genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95366358--95366440	31	3.0	28	77	14	82	34	0	2	62	1.08
95366414--95366477	19	3.5	19	75	16	73	45	0	3	51	1.17
95367530--95367557	6	4.7	6	100	0	56	14	32	17	35	1.90
95375443--95375551	51	2.1	51	98	1	209	26	19	11	43	1.84
95378033--95378089	30	1.9	30	85	7	80	22	50	3	22	1.64
95389894--95390134	115	2.1	115	97	0	455	53	5	4	36	1.46
95390441--95390507	27	2.5	27	76	7	66	50	0	0	49	1.00
95392492--95392539	19	2.5	20	80	12	66	33	0	2	64	1.05
95392584--95392651	27	2.5	26	74	6	73	27	22	19	30	1.97
95392726--95392762	16	2.4	16	86	4	58	59	5	0	35	1.20
95393497--95393538	18	2.4	17	81	14	50	50	0	0	50	1.00
95397911--95397962	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
95399880--95399931	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
95410785--95410828	19	2.3	18	80	7	52	29	2	11	56	1.46
95412372--95412408	18	2.1	18	90	5	58	62	10	0	27	1.28
95416035--95416101	28	2.3	29	80	12	84	53	5	4	35	1.46
95417300--95417358	29	2.0	30	93	3	102	52	13	3	30	1.57
95419190--95419272	42	2.0	42	83	4	105	40	8	26	24	1.83
95422052--95422310	108	2.4	108	84	3	371	38	5	10	45	1.59
95423932--95423975	22	2.0	22	90	0	70	15	34	15	34	1.90
95425411--95425484	28	2.7	27	79	10	71	29	9	4	56	1.49
95425396--95425491	25	3.8	25	70	17	72	29	7	3	60	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95425445--95425494	14	3.5	14	72	22	50	26	6	0	68	1.13
95426022--95426394	127	2.9	127	80	0	406	26	15	18	39	1.90
95427444--95427607	42	3.7	42	82	8	186	29	26	14	29	1.95
95427514--95427697	49	3.8	48	83	9	180	31	25	13	29	1.94
95427541--95427701	47	3.4	46	86	4	178	30	26	14	28	1.95
95427719--95427799	31	2.6	31	90	0	126	25	28	22	23	1.99
95427810--95427905	50	1.9	50	93	0	165	27	20	16	35	1.94
95433594--95433620	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
95435405--95435446	21	2.0	22	81	13	52	71	7	2	19	1.20
95436586--95436617	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
95436712--95436951	49	4.7	50	82	6	252	26	23	29	20	1.99
95444122--95444178	12	4.8	12	86	0	78	0	17	35	47	1.48
95444122--95444178	24	2.4	24	93	0	96	0	17	35	47	1.48
95446545--95446687	63	2.3	61	77	7	151	37	16	6	39	1.75
95447908--95447966	29	2.0	30	86	3	84	49	15	6	28	1.70
95448750--95448788	9	4.4	9	80	6	53	66	2	2	28	1.18
95448781--95448819	20	2.0	19	90	5	60	53	5	2	38	1.37
95448837--95448871	19	1.9	19	88	11	56	60	2	2	34	1.26
95448775--95448952	27	6.5	27	67	19	77	57	3	4	33	1.37
95451019--95451055	19	2.0	20	84	10	51	32	2	5	59	1.34
95458379--95458404	12	2.2	12	100	0	52	42	7	42	7	1.62
95459962--95459992	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95460671--95460699	13	2.2	13	100	0	58	24	0	20	55	1.44
95471630--95471671	22	1.9	22	85	0	57	9	11	4	73	1.22
95476629--95476736	55	2.0	55	100	0	216	33	20	14	31	1.93
95477244--95477330	43	2.0	43	82	4	104	36	17	12	33	1.87
95479901--95479926	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
95481230--95481267	13	2.9	13	88	0	58	26	10	23	39	1.87
95486748--95486834	33	2.6	32	82	10	104	45	1	3	49	1.26
95499781--95499841	32	2.0	30	87	12	88	60	1	0	37	1.07
95499814--95499847	17	1.9	18	94	5	61	67	0	0	32	0.91
95503148--95503190	11	3.9	11	80	20	54	60	2	0	37	1.10
95503148--95503187	5	7.4	5	88	11	53	60	2	0	37	1.11
95503148--95503190	16	2.6	16	88	3	68	60	2	0	37	1.10
95505089--95505201	51	2.2	51	95	0	199	30	23	12	33	1.91
95516043--95516106	31	2.1	31	96	0	119	56	7	0	35	1.28
95516857--95516896	17	2.4	17	86	0	53	35	5	17	42	1.71
95516874--95516924	24	2.2	23	82	6	59	31	5	17	45	1.72
95521558--95521613	28	2.0	28	96	0	103	44	7	16	32	1.74
95521665--95521818	52	2.9	52	84	2	193	26	18	27	27	1.98
95521960--95522023	31	2.1	31	100	0	128	43	9	28	18	1.81
95530345--95530390	17	2.8	17	83	9	51	50	2	4	43	1.34
95534375--95534440	32	2.1	32	100	0	132	39	25	16	18	1.91
95540082--95540119	12	3.1	13	85	7	53	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95543190--95543243	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
95543191--95543314	25	5.0	24	70	16	74	59	4	4	31	1.37
95543455--95543500	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
95543480--95543520	14	2.8	15	75	20	50	60	0	9	29	1.28
95543455--95543515	15	4.1	14	80	16	54	67	0	6	26	1.15
95551081--95551133	22	2.4	22	100	0	106	39	5	20	33	1.76
95551956--95552013	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
95552338--95552579	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
95552338--95552587	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
95555262--95555325	18	3.4	18	73	12	65	14	25	25	35	1.93
95557467--95557632	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
95563170--95563210	21	1.9	22	90	5	66	29	4	21	43	1.73
95564493--95564571	30	2.8	30	79	9	94	30	11	6	51	1.62
95565190--95565243	26	2.2	24	83	12	65	55	1	1	40	1.21
95565548--95565651	31	3.2	31	72	10	100	50	2	5	41	1.41
95569225--95569284	24	2.4	25	80	5	68	78	0	15	6	0.95
95570080--95570133	27	2.0	27	100	0	108	33	11	11	44	1.75
95572808--95572838	16	1.9	16	93	0	53	35	0	16	48	1.46
95573997--95574022	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
95576685--95576894	105	2.0	104	97	0	393	43	10	21	23	1.84
95586679--95586739	2	30.5	2	100	0	122	50	0	49	0	1.00
95588249--95588273	4	6.2	4	100	0	50	24	48	0	28	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95593863--95593910	24	1.9	25	84	16	64	2	29	0	68	1.01
95594811--95594854	23	1.9	23	90	9	72	54	15	6	22	1.65
95595564--95595633	17	3.8	18	80	15	72	54	1	1	42	1.18
95606132--95606210	41	1.9	42	81	2	97	62	1	7	29	1.31
95612192--95612405	108	2.0	108	99	0	419	30	23	18	27	1.98
95615169--95615194	12	2.2	12	100	0	52	46	0	23	30	1.53
95626335--95626393	31	2.0	28	83	9	73	49	8	3	38	1.50
95626389--95626422	18	1.9	17	88	5	50	41	14	2	41	1.61
95632045--95632115	21	3.4	21	94	0	124	32	18	45	4	1.69
95633383--95633431	25	2.0	26	100	0	84	67	4	24	4	1.26
95635971--95636009	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
95648976--95649105	47	2.8	47	81	4	138	40	16	13	29	1.86
95649577--95649663	43	2.0	42	97	2	165	32	18	16	33	1.93
95655881--95655908	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
95659473--95659510	20	1.9	20	88	0	58	31	0	2	65	1.06
95660152--95660188	19	2.1	17	90	10	56	64	0	0	35	0.94
95666794--95666846	20	2.6	20	90	3	79	45	3	0	50	1.19
95666925--95666959	16	2.3	15	90	5	52	40	5	0	54	1.24
95668770--95668935	40	4.2	40	94	0	271	27	27	21	22	1.99
95673525--95673564	13	3.2	13	80	19	50	25	25	0	50	1.50
95673512--95673552	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
95673657--95673722	23	2.8	23	97	2	123	46	39	4	9	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95673653--95673772	23	4.6	28	78	17	93	42	38	3	15	1.64
95674083--95674129	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
95674976--95675024	19	2.7	18	77	22	57	32	6	6	55	1.49
95676883--95676941	28	2.1	28	84	6	75	47	3	5	44	1.42
95679478--95679532	27	2.0	27	92	0	92	30	9	12	47	1.73
95680143--95680181	15	2.7	15	84	4	53	61	0	0	38	0.96
95687605--95687647	16	2.6	17	79	13	54	65	0	18	16	1.28
95691488--95691521	13	2.6	13	90	0	50	23	0	2	73	0.97
95691548--95691611	21	2.9	21	79	11	58	37	3	1	57	1.24
95691637--95691671	16	2.2	16	89	0	52	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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