genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20461452--20461517	22	3.0	22	91	8	107	36	28	13	21	1.91
20464897--20465081	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
20464897--20465081	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
20472734--20472918	79	2.3	81	84	9	238	25	27	22	24	2.00
20472734--20472918	40	4.6	41	84	9	240	25	27	22	24	2.00
20476466--20476586	43	2.8	44	76	9	117	33	25	14	25	1.94
20478783--20478849	25	2.7	25	82	13	75	28	22	25	23	1.99
20489651--20489741	40	2.3	39	86	3	119	29	26	14	29	1.95
20490580--20490619	21	1.9	21	85	10	55	35	32	12	20	1.90
20494869--20494997	46	2.8	46	92	0	213	20	20	27	30	1.98
20497910--20497973	15	4.4	15	84	11	89	10	15	12	60	1.58
20501945--20501981	18	2.1	18	100	0	74	43	10	5	40	1.63
20508431--20508614	50	3.7	49	82	6	201	27	27	17	27	1.98
20508431--20508614	101	1.8	99	87	2	269	27	27	17	27	1.98
20510840--20510876	7	5.3	7	86	0	56	32	0	51	16	1.45
20513938--20514192	55	4.8	53	79	8	218	21	24	18	36	1.95
20513985--20514185	108	1.8	110	88	4	309	22	24	18	34	1.96
20522196--20522304	54	2.0	54	96	0	200	25	21	15	37	1.93
20523179--20523207	13	2.2	13	100	0	58	13	27	6	51	1.66
20536257--20536383	45	2.9	45	81	8	129	24	27	22	25	2.00
20536713--20536909	43	4.6	43	91	0	304	29	32	24	13	1.93
20536902--20536985	38	2.2	38	86	0	123	32	26	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20541199--20541460	43	6.1	43	88	4	379	31	32	23	12	1.92
20543676--20543741	20	3.3	21	87	6	66	40	10	16	31	1.83
20543695--20543742	20	2.4	20	96	0	87	37	12	18	31	1.88
20543792--20543928	53	2.7	52	91	7	219	29	21	22	26	1.99
20543792--20543928	26	5.3	26	86	6	183	29	21	22	26	1.99
20545444--20545469	12	2.2	12	100	0	52	11	23	50	15	1.76
20551983--20552027	20	2.2	20	96	0	81	37	8	17	35	1.81
20551992--20552039	20	2.4	20	92	0	78	37	10	18	33	1.85
20552085--20552140	26	2.2	25	90	3	85	32	21	23	23	1.98
20571882--20572065	68	2.7	68	89	5	232	33	14	27	23	1.94
20571942--20572139	68	2.9	68	84	7	201	33	14	29	21	1.93
20573452--20573574	46	2.7	43	82	12	140	22	30	19	27	1.98
20591128--20591249	50	2.5	49	82	5	142	27	22	14	35	1.93
20624913--20625083	43	4.0	43	76	13	156	29	26	19	24	1.98
20626186--20626214	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
20628678--20628825	42	3.5	42	76	12	160	27	27	18	25	1.98
20631640--20631691	27	1.9	27	88	0	77	15	17	36	30	1.91
20631654--20631735	27	3.0	27	78	0	74	20	18	32	28	1.96
20634914--20635127	41	5.3	41	81	5	238	35	16	28	19	1.94
20640416--20640557	41	3.5	41	91	0	230	23	19	26	30	1.98
20644031--20644137	34	3.1	34	64	15	94	25	18	16	39	1.92
20644025--20644159	68	2.0	68	100	0	270	25	16	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20645836--20645938	42	2.4	43	79	6	120	30	19	22	28	1.98
20657375--20657425	27	1.9	26	84	4	66	35	13	27	23	1.93
20658075--20658140	27	2.4	27	87	0	87	25	16	18	39	1.91
20664747--20664806	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
20675366--20675424	27	2.2	27	90	6	93	30	25	23	20	1.98
20679566--20679590	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
20683980--20684095	58	2.0	58	98	0	223	47	3	15	33	1.62
20684869--20684919	21	2.4	22	90	3	77	35	7	17	39	1.79
20685009--20685139	47	2.8	47	83	1	154	23	14	28	33	1.94
20687715--20687853	42	3.3	42	75	6	120	34	17	20	27	1.95
20690218--20690258	22	1.9	22	85	5	57	12	4	26	56	1.56
20695946--20696105	43	3.7	43	77	8	173	23	18	26	32	1.97
20702687--20702973	27	10.6	27	85	0	313	41	20	7	30	1.80
20702687--20703045	81	4.4	81	82	4	348	40	20	8	30	1.82
20702677--20702973	54	5.5	54	86	0	362	40	20	7	31	1.80
20702687--20703045	27	13.3	27	80	5	307	40	20	8	30	1.82
20702767--20703081	27	11.7	27	76	9	99	39	20	7	31	1.81
20703066--20703260	27	7.3	27	83	0	221	34	19	21	25	1.96
20703066--20703242	81	2.2	81	85	0	246	35	20	20	24	1.96
20703686--20703750	22	3.0	22	77	8	60	20	24	21	33	1.97
20703911--20704010	27	3.7	27	86	5	130	19	24	21	36	1.95
20704176--20704272	6	15.8	6	73	16	74	18	15	15	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20704155--20704227	31	2.4	31	88	0	110	19	13	15	52	1.75
20704176--20704263	37	2.4	37	86	0	113	18	15	14	51	1.77
20715480--20715607	42	3.0	41	81	8	148	24	14	26	35	1.93
20717911--20718020	44	2.5	42	74	17	109	26	20	22	30	1.98
20717911--20718069	42	3.7	41	74	17	121	25	18	23	31	1.98
20728481--20728666	92	2.0	92	95	0	336	31	17	24	27	1.97
20738223--20738280	25	2.5	23	81	13	57	36	1	1	60	1.17
20738238--20738280	22	2.0	22	82	8	54	37	0	2	60	1.10
20738244--20738342	3	33.7	3	70	20	59	32	4	0	63	1.13
20738244--20738384	19	8.2	17	69	22	64	32	4	0	62	1.20
20738272--20738337	25	2.7	25	81	11	66	30	6	0	63	1.18
20738304--20738340	14	2.7	14	87	4	58	29	2	0	67	1.04
20738297--20738379	33	2.5	31	81	13	85	31	3	1	63	1.19
20738874--20738931	13	4.5	12	75	12	53	31	3	5	60	1.35
20750622--20751174	210	2.6	211	86	3	746	31	18	21	28	1.97
20752763--20752820	25	2.5	23	81	13	57	36	1	1	60	1.17
20752778--20752820	22	2.0	22	82	8	54	37	0	2	60	1.10
20752784--20752927	19	8.2	17	69	23	59	31	4	1	62	1.23
20752836--20752885	3	17.7	3	80	12	61	32	2	0	66	1.03
20752801--20752922	30	3.8	31	76	16	90	31	4	1	62	1.26
20755513--20755539	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
20757454--20757497	20	2.3	19	84	4	52	18	6	25	50	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20761160--20761357	50	4.0	50	78	2	209	29	10	17	41	1.83
20761159--20761357	100	2.0	100	84	2	256	29	10	17	42	1.83
20779140--20779337	50	4.0	50	79	2	227	31	9	18	40	1.82
20779140--20779333	100	1.9	100	87	2	282	31	9	18	39	1.83
20791969--20792014	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
20798335--20798396	27	2.3	26	76	13	63	48	11	1	38	1.49
20809753--20809793	20	2.0	20	95	0	73	19	12	14	53	1.72
20812865--20813034	84	2.0	84	97	0	322	25	28	12	33	1.92
20813099--20813167	21	3.2	21	67	25	63	57	10	10	21	1.60
20813084--20813172	43	2.1	43	100	0	178	55	8	13	22	1.66
20816465--20816599	27	5.0	27	77	7	121	31	22	15	29	1.95
20823699--20823957	129	2.0	129	100	0	518	32	16	13	37	1.89
20824830--20824900	36	2.0	36	91	0	115	50	2	15	30	1.58
20839658--20839698	17	2.4	17	95	0	73	34	7	17	41	1.77
20839658--20839705	17	2.8	17	90	0	60	31	8	14	45	1.74
20850931--20850968	13	3.1	12	82	17	51	42	0	2	55	1.14
20853510--20853548	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
20854290--20854319	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
20857642--20857672	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
20857829--20857867	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
20860606--20860658	21	2.6	21	93	3	90	43	20	0	35	1.52
20863294--20863348	25	2.2	25	81	12	69	43	0	1	54	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20866187--20866282	25	3.8	25	79	2	95	18	29	18	33	1.95
20866237--20866352	50	2.3	50	83	1	144	21	26	18	32	1.97
20866237--20866348	25	4.5	25	73	0	89	20	26	19	33	1.97
20886110--20886134	13	1.9	13	100	0	50	16	8	32	44	1.76
20893309--20893335	14	1.9	14	100	0	54	18	14	7	59	1.58
20919640--20919758	25	4.8	25	81	5	134	15	29	20	34	1.94
20926148--20926197	22	2.4	20	78	12	55	62	2	4	32	1.25
20931994--20932025	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
20932608--20932653	15	2.9	16	87	9	67	26	6	2	65	1.28
20932900--20932958	26	2.3	25	80	8	64	23	10	5	61	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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