genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88916065--88916177	58	1.9	58	100	0	226	30	5	9	54	1.55
88923869--88923894	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
88932971--88933026	21	2.7	21	94	0	94	28	8	35	26	1.87
88935004--88935163	32	5.0	32	89	0	248	45	9	11	33	1.73
88935004--88935163	64	2.5	64	92	0	275	45	9	11	33	1.73
88940345--88940393	20	2.5	20	75	0	53	77	2	2	18	0.96
88940959--88941029	3	23.3	3	74	8	63	30	1	5	61	1.27
88940971--88941032	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
88940966--88941040	23	3.2	23	80	10	64	32	2	9	56	1.45
88941129--88941167	3	13.0	3	94	0	69	33	2	0	64	1.08
88941426--88941469	22	2.0	23	86	13	65	31	6	6	54	1.53
88947708--88947753	22	2.1	22	95	0	83	26	23	28	21	1.99
88954106--88954308	74	2.7	73	84	7	250	28	18	24	29	1.98
88954470--88954498	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
88954172--88954571	164	2.4	161	84	7	511	27	19	22	31	1.98
88954396--88954664	91	3.0	89	86	5	348	25	20	19	34	1.96
88954598--88954729	71	1.9	71	90	0	210	27	19	23	29	1.98
88955318--88955426	53	2.1	53	96	0	200	25	21	13	39	1.90
88956661--88956731	3	23.3	3	74	8	63	30	1	5	61	1.27
88956673--88956734	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
88956668--88956742	23	3.2	23	80	10	64	32	2	9	56	1.45
88956867--88956918	8	6.0	8	77	16	50	36	1	5	55	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88957112--88957155	22	2.0	23	86	13	65	31	6	6	54	1.53
88959425--88959463	19	2.1	19	95	0	69	28	23	20	28	1.99
88959526--88959583	25	2.3	25	90	0	89	46	10	27	15	1.78
88959541--88959596	25	2.2	25	83	0	67	57	7	23	12	1.60
88960240--88960275	18	2.0	18	100	0	72	44	33	11	11	1.75
88964244--88964276	13	2.4	14	85	10	50	18	18	15	48	1.81
88974323--88974410	43	2.0	43	89	4	133	36	20	18	25	1.95
88977417--88977470	28	1.9	28	85	7	74	46	0	0	53	1.00
88982701--88982725	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
88983946--88984025	42	1.9	42	84	0	106	27	12	26	33	1.92
88983914--88984180	48	5.8	48	73	11	150	28	17	24	29	1.97
88984024--88984213	48	4.0	48	75	8	163	26	21	25	26	1.99
88993191--88993330	53	2.6	53	88	2	201	29	27	17	25	1.98
89000633--89000783	53	2.8	53	88	4	205	29	27	16	26	1.97
89016917--89016971	10	6.0	9	78	21	53	32	0	1	65	1.03
89022071--89022109	21	1.9	21	94	5	71	2	25	0	71	0.98
89022808--89022832	12	2.1	12	100	0	50	60	16	0	24	1.36
89023073--89023135	27	2.2	28	78	13	67	47	1	0	50	1.10
89034315--89034442	3	43.0	3	71	13	68	29	5	5	59	1.43
89036231--89036302	36	2.0	36	97	0	135	37	13	20	27	1.91
89036586--89036627	19	2.2	19	83	8	50	21	23	16	38	1.93
89041268--89041412	44	3.3	43	72	12	134	31	22	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89041211--89042260	88	11.9	88	86	0	1366	34	21	22	21	1.97
89041312--89042246	44	21.3	43	61	18	153	34	21	22	22	1.97
89043656--89043782	3	43.0	3	73	14	50	29	6	6	58	1.47
89043632--89043697	15	4.7	14	76	10	64	24	1	6	68	1.21
89043648--89043706	15	4.2	14	77	14	59	25	1	5	67	1.20
89045933--89045994	27	2.2	27	80	11	63	22	3	16	58	1.52
89064893--89065014	12	10.6	12	68	23	59	53	4	2	40	1.33
89064866--89064981	62	1.9	59	87	5	169	54	5	0	39	1.29
89064951--89065010	29	2.1	29	90	0	93	56	1	5	36	1.31
89066773--89066801	11	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
89068512--89069485	88	11.1	88	87	0	1369	34	21	22	21	1.97
89070659--89070728	3	23.7	3	77	8	54	32	4	5	57	1.42
89072907--89072968	27	2.2	27	80	11	63	22	3	16	58	1.52
89091862--89091983	12	10.6	12	68	23	59	53	4	2	40	1.33
89091835--89091950	62	1.9	59	87	5	169	54	5	0	39	1.29
89091920--89091979	29	2.1	29	90	0	93	56	1	5	36	1.31
89093743--89093771	11	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
89099875--89099906	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
89109832--89109939	38	2.8	38	87	0	135	20	23	26	29	1.99
89113455--89113629	46	3.8	45	77	7	181	29	30	20	20	1.97
89113462--89113634	93	1.9	93	92	0	292	28	30	20	20	1.98
89117398--89117435	12	3.2	12	82	14	51	81	2	15	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89119855--89120061	47	4.3	47	80	6	184	28	28	16	26	1.97
89121965--89122251	44	6.4	43	68	14	143	22	24	19	33	1.97
89122039--89122440	90	4.5	92	77	11	286	22	23	19	33	1.97
89122043--89122480	44	9.9	44	65	19	169	22	23	20	33	1.97
89123927--89124092	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
89131435--89131600	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
89149215--89149318	53	1.9	54	81	11	124	26	31	0	40	1.63
89149335--89149407	36	1.9	36	86	8	101	32	8	6	52	1.58
89149686--89149723	19	2.0	19	94	0	67	31	10	23	34	1.89
89152148--89152310	49	3.6	45	83	8	156	30	26	14	28	1.95
89152190--89152357	47	3.6	46	87	3	201	29	26	15	28	1.96
89152148--89152357	95	2.3	95	81	8	238	30	25	14	29	1.95
89152393--89152534	31	4.6	31	90	1	214	26	26	18	28	1.98
89152510--89152638	50	2.5	51	92	2	215	25	23	17	34	1.96
89155725--89155820	47	2.0	48	85	2	131	20	15	30	33	1.94
89160178--89160370	95	2.0	95	100	0	386	30	17	23	28	1.97
89166180--89166232	24	2.2	24	86	0	70	22	22	24	30	1.99
89166891--89166929	15	2.6	16	84	8	55	53	0	12	33	1.39
89169203--89169720	132	3.9	131	78	3	513	35	18	18	27	1.95
89169247--89169720	261	1.8	263	87	0	718	35	18	18	26	1.95
89174130--89174198	30	2.3	30	82	7	77	33	17	2	46	1.63
89179027--89180260	411	3.0	411	96	0	2288	33	22	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89186138--89186200	33	1.9	33	96	0	117	36	1	31	30	1.67
89189105--89189163	30	1.9	31	86	3	84	49	5	18	27	1.68
89189376--89189439	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
89189417--89189441	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
89194793--89194908	27	4.3	26	86	9	144	37	23	22	16	1.93
89194793--89194908	54	2.1	54	87	3	162	37	23	22	16	1.93
89196527--89196636	26	4.2	26	94	2	168	36	23	4	35	1.76
89205204--89205326	33	3.7	33	76	8	101	30	21	26	21	1.98
89205340--89205451	45	2.5	45	86	0	152	36	16	25	21	1.94
89205336--89205600	46	5.8	46	87	0	264	39	15	23	21	1.91
89205426--89205697	46	5.9	46	85	1	303	41	13	23	21	1.89
89208399--89208459	31	1.9	33	86	6	90	36	0	3	60	1.13
89208471--89208510	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
89233081--89233162	29	2.8	29	83	0	83	58	2	4	34	1.32
89233109--89233160	19	2.7	18	78	21	52	61	3	1	32	1.25
89236247--89236304	30	2.0	29	82	3	71	56	3	0	39	1.16
89240322--89240387	25	2.7	24	76	9	62	30	3	4	62	1.30
89240585--89240681	26	3.8	24	78	12	86	24	4	9	61	1.44
89240600--89240674	26	2.9	26	82	11	91	25	4	6	64	1.36
89240999--89241081	27	3.1	27	96	1	150	34	42	7	15	1.75
89255011--89255165	44	3.5	44	80	7	170	30	22	20	26	1.98
89255269--89255459	85	2.2	85	85	3	240	31	20	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89255317--89255459	44	3.3	44	70	5	139	32	18	20	29	1.96
89255098--89255425	174	1.9	170	86	5	462	30	20	21	26	1.98
89255314--89255474	85	1.9	85	92	0	268	31	18	21	28	1.97
89255326--89255515	85	2.2	85	83	1	229	33	15	24	26	1.95
89255741--89255823	27	3.1	27	96	1	150	34	42	7	15	1.75
89259983--89260045	30	2.1	30	88	11	94	57	11	4	26	1.53
89262249--89262305	13	4.5	13	74	14	57	68	10	3	17	1.33
89271610--89271678	35	2.0	35	97	0	129	37	2	18	40	1.66
89272829--89272984	43	3.6	43	83	3	163	26	17	31	24	1.97
89297955--89298031	27	2.9	27	92	0	118	29	19	12	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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