genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81522780--81522955	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
81524395--81524482	44	2.0	44	88	0	131	31	28	18	21	1.97
81525197--81525247	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
81527872--81528020	45	3.3	45	96	0	271	33	15	10	40	1.82
81531221--81531545	49	6.5	49	82	3	398	29	26	18	25	1.98
81531209--81531550	100	3.4	99	89	2	488	29	26	19	25	1.98
81533422--81533452	11	2.7	11	95	5	53	54	6	0	38	1.26
81533740--81533852	26	4.7	24	67	15	72	51	7	7	32	1.60
81533905--81533962	9	6.0	10	79	15	52	65	3	3	27	1.25
81533911--81533944	3	11.0	3	87	6	50	67	2	0	29	1.05
81534088--81534208	3	39.0	3	66	17	52	57	3	4	33	1.36
81534173--81534203	16	1.9	16	93	0	53	61	6	6	25	1.45
81534326--81534364	17	2.3	17	86	0	51	64	2	5	28	1.28
81536075--81536118	21	2.1	21	82	0	52	22	29	13	34	1.93
81536275--81537049	87	8.9	88	74	10	574	36	18	16	27	1.93
81536523--81536557	14	2.5	14	90	0	52	60	8	11	20	1.57
81536537--81536704	73	2.3	73	83	2	219	33	20	17	27	1.95
81536645--81537049	90	4.5	90	82	7	525	37	18	16	27	1.92
81537116--81537148	15	2.3	15	94	5	59	66	6	12	15	1.42
81537116--81537160	16	2.9	16	87	9	58	64	4	13	17	1.44
81538001--81538105	43	2.4	43	81	9	117	15	24	16	43	1.86
81549063--81549380	159	2.0	159	98	1	611	53	11	12	22	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81549506--81549536	11	2.7	11	95	5	53	54	6	0	38	1.26
81550194--81550308	3	37.3	3	72	13	83	60	2	6	31	1.35
81550424--81550462	17	2.3	17	86	0	51	64	2	5	28	1.28
81550923--81550956	11	3.1	11	91	0	50	50	0	47	2	1.16
81556615--81556731	29	4.0	29	82	7	112	17	0	20	60	1.41
81556658--81556702	14	3.1	14	75	6	54	15	0	15	68	1.21
81560865--81560889	12	2.1	12	100	0	50	40	24	20	16	1.91
81563966--81564201	10	25.0	9	69	19	110	35	1	2	60	1.21
81563974--81564191	38	5.7	37	68	20	121	36	1	2	59	1.20
81563966--81564201	19	12.5	19	69	17	109	35	1	2	60	1.21
81564053--81564132	29	2.9	28	74	14	85	40	1	1	57	1.15
81564053--81564163	55	2.0	56	83	13	140	41	1	0	55	1.16
81566944--81567005	19	3.2	19	93	4	97	35	17	8	38	1.80
81577596--81577634	18	2.2	18	86	4	53	33	7	12	46	1.71
81579888--81579969	40	2.0	40	97	0	155	28	12	24	35	1.91
81597547--81597598	10	5.1	10	78	2	50	28	1	1	67	1.12
81597610--81597652	20	2.1	21	87	8	63	32	0	6	60	1.23
81599084--81599158	37	2.0	37	94	0	132	37	12	18	32	1.88
81608049--81608218	92	1.8	92	94	0	304	28	28	21	21	1.99
81608044--81608215	46	3.7	46	79	11	208	29	27	21	22	1.99
81608046--81608234	46	4.1	46	72	20	144	28	28	21	22	1.99
81615584--81615752	45	3.7	45	81	10	218	28	27	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81615589--81615756	91	1.9	90	94	1	300	28	28	21	21	1.99
81615586--81615772	45	4.1	45	74	18	154	28	28	20	21	1.98
81619001--81619089	46	1.9	47	88	4	137	29	23	13	33	1.93
81621849--81621890	17	2.4	18	84	7	52	76	4	14	4	1.12
81623839--81623946	44	2.4	44	84	3	135	30	22	13	33	1.93
81625732--81625765	14	2.4	14	85	14	52	61	14	0	23	1.33
81628105--81628256	72	2.1	71	82	4	187	38	0	33	27	1.57
81628168--81628216	19	2.5	19	93	3	80	44	0	32	22	1.53
81628255--81628299	23	2.0	23	81	0	54	53	2	26	17	1.56
81631850--81631926	36	2.1	36	85	0	100	40	6	18	35	1.76
81631864--81631939	36	2.1	36	100	0	152	38	2	18	40	1.65
81632297--81632402	42	2.5	43	84	1	133	24	18	25	31	1.98
81636041--81636151	13	8.4	13	71	11	73	35	22	1	40	1.65
81636041--81636132	40	2.3	40	90	0	139	34	20	2	42	1.64
81636832--81636874	22	2.0	22	82	17	54	20	16	0	62	1.32
81646585--81646618	16	2.1	16	88	0	50	17	23	38	20	1.93
81650427--81650507	32	2.6	31	79	11	94	32	23	14	29	1.95
81652421--81652476	28	2.0	28	82	10	69	62	0	8	28	1.25
81652854--81652934	25	3.2	24	84	8	92	62	0	2	34	1.08
81652856--81652901	3	15.3	3	78	17	51	67	0	2	30	1.03
81652789--81652925	28	5.0	27	71	14	95	61	2	4	31	1.30
81652796--81652957	14	11.9	14	66	22	78	60	2	5	31	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81652939--81653022	26	3.2	28	77	14	72	52	0	4	42	1.22
81654165--81654203	20	1.9	21	94	5	71	15	10	35	38	1.81
81655705--81655762	27	2.2	25	82	8	71	56	1	0	41	1.09
81656714--81656748	15	2.3	15	95	0	61	57	8	17	17	1.64
81657301--81657365	30	2.1	31	91	2	105	52	21	10	15	1.73
81657301--81657383	31	2.7	31	85	5	89	57	19	8	14	1.62
81657596--81657640	21	2.1	21	88	8	65	4	48	17	28	1.66
81658050--81658078	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
81663135--81663170	9	4.0	9	92	0	63	36	0	19	44	1.51
81663134--81663441	46	6.8	46	76	15	291	36	3	15	45	1.63
81663202--81663379	82	2.2	81	90	1	275	37	3	14	44	1.62
81663281--81663415	51	2.7	51	82	8	181	36	4	14	45	1.65
81663365--81663504	62	2.3	62	92	0	235	35	3	15	45	1.64
81663364--81663503	16	9.0	16	71	12	112	35	3	15	45	1.64
81664983--81665019	14	2.5	15	86	8	58	37	10	0	51	1.37
81667099--81667208	37	3.0	37	84	0	157	24	12	49	13	1.77
81667099--81667223	37	3.4	37	82	0	142	27	12	46	13	1.80
81667243--81667293	25	2.1	25	85	3	68	31	5	29	33	1.81
81668125--81668166	14	3.0	14	96	0	75	57	33	0	9	1.31
81668142--81668187	21	2.2	21	92	0	74	54	41	0	4	1.20
81668655--81668704	14	3.5	14	78	13	57	54	28	0	18	1.44
81668968--81669157	105	1.8	105	92	0	326	26	18	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81669193--81669302	41	2.7	40	73	15	100	24	23	16	35	1.95
81671979--81672062	26	3.2	26	93	0	141	34	4	22	38	1.75
81674962--81674994	17	1.9	17	88	11	50	54	12	9	24	1.66
81676852--81677301	44	10.1	44	70	5	247	28	21	20	29	1.98
81677195--81677300	43	2.4	43	82	1	122	31	17	22	28	1.97
81677271--81677487	45	4.9	45	73	6	120	28	25	19	27	1.99
81677227--81677520	133	2.2	132	88	1	426	29	23	19	26	1.98
81677406--81677509	45	2.3	44	81	6	111	28	29	16	25	1.97
81677593--81677720	64	2.0	64	93	0	220	36	13	17	32	1.89
81680971--81681225	123	2.0	126	97	2	489	17	26	14	41	1.88
81682269--81682314	19	2.4	19	85	7	58	43	10	23	21	1.84
81685787--81685819	12	2.8	12	86	13	50	0	9	24	66	1.20
81686135--81686183	20	2.4	21	82	6	64	77	6	10	6	1.11
81686610--81686645	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
81697116--81697160	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
81699063--81699111	20	2.5	20	89	0	71	18	46	26	8	1.76
81700798--81700857	30	2.0	30	93	0	102	36	23	10	30	1.87
81702902--81703098	41	4.8	41	91	5	308	28	21	22	27	1.99
81703317--81703390	33	2.4	32	81	14	95	31	9	24	35	1.87
81703327--81703410	33	2.4	36	86	7	111	28	13	25	33	1.93
81707371--81707415	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
81709117--81709145	4	7.2	4	100	0	58	48	0	24	27	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81717949--81717995	24	2.0	24	83	8	60	46	6	12	34	1.67
81742143--81742202	28	2.1	29	81	3	68	43	1	23	31	1.64
81745865--81745941	30	2.6	29	81	8	91	32	9	10	48	1.69
81754762--81754796	7	5.1	7	96	3	63	14	42	0	42	1.45
81758002--81758034	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
81759649--81759706	27	2.1	27	93	0	98	22	27	39	10	1.86
81759808--81759841	17	2.0	17	94	0	59	67	0	32	0	0.91
81763979--81765152	147	8.1	143	85	7	1520	27	6	7	58	1.50
81763977--81765152	283	4.1	287	87	6	1575	27	6	7	58	1.50
81764876--81764916	13	3.2	13	82	0	55	21	2	4	70	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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