genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20104704--20104757	24	2.3	23	84	6	65	24	5	24	46	1.74
20106501--20106685	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
20106482--20106685	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
20111956--20112014	29	2.0	29	100	0	118	25	40	6	27	1.80
20118720--20118745	5	5.2	5	100	0	52	0	80	0	19	0.71
20125387--20125449	15	4.3	15	77	16	53	58	0	4	36	1.19
20125486--20125524	15	2.5	16	87	4	53	69	2	23	5	1.21
20126371--20126408	6	6.3	6	93	0	67	21	18	13	47	1.82
20126375--20126414	18	2.2	18	86	0	53	20	22	10	47	1.79
20129493--20129540	22	2.2	22	84	0	60	16	20	29	33	1.95
20129771--20129895	63	2.0	63	96	0	232	48	9	7	35	1.64
20134933--20134981	25	2.0	24	84	4	62	36	4	24	34	1.75
20135657--20135786	47	2.8	47	83	6	156	25	16	24	33	1.95
20137309--20137348	21	2.0	20	85	5	53	37	0	20	42	1.52
20138328--20138373	21	2.2	21	100	0	92	28	8	6	56	1.54
20142778--20142834	28	2.0	29	86	3	80	45	3	22	28	1.69
20142783--20142842	29	2.1	28	84	3	75	48	1	23	26	1.60
20143328--20143474	43	3.4	42	75	5	143	27	12	23	36	1.91
20143399--20143483	43	2.0	43	80	0	98	29	11	22	36	1.90
20154000--20154039	21	2.0	20	85	5	53	7	32	5	55	1.50
20154032--20154071	18	2.2	18	90	0	62	10	12	2	75	1.15
20158958--20159276	46	7.0	47	86	5	359	21	23	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20159004--20159274	137	2.0	136	88	2	400	21	24	15	38	1.92
20161439--20161475	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
20169279--20169637	47	7.7	46	73	16	240	23	28	19	28	1.98
20169279--20169637	94	3.8	93	81	8	363	23	28	19	28	1.98
20169370--20169635	141	1.9	140	82	8	335	22	29	20	28	1.98
20176888--20177344	47	9.7	47	74	11	330	22	29	20	27	1.99
20176889--20177344	94	4.9	95	80	7	461	22	29	20	27	1.99
20176889--20177351	189	2.5	187	78	10	491	22	29	20	27	1.99
20181750--20181869	42	2.8	42	84	3	134	25	15	26	31	1.96
20187069--20187302	27	8.7	27	87	0	297	27	21	9	41	1.85
20187281--20187613	27	12.3	27	76	6	228	39	20	8	30	1.83
20187069--20187331	81	3.2	80	82	3	294	29	21	9	39	1.85
20187281--20187613	54	6.1	54	75	7	271	39	20	8	30	1.83
20187187--20187429	81	3.0	81	76	0	182	34	20	9	34	1.85
20187295--20187501	80	2.6	81	83	3	240	40	21	9	28	1.84
20187631--20187704	27	2.7	27	76	12	71	39	20	18	21	1.93
20188406--20188481	20	3.9	20	86	8	104	36	10	19	32	1.86
20188426--20188481	11	5.5	11	75	16	66	37	12	19	30	1.89
20188531--20188689	26	6.2	26	86	2	216	29	19	22	28	1.98
20188824--20188915	42	2.2	42	92	0	148	27	13	22	36	1.91
20188939--20189017	31	2.5	31	93	0	140	26	17	26	29	1.98
20208564--20208620	19	2.8	21	75	22	66	61	1	1	35	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20208577--20208617	22	1.9	22	90	5	66	63	2	0	34	1.08
20208620--20208688	31	2.3	31	80	12	81	69	4	21	4	1.24
20209904--20210421	277	1.9	276	97	1	993	35	6	16	41	1.73
20210517--20210596	41	1.9	42	85	7	110	26	25	28	20	1.99
20213064--20213097	16	2.1	17	94	5	61	29	11	0	58	1.33
20218433--20218505	31	2.4	30	79	4	83	39	12	12	35	1.80
20225640--20225702	29	2.3	27	79	15	74	42	9	3	44	1.52
20225898--20226013	57	2.0	57	96	0	214	37	9	12	39	1.76
20231836--20231943	53	2.0	54	90	1	173	42	6	16	34	1.74
20241070--20241098	14	2.1	14	100	0	58	20	6	24	48	1.74
20244985--20245082	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
20245013--20245096	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
20249305--20249473	57	3.0	57	85	1	223	37	10	13	38	1.79
20250232--20250264	16	2.1	16	94	0	57	39	6	24	30	1.79
20252159--20252195	19	1.9	19	94	0	65	24	29	8	37	1.84
20267687--20267857	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
20267682--20267848	46	3.6	46	78	13	198	28	28	20	21	1.98
20267684--20267873	46	4.1	46	69	21	110	28	28	20	22	1.98
20270245--20270322	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
20270235--20270322	30	3.0	30	79	12	94	55	15	18	10	1.68
20276489--20276526	18	2.2	18	90	9	62	65	2	10	21	1.35
20277802--20277913	44	2.5	44	92	4	190	27	14	28	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20280195--20280318	27	4.6	27	91	0	203	28	19	10	41	1.84
20280161--20280290	54	2.4	54	84	5	147	31	20	10	38	1.85
20280296--20280570	27	10.2	27	79	8	222	41	22	8	28	1.82
20280215--20280345	54	2.4	54	83	0	163	31	22	9	37	1.85
20280188--20280344	81	1.9	81	84	0	206	31	19	9	39	1.84
20280296--20280648	54	6.5	55	76	7	231	40	20	9	29	1.83
20280175--20280355	81	2.2	81	77	0	200	34	20	8	36	1.84
20280296--20280568	81	3.4	80	82	5	291	41	21	8	28	1.82
20280674--20280751	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
20281552--20281701	26	5.8	26	92	0	248	26	23	23	26	2.00
20281552--20281701	52	2.9	52	97	1	284	26	23	23	26	2.00
20281846--20281937	42	2.2	42	86	0	121	30	13	21	34	1.91
20281961--20282039	31	2.5	31	89	0	122	30	17	24	27	1.97
20291103--20291156	27	2.0	27	92	0	90	22	3	25	48	1.67
20295162--20295213	26	2.0	26	100	0	104	30	30	7	30	1.85
20297331--20297459	49	2.6	49	85	0	168	25	29	18	26	1.98
20297520--20297640	46	2.6	46	82	2	136	24	28	16	29	1.97
20297989--20298074	31	2.7	31	89	3	118	58	20	6	13	1.59
20298770--20298798	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
20303834--20303974	9	15.7	9	92	0	201	31	0	23	44	1.58
20304249--20304312	29	2.2	29	88	5	94	53	0	0	46	1.00
20304249--20304333	15	6.2	14	68	13	52	52	2	0	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20304547--20304593	24	2.0	24	91	0	76	42	4	19	34	1.70
20307257--20307311	27	2.0	28	89	3	85	25	18	38	18	1.93
20308024--20308124	26	3.9	26	84	7	134	44	3	5	45	1.46
20308374--20308446	38	1.9	38	91	0	119	30	43	1	24	1.63
20308433--20308498	15	4.4	15	75	12	64	37	37	1	22	1.64
20308429--20308497	29	2.3	31	85	5	97	36	39	1	23	1.64
20308570--20308609	7	5.7	7	84	0	53	52	30	0	17	1.45
20308572--20308609	14	2.7	14	95	0	67	52	28	0	18	1.45
20309381--20309473	40	2.3	41	83	9	129	19	20	22	37	1.94
20311188--20311228	22	1.9	21	85	5	55	19	24	43	12	1.85
20312432--20312704	46	5.7	47	72	12	193	22	30	18	28	1.98
20313373--20313397	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
20328242--20328280	19	2.0	20	85	14	55	38	15	0	46	1.46
20331335--20331422	44	2.0	44	100	0	176	25	6	18	50	1.71
20333054--20333114	26	2.3	27	80	2	70	42	14	21	21	1.88
20333292--20333463	27	6.4	27	85	0	200	25	19	18	37	1.94
20333294--20333464	81	2.1	81	84	2	227	25	19	18	36	1.94
20337812--20338035	47	4.8	47	83	7	260	29	18	29	22	1.97
20337812--20338032	46	4.7	47	82	7	245	28	18	29	22	1.97
20337817--20338032	93	2.3	93	83	7	260	28	18	29	22	1.98
20338014--20338056	21	2.0	21	95	0	77	27	23	30	18	1.98
20338853--20338961	37	2.9	37	91	0	173	27	30	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20339102--20339345	48	5.0	48	96	1	425	31	28	6	34	1.82
20362211--20362245	18	1.9	19	88	11	56	20	28	17	34	1.95
20368565--20368690	46	2.7	47	82	7	159	23	30	18	26	1.97
20368932--20368990	29	2.0	29	100	0	118	35	27	6	30	1.83
20376387--20376413	6	4.5	6	100	0	54	48	0	51	0	1.00
20379176--20379229	25	2.2	25	86	0	72	20	16	18	44	1.87
20379256--20379322	31	2.1	33	83	8	84	46	8	17	26	1.78
20381188--20381236	24	2.0	24	96	0	89	44	4	18	32	1.68
20394317--20394381	33	1.9	33	96	3	121	33	1	6	58	1.32
20394324--20394383	9	7.0	9	75	17	56	38	1	5	55	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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