genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73469244--73469297	18	3.3	18	66	28	57	22	7	48	22	1.75
73469270--73469327	18	3.6	17	68	27	54	18	5	50	25	1.68
73469211--73469389	30	6.0	30	93	1	272	20	5	46	26	1.72
73483188--73483580	9	42.6	9	70	12	172	38	1	12	47	1.52
73483241--73483611	96	3.8	96	82	7	490	38	2	12	46	1.54
73483164--73483377	114	1.9	114	84	5	290	38	1	13	47	1.51
73483164--73483483	114	2.8	113	79	8	283	38	1	12	47	1.51
73483188--73483611	203	2.1	203	99	0	834	38	1	12	47	1.52
73483427--73483611	87	2.1	87	84	7	234	38	2	11	47	1.53
73483685--73483714	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
73483842--73484002	71	2.3	70	96	2	297	60	4	6	29	1.40
73483930--73485027	273	4.0	275	98	0	2109	39	12	13	35	1.81
73483930--73485027	548	2.0	546	98	0	2117	39	12	13	35	1.81
73485518--73486069	183	3.0	183	98	0	1050	42	15	15	27	1.86
73486140--73486169	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
73488994--73489037	15	3.2	15	72	21	51	31	0	52	15	1.44
73489318--73489375	28	2.1	28	83	6	73	36	29	1	32	1.68
73489352--73489395	21	2.1	21	91	0	70	34	34	2	29	1.70
73489617--73489643	7	3.9	7	100	0	54	29	55	0	14	1.40
73489632--73489675	21	2.0	22	91	4	72	43	38	0	18	1.50
73489749--73490009	41	6.4	41	87	3	357	21	24	18	35	1.95
73491515--73491943	148	2.9	144	86	6	560	38	15	13	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73501659--73501909	38	6.7	37	79	9	127	37	16	20	24	1.93
73501708--73502409	73	9.6	75	76	10	494	38	15	20	26	1.92
73501704--73502421	38	19.6	38	78	8	581	37	15	20	25	1.92
73501704--73502409	259	2.8	258	79	8	676	38	15	20	26	1.92
73501749--73502268	149	3.5	148	78	9	401	37	14	21	26	1.91
73514005--73514087	35	2.4	35	97	0	157	20	21	43	14	1.87
73515274--73515348	7	10.9	7	73	8	55	44	36	2	17	1.63
73515625--73516558	126	7.0	126	78	11	763	31	23	18	26	1.98
73515754--73516577	141	6.0	140	84	6	889	31	23	18	26	1.98
73515628--73516555	266	3.4	265	81	6	1063	31	23	18	26	1.98
73516000--73516580	280	2.1	281	89	1	873	31	24	18	25	1.98
73516687--73516820	25	5.3	23	76	14	106	58	5	5	29	1.44
73516646--73516819	27	6.5	25	77	11	152	59	5	4	29	1.41
73516780--73516850	33	2.2	32	82	9	83	61	4	5	28	1.37
73524115--73524704	44	12.8	44	74	11	335	28	19	17	34	1.95
73524123--73524704	45	12.6	45	74	9	275	28	19	17	33	1.95
73524271--73524619	190	1.9	185	79	4	394	29	18	17	34	1.94
73524443--73524703	133	2.0	133	79	4	285	29	18	18	33	1.95
73530501--73530554	26	2.1	26	96	0	99	27	12	18	40	1.87
73535308--73535559	25	9.4	25	68	19	109	59	3	7	28	1.43
73535335--73535484	54	2.9	54	76	15	154	60	4	5	30	1.40
73535440--73535510	33	2.2	32	82	9	83	61	4	5	28	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73540370--73540403	12	2.8	12	95	0	59	0	11	0	88	0.52
73540370--73540402	13	2.6	13	95	4	59	0	9	0	90	0.44
73540708--73540745	19	2.1	19	90	5	60	55	5	0	39	1.23
73544229--73544336	26	4.2	26	93	0	189	36	26	6	30	1.82
73546313--73546338	9	2.9	9	100	0	52	11	7	0	80	0.89
73547382--73547407	13	2.0	13	100	0	52	15	0	30	53	1.42
73552735--73552798	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
73552776--73552800	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
73555599--73555649	23	2.2	23	82	6	59	41	3	5	49	1.45
73555658--73555702	18	2.4	19	88	3	65	44	0	4	51	1.21
73555635--73555702	23	2.8	23	73	20	59	42	2	2	51	1.32
73557883--73557990	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
73559426--73559500	26	2.8	26	81	4	78	34	21	12	32	1.90
73559605--73559745	27	5.2	26	80	6	147	18	21	22	36	1.95
73559605--73559763	54	3.0	53	85	4	203	20	22	20	37	1.95
73559617--73559763	27	5.5	26	80	6	96	21	22	19	37	1.94
73566128--73566178	23	2.2	23	82	6	59	41	3	5	49	1.45
73566187--73566227	18	2.2	19	86	4	57	46	0	4	48	1.23
73566259--73566283	13	1.9	13	100	0	50	80	4	16	0	0.87
73567047--73567079	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
73569969--73570045	5	14.8	5	74	17	61	76	1	3	18	1.01
73569969--73570066	12	8.5	11	74	16	67	75	1	5	18	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73569969--73570044	14	4.9	15	73	17	66	76	1	3	18	1.01
73569969--73570066	49	2.0	49	82	7	119	75	1	5	18	1.04
73578069--73578101	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
73593951--73594429	132	3.7	132	86	1	608	34	18	20	26	1.96
73593951--73594429	263	1.8	262	84	3	658	34	18	20	26	1.96
73596825--73596882	18	3.3	17	81	13	64	15	22	41	20	1.90
73597304--73598143	131	6.4	131	91	0	1272	28	26	17	27	1.98
73598165--73598288	64	1.9	64	88	3	187	35	13	17	33	1.89
73599374--73599411	6	6.2	6	85	14	51	0	18	0	81	0.69
73599950--73599995	4	11.0	4	90	4	65	0	26	0	73	0.83
73599958--73600004	22	2.0	24	92	8	80	0	25	0	74	0.82
73599950--73600008	30	2.0	28	87	6	82	0	25	0	74	0.82
73605573--73605628	26	2.2	26	96	0	103	35	26	5	32	1.79
73606616--73607096	132	3.7	132	86	0	615	34	19	19	26	1.96
73607424--73607460	19	1.9	19	88	0	56	48	5	27	18	1.70
73609464--73609519	18	3.1	18	84	5	69	8	21	48	21	1.77
73609821--73609875	19	2.8	20	83	5	69	45	9	18	27	1.79
73613580--73613610	12	2.6	12	94	0	53	64	0	3	32	1.09
73616527--73616563	10	3.5	11	82	10	51	0	16	0	83	0.64
73617565--73617622	12	5.2	11	78	16	57	75	3	1	18	1.03
73617540--73617622	5	16.4	5	75	17	50	74	4	1	19	1.06
73617577--73617618	17	2.4	17	88	11	59	76	0	2	21	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73617705--73617754	20	2.5	20	83	6	66	74	0	4	22	0.99
73619923--73620000	26	2.9	28	83	11	83	53	6	3	35	1.45
73619932--73620007	28	2.8	26	82	8	80	55	5	3	35	1.41
73620451--73620540	3	28.7	3	72	12	56	60	5	3	31	1.36
73622504--73622888	73	5.3	73	90	1	589	35	21	16	25	1.94
73623897--73624058	26	6.3	26	91	2	251	27	23	21	27	1.99
73624108--73624164	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
73638275--73638342	26	2.6	28	84	9	81	55	7	2	33	1.42
73638271--73638359	28	3.2	28	75	12	76	53	5	4	35	1.45
73638854--73638915	12	5.2	12	78	0	52	58	3	6	32	1.40
73638776--73638894	3	38.0	3	69	11	60	57	5	5	31	1.44
73639805--73639927	52	2.3	53	84	4	151	26	15	26	30	1.96
73645983--73646237	44	5.8	44	78	9	259	28	17	23	30	1.97
73645981--73646227	89	2.8	87	77	11	252	28	18	23	29	1.97
73645984--73646413	133	3.4	130	79	10	535	30	17	23	29	1.97
73651827--73651866	18	2.4	17	84	15	57	60	5	0	35	1.19
73653206--73653237	15	2.1	15	100	0	64	28	6	18	46	1.73
73663373--73663426	18	3.0	17	79	12	63	74	3	1	20	1.07
73667390--73667418	12	2.5	12	94	5	51	31	0	3	65	1.09
73670323--73670400	27	3.0	25	80	9	86	52	5	8	33	1.55
73670371--73670431	24	2.5	23	76	12	61	54	4	13	27	1.59
73670563--73670625	21	3.0	21	86	6	76	57	3	4	34	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73670561--73670677	22	5.5	21	79	9	105	60	2	2	34	1.24
73670569--73670675	44	2.5	44	83	10	132	60	2	2	33	1.25
73670872--73670902	16	1.9	16	100	0	62	51	12	0	35	1.40
73670904--73671067	3	54.7	3	67	18	74	60	2	5	31	1.32
73673662--73673877	45	4.8	45	75	5	170	29	20	17	31	1.96
73674309--73674433	45	2.8	45	77	1	135	33	24	13	28	1.93
73674320--73674478	44	3.6	44	75	0	147	32	23	16	27	1.96
73680634--73681471	176	4.7	176	84	2	1066	27	23	18	31	1.97
73680634--73681466	354	2.3	354	86	1	1148	27	23	18	31	1.97
73682636--73682783	53	2.9	51	87	2	206	16	22	17	43	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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