genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81765583--81765629	23	2.0	23	100	0	94	0	42	0	57	0.98
81765643--81765679	6	6.2	6	93	0	56	0	21	0	78	0.75
81765640--81765682	14	3.3	13	84	9	52	0	23	0	76	0.78
81765634--81765677	18	2.4	18	92	0	70	0	27	0	72	0.85
81765700--81765770	6	12.2	6	88	5	56	0	43	0	56	0.99
81765715--81765754	3	13.7	3	94	5	73	0	35	0	65	0.93
81765911--81765963	27	2.0	27	92	0	88	9	35	32	22	1.86
81766716--81766910	5	39.0	5	94	2	347	38	0	1	59	1.07
81766686--81766913	15	15.5	14	90	5	264	40	0	1	57	1.09
81767592--81767622	6	5.2	6	92	0	53	16	19	16	48	1.81
81769669--81769717	20	2.3	22	79	6	57	57	0	0	42	0.99
81772885--81772930	22	2.1	21	84	4	56	6	15	8	69	1.34
81772907--81772939	17	1.9	17	88	11	50	9	9	3	78	1.05
81772943--81772992	8	6.4	8	76	4	57	40	2	0	58	1.10
81779521--81779616	44	2.2	45	96	3	178	44	23	2	29	1.65
81780322--81780373	16	3.4	16	77	20	58	46	1	0	51	1.12
81781838--81781945	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
81787355--81787437	41	2.0	41	97	0	157	32	6	14	46	1.69
81796855--81796881	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
81797458--81797577	42	2.9	42	88	2	179	28	8	18	45	1.78
81801187--81801391	102	2.0	101	96	0	374	35	18	15	30	1.92
81807160--81807202	21	2.1	20	82	4	50	20	4	4	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81808426--81808464	19	2.1	19	85	0	51	43	0	2	53	1.14
81815496--81815523	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
81820291--81820384	40	2.5	37	79	8	100	30	27	23	18	1.97
81821560--81821584	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
81824073--81824097	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
81831223--81831253	12	2.6	12	89	0	53	58	6	0	35	1.24
81841071--81841180	26	4.2	26	96	0	184	36	23	6	33	1.80
81841703--81841779	27	3.0	25	75	7	91	25	2	3	67	1.21
81841704--81841795	27	3.5	25	74	18	80	27	3	5	64	1.31
81841916--81842085	24	7.1	24	72	13	84	29	5	5	59	1.43
81842008--81842092	26	3.4	25	81	6	91	30	3	5	60	1.38
81845787--81845828	19	2.2	19	83	8	50	26	21	4	47	1.70
81854261--81854381	44	2.7	43	82	2	125	31	19	19	29	1.96
81855074--81855116	5	8.6	5	85	14	54	16	2	0	81	0.79
81855094--81855119	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
81855924--81856000	27	3.0	25	79	7	100	23	2	6	67	1.27
81855955--81855999	25	1.9	23	82	13	56	24	2	8	64	1.34
81855925--81856016	27	3.5	25	77	18	89	25	3	7	64	1.35
81856050--81856299	26	10.0	24	71	16	111	29	4	5	60	1.39
81856164--81856206	22	2.0	22	85	0	59	27	6	6	58	1.50
81856130--81856317	91	2.0	92	79	9	195	28	5	5	60	1.44
81871227--81871282	24	2.3	24	90	6	87	14	28	23	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81871240--81871355	24	4.7	25	73	9	71	18	25	22	32	1.97
81871249--81871340	24	3.8	25	72	12	75	18	25	21	34	1.96
81875122--81875189	28	2.4	29	80	9	77	36	2	1	58	1.22
81875181--81875290	25	4.6	24	73	15	70	34	8	0	57	1.29
81875256--81875330	37	1.9	37	82	12	89	34	8	1	56	1.37
81875544--81875587	22	2.0	22	83	12	56	27	6	6	59	1.49
81885349--81885392	22	2.0	22	100	0	88	31	18	22	27	1.97
81886174--81886255	16	5.4	15	78	11	78	85	6	7	1	0.79
81886174--81886255	15	5.3	15	80	4	83	85	6	7	1	0.79
81886168--81886268	31	3.2	29	82	10	103	84	4	8	1	0.85
81886169--81886276	21	5.3	18	80	17	90	83	4	10	1	0.87
81886168--81886255	1	88.0	1	70	0	59	85	5	6	2	0.82
81886211--81886276	10	6.5	10	78	16	64	83	1	15	0	0.72
81886203--81886276	20	3.7	20	82	10	71	83	2	13	0	0.74
81887234--81887593	180	2.0	180	90	2	562	31	17	22	28	1.96
81887573--81887952	190	2.0	190	100	0	760	35	16	22	25	1.95
81890209--81890252	16	2.8	16	80	13	56	68	2	0	29	1.02
81890358--81890411	23	2.5	22	75	13	60	57	5	5	31	1.45
81890374--81890459	25	3.7	24	79	10	81	55	5	6	31	1.50
81890476--81890530	21	2.8	20	81	8	67	63	0	3	32	1.12
81890373--81890599	98	2.4	92	78	14	198	58	3	5	31	1.40
81891073--81891246	30	5.8	31	76	14	136	21	4	47	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81891127--81891202	27	2.8	27	84	9	84	21	2	50	26	1.62
81891154--81891246	33	2.9	32	75	24	99	23	3	46	26	1.68
81891713--81891793	37	2.2	37	91	2	128	12	19	22	45	1.83
81891909--81891942	15	2.3	15	94	0	59	61	5	11	20	1.50
81891934--81892143	73	2.9	72	82	9	271	30	22	19	28	1.98
81891934--81892160	75	3.1	72	80	11	262	30	21	19	27	1.98
81892077--81892325	89	2.8	89	95	0	435	30	20	20	27	1.98
81892251--81892418	75	2.2	76	88	4	259	34	21	16	27	1.94
81892398--81892445	14	3.4	14	91	0	69	60	6	14	18	1.55
81892322--81892624	104	3.1	101	78	13	342	39	17	15	26	1.90
81892412--81892699	89	3.2	88	84	6	348	39	18	17	25	1.91
81892590--81892624	14	2.5	14	90	0	52	62	5	17	14	1.49
81892524--81892833	159	1.9	163	84	5	414	36	21	17	23	1.95
81892867--81892908	19	2.2	19	95	0	75	28	28	26	16	1.97
81892965--81893318	75	4.7	74	88	5	446	30	20	18	29	1.97
81892963--81893318	151	2.4	148	86	4	475	30	20	18	30	1.97
81893039--81893318	75	3.7	76	92	1	456	30	20	18	31	1.96
81895420--81895483	20	3.3	18	79	18	67	4	6	4	84	0.87
81895442--81895475	17	1.9	18	94	5	61	8	0	2	88	0.62
81896106--81896143	17	2.2	17	100	0	76	44	13	15	26	1.83
81899304--81899351	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
81899300--81899351	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81899299--81899355	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
81899463--81899516	23	2.5	22	75	13	60	57	5	5	31	1.45
81899479--81899564	25	3.7	24	79	10	81	55	5	6	31	1.50
81899590--81899719	25	5.4	24	70	12	81	59	2	3	34	1.28
81899582--81899633	14	3.7	13	77	22	52	63	0	3	32	1.12
81900197--81900371	30	5.8	30	88	1	219	21	4	47	27	1.68
81900615--81900689	37	1.9	37	82	12	89	33	8	1	57	1.36
81903084--81903127	17	2.5	17	96	3	79	40	6	11	40	1.68
81911956--81911986	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
81920258--81920315	28	2.2	27	79	11	66	32	0	5	62	1.18
81928381--81928449	27	2.6	27	78	0	75	18	14	21	44	1.85
81930813--81930873	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
81933955--81934176	68	3.4	65	76	6	216	23	29	15	31	1.95
81935887--81935948	17	3.6	17	82	4	79	29	20	11	38	1.88
81939196--81939257	27	2.3	27	88	0	88	19	17	19	43	1.88
81939595--81939655	18	3.4	18	86	0	77	29	19	11	39	1.87
81947464--81947512	25	2.0	25	100	0	98	12	24	20	42	1.86
81957404--81957495	25	3.7	25	81	12	109	19	28	19	32	1.96
81957405--81957507	25	4.2	24	79	13	84	19	26	20	33	1.96
81982429--81982480	21	2.5	22	78	15	56	50	1	13	34	1.53
81983380--81983550	43	4.0	43	76	6	150	27	14	25	32	1.95
81985404--81985451	23	2.1	23	100	0	96	35	20	12	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81992700--81992725	11	2.4	11	100	0	52	34	26	0	38	1.57
81993057--81993229	29	6.0	29	75	6	145	48	11	17	22	1.79
81993062--81993229	57	2.9	57	80	1	183	48	11	17	22	1.80
81993148--81993238	28	3.2	28	74	9	85	40	13	20	25	1.89
81993089--81993240	57	2.6	58	85	1	198	44	12	20	23	1.85
82014928--82015038	29	3.9	28	73	6	82	48	9	17	25	1.76
82014947--82015037	28	3.2	28	74	1	92	50	9	14	25	1.73
82015749--82016077	162	2.0	162	98	0	631	35	15	12	36	1.85
82019817--82019924	20	5.5	19	75	6	83	38	18	7	35	1.79
82020081--82020218	24	5.8	23	71	13	93	37	18	19	23	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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