genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24701145--24701322	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
24701145--24701322	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
24703517--24703609	33	2.8	33	86	3	116	19	43	10	26	1.84
24706017--24706144	40	3.2	40	77	10	136	25	24	27	23	2.00
24712740--24712893	80	1.9	80	97	0	290	34	13	18	33	1.90
24713297--24713330	15	2.3	15	89	0	50	76	0	2	20	0.92
24713300--24713334	18	1.9	18	88	0	52	74	0	2	22	0.95
24713462--24713515	21	2.7	20	77	16	58	72	0	3	24	1.01
24713485--24713516	16	1.9	17	93	6	57	71	0	3	25	1.00
24713748--24713811	28	2.2	30	83	8	78	68	1	3	26	1.13
24715466--24715637	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	21	1.99
24715459--24715634	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
24718148--24718266	51	2.3	51	98	0	229	24	18	20	36	1.94
24718520--24719162	88	7.4	88	85	3	809	28	18	22	29	1.98
24718335--24719128	44	18.1	45	66	9	291	28	20	21	29	1.98
24718441--24719180	176	4.2	175	82	5	789	28	19	22	29	1.98
24718488--24719127	263	2.4	263	87	2	899	28	18	23	30	1.97
24719176--24719686	86	6.0	85	70	10	322	26	24	21	28	1.99
24719176--24719753	44	13.5	43	71	9	270	26	24	20	28	1.99
24719167--24719549	130	2.9	130	91	0	597	25	24	21	27	1.99
24719513--24719587	38	2.0	38	92	5	125	28	24	20	28	1.99
24719348--24719712	168	2.1	171	86	5	490	26	24	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24719561--24719802	129	1.9	130	89	2	380	28	22	19	29	1.98
24726780--24726861	13	6.8	12	71	18	55	70	2	2	24	1.11
24726780--24726843	28	2.2	30	83	8	78	68	1	3	26	1.13
24727833--24727880	22	2.2	21	81	3	60	4	16	20	58	1.55
24728735--24728778	16	2.6	17	82	3	54	27	0	2	70	0.99
24730051--24730135	41	2.1	41	100	0	170	41	7	11	40	1.69
24735998--24736185	49	3.8	49	85	2	259	29	26	18	25	1.98
24735998--24736190	100	1.9	100	94	0	341	29	26	19	24	1.98
24736439--24736492	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
24742318--24742354	14	2.6	15	83	12	51	29	0	2	67	1.04
24743397--24743445	25	2.0	25	84	4	64	55	2	0	42	1.11
24745689--24745726	17	2.2	17	95	0	67	55	7	10	26	1.61
24748702--24749022	96	3.3	96	82	1	340	28	19	28	23	1.98
24748691--24749022	144	2.3	143	82	4	382	28	19	28	23	1.98
24748706--24749022	48	6.6	48	78	3	280	28	19	28	23	1.98
24758378--24758407	12	2.5	12	100	0	60	16	13	26	43	1.85
24760482--24760800	48	6.6	48	77	5	288	29	20	28	22	1.98
24760484--24760800	96	3.3	95	81	5	345	29	20	28	22	1.98
24760469--24760801	144	2.3	144	83	4	404	29	19	28	23	1.98
24760831--24760856	10	2.6	10	100	0	52	50	0	19	30	1.48
24776434--24776529	48	2.0	48	93	0	165	25	15	8	51	1.71
24781945--24781977	10	3.2	11	91	8	52	42	0	27	30	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24782472--24782627	42	3.7	42	83	5	172	30	17	24	28	1.97
24793331--24793483	28	5.5	28	95	0	272	27	11	26	33	1.91
24799995--24800136	62	2.3	63	80	8	157	23	26	28	20	1.99
24802238--24802271	6	5.8	6	86	6	52	82	0	17	0	0.67
24805117--24805169	17	3.2	17	82	12	58	11	15	3	69	1.31
24809726--24809858	41	3.3	41	82	3	162	32	27	17	23	1.96
24827951--24828019	33	2.0	34	94	5	122	31	34	11	21	1.89
24832030--24832084	28	1.9	29	88	3	85	23	43	20	12	1.86
24836609--24836647	9	4.4	9	83	6	53	46	0	0	53	1.00
24839759--24839821	28	2.2	28	94	0	108	36	12	23	26	1.91
24839845--24839992	51	2.9	51	89	2	226	31	14	26	28	1.95
24842556--24842580	9	2.8	9	100	0	50	56	0	44	0	0.99
24843259--24843308	11	4.5	11	72	18	50	68	4	28	0	1.08
24845880--24846039	39	4.1	39	91	0	257	20	22	31	25	1.98
24856092--24856130	12	3.2	12	83	16	53	30	25	33	10	1.89
24862251--24862283	16	2.1	16	100	0	66	60	6	0	33	1.21
24869118--24869165	20	2.3	21	92	3	80	50	4	0	45	1.21
24876304--24876360	30	1.9	29	92	3	96	12	15	15	56	1.68
24879094--24879222	46	2.8	46	87	0	186	20	21	27	29	1.98
24885706--24885825	46	2.6	47	83	9	149	34	16	25	23	1.95
24885794--24885968	49	3.6	47	82	8	140	30	18	26	24	1.98
24885841--24885969	49	2.6	49	90	3	188	31	18	27	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24895671--24895695	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
24896114--24896232	43	2.8	42	85	7	152	21	18	27	31	1.97
24900756--24900864	54	2.0	55	89	1	166	38	15	6	39	1.73
24925479--24925556	40	1.9	41	84	2	104	25	19	28	26	1.99
24925378--24925568	43	4.6	41	79	6	172	27	19	29	23	1.98
24926583--24926616	16	2.1	16	100	0	68	38	0	17	44	1.49
24932083--24932228	27	5.4	27	85	6	197	34	17	21	27	1.95
24934839--24934945	43	2.5	44	80	10	123	26	17	28	28	1.98
24936785--24936872	29	3.0	29	88	1	131	28	21	10	39	1.86
24940051--24940082	16	1.9	17	93	6	57	31	9	3	56	1.47
24952125--24952150	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
24954646--24954802	43	3.7	43	77	7	149	32	24	16	26	1.96
24954655--24954815	86	1.9	85	82	6	200	32	24	16	27	1.96
24957812--24957988	48	3.7	48	81	6	205	28	20	28	22	1.99
24957810--24957990	96	1.9	96	89	2	283	28	20	27	22	1.99
24957966--24958033	22	3.1	22	100	0	136	23	19	30	26	1.98
24960324--24960393	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
24982746--24982873	51	2.8	45	78	14	143	21	17	30	30	1.96
24994544--24994670	35	3.6	34	80	5	128	14	8	33	43	1.77
24998264--24998296	16	2.0	17	88	5	50	63	12	3	21	1.41
24999414--24999444	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
25000063--25000121	29	2.0	29	83	3	73	50	10	5	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25004228--25004289	28	2.2	28	85	5	81	24	27	17	30	1.97
25004289--25004373	40	2.2	39	86	2	116	30	29	14	25	1.95
25007197--25007701	47	10.6	47	92	2	803	33	8	29	28	1.86
25007197--25007701	96	5.3	94	94	1	803	33	8	29	28	1.86
25021592--25021617	13	2.0	13	100	0	52	15	0	15	69	1.20
25026034--25026257	40	5.6	40	89	1	308	23	26	25	25	2.00
25033703--25033779	36	2.1	37	85	4	104	24	32	18	24	1.97
25033898--25034399	47	10.7	47	93	2	807	28	29	9	32	1.89
25034114--25034189	22	3.3	22	64	10	62	27	30	11	30	1.92
25034302--25034370	22	3.1	22	67	22	63	26	27	14	31	1.95
25038382--25038612	40	5.8	40	90	2	315	22	27	25	24	2.00
25051611--25051900	50	5.8	50	78	3	287	33	26	14	25	1.95
25051672--25051853	101	1.8	101	91	0	301	31	26	15	25	1.96
25051606--25051900	150	1.9	150	86	3	412	33	26	14	25	1.95
25052492--25052548	30	1.9	30	85	0	78	26	22	10	40	1.86
25058941--25059230	145	2.0	145	95	0	526	39	23	7	29	1.82
25060798--25060920	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
25064005--25064051	20	2.3	20	85	0	58	34	14	2	48	1.56
25066598--25066627	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
25070753--25070901	40	3.7	40	90	3	246	25	27	22	24	2.00
25078788--25078936	40	3.7	40	90	3	237	25	26	22	26	2.00
25078755--25078932	80	2.2	80	87	4	245	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25085941--25086811	436	2.0	436	96	0	1618	34	18	14	32	1.91
25088042--25088075	12	2.8	12	100	0	68	26	0	35	38	1.57
25089370--25089402	13	2.3	15	90	10	52	30	0	12	57	1.35
25092614--25092672	31	1.9	31	92	0	100	54	10	1	33	1.44
25093439--25093485	15	2.8	16	76	17	51	57	2	0	40	1.11
25094325--25094356	14	2.3	14	94	0	55	34	0	0	65	0.93
25094325--25094357	13	2.4	14	85	5	50	36	0	0	63	0.95
25096562--25096605	23	1.9	23	85	0	61	45	4	2	47	1.35
25100531--25100651	40	3.0	41	85	4	165	37	19	28	14	1.91
25100590--25100651	20	3.1	20	70	9	63	33	19	29	17	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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