genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9965744--9965772	15	1.9	15	100	0	58	27	3	20	48	1.66
9967449--9967617	83	2.0	83	100	0	338	51	4	20	23	1.66
9967984--9968039	16	3.6	16	80	2	69	28	23	5	42	1.76
9974817--9974850	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
9977646--9977686	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
9992384--9992427	22	1.9	23	81	9	54	56	9	4	29	1.50
9996174--9996235	27	2.3	26	86	2	79	43	12	11	32	1.79
9998927--9998953	10	2.7	10	100	0	54	37	33	0	29	1.58
10003158--10003210	22	2.4	23	90	9	92	18	45	3	32	1.68
10005040--10005151	55	2.0	55	96	0	206	33	16	11	37	1.85
10007961--10008049	44	2.0	44	97	0	169	37	12	11	39	1.79
10010040--10010091	15	3.2	15	73	19	50	42	0	1	55	1.10
10010245--10010273	7	4.1	7	100	0	58	13	13	0	72	1.13
10014161--10014197	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
10014205--10014264	22	2.8	22	85	5	70	51	0	0	48	1.00
10018393--10018434	23	1.9	21	85	9	57	40	2	2	54	1.26
10022015--10022075	29	2.1	29	96	0	113	27	29	9	32	1.89
10024578--10024744	39	4.3	39	89	0	253	30	19	26	22	1.98
10024578--10024770	78	2.5	78	83	2	201	30	20	26	22	1.98
10032634--10032757	39	3.3	39	86	4	166	30	20	27	20	1.98
10037392--10037446	28	2.0	28	82	7	67	40	10	12	36	1.79
10039249--10039293	17	2.6	17	86	10	56	42	2	0	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10051166--10051212	23	2.0	23	87	4	67	76	2	6	14	1.08
10052097--10052148	25	2.0	24	89	10	77	61	3	0	34	1.14
10061450--10061540	35	2.6	35	80	0	119	17	10	29	41	1.84
10063305--10063353	19	2.5	20	77	6	57	34	2	0	63	1.06
10063324--10063387	24	2.7	25	81	9	64	40	0	0	59	0.97
10072282--10072346	18	3.1	21	80	18	66	35	9	13	41	1.77
10072310--10072344	9	3.9	9	88	0	52	25	14	17	42	1.86
10072308--10072346	18	2.2	18	95	0	69	30	12	15	41	1.85
10072485--10072548	20	3.4	19	80	6	76	57	3	0	39	1.14
10072492--10072553	19	3.2	20	84	9	83	56	3	0	40	1.15
10072551--10072594	21	2.2	21	88	8	65	45	0	4	50	1.22
10072589--10072631	8	5.0	8	81	15	50	65	2	0	32	1.06
10072587--10072628	19	2.2	19	95	0	75	71	2	0	26	0.98
10072698--10072740	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
10072957--10072997	21	2.0	21	90	9	66	53	9	12	24	1.68
10078034--10078136	37	2.8	37	89	0	152	26	29	20	24	1.99
10078308--10078665	48	7.4	48	97	0	671	30	27	7	34	1.85
10078308--10078665	193	1.9	192	96	0	671	30	27	7	34	1.85
10082199--10082267	28	2.5	28	90	0	111	31	24	21	21	1.98
10082279--10082433	40	3.9	40	96	2	278	25	26	23	25	2.00
10083944--10084299	48	7.4	48	99	0	696	30	27	7	34	1.83
10083944--10084299	191	1.9	192	98	0	696	30	27	7	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10089121--10089155	13	2.8	12	87	8	52	31	5	0	62	1.18
10089121--10089155	12	2.8	13	91	8	56	31	5	0	62	1.18
10089281--10089368	14	6.0	15	69	20	53	45	1	2	51	1.21
10089286--10089449	25	5.9	26	68	23	70	46	2	3	48	1.31
10089270--10089428	55	2.8	55	84	8	187	44	1	3	50	1.28
10089597--10089642	16	2.9	16	86	0	65	30	21	0	47	1.51
10091087--10091179	45	2.1	45	87	4	134	59	7	3	30	1.41
10091187--10091221	5	7.0	5	96	0	61	0	17	80	2	0.84
10094650--10094697	24	2.0	25	83	4	62	68	2	0	29	1.01
10100441--10100520	32	2.5	32	79	4	90	52	17	3	26	1.61
10104456--10104501	20	2.3	20	85	10	60	43	15	8	32	1.77
10107399--10107451	26	2.0	27	82	14	65	43	1	3	50	1.30
10109922--10109953	15	2.1	15	94	0	55	18	3	25	53	1.59
10115750--10115820	16	4.4	16	94	0	115	32	7	30	29	1.84
10116393--10116447	13	4.2	12	84	15	65	69	0	30	0	0.89
10116392--10116445	15	3.5	16	76	19	53	66	0	33	0	0.92
10116622--10116728	33	3.4	33	67	22	86	36	0	10	53	1.35
10116606--10116738	59	2.2	60	86	2	187	31	0	11	57	1.34
10123303--10123370	27	2.5	27	90	0	109	22	29	22	26	1.99
10123303--10123380	27	2.9	26	79	7	84	25	26	24	23	2.00
10123720--10123857	58	2.4	57	78	8	163	52	3	0	43	1.24
10132056--10132321	135	2.0	135	88	0	397	33	14	26	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10132341--10132376	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
10135400--10135447	9	5.3	9	78	7	53	25	0	2	72	0.95
10135904--10135966	28	2.2	28	88	0	90	33	6	28	31	1.82
10141322--10141384	28	2.2	28	88	5	92	33	6	30	30	1.82
10149384--10149449	31	2.1	31	85	0	87	48	6	6	39	1.53
10156526--10156555	13	2.2	14	94	5	53	83	0	16	0	0.65
10158356--10158506	53	2.8	53	87	4	196	29	26	16	27	1.97
10161110--10161164	25	2.2	25	90	0	83	29	12	18	40	1.87
10177191--10177272	40	2.0	40	100	0	164	41	18	9	30	1.82
10184576--10184621	14	3.1	15	75	18	51	39	0	17	43	1.49
10185654--10185722	30	2.3	31	80	12	81	46	4	17	31	1.68
10189554--10189679	33	3.8	33	68	15	82	25	24	17	32	1.97
10192993--10193029	17	2.2	17	95	0	65	35	5	24	35	1.78
10193260--10193303	11	3.8	11	80	11	52	29	0	6	63	1.20
10194666--10194716	26	2.0	27	84	7	70	23	13	23	39	1.91
10205980--10206038	29	2.0	30	86	3	84	27	6	13	52	1.65
10205985--10206053	29	2.3	29	82	9	77	30	10	10	49	1.70
10209303--10209328	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
10209866--10209922	21	2.7	21	72	5	53	15	22	29	31	1.95
10218023--10218055	6	5.5	6	89	10	50	81	0	18	0	0.68
10226187--10226211	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
10226184--10226252	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10226464--10226521	30	2.0	30	83	10	75	27	20	5	46	1.72
10227395--10227462	30	2.3	30	84	5	84	48	4	19	27	1.68
10229887--10230068	46	4.0	46	91	1	267	39	14	24	22	1.91
10232282--10232380	30	3.3	30	100	0	198	21	39	28	11	1.87
10233428--10233504	33	2.3	34	84	10	106	16	19	20	42	1.89
10233982--10234096	43	2.7	43	85	8	137	34	22	14	27	1.94
10234979--10235016	12	3.0	13	84	7	51	65	0	0	34	0.93
10243244--10243351	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
10247484--10247522	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
10247985--10248064	27	2.9	27	83	5	88	32	20	25	22	1.98
10248180--10248244	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
10249310--10249342	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
10252816--10252840	13	1.9	13	100	0	50	40	0	12	48	1.40
10259501--10259673	48	3.6	49	76	12	182	28	17	30	23	1.97
10260721--10260775	28	1.9	29	81	3	67	18	20	43	18	1.88
10262481--10262530	15	3.3	15	86	5	66	74	6	12	8	1.22
10264580--10264653	3	24.7	3	77	10	62	66	0	33	0	0.92
10264585--10264622	20	1.9	20	94	0	67	76	0	23	0	0.79
10267338--10267404	12	5.6	12	75	7	73	22	34	41	1	1.63
10271300--10271334	5	6.8	5	87	6	52	2	54	40	2	1.30
10271851--10271889	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
10273483--10273532	23	2.2	23	100	0	100	58	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10273489--10273545	23	2.4	23	88	5	78	59	3	0	36	1.14
10273639--10273685	18	2.5	19	83	13	62	63	4	2	29	1.25
10273680--10273711	14	2.3	14	94	0	55	62	3	0	34	1.11
10274224--10274264	21	2.0	21	90	0	64	43	2	4	48	1.37
10277799--10277859	23	2.6	23	72	12	61	21	11	6	60	1.53
10282494--10282536	18	2.4	18	96	0	77	13	27	25	32	1.94
10283503--10283589	34	2.6	34	84	0	129	29	13	24	32	1.94
10285686--10285752	30	2.2	30	94	0	116	37	7	14	40	1.75
10285698--10285755	18	3.6	18	71	26	65	39	6	15	37	1.74
10297205--10297237	16	2.1	16	94	0	57	39	27	12	21	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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