genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11888593--11888634	22	2.0	21	90	4	66	33	2	2	61	1.21
11890898--11890968	37	1.9	37	100	0	142	46	9	21	22	1.80
11891719--11891777	16	3.4	17	75	13	66	52	1	6	38	1.38
11894229--11894470	107	2.3	106	85	2	324	42	13	12	31	1.81
11898238--11898262	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
11903516--11903557	16	2.8	16	86	10	54	52	0	7	40	1.29
11903534--11903563	13	2.3	13	94	0	51	60	0	0	40	0.97
11907657--11907692	13	2.8	13	100	0	72	22	30	47	0	1.52
11914666--11914695	15	1.9	16	93	6	53	53	23	3	20	1.60
11926485--11926539	25	2.2	26	93	3	94	40	16	10	32	1.83
11935514--11935552	17	2.5	15	80	15	51	76	0	17	5	0.96
11935514--11935552	16	2.4	16	84	12	53	76	0	17	5	0.96
11938960--11939069	42	2.6	42	82	0	139	22	27	28	21	1.99
11941688--11941724	19	1.9	19	88	0	56	78	5	13	2	1.03
11949621--11949866	131	1.9	131	83	1	323	33	17	13	36	1.88
11949833--11949902	36	1.9	36	88	0	104	34	14	14	37	1.86
11949684--11950033	167	2.1	167	85	2	470	34	16	13	36	1.87
11949852--11950194	131	2.6	131	84	0	400	34	14	13	37	1.85
11952542--11952583	20	2.0	21	90	4	68	50	0	19	30	1.48
11953266--11953379	33	3.5	33	76	10	108	32	9	22	35	1.87
11953277--11953379	32	3.2	33	79	5	111	32	8	23	35	1.85
11957379--11957502	62	2.0	62	100	0	248	32	22	11	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11964358--11964390	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
11966932--11966968	18	2.1	19	90	10	60	48	0	13	37	1.43
11969042--11969117	24	3.2	24	77	3	73	38	15	25	21	1.92
11976879--11976916	17	2.2	17	100	0	76	34	26	7	31	1.85
11986888--11986940	24	2.2	24	86	3	72	35	24	22	16	1.95
11991196--11991441	27	9.1	27	88	0	321	34	18	21	25	1.96
11991828--11991893	33	2.0	33	87	0	96	21	19	30	28	1.98
12004114--12004147	4	8.2	4	87	6	50	73	0	2	23	0.97
12004824--12004849	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
12007551--12007594	20	2.1	22	83	8	56	52	6	0	40	1.28
12008117--12008176	18	3.3	18	71	19	52	33	5	0	61	1.17
12008112--12008203	37	2.5	37	78	16	102	31	6	1	60	1.29
12008112--12008310	19	10.3	18	69	23	70	31	6	2	60	1.32
12011808--12011838	15	2.1	15	94	5	55	64	6	12	16	1.47
12013338--12013362	13	1.9	13	100	0	50	12	24	16	48	1.79
12015253--12015319	33	2.0	33	100	0	134	46	17	11	23	1.82
12021962--12021999	19	2.1	18	85	9	51	63	0	0	36	0.95
12034051--12034152	43	2.4	43	85	6	127	34	5	13	46	1.68
12034635--12034677	6	7.0	6	84	5	50	30	6	2	60	1.35
12038210--12038244	15	2.2	16	90	5	54	5	45	0	48	1.26
12053625--12053900	26	10.4	27	79	8	273	39	20	10	30	1.85
12053625--12053898	53	5.2	53	80	8	317	39	20	9	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12053810--12053960	27	5.7	26	80	6	108	37	22	13	26	1.91
12054105--12054189	27	3.2	27	80	6	86	20	22	23	34	1.97
12064060--12064125	28	2.3	29	81	2	71	31	24	3	40	1.70
12064846--12064922	38	2.0	38	92	0	127	36	19	12	31	1.90
12065776--12065822	20	2.4	20	85	3	60	78	0	17	4	0.90
12065754--12065831	20	3.8	19	74	17	59	71	2	15	10	1.23
12067876--12067900	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
12074393--12074584	88	2.2	85	76	11	190	39	17	16	27	1.91
12074573--12074631	30	2.0	30	90	6	93	42	25	10	22	1.84
12074657--12074818	88	1.8	88	85	2	227	35	18	17	27	1.94
12074782--12075319	77	6.8	78	78	11	343	33	18	17	31	1.94
12074995--12075341	77	4.6	74	88	3	437	32	19	17	30	1.95
12074404--12075240	253	3.4	245	82	8	779	35	18	16	29	1.93
12074995--12075344	149	2.3	147	84	5	452	32	19	17	31	1.95
12075298--12075393	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
12075226--12075465	121	2.0	121	95	0	435	33	18	16	30	1.94
12075347--12075571	72	3.0	72	84	10	283	34	19	16	30	1.94
12075149--12075520	198	1.9	197	88	6	563	34	17	16	31	1.92
12075530--12075640	54	2.0	55	84	5	145	38	19	15	26	1.91
12075620--12075653	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
12075491--12076117	140	4.5	140	97	1	1168	37	20	16	24	1.93
12075675--12075779	54	1.9	53	84	7	140	38	19	14	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12075491--12076117	279	2.2	280	96	2	1168	37	20	16	24	1.93
12075814--12075919	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
12075954--12076059	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
12076050--12076215	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
12076090--12076325	122	1.9	125	90	2	379	37	23	14	24	1.92
12076215--12076387	69	2.5	70	85	5	219	34	23	14	28	1.94
12091877--12091942	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
12091961--12091997	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
12092009--12092064	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
12098000--12098169	46	3.7	46	74	16	161	32	29	16	21	1.95
12099940--12100189	61	4.2	60	75	8	188	32	16	23	28	1.95
12100036--12100133	29	3.4	29	94	1	162	29	17	23	29	1.97
12099975--12100191	118	1.8	119	83	4	287	32	17	21	29	1.96
12100906--12100934	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
12100957--12100993	5	7.4	5	100	0	74	40	0	0	59	0.97
12102265--12102321	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
12102694--12102759	23	3.0	23	80	6	91	15	19	24	40	1.90
12107360--12107391	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
12108648--12108704	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
12109077--12109139	21	2.9	22	73	7	65	17	19	23	39	1.92
12117515--12117629	46	2.5	44	84	9	135	26	19	29	24	1.98
12122630--12122956	41	8.0	42	90	3	409	28	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12122995--12123065	37	1.9	37	85	0	97	46	30	0	22	1.52
12123179--12123242	7	9.0	7	77	3	56	23	3	26	46	1.67
12123195--12123245	15	3.5	15	81	2	59	21	1	29	47	1.62
12123833--12123865	7	4.6	7	96	3	57	63	0	0	36	0.95
12123833--12123901	8	9.1	8	84	9	65	69	1	0	28	0.97
12123833--12123908	15	5.1	15	79	3	64	67	1	0	31	0.99
12126375--12126599	40	5.6	40	81	4	247	23	26	24	26	2.00
12126339--12126599	80	3.3	80	80	4	269	23	25	24	26	2.00
12134569--12134793	40	5.6	40	83	2	281	23	27	24	25	2.00
12134533--12134793	80	3.3	80	81	3	285	23	26	24	25	2.00
12139761--12139902	43	3.3	42	86	3	167	23	18	30	27	1.98
12144253--12144283	11	2.8	11	100	0	62	48	0	0	51	1.00
12145535--12145592	26	2.2	26	84	0	71	18	20	20	39	1.92
12149690--12149720	5	6.2	5	100	0	62	38	0	0	61	0.96
12149687--12149727	15	2.7	16	88	11	68	39	0	0	60	0.96
12150799--12150823	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
12150801--12150907	45	2.4	45	82	3	144	23	16	17	42	1.89
12150891--12150925	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
12151898--12151934	4	9.8	4	88	11	60	75	0	0	24	0.80
12151898--12151934	7	4.9	8	93	6	60	75	0	0	24	0.80
12155765--12155847	26	3.2	26	81	3	69	16	24	21	37	1.94
12155890--12155936	24	2.0	24	91	0	76	14	23	25	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12156495--12156595	52	1.9	52	100	0	202	36	23	10	28	1.89
12156966--12157021	29	1.9	29	88	0	85	25	33	12	28	1.92
12161896--12161978	31	2.8	29	78	12	71	36	7	10	45	1.67
12162841--12162918	41	1.9	41	100	0	156	32	20	12	34	1.90
12162841--12162906	21	3.2	21	70	12	73	33	22	12	31	1.91
12164207--12164259	26	2.0	26	82	10	63	32	20	16	30	1.95
12164424--12164486	17	3.7	17	80	0	63	44	25	11	19	1.83
12167755--12167784	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
12172875--12172916	21	2.0	21	100	0	84	38	42	4	14	1.66
12181882--12182191	47	6.6	47	72	13	156	22	30	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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