genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70310902--70310955	16	3.4	16	86	0	72	33	1	33	31	1.69
70311210--70311388	57	3.1	54	67	21	146	49	6	1	43	1.37
70311205--70311515	61	5.2	61	67	21	199	50	4	1	42	1.33
70311173--70311540	120	3.1	120	92	3	573	51	4	1	42	1.32
70311289--70311340	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
70311448--70311534	38	2.3	37	77	16	90	52	3	2	41	1.31
70311849--70311884	12	3.1	12	92	4	56	25	2	2	69	1.15
70311838--70311900	23	2.7	24	73	11	76	28	4	4	61	1.36
70318613--70318676	29	2.2	29	82	2	74	34	9	18	37	1.83
70328073--70328104	14	2.3	14	100	0	64	65	6	6	21	1.38
70329565--70329640	38	2.0	38	97	0	143	40	10	14	34	1.80
70330740--70330795	15	3.7	15	85	0	67	28	14	3	53	1.57
70335700--70335938	128	1.9	128	80	5	286	29	22	33	14	1.94
70335699--70335950	64	3.9	64	72	8	181	31	22	31	13	1.93
70337270--70337315	20	2.3	20	88	0	65	32	30	10	26	1.90
70338205--70338270	23	2.8	24	78	17	68	24	4	1	69	1.15
70343025--70343177	44	3.4	45	81	12	168	33	24	15	27	1.95
70344633--70344667	16	2.2	16	89	0	52	34	20	2	42	1.66
70345486--70345531	20	2.3	21	78	17	53	43	6	0	50	1.28
70347074--70347122	25	2.0	26	84	8	66	24	16	20	38	1.92
70348611--70348690	26	3.1	26	96	0	142	35	22	7	35	1.82
70355868--70355899	6	5.3	6	100	0	64	0	34	15	50	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70366213--70366371	39	4.1	39	92	0	264	25	30	23	20	1.99
70374320--70374403	6	14.0	6	93	0	114	27	1	21	50	1.56
70374692--70374757	22	3.3	22	68	24	72	33	0	13	53	1.41
70374691--70374771	38	2.2	38	97	2	155	34	0	13	51	1.41
70376800--70376840	16	2.5	16	88	4	55	26	2	14	56	1.51
70382763--70382808	19	2.3	20	82	10	60	34	2	4	58	1.30
70384125--70384168	17	2.6	17	92	0	79	27	0	18	54	1.44
70398956--70399065	37	3.0	36	76	15	102	52	5	1	40	1.35
70412006--70412187	90	2.0	90	96	2	339	26	30	22	20	1.98
70413289--70413313	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
70425125--70425171	20	2.3	20	92	7	78	27	0	2	70	0.99
70425346--70425408	19	3.4	19	81	16	71	65	4	0	30	1.13
70425379--70425413	16	2.3	15	95	5	61	74	5	0	20	1.02
70428612--70428834	47	4.7	48	80	7	231	28	19	30	21	1.98
70428610--70428787	94	1.9	94	87	2	259	27	20	30	21	1.98
70435490--70435595	23	4.6	22	82	12	117	32	18	24	24	1.97
70435505--70435595	22	4.0	21	83	12	101	34	18	24	23	1.96
70435495--70435620	46	2.6	47	81	12	141	34	17	24	23	1.96
70437206--70437238	13	2.5	13	100	0	66	54	15	15	15	1.71
70442126--70442183	18	3.2	17	76	9	53	32	15	18	32	1.93
70444280--70444403	49	2.5	49	85	3	160	21	29	21	26	1.99
70449557--70449608	27	1.9	27	92	0	86	26	23	5	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70451635--70451767	49	2.7	49	79	6	135	21	30	22	25	1.99
70451791--70452001	94	2.2	94	81	3	246	24	27	18	29	1.98
70451835--70451998	46	3.5	47	77	9	165	23	28	17	31	1.97
70453844--70453883	19	2.1	19	86	9	55	72	5	7	15	1.24
70455502--70455537	15	2.3	16	90	4	56	11	8	0	80	0.90
70459312--70459441	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
70462201--70462232	14	2.1	16	88	11	50	34	6	3	56	1.40
70462244--70462305	31	1.9	33	87	9	92	37	8	3	51	1.48
70467196--70467241	19	2.4	19	85	7	58	21	26	13	39	1.90
70470592--70470630	20	2.0	20	85	9	55	7	5	12	74	1.20
70470943--70471563	176	3.6	174	83	5	761	26	24	18	30	1.98
70471382--70471482	43	2.3	43	80	10	107	26	25	17	29	1.98
70472679--70472712	14	2.5	13	90	9	50	2	17	0	79	0.86
70473956--70474049	45	2.1	45	95	0	170	28	24	10	36	1.89
70489663--70489930	46	5.8	46	74	11	251	28	29	21	20	1.98
70489670--70489935	93	2.9	93	94	0	460	27	29	21	21	1.98
70491724--70491785	30	2.1	30	100	0	124	54	16	0	29	1.42
70495661--70495771	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
70498856--70498909	23	2.2	25	84	12	69	38	12	7	40	1.72
70499774--70499842	31	2.2	32	84	5	88	47	8	8	34	1.65
70507569--70507607	5	7.8	5	100	0	78	61	0	0	38	0.96
70508647--70508671	6	4.2	6	100	0	50	36	32	16	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70513720--70513775	24	2.3	24	90	0	85	46	7	17	28	1.75
70513731--70513783	24	2.2	24	82	0	61	52	7	15	24	1.68
70517016--70517124	46	2.3	48	80	4	123	33	16	28	21	1.95
70519300--70519578	126	2.2	126	83	3	355	36	21	16	26	1.94
70519958--70520018	3	20.3	3	96	0	95	62	0	4	32	1.17
70521718--70522929	178	6.8	178	90	0	1841	28	22	18	29	1.98
70523030--70523156	64	2.0	64	88	0	191	33	14	19	31	1.93
70524926--70524968	19	2.2	20	83	4	52	55	4	9	30	1.52
70530287--70530411	64	2.0	64	96	0	232	33	24	14	28	1.94
70536642--70536918	126	2.2	125	80	5	317	35	20	16	27	1.94
70537335--70537413	18	4.4	18	75	18	58	60	2	8	27	1.39
70540626--70540678	7	8.0	7	79	12	67	39	0	0	60	0.97
70540610--70540664	25	2.2	25	83	6	67	40	0	3	56	1.17
70540623--70540679	20	2.9	20	79	10	73	40	0	0	59	0.97
70540627--70540679	13	4.1	13	76	9	63	41	0	0	58	0.98
70540617--70540676	26	2.3	26	86	8	79	38	0	0	61	0.96
70541416--70541461	20	2.2	21	88	3	67	67	4	0	28	1.10
70561817--70561855	20	2.0	20	85	10	53	46	2	2	48	1.29
70565219--70565305	31	2.8	29	79	10	93	41	4	13	40	1.65
70569455--70569489	9	3.8	9	96	3	61	42	11	0	45	1.40
70573479--70573531	16	3.3	16	74	10	54	37	24	5	32	1.79
70573716--70573827	41	2.8	41	83	2	147	33	20	18	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70574744--70574800	25	2.3	24	85	8	71	7	17	3	71	1.22
70574818--70574882	29	2.2	28	79	12	69	40	4	3	52	1.38
70584619--70584656	19	2.0	20	85	15	53	47	2	2	47	1.30
70584625--70584663	20	2.0	20	84	0	51	48	5	2	43	1.38
70586254--70586299	22	2.0	23	84	12	60	63	0	0	36	0.95
70587817--70587879	30	2.1	30	93	0	108	26	3	11	58	1.47
70593527--70593551	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
70600395--70600422	14	2.0	14	100	0	56	42	7	21	28	1.79
70600431--70600512	29	2.8	29	87	5	121	37	17	25	19	1.93
70607995--70608105	29	3.8	29	90	3	179	37	14	25	22	1.92
70609786--70609816	16	1.9	16	100	0	62	25	22	6	45	1.76
70618558--70618607	26	1.9	26	84	15	68	40	22	10	28	1.86
70621251--70621406	39	4.0	40	82	1	163	30	26	23	19	1.98
70650241--70650275	8	4.4	8	88	0	52	51	20	22	5	1.68
70650245--70650283	16	2.4	16	91	0	60	46	23	23	7	1.78
70650241--70650291	24	2.1	24	82	7	59	49	19	23	7	1.74
70650398--70650513	29	4.1	27	74	11	90	33	20	2	43	1.66
70650728--70650765	15	2.7	14	80	11	51	60	15	7	15	1.57
70651503--70651544	18	2.4	18	84	11	52	35	7	4	52	1.50
70663692--70664255	87	6.7	86	79	11	570	28	15	19	35	1.93
70663701--70664101	172	2.3	174	87	5	555	26	15	20	36	1.93
70663692--70664182	259	1.9	253	84	6	659	27	15	20	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70664020--70664336	77	4.2	75	75	4	271	29	16	17	37	1.91
70664020--70664300	153	1.9	151	83	5	372	30	15	17	36	1.91
70664020--70664335	76	4.2	79	77	8	225	29	16	17	37	1.92
70664529--70664639	30	3.7	30	83	3	127	31	23	2	42	1.68
70665668--70665715	15	3.3	15	77	13	55	37	6	4	52	1.46
70665802--70665877	19	3.7	19	69	24	57	34	3	3	57	1.35
70666777--70666928	29	5.3	29	78	9	143	27	13	32	26	1.94
70666797--70666923	57	2.2	58	83	10	156	27	14	33	24	1.95
70671525--70671643	38	3.2	38	91	1	186	32	23	23	20	1.98
70671493--70671681	75	2.5	78	79	6	181	32	24	20	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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