genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78499317--78499516	57	3.5	57	97	0	364	43	11	2	43	1.51
78499488--78499558	13	5.5	13	86	0	106	39	7	2	50	1.44
78499488--78499559	26	2.8	26	100	0	144	40	6	2	50	1.44
78499701--78499993	142	2.0	143	95	2	527	51	1	6	40	1.38
78499709--78499995	72	4.0	72	94	3	517	50	1	6	40	1.38
78500004--78500072	18	3.4	18	72	24	66	44	18	1	34	1.59
78499998--78500294	25	12.3	25	86	10	379	46	20	0	32	1.56
78500004--78500299	43	6.3	45	88	8	316	46	19	0	32	1.55
78500029--78500068	18	2.2	18	95	0	71	45	17	2	35	1.62
78500072--78500162	19	5.1	18	68	17	64	50	20	0	28	1.49
78500047--78500294	26	10.0	25	88	6	330	46	20	0	31	1.56
78500176--78500269	18	5.4	18	72	23	85	44	19	1	35	1.58
78500226--78500269	18	2.4	18	100	0	88	45	18	0	36	1.49
78500286--78500311	12	2.2	12	100	0	52	50	15	0	34	1.45
78500545--78500615	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
78500941--78501272	42	7.9	42	85	3	348	27	21	20	30	1.98
78503202--78503319	40	3.1	40	71	16	131	32	22	20	25	1.98
78503218--78503333	35	3.2	35	69	15	99	28	24	22	25	1.99
78503172--78503333	75	2.2	75	88	4	238	27	22	24	26	2.00
78505612--78505698	36	2.4	35	78	17	88	33	20	1	44	1.59
78505976--78506009	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
78506452--78506480	11	2.5	12	94	5	51	10	17	0	72	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78512405--78512589	39	4.7	39	93	0	307	22	20	27	30	1.98
78516567--78516614	4	12.0	4	100	0	96	25	0	25	50	1.50
78521730--78521764	18	1.9	18	88	0	52	2	8	2	85	0.79
78529166--78529225	29	2.1	29	84	6	77	30	13	8	48	1.71
78530634--78530742	39	2.8	39	88	0	146	40	2	5	51	1.39
78530645--78530761	39	3.0	39	82	8	130	40	0	6	52	1.34
78531475--78531532	29	2.0	29	100	0	116	31	27	17	24	1.97
78534610--78534639	12	2.5	12	94	0	51	80	0	3	16	0.85
78540436--78540510	26	2.9	24	72	14	60	33	18	5	42	1.73
78540489--78540531	13	3.3	13	76	0	50	37	23	2	37	1.68
78540635--78540845	46	4.6	46	92	2	302	22	24	12	40	1.88
78540748--78540823	25	3.2	25	62	27	65	25	22	10	42	1.85
78543332--78543385	28	1.9	28	88	7	83	25	3	5	64	1.32
78547643--78547707	31	2.1	31	88	0	94	43	9	12	35	1.74
78548419--78548476	12	4.9	12	75	16	59	43	0	0	56	0.99
78548430--78548477	21	2.3	22	78	10	55	43	0	0	56	0.99
78550993--78551528	266	2.0	266	97	0	1018	29	14	16	39	1.88
78555225--78555252	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
78560238--78560456	51	4.7	51	73	20	188	38	5	13	42	1.66
78560298--78560420	39	3.0	39	75	11	138	38	4	13	43	1.66
78563213--78563312	51	2.0	51	89	0	155	41	5	13	41	1.65
78563250--78563380	44	3.1	44	78	10	164	41	3	12	42	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78563273--78563395	39	3.0	39	77	11	138	39	4	12	43	1.61
78563263--78563380	22	5.5	22	71	14	86	41	4	10	44	1.58
78563333--78563431	51	1.9	51	91	0	162	39	4	13	43	1.62
78567145--78567434	41	7.1	40	89	4	178	33	24	23	18	1.97
78567176--78567433	81	3.2	80	88	4	367	32	24	24	18	1.97
78570021--78570364	90	3.9	90	75	10	291	31	5	24	39	1.78
78572010--78572060	25	2.0	25	96	0	93	25	19	9	45	1.81
78573685--78573718	17	2.1	16	88	5	50	23	0	0	76	0.79
78575830--78575908	37	2.2	37	83	2	106	31	16	6	45	1.72
78579671--78579804	68	2.0	68	83	2	171	43	20	7	29	1.79
78580652--78580700	24	2.0	25	88	4	73	44	0	0	55	0.99
78580621--78580706	18	4.7	18	68	16	61	52	1	1	45	1.16
78586127--78586176	25	2.0	25	100	0	100	24	8	32	36	1.84
78590811--78590858	24	2.0	24	100	0	96	37	8	4	50	1.52
78590811--78590871	24	2.6	23	87	7	61	37	11	3	47	1.56
78592627--78592669	22	2.0	21	82	13	52	62	2	0	34	1.08
78593817--78593857	18	2.3	18	91	0	64	34	19	14	31	1.92
78600348--78600374	6	4.5	6	100	0	54	14	0	51	33	1.43
78602732--78602771	12	3.4	12	86	3	55	7	2	5	85	0.83
78602717--78602764	17	2.8	17	80	0	60	8	6	6	79	1.07
78604280--78604340	26	2.3	26	100	0	122	27	14	14	42	1.85
78606465--78606545	39	2.0	39	83	4	99	39	28	14	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78606481--78606683	39	5.2	39	87	3	139	33	29	20	17	1.95
78606513--78606706	39	5.0	39	89	3	250	30	28	22	18	1.97
78607046--78607265	110	2.0	110	97	0	413	24	21	8	46	1.78
78613199--78613416	39	5.6	40	92	1	284	30	27	22	19	1.98
78616420--78616594	46	3.8	46	79	13	205	29	29	20	20	1.97
78616428--78616598	93	1.8	93	92	0	288	29	29	20	20	1.98
78634117--78634174	22	2.7	22	69	23	52	36	12	5	46	1.63
78634964--78635024	28	2.1	29	81	3	70	29	4	1	63	1.24
78636614--78636646	17	1.9	17	88	11	50	45	6	6	42	1.53
78636943--78636982	16	2.3	18	87	8	57	45	10	2	42	1.51
78636959--78636990	8	4.2	8	84	15	50	50	9	0	40	1.35
78636960--78636990	14	2.2	14	94	0	53	51	9	0	38	1.35
78638927--78638973	22	2.1	22	92	0	76	51	14	8	25	1.71
78641927--78642006	39	2.1	39	92	0	133	36	5	16	42	1.70
78641966--78642092	51	2.5	51	89	0	191	37	6	13	43	1.69
78644849--78645074	51	4.7	51	81	12	278	38	5	12	42	1.67
78644909--78644988	39	2.1	39	97	0	151	40	5	12	42	1.64
78644857--78644947	29	3.4	29	66	20	88	38	5	14	41	1.69
78644858--78645038	90	2.0	90	93	0	308	38	5	13	43	1.67
78645005--78645081	22	3.2	22	70	20	64	32	5	14	48	1.66
78645971--78646014	16	2.8	16	75	10	54	31	4	0	63	1.14
78649382--78649406	12	2.1	12	100	0	50	36	0	16	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78649836--78649870	16	2.2	16	100	0	70	17	22	31	28	1.96
78658146--78658184	20	2.0	20	85	10	53	43	0	5	51	1.24
78661478--78661516	19	1.9	19	90	10	60	64	2	7	25	1.33
78665234--78665290	30	1.9	30	96	0	105	38	8	1	50	1.44
78673330--78673370	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
78689293--78689326	17	1.9	18	94	5	61	35	11	29	23	1.90
78689572--78689606	17	1.9	19	88	11	56	60	5	2	31	1.35
78689646--78689763	43	2.7	43	90	2	184	27	18	27	25	1.98
78690970--78691002	5	7.0	5	96	3	52	84	0	15	0	0.61
78692880--78692933	17	3.2	17	78	0	54	46	16	3	33	1.65
78693613--78693647	18	1.9	18	88	0	52	34	14	14	37	1.86
78695374--78695427	21	2.6	21	93	0	90	37	14	0	48	1.45
78697987--78698045	30	2.1	27	84	9	73	62	5	6	25	1.41
78698094--78698136	17	2.4	18	84	7	52	62	0	2	34	1.08
78698072--78698226	20	7.8	19	69	22	65	61	3	2	32	1.25
78698192--78698226	17	2.1	17	88	0	52	62	2	0	34	1.10
78709633--78709677	15	3.2	14	78	9	56	55	8	0	35	1.31
78709633--78709678	14	3.2	15	81	6	60	56	8	0	34	1.30
78709657--78709701	22	2.0	22	87	8	65	60	8	4	26	1.46
78711558--78711604	22	2.1	22	84	7	60	46	17	2	34	1.59
78721484--78721662	98	1.8	98	90	0	286	38	9	14	37	1.79
78729519--78729556	5	7.4	5	88	5	58	36	0	2	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78731031--78731080	25	2.0	25	100	0	100	48	8	16	28	1.74
78732520--78732722	38	4.9	38	71	20	122	30	23	15	30	1.96
78732560--78732696	48	2.9	47	82	9	181	29	22	16	31	1.95
78735679--78735817	39	3.6	39	87	1	199	12	23	23	40	1.89
78736913--78736964	24	2.2	24	83	13	63	30	0	28	40	1.57
78742719--78743078	47	7.6	46	72	15	188	27	18	29	23	1.98
78742719--78743024	94	3.3	92	82	7	359	28	17	28	25	1.98
78742708--78743069	141	2.6	143	78	10	352	28	18	29	24	1.98
78743835--78743951	55	2.1	54	81	6	137	22	24	28	24	1.99
78745948--78746167	109	2.0	109	99	0	431	26	27	14	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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