genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  54  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15543885--15544171	48	6.0	47	77	5	243	24	30	18	26	1.98
15544792--15544842	24	2.1	24	100	0	102	37	23	9	29	1.87
15546635--15546676	22	1.9	22	90	0	66	54	21	0	23	1.44
15547236--15547305	29	2.4	29	97	0	131	32	30	22	14	1.94
15549320--15549405	43	2.0	43	86	0	118	24	12	26	36	1.92
15550780--15550821	18	2.3	18	83	0	57	23	0	23	52	1.47
15558277--15558332	21	2.7	21	88	0	76	23	30	21	25	1.99
15566967--15567014	25	1.9	25	91	0	78	29	14	37	18	1.91
15568178--15568303	63	2.0	63	87	0	180	33	23	19	23	1.97
15575549--15575589	20	2.1	19	86	4	55	53	0	24	21	1.46
15584350--15584511	85	1.9	84	84	1	216	34	16	21	27	1.95
15584771--15584814	21	2.1	21	91	0	70	25	0	29	45	1.54
15585354--15585393	18	2.2	18	95	0	71	15	7	35	42	1.75
15585391--15585423	14	2.4	14	94	0	57	12	0	33	54	1.37
15585444--15585493	21	2.4	21	86	0	64	20	6	32	42	1.76
15588720--15588913	62	3.2	60	75	15	213	36	5	2	56	1.35
15588720--15589576	99	8.7	98	86	9	1197	37	6	3	52	1.45
15588809--15588852	19	2.4	19	96	3	81	31	0	0	68	0.90
15588720--15588950	117	2.0	117	93	1	392	36	5	2	55	1.37
15588827--15589666	197	4.3	198	90	7	1306	37	6	3	52	1.45
15588833--15589576	99	7.7	98	93	4	1282	37	6	4	51	1.46
15589686--15589798	9	12.7	9	74	15	92	44	13	2	39	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15589686--15589798	25	4.6	25	70	16	76	44	13	2	39	1.58
15589694--15589790	16	6.1	16	70	13	56	43	13	3	40	1.60
15589931--15590002	9	8.2	9	80	9	69	47	16	0	36	1.47
15589924--15589998	34	2.2	34	85	4	98	49	16	0	34	1.46
15595466--15595537	21	3.4	21	84	0	90	30	20	47	1	1.59
15595780--15595849	31	2.3	31	87	0	95	18	11	18	51	1.75
15600671--15600703	14	2.4	14	90	5	50	24	12	30	33	1.91
15600679--15600705	14	1.9	14	100	0	54	25	7	29	37	1.83
15608716--15608891	68	2.6	68	77	12	175	22	28	15	34	1.94
15613221--15613286	30	2.2	30	91	2	116	37	24	13	24	1.91
15619496--15619590	29	3.3	29	76	8	86	30	13	20	35	1.91
15620816--15620987	48	3.6	47	81	7	170	26	18	30	24	1.98
15628323--15628655	48	6.9	48	76	10	297	26	18	28	26	1.98
15628336--15628655	144	2.2	142	84	6	412	26	19	28	25	1.98
15634052--15634231	40	4.4	40	85	2	227	24	14	26	34	1.94
15634409--15634444	17	2.1	17	94	0	63	27	8	16	47	1.75
15656355--15656404	22	2.3	21	83	13	57	38	4	0	58	1.17
15658259--15658562	162	1.9	163	83	4	400	37	18	11	32	1.86
15665375--15665432	17	3.4	17	76	19	59	34	0	5	60	1.19
15668725--15668765	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
15682240--15682275	13	2.8	13	91	0	54	36	11	13	38	1.81
15685299--15685393	43	2.2	43	100	0	190	12	27	31	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15688686--15688756	28	2.5	28	83	0	79	19	32	14	33	1.92
15688716--15688775	28	2.1	28	90	0	93	20	31	15	33	1.93
15690719--15690746	14	2.0	14	100	0	56	50	21	14	14	1.78
15691161--15691226	28	2.4	28	84	0	78	24	28	13	33	1.93
15693042--15693081	19	2.1	19	100	0	80	37	10	17	35	1.83
15696489--15696661	93	1.9	93	92	0	292	29	30	20	19	1.97
15696575--15696612	20	1.9	19	89	5	58	31	36	18	13	1.89
15696482--15696657	46	3.8	46	76	12	180	30	30	19	19	1.97
15701239--15701295	25	2.3	25	81	6	71	22	22	24	29	1.99
15718772--15718931	87	1.8	86	88	4	241	36	18	16	28	1.93
15732393--15732440	20	2.3	22	79	17	57	64	2	8	25	1.32
15732394--15732439	21	2.2	21	85	11	60	63	2	8	26	1.35
15732810--15732860	27	1.9	26	84	11	68	27	1	1	68	1.11
15737280--15737330	24	2.1	24	85	7	68	58	7	1	31	1.37
15739112--15739136	8	3.1	8	100	0	50	48	40	12	0	1.40
15747466--15747578	27	4.2	27	77	4	75	27	23	30	18	1.97
15747491--15747597	27	4.0	28	77	7	96	28	24	28	18	1.98
15750458--15750507	26	1.9	26	87	0	73	22	24	14	40	1.90
15761365--15761414	23	2.0	24	85	11	66	28	6	12	54	1.60
15768546--15768648	52	2.0	53	88	5	156	22	15	8	53	1.69
15769032--15769171	46	3.0	46	90	0	217	32	17	25	25	1.96
15769673--15769799	44	2.8	46	80	8	145	29	18	24	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15769529--15769992	143	3.3	143	82	2	560	30	20	22	26	1.98
15769861--15769986	45	2.6	49	79	7	143	30	23	22	23	1.99
15771630--15771666	3	12.3	3	88	0	56	32	0	2	64	1.07
15771822--15771863	18	2.5	17	81	11	50	28	0	2	69	1.01
15774232--15774328	47	2.1	47	98	0	185	36	10	18	35	1.85
15774611--15774652	17	2.5	17	80	3	50	23	0	16	59	1.37
15777175--15777200	7	3.7	7	100	0	52	0	11	46	42	1.40
15779950--15779985	18	2.1	17	89	5	54	50	0	0	50	1.00
15779954--15779990	10	3.9	10	82	13	51	54	0	0	45	1.00
15784488--15784642	42	3.7	41	79	5	159	30	14	23	30	1.95
15787508--15787619	42	2.7	42	87	5	156	28	23	17	30	1.97
15793595--15793654	10	6.0	10	84	11	70	66	1	8	23	1.28
15794289--15794468	96	1.9	97	85	1	254	32	25	14	27	1.94
15796798--15796867	5	13.8	5	75	21	58	77	1	2	18	0.97
15796833--15796869	6	6.7	6	87	12	53	81	0	0	18	0.70
15803224--15803273	10	5.0	10	79	13	50	68	2	10	20	1.29
15814364--15814427	20	3.2	20	71	8	67	37	21	23	17	1.94
15814364--15814435	20	3.6	20	70	7	65	36	22	23	18	1.95
15826046--15826094	21	2.3	21	83	13	57	22	0	12	65	1.26
15835755--15836077	43	7.6	43	71	6	190	39	17	18	25	1.92
15838814--15838838	11	2.3	11	100	0	50	40	0	0	60	0.97
15838913--15838945	4	8.2	4	87	12	50	75	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15838911--15838943	16	2.1	15	94	5	57	78	0	21	0	0.75
15838913--15838951	20	1.9	21	94	5	71	74	0	25	0	0.82
15846573--15846644	21	3.6	20	76	12	76	45	26	1	26	1.62
15847191--15847243	16	3.4	16	79	12	65	60	1	1	35	1.19
15847178--15847244	30	2.2	32	78	10	77	58	2	1	37	1.23
15848638--15848691	24	2.2	24	100	0	108	38	9	7	44	1.65
15848902--15848946	19	2.3	19	84	7	54	71	2	2	24	1.09
15848967--15849024	21	2.8	21	85	12	68	72	1	0	25	0.94
15848978--15849024	22	2.2	21	88	11	69	74	2	0	23	0.93
15849009--15849059	23	2.1	23	89	10	75	56	0	3	39	1.18
15849019--15849074	25	2.2	26	84	9	71	60	5	3	30	1.36
15853446--15853675	96	2.4	96	81	4	293	23	27	19	30	1.98
15853446--15853663	48	4.5	48	78	6	194	22	27	19	30	1.98
15856247--15856363	20	5.9	20	80	6	112	13	32	18	35	1.90
15859904--15859952	22	2.2	22	85	7	64	16	24	18	40	1.90
15865853--15866006	75	2.1	75	96	0	281	31	5	16	46	1.71
15865875--15865992	38	3.1	38	64	24	95	31	5	15	47	1.69
15867011--15867053	20	2.2	20	100	0	86	51	0	11	37	1.39
15876024--15876093	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
15876024--15876121	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
15883455--15883524	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
15883455--15883552	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15888186--15888395	52	4.1	52	74	11	184	25	14	29	30	1.95
15888186--15888395	104	2.1	100	80	10	230	25	14	29	30	1.95
15889159--15889211	20	2.7	20	87	0	79	20	35	30	13	1.91
15896218--15896290	7	10.4	7	100	0	146	30	41	0	28	1.57
15915045--15915266	46	4.7	46	81	8	236	26	19	31	22	1.98
15915047--15915312	94	2.8	93	77	10	224	27	19	30	22	1.98
15915050--15915305	140	1.8	140	84	6	349	28	19	30	22	1.98
15930368--15930434	33	2.0	33	100	0	134	20	14	29	34	1.93
15936923--15936983	23	2.8	22	82	7	72	44	14	19	21	1.86
15938509--15938548	18	2.2	18	86	0	53	42	10	15	32	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311