genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4381317--4381826	44	11.6	44	70	8	288	35	20	21	21	1.96
4381445--4381694	87	2.9	87	81	4	326	36	20	20	22	1.96
4381316--4381606	131	2.2	131	91	0	474	34	21	20	22	1.97
4381316--4381650	131	2.6	131	86	2	388	35	21	21	21	1.96
4381674--4381869	87	2.2	87	81	7	218	35	19	25	19	1.96
4382227--4382301	38	2.0	38	100	0	150	41	34	2	21	1.67
4385404--4385457	3	17.7	3	84	3	63	31	7	0	61	1.24
4385405--4385463	12	5.1	12	81	8	68	30	8	0	61	1.26
4385506--4385559	12	4.2	12	80	13	54	33	9	3	53	1.50
4389166--4389266	38	2.6	38	84	9	116	24	22	24	27	2.00
4389202--4389322	38	3.1	38	85	7	154	20	19	24	35	1.95
4390866--4391044	43	4.2	43	91	0	286	12	24	32	30	1.92
4391198--4391366	58	2.9	58	91	0	277	23	18	28	28	1.98
4391201--4391302	29	3.5	29	70	10	91	23	20	26	29	1.99
4391230--4391332	29	3.6	29	71	10	93	23	16	31	29	1.96
4394926--4395024	38	2.6	38	85	6	121	24	23	25	27	2.00
4394961--4395088	37	3.4	37	81	6	157	19	19	25	35	1.95
4397282--4397320	13	3.0	13	88	7	53	35	0	0	64	0.94
4397934--4398054	59	2.1	59	100	0	242	41	9	4	43	1.59
4400324--4400353	15	2.1	14	93	6	51	13	0	43	43	1.43
4421828--4421915	3	29.7	3	95	2	160	1	31	0	67	0.99
4425010--4425072	28	2.2	28	77	11	65	42	0	1	55	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4425311--4425352	22	1.9	22	90	9	68	40	4	0	54	1.21
4425730--4425780	24	2.1	24	82	7	59	49	1	7	41	1.43
4435939--4435969	11	2.8	11	95	0	53	19	25	35	19	1.95
4435971--4436099	50	2.5	51	88	5	190	35	15	22	26	1.94
4436075--4436223	31	4.8	31	94	0	244	26	20	27	25	1.99
4436252--4436392	42	3.3	42	85	6	158	30	13	26	29	1.94
4438141--4438234	47	2.0	47	100	0	188	46	2	27	23	1.63
4446145--4446213	31	2.2	31	87	5	95	36	10	11	42	1.75
4446516--4446547	3	10.7	3	93	0	55	0	31	0	68	0.90
4450531--4450575	23	2.0	23	95	0	81	37	0	2	60	1.09
4450786--4450852	31	2.2	31	83	0	80	47	14	14	22	1.81
4452715--4452862	23	6.5	22	66	20	63	54	4	7	34	1.48
4452818--4452862	11	4.1	11	82	0	54	60	4	0	35	1.17
4453445--4453469	10	2.5	10	100	0	50	0	52	36	12	1.39
4453578--4453628	17	3.0	16	86	11	66	74	0	5	19	1.02
4454323--4454360	17	2.2	18	90	4	60	65	0	10	23	1.23
4455604--4455666	29	2.3	27	75	19	67	47	0	3	49	1.17
4455756--4455832	39	2.0	39	87	5	111	38	2	6	51	1.41
4455748--4455835	39	2.4	35	72	18	90	38	2	5	53	1.37
4455983--4456028	15	3.1	15	70	17	51	23	10	10	54	1.67
4457448--4457650	89	2.3	88	83	8	236	39	17	8	34	1.80
4457729--4457772	17	2.4	18	81	7	54	52	0	2	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4457974--4458054	9	8.7	9	78	5	54	34	1	2	61	1.17
4457983--4458078	19	5.2	18	75	13	79	29	2	2	66	1.14
4457992--4458085	9	10.4	9	72	15	61	28	2	1	68	1.08
4458028--4458117	27	3.3	27	71	14	69	33	4	1	61	1.23
4458176--4458327	82	1.9	82	81	5	191	37	6	18	37	1.77
4458727--4458769	3	14.3	3	100	0	86	0	32	0	67	0.91
4467981--4468494	262	2.0	265	83	4	664	39	8	13	38	1.75
4469450--4469762	126	2.4	127	84	3	378	39	18	15	26	1.91
4470085--4470252	3	55.3	3	67	9	72	59	2	9	27	1.43
4470085--4470201	49	2.5	46	78	14	121	60	1	8	29	1.36
4470085--4470201	12	9.9	12	76	12	91	60	1	8	29	1.36
4470177--4470245	28	2.4	27	75	13	68	56	4	10	28	1.51
4470204--4470240	16	2.4	15	95	4	65	59	5	10	24	1.52
4471757--4472554	84	9.4	84	84	4	987	18	22	21	37	1.94
4471666--4472554	168	5.2	167	82	5	982	19	22	21	37	1.94
4472624--4472748	64	2.0	64	93	0	214	37	14	16	32	1.88
4480796--4480901	53	2.0	53	98	0	203	14	30	17	37	1.90
4485999--4486171	3	56.3	3	69	11	91	60	1	8	29	1.34
4486014--4486164	24	5.8	25	76	19	114	59	1	8	30	1.35
4486106--4486162	16	3.9	16	76	17	61	57	3	8	29	1.45
4489718--4489763	20	2.2	22	81	14	62	63	0	4	32	1.14
4490047--4490096	4	12.5	4	100	0	100	50	24	0	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4490284--4490351	26	2.5	26	80	7	73	45	7	20	26	1.77
4490391--4490602	9	22.6	9	70	14	92	33	6	0	59	1.23
4490426--4490451	10	2.6	10	100	0	52	46	0	0	53	1.00
4490408--4490586	19	9.2	19	70	12	87	34	6	0	58	1.24
4490407--4490588	20	9.4	18	70	14	89	35	6	0	58	1.24
4497854--4497878	10	2.5	10	100	0	50	64	8	8	20	1.46
4498440--4498506	34	2.0	34	87	0	98	41	16	10	31	1.82
4508884--4508923	21	1.9	21	84	0	53	62	10	5	22	1.46
4519737--4519786	21	2.3	22	82	3	57	64	4	6	26	1.35
4520045--4520137	45	2.1	45	100	0	186	34	2	12	50	1.53
4523368--4523404	18	2.1	18	89	0	56	59	13	8	18	1.58
4530699--4530760	3	20.7	3	93	0	97	35	3	0	61	1.12
4536737--4536767	14	2.2	14	100	0	62	35	19	22	22	1.96
4543701--4543750	25	2.0	25	100	0	100	20	16	20	44	1.87
4545530--4545613	42	2.0	42	100	0	168	50	4	16	28	1.66
4548932--4548978	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
4552043--4552102	25	2.5	24	83	2	66	53	6	11	28	1.62
4552596--4552647	22	2.5	22	81	6	54	63	3	3	28	1.30
4553222--4553262	22	1.9	21	85	5	55	31	9	2	56	1.45
4553793--4553837	14	2.8	17	74	22	51	0	15	11	73	1.10
4556931--4557103	46	3.8	46	91	1	258	24	19	25	30	1.98
4558628--4558896	46	5.8	46	75	13	264	23	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4558624--4558888	93	2.8	92	91	2	422	23	20	27	28	1.99
4571090--4571195	53	2.0	53	96	0	194	19	14	22	43	1.87
4582304--4582479	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
4582301--4582472	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
4589808--4589983	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
4589805--4589975	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
4591506--4591569	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
4591795--4592035	41	6.0	41	96	3	429	26	22	21	29	1.99
4599220--4599283	32	2.0	31	90	3	101	39	23	9	28	1.86
4599522--4599711	41	4.6	41	86	11	246	28	21	20	29	1.98
4599522--4599711	80	2.3	82	85	10	246	28	21	20	29	1.98
4601973--4602069	30	3.2	30	74	8	108	27	25	17	28	1.98
4603763--4603799	13	2.8	14	92	8	60	75	5	10	8	1.17
4604708--4604753	6	7.5	6	81	18	51	78	2	19	0	0.86
4604839--4604870	12	2.8	12	95	4	57	78	0	15	6	0.95
4606957--4607053	30	3.2	30	74	8	108	27	25	17	28	1.98
4607952--4608000	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
4616028--4616113	46	1.9	45	83	4	111	29	27	20	22	1.99
4616536--4616614	30	2.6	30	93	0	131	27	26	3	41	1.73
4618859--4618955	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
4618962--4619016	20	2.7	20	80	2	56	30	16	25	27	1.96
4620382--4620552	45	3.8	44	77	12	193	22	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4625697--4625743	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
4628571--4628606	10	3.8	9	89	10	54	2	8	2	86	0.77
4628578--4628626	22	2.4	19	83	10	53	4	14	4	77	1.06
4630136--4630192	20	2.8	20	81	2	69	24	12	35	28	1.91
4633826--4633995	93	1.8	92	94	1	304	21	21	28	28	1.99
4633830--4634000	46	3.7	46	77	14	199	22	21	28	28	1.99
4641496--4641667	47	3.7	47	83	9	219	29	27	19	23	1.98
4641444--4641664	47	4.8	46	81	10	179	29	27	19	23	1.98
4642087--4642146	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
4644769--4644916	43	3.5	43	75	5	122	27	18	25	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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