genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79021606--79021657	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
79021894--79022086	27	7.2	27	85	0	208	39	7	22	30	1.82
79021894--79022081	81	2.3	81	82	0	232	39	7	21	30	1.82
79022093--79022157	27	2.4	27	86	0	94	32	12	20	35	1.89
79022136--79022341	27	7.6	27	88	0	277	31	8	20	39	1.82
79023218--79023315	21	4.5	21	66	18	58	68	0	17	14	1.21
79023217--79023284	19	3.5	18	79	15	73	70	0	19	10	1.15
79026788--79026950	48	3.5	48	73	10	140	28	15	23	33	1.95
79027042--79027168	38	3.3	38	78	1	137	33	15	18	31	1.93
79029911--79030059	51	3.0	50	80	8	155	53	8	6	31	1.56
79030668--79030716	24	2.0	24	100	0	98	46	16	4	32	1.65
79032666--79032696	1	31.0	1	93	0	53	3	96	0	0	0.21
79033582--79033651	31	2.3	31	85	5	88	47	8	15	28	1.75
79038472--79038921	36	12.3	36	69	11	148	36	16	18	28	1.93
79038875--79038967	35	2.6	34	80	12	116	39	17	21	21	1.92
79039973--79040183	104	2.0	104	99	0	413	25	26	18	30	1.98
79051592--79051712	35	3.5	35	90	0	179	22	23	42	12	1.87
79052294--79052357	22	2.8	23	74	6	60	20	4	1	73	1.09
79052396--79052446	10	5.9	8	78	17	50	35	0	3	60	1.15
79053023--79053096	7	10.3	7	76	4	58	47	29	1	21	1.59
79053331--79054121	131	6.0	131	84	5	914	32	24	17	25	1.97
79053341--79054121	260	3.0	260	84	4	956	33	24	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79053864--79054183	140	2.3	140	91	2	509	30	23	18	27	1.97
79054456--79054483	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
79055099--79055164	29	2.2	28	84	10	87	45	4	0	50	1.22
79057786--79057864	40	2.0	40	90	2	124	58	7	7	26	1.53
79067738--79067797	29	2.0	30	90	3	95	56	5	1	36	1.31
79072904--79072955	15	3.3	15	73	21	52	36	0	0	63	0.95
79092345--79092370	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
79092377--79092475	31	3.3	31	66	16	80	39	8	17	35	1.79
79096430--79096482	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
79097968--79098075	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
79103083--79103113	14	2.2	14	100	0	62	54	12	6	25	1.62
79104557--79104604	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
79104618--79104710	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
79109281--79109324	19	2.3	19	84	0	61	34	2	13	50	1.55
79109338--79109430	43	2.2	43	90	3	143	29	6	12	51	1.65
79114792--79114855	32	2.0	32	90	0	101	40	10	25	23	1.87
79123758--79123939	46	4.0	46	89	1	249	39	14	24	21	1.91
79133157--79133196	12	3.3	12	93	6	64	7	30	0	62	1.23
79134957--79135016	18	3.4	18	77	11	61	55	1	3	40	1.27
79136156--79136206	13	3.8	14	79	7	52	9	0	35	54	1.33
79136158--79136206	20	2.5	19	77	9	53	10	0	34	55	1.34
79137371--79137639	91	3.0	90	79	8	260	40	15	13	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79137490--79137557	29	2.3	31	82	5	86	39	17	14	27	1.89
79140337--79140380	18	2.4	18	92	0	70	20	27	9	43	1.82
79143870--79144249	126	3.0	126	93	1	627	27	22	18	32	1.97
79148898--79148956	29	2.0	29	100	0	118	30	16	27	25	1.97
79150713--79150773	12	5.0	12	70	4	50	42	14	3	39	1.62
79150987--79151020	15	2.3	15	89	0	50	17	14	8	58	1.61
79155299--79155396	6	16.8	6	75	12	53	71	8	7	13	1.30
79156335--79156365	13	2.5	13	94	5	55	67	0	16	16	1.23
79157628--79157758	43	3.1	43	63	18	110	27	20	25	26	1.99
79157614--79157852	85	2.8	85	85	3	273	30	22	23	24	1.99
79157926--79158345	43	9.7	43	71	10	244	30	20	22	26	1.98
79157925--79158375	87	5.2	87	72	8	414	30	19	22	27	1.98
79157921--79158298	46	8.7	45	71	12	207	29	20	23	27	1.99
79157918--79158393	174	2.7	174	95	0	835	31	19	22	27	1.98
79157924--79158430	87	5.8	85	70	10	364	30	19	23	26	1.98
79160210--79160270	12	5.0	12	70	4	50	42	14	3	39	1.62
79160482--79160515	15	2.3	15	89	0	50	17	14	8	58	1.61
79162626--79162662	16	2.4	15	91	8	65	24	0	16	59	1.37
79162671--79162705	12	2.9	12	91	0	52	28	0	11	60	1.32
79166015--79166065	23	2.2	23	79	6	59	70	1	0	27	0.98
79176215--79176255	19	2.2	19	86	0	55	26	2	0	70	0.99
79177506--79177786	146	1.9	150	87	6	419	27	18	20	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79177643--79177867	105	2.1	104	85	8	305	29	17	17	34	1.94
79177643--79177867	107	2.1	103	87	7	319	29	17	17	34	1.94
79178712--79178749	18	2.2	18	85	4	51	23	0	5	71	1.07
79188345--79188372	10	2.8	10	100	0	56	53	0	39	7	1.28
79193942--79193982	19	2.1	19	86	4	55	39	7	4	48	1.52
79193991--79194023	14	2.4	14	94	0	57	48	12	9	30	1.71
79195918--79195977	30	2.0	30	100	0	120	43	16	10	30	1.81
79195991--79196033	19	2.2	20	95	4	79	41	20	9	27	1.83
79196778--79196824	23	2.0	23	84	8	60	51	0	6	42	1.27
79204942--79204979	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
79205469--79205507	18	2.2	18	86	9	53	30	20	0	48	1.50
79205609--79205702	39	2.4	38	80	5	100	25	27	22	24	2.00
79206649--79206677	12	2.4	12	100	0	58	0	31	0	68	0.89
79206636--79206668	17	2.0	17	88	5	50	3	27	0	69	1.03
79208709--79208746	16	2.2	18	90	9	62	39	10	5	44	1.61
79209770--79209919	76	2.0	76	97	0	282	39	12	9	38	1.76
79210423--79210448	13	2.0	13	100	0	52	61	7	30	0	1.24
79215696--79215823	64	2.0	64	96	0	238	36	14	24	25	1.92
79218600--79218662	21	3.0	21	92	0	99	17	14	49	19	1.80
79219994--79220042	23	2.1	23	85	7	64	24	14	16	44	1.84
79227264--79227314	26	2.0	26	100	0	102	19	13	0	66	1.24
79228760--79228795	18	2.1	17	89	5	54	44	0	22	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79229175--79229260	44	2.0	44	84	9	113	20	20	23	34	1.96
79230902--79230931	15	2.0	15	100	0	60	53	6	13	26	1.64
79234901--79235123	104	2.2	103	92	2	367	17	18	31	31	1.95
79235043--79235192	70	2.1	71	92	1	248	23	16	30	30	1.96
79235153--79235204	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
79238417--79238449	14	2.2	16	89	10	52	30	0	0	69	0.88
79252844--79252871	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
79263683--79263779	47	2.1	47	96	0	176	38	19	14	27	1.91
79268378--79268678	151	2.0	151	100	0	602	34	20	15	29	1.93
79270414--79270454	17	2.4	18	80	12	50	48	2	2	46	1.28
79272559--79272595	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
79272590--79272655	29	2.2	30	86	10	91	51	0	3	45	1.16
79272609--79272658	16	3.2	16	70	18	52	50	0	0	50	1.00
79284611--79284643	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
79284765--79284827	30	2.1	30	93	0	108	52	14	7	25	1.68
79284858--79284906	22	2.2	22	81	0	62	59	8	12	20	1.58
79284866--79284929	22	2.9	23	81	9	71	59	4	14	21	1.53
79284900--79284930	11	2.8	11	95	0	53	70	0	9	19	1.14
79285167--79285197	15	2.0	16	93	6	55	25	0	12	61	1.32
79287346--79287498	20	8.3	18	67	20	68	50	5	2	41	1.38
79287354--79287497	73	2.0	73	83	5	184	50	4	2	42	1.38
79290486--79290597	40	2.8	40	83	4	118	27	12	26	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79290484--79290627	40	3.5	43	78	9	113	27	11	27	34	1.91
79295369--79295544	46	3.8	46	81	5	203	28	28	19	22	1.98
79295377--79295548	93	1.8	93	90	2	274	27	29	20	22	1.98
79297446--79297525	15	5.4	15	75	7	74	58	13	15	12	1.63
79297457--79297534	15	5.2	15	74	9	61	56	15	14	14	1.68
79301205--79301238	17	1.9	18	94	5	61	11	47	29	11	1.76
79303523--79303596	22	3.5	22	74	7	62	56	25	0	17	1.41
79301877--79303592	867	2.0	862	91	2	2758	36	23	12	27	1.90
79303587--79303611	13	1.9	13	100	0	50	52	40	0	8	1.31
79303731--79303791	22	2.7	22	76	5	59	52	22	1	22	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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