18	85	9	51	61	0	2	35	1.10
67690856--67690921	27	2.5	26	76	11	71	68	0	4	27	1.09
67690896--67690948	11	5.1	10	76	17	54	75	1	9	13	1.12
67690896--67690958	31	2.0	31	82	11	76	74	3	11	11	1.18
67691901--67691930	6	5.0	6	91	0	51	16	13	16	53	1.73
67706939--67707334	203	2.0	203	97	0	747	42	15	7	34	1.76
67720681--67720842	73	2.2	73	100	0	324	24	26	14	34	1.94
67721532--67721592	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
67727068--67727325	40	6.5	40	91	3	348	23	21	28	26	1.99
67735042--67735297	40	6.5	40	90	4	330	23	21	28	26	1.99
67735042--67735265	79	2.8	79	89	6	321	22	20	28	28	1.99
67735042--67735297	119	2.2	118	84	9	326	23	21	28	26	1.99
67739331--67739363	17	1.9	17	93	0	57	54	9	0	36	1.32
67742961--67743217	40	6.5	40	91	4	348	23	21	28	26	1.99
67750201--67750377	40	4.5	40	87	7	222	24	22	27	25	2.00
67750201--67750377	79	2.2	79	84	9	220	24	22	27	25	2.00
67755901--67756027	6	20.5	6	72	18	100	49	15	16	18	1.80
67755911--67756027	31	3.5	31	81	14	126	49	15	17	17	1.80
67755913--67756027	37	3.2	37	86	8	143	49	15	16	18	1.80
67756164--67756222	27	2.2	26	85	8	75	40	18	22	18	1.91
67756177--67756237	26	2.3	28	83	8	74	44	21	21	13	1.86
67756396--67756460	22	3.0	22	82	8	87	32	23	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67756888--67757081	27	7.2	27	87	4	223	25	21	19	33	1.97
67756888--67757081	54	3.6	54	88	3	266	25	21	19	33	1.97
67756915--67757081	81	2.1	81	90	0	262	25	20	19	34	1.96
67756941--67757110	81	2.1	81	82	6	202	26	19	20	33	1.96
67757117--67757460	27	12.8	26	80	6	312	31	9	19	39	1.84
67757204--67757460	54	4.8	54	89	0	354	31	8	19	40	1.80
67770010--67770044	12	2.9	12	86	0	52	22	28	25	22	1.99
67776014--67776038	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
67777167--67777283	42	2.8	42	76	7	112	25	17	24	31	1.97
67777996--67778050	23	2.4	23	93	0	92	27	5	21	45	1.74
67779620--67779670	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
67779541--67779807	104	2.6	104	91	3	439	18	20	30	29	1.97
67787095--67787145	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
67787018--67787281	103	2.6	103	92	3	442	18	20	31	29	1.96
67794647--67794698	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
67794465--67794730	104	2.6	104	93	0	453	18	20	30	30	1.96
67806710--67806742	16	2.1	16	94	0	57	39	15	21	24	1.91
67826513--67826635	65	1.9	65	91	0	201	23	17	30	29	1.97
67827787--67827853	25	2.7	25	90	0	107	34	17	20	26	1.96
67831358--67831400	22	2.0	22	95	0	77	37	0	6	55	1.27
67836044--67836074	14	2.2	14	94	0	53	12	3	6	77	1.08
67843103--67843144	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67845719--67845951	31	7.5	31	82	1	288	30	17	26	26	1.97
67845935--67846029	29	3.3	29	89	2	147	31	10	28	29	1.90
67846023--67846185	33	5.0	33	84	1	175	34	10	19	35	1.86
67863973--67864253	139	2.0	139	97	0	526	29	19	11	38	1.87
67864254--67864425	50	3.5	50	80	9	214	23	30	18	26	1.98
67867056--67867157	28	3.6	28	72	5	89	24	28	16	30	1.97
67868558--67868625	34	2.0	34	91	0	109	22	33	1	42	1.62
67871081--67871167	39	2.2	39	83	4	113	22	21	17	37	1.93
67873138--67873315	27	6.6	27	82	3	115	29	28	15	26	1.96
67873159--67873314	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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