genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59114563--59114817	47	5.6	47	84	8	348	32	23	13	30	1.93
59114525--59114858	85	3.8	85	86	7	452	31	24	14	30	1.94
59133174--59133225	26	2.0	26	85	7	70	36	1	15	46	1.57
59134988--59135172	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
59134989--59135172	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
59134989--59135205	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
59147082--59147227	27	5.4	27	84	0	148	37	17	19	25	1.93
59147082--59147198	54	2.2	54	88	0	180	38	17	19	24	1.93
59152182--59152365	40	4.6	39	80	9	176	25	22	27	25	2.00
59152234--59152398	79	2.1	79	79	6	174	26	20	27	25	1.99
59160199--59160381	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
59160200--59160381	40	4.6	39	83	9	208	24	23	28	24	2.00
59160252--59160416	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
59161989--59162160	42	4.0	43	73	18	135	26	27	20	25	1.99
59165434--59165508	28	2.7	28	80	10	91	29	21	21	28	1.98
59171240--59171318	27	3.0	26	79	5	86	24	18	20	36	1.95
59173207--59173637	50	8.5	50	78	3	391	26	16	25	31	1.97
59173255--59173640	101	3.8	101	77	1	308	26	17	25	30	1.97
59173250--59173640	151	2.6	151	87	0	557	26	17	26	30	1.97
59179144--59179290	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
59179190--59179370	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
59179187--59179370	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59186952--59187098	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
59186998--59187178	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
59186995--59187178	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
59189582--59189704	28	4.4	28	88	2	167	34	28	11	26	1.91
59193087--59193174	46	1.9	46	86	4	124	19	34	20	26	1.96
59200355--59200529	47	3.7	48	78	9	182	22	30	18	28	1.97
59200828--59200861	13	2.8	12	91	8	59	52	17	0	29	1.45
59200828--59200866	17	2.3	17	90	0	60	53	17	0	28	1.44
59205691--59205720	12	2.5	12	94	0	51	10	16	20	53	1.71
59212558--59212598	21	2.0	21	100	0	82	24	31	24	19	1.98
59214039--59214073	16	2.2	16	100	0	70	71	5	5	17	1.25
59222390--59222556	43	3.9	43	79	4	151	26	15	25	32	1.96
59225614--59225726	54	2.1	54	89	0	181	23	27	31	16	1.96
59225993--59226032	21	2.0	21	90	5	64	10	40	27	22	1.86
59230235--59230344	51	2.2	51	89	0	166	30	24	13	31	1.94
59237964--59238123	51	3.2	51	92	0	241	30	21	14	33	1.93
59242501--59242645	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
59249240--59249486	47	5.3	47	98	0	478	31	7	29	31	1.85
59249458--59249510	24	2.2	23	93	6	88	37	0	26	35	1.57
59249411--59249559	70	2.1	72	94	3	275	34	5	28	32	1.80
59249317--59249653	164	2.0	166	91	1	561	32	7	29	29	1.85
59249364--59249605	117	2.1	119	96	2	452	33	6	28	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59249483--59249656	47	3.7	47	89	1	244	33	8	30	27	1.87
59249775--59249852	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
59252556--59253094	47	11.5	47	96	0	965	32	8	30	29	1.86
59253212--59253290	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
59258998--59259142	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
59263366--59263399	17	2.0	17	100	0	68	47	17	0	35	1.48
59265546--59265570	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
59278693--59278756	28	2.3	27	79	17	69	64	4	10	20	1.43
59280570--59280791	40	5.6	39	79	8	198	25	21	27	24	1.99
59288527--59288698	79	2.2	78	83	7	213	25	22	28	24	1.99
59288474--59288696	40	5.6	39	79	7	207	25	21	27	24	1.99
59288554--59288731	79	2.2	80	82	3	200	25	22	28	23	1.99
59303616--59303898	129	2.2	130	82	5	347	34	18	18	28	1.94
59304902--59304969	33	2.1	33	100	0	136	45	0	11	42	1.40
59306925--59307189	44	6.1	44	82	6	335	26	27	15	30	1.96
59310989--59311014	13	2.0	13	100	0	52	15	30	0	53	1.42
59318765--59319120	132	2.7	131	83	3	394	34	19	19	26	1.95
59320078--59320137	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
59320800--59321045	49	4.9	50	84	2	316	25	17	28	29	1.97
59320905--59320988	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
59325127--59325299	46	3.8	45	78	7	195	21	20	27	30	1.98
59325124--59325294	93	1.8	93	92	2	290	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59328837--59329077	47	5.1	47	90	0	356	34	11	28	26	1.90
59328884--59328962	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
59328866--59328937	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
59329047--59329231	48	3.8	48	89	5	282	35	7	25	31	1.83
59328866--59329130	141	1.9	139	83	8	331	35	11	27	26	1.90
59329047--59329228	98	1.9	98	91	2	303	35	7	25	31	1.83
59329378--59329486	37	2.9	37	98	0	209	22	19	32	25	1.97
59330757--59331028	40	6.8	40	95	0	454	23	22	29	24	1.99
59334048--59334335	47	6.1	47	91	1	443	34	11	27	26	1.91
59334077--59334148	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
59334305--59334489	48	3.8	48	90	5	300	35	7	27	30	1.83
59334305--59334486	98	1.9	98	94	2	321	35	7	26	30	1.84
59334635--59334779	37	3.9	37	96	0	254	23	19	31	26	1.98
59336646--59336701	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
59339101--59339269	46	3.7	46	74	13	175	24	18	25	31	1.98
59342527--59342701	27	6.5	26	84	3	179	36	17	19	26	1.94
59342529--59342701	81	2.1	81	85	5	233	35	17	19	26	1.94
59369724--59369905	76	2.3	79	89	6	282	26	27	22	23	1.99
59369724--59369905	40	4.7	40	80	10	198	26	27	22	23	1.99
59377769--59377948	78	2.3	80	83	6	224	25	28	22	24	1.99
59377748--59377950	40	5.1	40	82	7	236	25	28	22	24	1.99
59380365--59380510	27	5.4	27	74	8	116	28	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59380364--59380510	54	2.7	54	79	8	163	29	16	27	27	1.97
59380419--59380488	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
59380491--59380528	18	2.1	18	95	0	67	23	15	31	28	1.96
59388489--59388558	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
59388434--59388585	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
59388435--59388590	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97
59392560--59392899	42	8.1	42	86	2	432	24	18	23	32	1.97
59394890--59394983	28	3.3	28	83	2	125	24	13	32	28	1.94
59399296--59399327	16	2.0	16	93	0	55	43	15	25	15	1.86
59406875--59407370	42	11.8	42	87	0	679	23	19	24	33	1.97
59408387--59408498	52	2.2	52	93	0	188	18	21	30	29	1.97
59408387--59408511	52	2.4	52	89	2	171	20	20	29	29	1.98
59414050--59414193	46	3.1	45	71	16	125	28	27	20	23	1.99
59425597--59425961	48	7.6	48	84	1	371	24	30	18	26	1.98
59425600--59425961	143	2.5	143	84	5	439	24	29	18	26	1.98
59443120--59443450	48	6.9	48	72	9	262	28	28	16	26	1.97
59443070--59443451	96	4.0	96	86	0	514	27	28	17	26	1.98
59452495--59452826	47	7.1	47	92	0	486	34	10	28	26	1.90
59452590--59452667	25	3.2	25	64	29	69	30	10	29	29	1.90
59452615--59452736	22	5.3	22	63	27	65	31	13	29	25	1.93
59452708--59452783	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
59452800--59452936	46	3.0	46	90	0	211	34	8	30	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59454683--59454782	29	3.5	29	86	4	132	24	12	32	32	1.91
59459196--59459263	29	2.3	29	89	0	100	25	13	30	30	1.93
59463676--59463767	29	3.2	29	90	0	148	26	14	31	28	1.94
59469176--59469223	24	2.0	24	88	8	71	35	8	14	41	1.76
59469617--59469651	17	2.1	17	94	0	61	51	11	17	20	1.75
59479887--59480338	149	3.0	149	94	0	796	36	20	9	34	1.84
59485518--59485696	48	3.9	47	74	8	152	25	17	26	31	1.97
59488161--59488308	43	3.5	44	74	13	137	29	20	24	25	1.99
59488157--59488350	85	2.3	85	86	0	271	27	20	23	27	1.99
59488161--59488387	85	2.7	85	81	1	213	28	20	24	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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