genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.148.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50313997--50314145	27	5.5	26	77	15	101	25	16	29	28	1.96
50320837--50320931	40	2.4	39	85	3	120	38	36	10	13	1.80
50321345--50321439	40	2.4	39	85	3	120	38	36	10	13	1.80
50320784--50321789	508	2.0	508	100	0	2012	36	26	13	23	1.92
50331933--50331990	29	2.0	30	82	3	73	32	15	25	25	1.95
50332330--50332502	46	3.7	45	80	13	165	28	19	28	23	1.98
50332333--50332553	94	2.3	93	82	7	241	28	19	26	24	1.99
50343828--50343867	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
50350107--50350272	46	3.6	46	80	6	183	29	21	27	22	1.99
50351733--50351872	42	3.3	42	79	7	113	27	15	25	31	1.95
50356878--50357056	28	6.4	28	92	1	279	27	11	27	34	1.91
50365100--50365253	28	5.5	28	95	0	274	27	12	27	33	1.92
50372659--50372688	12	2.6	12	94	5	53	50	6	0	43	1.28
50373156--50373301	28	5.5	28	84	9	193	26	12	28	33	1.92
50373153--50373302	53	2.9	54	87	8	197	26	12	28	33	1.93
50373201--50373312	27	4.1	27	83	5	75	28	12	25	33	1.92
50386352--50386452	29	3.5	29	90	1	150	29	27	14	27	1.96
50394368--50394468	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
50397754--50397795	10	4.1	10	87	3	57	71	0	7	21	1.09
50397756--50397795	20	2.0	20	95	0	71	72	0	7	20	1.08
50408517--50408584	29	2.3	29	82	10	84	23	16	7	52	1.68
50412615--50412648	17	1.9	18	88	5	52	38	11	5	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50412594--50412648	19	3.1	17	78	7	56	34	12	9	43	1.74
50417353--50417512	44	3.7	44	76	11	143	31	20	22	26	1.98
50425754--50425938	40	4.6	40	78	5	194	22	21	29	27	1.99
50430026--50430183	43	3.7	43	78	7	160	25	16	25	31	1.96
50436213--50436354	73	1.9	73	95	0	257	32	4	25	37	1.77
50436782--50436946	85	1.9	86	85	6	228	24	18	24	33	1.97
50447317--50447446	48	2.7	47	87	2	170	20	18	27	33	1.96
50448214--50448281	25	2.7	25	81	0	82	33	17	17	30	1.94
50451084--50451154	20	3.5	20	90	3	108	35	9	16	38	1.82
50451103--50451200	39	2.5	38	77	15	92	35	9	17	37	1.82
50451144--50451195	19	2.7	18	82	5	50	36	7	19	36	1.80
50451082--50451204	20	6.2	20	76	16	87	36	8	17	36	1.82
50454047--50454083	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
50455801--50455972	47	3.7	46	79	13	181	25	19	30	25	1.98
50457691--50457785	43	2.2	43	94	0	163	22	24	34	18	1.96
50457714--50457805	43	2.1	43	83	0	112	19	26	36	17	1.94
50461025--50461054	16	1.9	15	93	6	51	66	3	0	30	1.07
50461890--50461949	24	2.5	24	76	12	61	40	1	3	55	1.27
50462851--50462920	35	2.0	35	97	0	131	32	8	22	35	1.85
50464582--50464771	96	2.0	96	91	2	310	11	33	16	38	1.85
50465777--50465838	18	3.4	18	88	2	61	37	14	1	46	1.54
50465790--50465838	18	2.7	18	96	0	89	36	18	0	44	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50469047--50469109	30	2.1	30	93	0	108	49	9	17	23	1.76
50471257--50471296	19	2.1	19	100	0	80	42	5	25	27	1.75
50471367--50471489	47	2.6	47	75	15	121	30	18	30	21	1.97
50475027--50475199	46	3.7	46	79	10	208	23	20	25	30	1.98
50475024--50475194	93	1.8	93	94	0	306	23	20	26	29	1.99
50482377--50482436	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
50484469--50484634	47	3.6	45	76	11	158	27	18	29	24	1.98
50484414--50484665	94	2.7	93	79	11	282	30	18	28	23	1.97
50485992--50486066	31	2.4	31	93	0	123	29	25	17	28	1.97
50486090--50486181	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
50486326--50486473	26	5.8	26	88	1	212	26	23	22	27	2.00
50486326--50486473	52	2.9	52	91	3	239	26	23	22	27	2.00
50487283--50487348	27	2.4	27	92	0	105	16	27	19	36	1.93
50487378--50487764	27	14.3	27	78	5	217	33	8	19	38	1.82
50487378--50487641	110	2.4	108	79	3	253	31	9	18	40	1.83
50487467--50487697	81	2.9	80	83	4	259	29	8	19	42	1.81
50487380--50487764	54	7.1	54	77	6	251	32	8	19	38	1.82
50487662--50487794	54	2.5	53	86	2	176	41	6	19	32	1.78
50487688--50487818	27	4.9	27	88	1	149	41	6	21	29	1.79
50487678--50487856	81	2.2	81	75	2	180	37	7	21	33	1.81
50490299--50490380	43	1.9	43	89	0	128	20	20	30	28	1.98
50494648--50494747	39	2.6	39	88	3	148	24	23	26	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50501515--50501596	43	1.9	43	89	0	128	20	20	31	26	1.98
50501794--50501848	28	2.0	28	96	0	101	20	9	21	49	1.76
50510205--50510242	12	3.2	12	92	0	58	36	18	0	44	1.50
50519992--50520021	16	1.9	15	93	6	51	53	16	16	13	1.73
50520717--50520800	34	2.5	33	80	3	114	27	21	25	26	1.99
50521628--50521746	43	2.8	43	79	3	116	33	29	15	21	1.94
50524379--50524691	46	6.7	46	72	15	209	24	30	18	26	1.98
50524377--50524647	47	5.7	47	74	14	195	23	30	19	26	1.98
50524845--50524900	28	2.0	28	100	0	112	32	14	14	39	1.86
50528689--50528737	15	3.3	15	82	0	53	57	10	18	14	1.65
50529947--50530018	36	2.0	36	97	0	135	27	27	12	31	1.93
50532541--50532660	43	2.8	43	89	0	177	35	30	13	21	1.92
50536693--50536920	49	4.6	49	84	3	294	29	27	17	25	1.97
50559394--50559468	28	2.7	27	77	4	96	24	22	14	38	1.92
50562117--50562176	31	1.9	31	100	0	120	46	13	10	30	1.75
50562376--50562596	45	5.0	45	90	1	338	26	27	22	23	1.99
50562334--50562596	135	2.0	130	85	5	348	26	27	20	24	1.99
50575791--50575824	11	3.1	11	82	0	50	0	14	0	85	0.60
50581688--50581756	30	2.3	30	82	7	88	10	11	15	62	1.54
50581692--50581756	15	4.4	15	79	9	71	10	12	12	64	1.50
50583886--50584117	49	4.7	49	83	2	284	25	18	27	28	1.98
50585596--50585658	27	2.3	27	80	0	72	34	15	20	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50586984--50587073	43	2.1	42	83	6	110	26	18	23	31	1.98
50590962--50591123	43	3.8	44	78	9	147	24	14	25	35	1.94
50594924--50594948	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
50596894--50597173	48	5.8	48	75	6	228	24	27	20	27	1.99
50596885--50597174	96	3.0	96	80	6	268	25	27	19	27	1.99
50596909--50597173	144	1.8	144	81	6	331	24	27	19	28	1.99
50597859--50597934	37	2.1	37	97	0	143	44	13	14	27	1.82
50599043--50599262	43	5.2	43	66	14	136	25	27	18	28	1.98
50599089--50599221	41	3.2	40	70	12	115	26	27	20	26	1.99
50599041--50599266	84	2.7	84	90	1	364	25	27	18	28	1.98
50601148--50601177	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
50605564--50605706	40	3.6	39	93	3	225	24	27	24	23	2.00
50608503--50608634	42	3.1	42	67	12	117	25	30	18	26	1.98
50608482--50608714	84	2.8	84	90	0	358	26	28	17	27	1.98
50608471--50608703	43	5.5	43	66	12	133	26	27	17	28	1.98
50610595--50610624	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
50610725--50610867	48	3.0	48	75	6	146	28	30	16	24	1.96
50618057--50618225	46	3.7	44	77	7	160	25	30	18	25	1.98
50618058--50618271	94	2.3	90	81	6	234	25	29	18	26	1.98
50625935--50625981	22	2.1	22	84	7	60	46	6	10	36	1.64
50634602--50635038	71	6.2	71	76	8	320	24	18	22	34	1.96
50634695--50634897	72	2.8	72	80	10	204	25	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50638742--50638779	16	2.4	16	95	0	67	23	21	26	28	1.99
50642711--50643556	421	2.0	421	100	0	1692	31	12	20	36	1.89
50649570--50649597	14	2.0	14	100	0	56	42	21	0	35	1.53
50651755--50651801	15	3.1	15	93	0	85	31	21	12	34	1.91
50670001--50670063	32	2.0	32	96	0	117	25	15	12	46	1.82
50673405--50673549	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
50681420--50681564	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
50737429--50737613	40	4.6	40	79	3	219	24	25	23	26	2.00
50737393--50737613	80	2.8	80	83	4	252	24	25	23	26	2.00
50741207--50741439	49	4.7	50	82	3	274	26	18	26	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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