genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83339401--83339442	18	2.3	18	88	8	59	45	2	4	47	1.36
83339750--83339895	40	3.7	40	91	3	240	23	30	22	22	1.99
83341053--83341201	42	3.6	41	83	12	171	23	22	30	23	1.99
83341979--83342010	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
83346103--83346144	20	2.2	20	83	8	52	35	9	7	47	1.64
83346201--83347091	366	2.4	369	91	6	1454	35	15	10	37	1.83
83347202--83347247	24	1.9	24	100	0	92	30	19	4	45	1.70
83347442--83347483	14	2.9	15	78	7	50	50	0	0	50	1.00
83347594--83347703	9	12.6	9	81	5	109	47	15	0	36	1.52
83347594--83347818	18	12.3	18	72	16	124	48	12	0	38	1.47
83347594--83347818	26	8.5	27	71	15	123	48	12	0	38	1.47
83347621--83347828	115	1.8	116	86	5	305	48	12	0	38	1.47
83351023--83351058	18	2.1	18	89	5	56	44	2	0	52	1.15
83354857--83354905	3	15.3	3	79	12	53	63	0	6	30	1.19
83354857--83354905	21	2.3	21	86	13	66	63	0	6	30	1.19
83358108--83358159	27	1.9	27	96	0	95	13	25	32	28	1.93
83357932--83358286	103	3.6	103	89	8	547	19	20	29	30	1.97
83358202--83358254	26	2.0	26	96	0	97	15	22	33	28	1.94
83365481--83365844	104	3.6	103	92	3	594	18	20	30	31	1.96
83375337--83375438	40	2.5	40	91	0	168	31	28	17	22	1.97
83380654--83380704	20	2.6	21	75	12	54	56	13	23	5	1.59
83385934--83386088	43	3.6	43	76	8	145	27	14	24	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83387106--83387170	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
83387132--83387170	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
83390002--83390059	21	2.5	24	78	16	77	32	3	25	37	1.73
83390528--83390558	3	10.0	3	93	6	53	35	0	0	64	0.94
83390653--83390682	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
83390776--83390818	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
83390921--83390952	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
83391039--83391169	3	44.0	3	72	13	92	30	6	2	61	1.33
83391134--83391201	22	2.9	23	78	8	75	23	5	5	64	1.38
83392157--83392213	28	2.0	28	100	0	114	14	35	15	35	1.88
83395135--83395165	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
83403984--83404041	21	2.5	24	78	16	77	32	3	25	37	1.73
83404635--83404669	3	12.0	3	93	6	63	34	0	0	65	0.93
83404764--83404806	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
83404908--83404949	16	2.7	15	85	7	66	23	19	7	50	1.72
83405030--83405091	3	20.7	3	80	6	72	33	3	0	62	1.11
83407219--83407254	18	1.9	19	88	5	56	52	0	5	41	1.24
83407966--83408322	178	2.0	178	96	0	660	26	16	18	38	1.92
83410895--83410946	21	2.5	21	100	0	104	19	15	15	50	1.79
83410895--83410946	6	7.7	6	76	23	50	19	15	15	50	1.79
83410895--83410953	14	4.2	13	80	20	57	22	13	15	49	1.79
83424685--83424744	24	2.5	24	86	5	77	35	28	16	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83432235--83432325	44	2.1	44	97	0	173	43	10	8	36	1.71
83436148--83436178	15	2.1	15	100	0	62	25	19	6	48	1.72
83439878--83439908	15	2.1	15	93	0	53	51	19	9	19	1.74
83444362--83444392	4	8.0	4	92	7	55	48	0	0	51	1.00
83444400--83444456	28	2.0	27	100	0	96	49	3	15	31	1.62
83456843--83457210	199	1.8	200	85	4	519	28	18	14	38	1.90
83459444--83459635	40	4.8	40	90	3	210	28	27	20	23	1.99
83469968--83470193	9	24.6	9	75	9	143	38	0	12	47	1.48
83469968--83470193	18	12.3	18	76	9	161	38	0	12	47	1.48
83470021--83470193	27	6.2	27	77	10	159	38	1	13	46	1.50
83469944--83470165	114	1.9	114	86	3	313	38	0	12	47	1.48
83470298--83470353	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
83470529--83470595	24	2.8	24	86	10	102	44	7	19	28	1.77
83470686--83471590	370	2.4	370	99	0	1769	38	10	15	35	1.82
83475809--83475840	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
83476260--83476308	18	2.8	18	84	9	66	48	2	4	44	1.33
83476614--83476762	41	3.6	41	90	0	226	23	30	23	22	1.99
83476735--83476826	41	2.3	40	88	5	132	15	20	27	36	1.92
83476735--83476847	41	2.8	40	80	6	120	18	22	25	33	1.96
83481839--83481870	13	2.5	13	100	0	64	78	0	6	15	0.95
83483157--83483204	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
83483839--83483879	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83488336--83488384	20	2.5	20	82	0	53	42	8	12	36	1.72
83490087--83490127	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
83491439--83491485	23	2.0	23	95	0	85	19	44	2	34	1.62
83515233--83515268	5	7.2	5	87	12	56	19	0	0	80	0.71
83515225--83515265	16	2.6	16	88	11	66	19	0	0	80	0.71
83516874--83516971	21	4.7	21	68	17	53	23	7	2	67	1.26
83516878--83516917	18	2.2	19	86	4	55	22	12	0	65	1.26
83520632--83520711	39	2.1	39	95	4	144	31	3	17	47	1.65
83524717--83524812	47	2.0	48	97	2	185	33	8	13	44	1.74
83526828--83526877	21	2.3	21	75	3	55	56	16	14	14	1.69
83529886--83529933	20	2.3	22	82	10	64	52	2	4	41	1.32
83529886--83529933	21	2.3	21	82	10	62	52	2	4	41	1.32
83533654--83533679	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
83533782--83533808	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
83534332--83534370	6	6.5	6	96	0	60	15	56	10	17	1.66
83536601--83536660	30	2.0	30	100	0	120	66	6	0	26	1.16
83537170--83537207	16	2.3	17	86	13	53	36	0	2	60	1.11
83537170--83537199	15	1.9	16	93	6	53	30	0	3	66	1.07
83541569--83541819	40	6.3	40	82	5	305	24	20	28	26	1.99
83541570--83541819	80	3.2	79	93	1	412	24	20	28	26	1.99
83545797--83546047	80	3.2	80	93	1	407	24	21	27	26	1.99
83545796--83546047	40	6.3	40	81	0	308	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83548675--83549075	83	4.8	82	73	15	299	33	21	16	27	1.95
83548911--83548945	14	2.5	14	90	0	52	65	2	11	20	1.37
83548928--83549075	77	2.0	74	86	9	210	33	22	18	25	1.97
83548927--83549095	75	2.3	74	83	8	209	36	20	18	24	1.95
83549094--83549120	14	1.9	14	100	0	54	51	11	14	22	1.73
83549116--83549262	77	1.9	78	90	1	233	32	21	17	29	1.95
83549256--83549288	14	2.4	14	90	5	50	63	6	18	12	1.48
83549189--83549449	88	3.0	85	83	7	310	37	19	16	27	1.92
83550305--83550385	42	1.9	43	85	5	112	13	23	13	49	1.78
83568238--83568285	21	2.1	22	81	11	53	56	0	35	8	1.30
83580646--83580976	129	2.6	129	83	6	388	36	19	17	26	1.94
83590043--83590315	92	3.0	92	89	1	413	21	23	14	40	1.90
83590043--83590315	46	5.9	46	89	0	368	21	23	14	40	1.90
83592425--83592492	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
83592840--83592913	33	2.2	33	92	0	121	25	32	31	10	1.90
83593528--83593574	6	7.8	6	79	9	51	23	0	2	74	0.93
83593524--83593582	23	2.6	22	81	7	73	22	1	1	74	1.00
83599234--83599294	30	2.0	30	90	6	97	32	24	6	36	1.81
83602975--83603150	27	6.6	27	69	16	82	60	4	6	27	1.42
83603007--83603054	22	2.2	22	84	0	60	54	6	10	29	1.59
83603040--83603165	57	2.2	57	79	10	143	61	2	7	28	1.35
83604864--83605570	44	15.6	44	76	10	507	27	23	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83604862--83605482	234	2.7	224	81	9	659	28	23	18	30	1.97
83605099--83605437	183	1.9	183	87	5	506	29	23	17	30	1.97
83605632--83605728	46	2.1	45	90	3	158	27	24	12	35	1.92
83611920--83612099	27	6.7	25	69	21	98	60	4	6	28	1.42
83611954--83612001	22	2.2	22	84	0	60	54	6	10	29	1.59
83614908--83614932	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
83617483--83617525	21	2.0	21	100	0	86	18	34	18	27	1.95
83621669--83621700	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
83629440--83629474	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
83629707--83629760	16	3.4	16	86	0	63	33	31	1	33	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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