genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74546759--74546817	20	2.8	20	75	17	57	59	3	0	37	1.14
74548154--74548282	65	2.0	65	96	0	240	29	18	12	39	1.87
74552431--74552467	9	4.2	9	89	3	58	0	24	0	75	0.80
74552503--74552557	13	4.2	13	73	19	51	20	7	1	70	1.20
74552498--74552560	26	2.5	24	79	20	67	19	7	1	71	1.19
74553516--74553627	34	3.3	33	88	5	118	29	10	15	44	1.80
74553656--74553740	34	2.5	35	88	5	129	25	17	14	42	1.87
74556217--74556312	40	2.4	40	80	3	113	33	29	15	21	1.94
74557676--74557819	40	3.5	42	78	16	149	33	25	14	26	1.94
74558519--74558572	27	2.0	27	96	0	99	18	24	0	57	1.40
74565093--74565124	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
74567514--74567549	13	2.8	14	84	16	51	27	22	0	50	1.50
74567664--74567798	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
74568039--74568077	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
74569395--74569452	5	11.0	5	82	10	71	56	1	0	41	1.09
74571814--74571923	40	2.7	40	83	12	136	32	26	15	25	1.95
74578641--74578697	24	2.3	26	75	9	64	35	8	8	47	1.66
74580729--74580769	21	2.0	20	85	4	55	26	2	0	70	0.99
74589518--74589551	10	3.3	10	84	8	50	61	0	0	38	0.96
74590408--74590471	13	4.9	13	78	0	74	35	21	9	32	1.86
74590406--74590479	26	2.9	25	79	2	76	36	20	9	33	1.85
74598267--74598311	18	2.3	20	85	7	58	44	8	0	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74598605--74598674	35	2.0	35	100	0	140	25	14	17	42	1.86
74600645--74600736	31	3.0	29	79	17	89	47	2	1	48	1.20
74600666--74600735	30	2.4	28	77	13	68	47	2	1	48	1.25
74601851--74601902	21	2.4	23	81	18	67	28	7	0	63	1.22
74602292--74602328	15	2.3	17	90	9	60	56	0	0	43	0.99
74610929--74610959	16	1.9	16	100	0	62	61	6	0	32	1.21
74611832--74611891	30	2.0	30	86	0	84	60	13	3	23	1.48
74612726--74612757	9	3.7	9	95	4	57	9	43	0	46	1.35
74614502--74614542	21	2.0	21	85	9	57	41	4	9	43	1.59
74617520--74617564	13	3.5	13	100	0	90	22	22	24	31	1.99
74619945--74620068	39	3.2	39	90	1	176	25	22	29	23	1.99
74622884--74623001	43	2.8	42	78	1	137	33	26	16	23	1.96
74624558--74624607	27	2.0	25	85	14	68	36	4	4	56	1.37
74626610--74626672	33	1.9	32	84	9	83	9	7	14	68	1.39
74629844--74629903	29	2.1	28	81	3	66	46	6	1	45	1.39
74630301--74630342	11	3.8	11	83	0	57	14	0	14	71	1.15
74630301--74630342	22	1.9	22	100	0	84	14	0	14	71	1.15
74634082--74634419	142	2.4	139	88	2	487	29	9	21	39	1.84
74635961--74636254	144	2.0	144	90	1	464	35	9	21	33	1.86
74641807--74641852	21	2.2	21	84	7	58	4	34	2	58	1.30
74645491--74645566	39	1.9	39	100	0	152	55	30	2	11	1.50
74647014--74647106	38	2.4	39	78	7	109	24	15	20	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74649646--74649826	91	2.0	91	96	0	335	29	28	19	22	1.98
74657950--74658027	40	2.0	40	92	0	129	17	15	34	32	1.92
74661687--74661721	11	3.0	12	91	4	54	51	17	0	31	1.45
74668962--74668995	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
74675117--74675145	14	2.1	14	100	0	58	37	0	20	41	1.53
74678740--74678774	17	2.1	17	100	0	70	22	17	25	34	1.96
74680965--74680998	15	2.1	17	89	10	54	23	0	0	76	0.79
74683855--74683951	49	2.0	49	95	0	176	48	5	16	29	1.68
74684862--74684892	15	2.1	15	94	5	55	35	12	0	51	1.40
74685146--74685211	29	2.2	30	80	15	75	63	7	6	22	1.43
74685146--74685211	30	2.2	30	81	10	73	63	7	6	22	1.43
74685829--74685927	31	3.2	31	91	0	153	43	13	11	32	1.79
74686782--74686822	20	2.0	20	90	0	64	39	0	4	56	1.21
74686984--74687014	14	2.2	14	94	0	53	41	12	6	38	1.69
74690395--74690465	33	2.2	33	92	0	115	45	16	5	32	1.71
74694357--74694381	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
74698565--74698646	29	2.9	27	87	10	119	62	15	3	18	1.47
74712760--74712828	34	2.0	34	100	0	138	30	20	8	40	1.82
74725542--74725647	12	8.0	13	70	18	67	31	7	2	58	1.40
74725544--74725580	19	1.9	19	94	0	65	27	5	5	62	1.39
74725311--74725666	179	2.0	170	89	8	547	31	5	4	59	1.39
74725360--74725574	3	70.7	3	67	21	94	31	5	3	59	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74725817--74725868	3	16.7	3	77	15	52	34	0	1	63	1.06
74728893--74728965	34	2.2	34	80	11	89	32	0	12	54	1.38
74729098--74729183	36	2.4	36	88	2	127	60	0	4	34	1.17
74731204--74731228	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
74731892--74731921	10	3.0	10	100	0	60	40	0	20	40	1.52
74755920--74755950	16	1.9	16	93	0	53	6	3	41	48	1.45
74757315--74757365	17	2.9	17	80	13	59	64	0	0	35	0.94
74759917--74759975	27	2.2	27	84	9	84	37	8	3	50	1.49
74761104--74761147	11	4.1	10	88	11	61	29	29	0	40	1.57
74761104--74761145	22	1.9	22	90	9	68	26	30	0	42	1.55
74762317--74762366	7	7.0	7	93	2	82	26	4	14	56	1.56
74762317--74762372	21	2.6	21	88	2	85	26	5	14	53	1.62
74762880--74762944	30	2.2	30	85	0	85	32	41	15	10	1.81
74763462--74763726	131	2.0	131	94	3	471	34	4	4	56	1.40
74763596--74763826	116	2.0	117	94	2	414	35	5	5	53	1.46
74769258--74769392	30	4.5	28	72	9	81	42	11	3	41	1.59
74769347--74769420	31	2.5	31	82	4	89	48	14	1	35	1.53
74773324--74773348	13	1.9	13	100	0	50	8	16	36	40	1.77
74775502--74775575	31	2.5	29	78	10	78	43	14	6	35	1.72
74781650--74781694	20	2.3	19	85	11	63	48	0	11	40	1.39
74782532--74782571	19	2.0	20	85	4	55	37	12	22	27	1.90
74792972--74793009	19	2.0	19	94	0	67	47	7	5	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74796014--74796286	46	5.9	46	88	2	343	41	14	23	21	1.89
74805351--74805381	14	2.1	15	94	5	55	61	0	0	38	0.96
74806824--74806905	38	2.2	38	95	2	148	23	12	13	51	1.74
74809415--74809501	3	30.7	3	68	15	51	33	4	1	60	1.24
74809415--74809491	22	3.6	21	67	23	54	33	3	1	61	1.23
74818767--74818819	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
74820304--74820411	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
74825399--74825463	34	2.0	34	81	6	80	35	24	12	27	1.91
74825771--74825823	26	2.0	26	82	7	63	26	13	20	39	1.89
74827309--74827417	26	4.2	26	91	0	182	36	23	6	33	1.81
74831289--74831338	16	3.0	16	76	5	55	66	6	8	20	1.40
74831545--74831678	25	5.5	25	73	17	88	52	6	7	32	1.55
74831841--74831919	23	3.4	23	79	11	81	56	6	2	34	1.38
74831912--74831992	26	3.2	24	67	20	58	54	6	7	32	1.53
74831980--74832006	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
74832051--74832154	27	3.8	27	73	14	70	62	3	2	30	1.28
74832058--74832138	24	3.4	24	75	16	78	61	4	2	30	1.30
74833877--74834031	71	2.2	71	88	3	240	34	20	18	27	1.96
74833949--74834119	88	2.0	86	87	5	245	35	17	18	28	1.94
74833816--74834258	162	2.9	156	80	11	495	33	20	18	28	1.96
74834065--74834263	73	2.7	72	86	3	274	32	19	17	30	1.95
74854210--74854324	25	4.6	25	70	14	85	53	6	8	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74854358--74854528	23	7.8	22	68	19	72	55	5	4	33	1.45
74854449--74854527	23	3.4	23	79	11	81	56	6	2	34	1.38
74854786--74854919	3	44.0	3	70	12	69	60	3	4	31	1.34
74855653--74855696	21	2.0	22	83	12	56	9	11	13	65	1.46
74856648--74856952	100	3.0	100	93	0	513	32	16	20	29	1.95
74856668--74856941	49	5.5	49	70	13	227	31	15	22	31	1.95
74856916--74857254	44	7.5	44	75	8	259	32	20	20	27	1.97
74856916--74857254	89	3.7	89	76	6	313	32	20	20	27	1.97
74857180--74857461	141	2.0	141	89	1	431	34	21	16	26	1.95
74866197--74866505	104	3.0	104	83	1	361	33	17	21	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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