genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64678116--64678194	10	7.4	10	71	18	52	63	2	3	30	1.25
64681182--64681214	14	2.4	14	90	5	50	69	0	3	27	1.03
64682197--64682222	12	2.2	12	100	0	52	15	15	0	69	1.20
64691200--64691280	27	3.0	27	98	0	153	41	7	24	25	1.81
64693719--64693752	16	2.1	16	100	0	68	26	0	11	61	1.30
64694270--64694310	22	2.0	22	85	9	59	58	2	0	39	1.11
64694956--64695012	21	2.6	22	78	13	73	35	17	10	36	1.84
64695187--64695212	12	2.2	12	100	0	52	42	7	7	42	1.62
64697514--64697690	44	4.0	44	76	9	137	45	14	16	23	1.84
64697570--64697730	46	3.6	44	77	9	155	44	14	15	25	1.84
64700378--64700528	27	5.6	27	77	4	142	29	14	27	29	1.95
64700378--64700528	55	2.8	55	80	4	162	29	14	27	29	1.95
64704244--64704286	15	2.8	15	82	10	52	51	20	20	6	1.71
64704500--64704608	29	3.8	29	77	8	98	30	12	31	25	1.93
64713360--64713394	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
64716299--64716533	48	4.9	48	78	3	247	28	18	27	25	1.98
64720491--64720660	46	3.7	45	77	9	182	30	28	18	21	1.97
64720499--64720670	93	1.8	93	90	2	274	29	29	19	22	1.98
64723072--64723132	25	2.4	25	80	0	68	26	27	19	26	1.99
64725204--64725367	40	4.1	40	80	3	195	26	27	21	24	2.00
64736269--64736319	9	5.4	9	80	17	59	54	19	0	25	1.44
64736250--64736310	16	4.0	16	83	12	83	52	19	0	27	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64736276--64736357	32	2.7	30	81	9	87	54	15	1	28	1.49
64736303--64736405	46	2.2	47	85	11	133	51	15	3	29	1.61
64736341--64736439	33	3.0	32	78	12	103	51	17	5	26	1.65
64736306--64736532	79	2.9	79	84	4	264	51	18	4	26	1.65
64736505--64736585	9	8.6	9	70	24	60	56	17	1	24	1.48
64736497--64736585	13	6.6	14	80	15	91	57	17	1	23	1.47
64736497--64736585	37	2.4	37	86	7	117	57	17	1	23	1.47
64736701--64736758	30	1.9	30	89	0	89	62	5	8	24	1.45
64736781--64736891	54	2.0	56	83	10	140	47	17	9	26	1.76
64743110--64743234	55	2.3	55	80	8	146	25	27	29	17	1.98
64756863--64756907	20	2.2	20	84	7	56	35	13	2	48	1.54
64762700--64762773	32	2.3	32	97	0	139	33	0	32	33	1.58
64762920--64763110	38	5.0	38	86	1	220	22	22	23	31	1.98
64768593--64768654	26	2.4	26	88	0	88	30	6	8	54	1.55
64777061--64777156	29	3.2	29	63	23	72	17	4	36	41	1.69
64777038--64777164	61	2.1	61	98	0	245	19	6	32	41	1.77
64777045--64777143	32	3.2	32	63	23	84	16	5	33	45	1.69
64779723--64780039	46	6.7	46	73	15	197	23	29	18	29	1.98
64785246--64785296	26	2.0	26	88	7	77	37	3	13	45	1.63
64795753--64795872	24	5.0	24	93	3	197	28	21	20	29	1.98
64795931--64796003	9	7.4	9	71	17	56	35	20	9	34	1.85
64795923--64796009	20	4.3	20	95	0	156	33	20	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64795923--64795998	11	7.5	11	71	16	74	32	19	11	35	1.88
64798848--64799032	79	2.3	80	80	7	198	24	23	28	24	2.00
64798848--64799032	40	4.7	40	81	6	207	24	23	28	24	2.00
64798901--64799055	79	2.0	79	81	7	181	25	21	27	24	1.99
64805732--64805939	40	5.3	39	83	9	262	27	28	19	23	1.98
64805732--64805939	78	2.7	79	90	3	323	27	28	19	23	1.98
64813807--64814016	40	5.3	40	88	4	300	28	28	19	23	1.98
64813807--64814016	79	2.7	80	90	3	318	28	28	19	23	1.98
64819118--64819328	46	4.6	46	75	8	171	24	27	18	29	1.98
64820438--64820502	34	1.9	34	87	0	94	27	21	21	29	1.99
64820902--64820987	27	3.2	27	83	0	109	19	13	19	46	1.83
64829856--64829990	30	4.6	27	74	14	99	37	8	26	27	1.86
64829831--64830047	89	2.4	88	86	3	283	37	11	24	26	1.89
64829889--64830027	30	4.7	30	78	7	122	35	12	25	25	1.92
64834100--64834238	65	2.1	65	80	7	158	37	20	17	23	1.94
64837199--64837250	25	2.1	25	85	3	70	26	19	21	32	1.97
64837456--64837596	27	5.2	27	85	6	178	29	20	15	34	1.94
64837457--64837625	81	2.1	81	81	4	189	30	18	15	34	1.93
64837635--64837922	27	10.6	27	81	4	258	30	9	20	39	1.85
64841344--64841566	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
64841342--64841566	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
64849335--64849519	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64849335--64849519	40	4.7	40	84	7	234	25	27	22	24	2.00
64859303--64859355	14	3.7	14	80	14	72	56	11	18	13	1.66
64861503--64861681	55	3.3	54	80	7	200	26	15	30	28	1.96
64861503--64861681	27	6.6	27	80	7	173	26	15	30	28	1.96
64869809--64869986	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
64869809--64869986	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
64874053--64874228	46	3.8	46	77	10	187	28	28	21	21	1.98
64874060--64874231	93	1.8	93	91	0	281	27	29	22	21	1.99
64879402--64879504	42	2.4	44	84	9	133	33	26	17	22	1.96
64885775--64886029	55	4.8	54	77	9	222	36	16	24	21	1.94
64887980--64888061	27	3.0	27	89	0	119	31	20	21	25	1.98
64888411--64888486	33	2.3	33	90	2	116	23	21	27	27	1.99
64892826--64892960	56	2.4	56	93	0	234	32	24	15	27	1.95
64898599--64898630	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
64903775--64903835	22	2.8	22	97	0	113	21	6	50	21	1.70
64909806--64910025	122	1.8	122	91	0	368	30	20	10	39	1.85
64911737--64911785	23	2.1	23	100	0	98	12	32	0	55	1.37
64916441--64917361	47	19.2	47	89	4	1227	33	9	28	29	1.88
64917477--64917555	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
64919468--64919564	43	2.3	43	98	0	185	24	13	34	27	1.93
64919525--64919592	28	2.4	28	97	0	127	23	13	32	30	1.93
64919487--64919635	71	2.1	71	100	0	298	22	13	33	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64919553--64919641	43	2.1	43	97	0	169	21	15	35	26	1.94
64919623--64919696	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
64920090--64920326	40	5.9	40	90	0	339	24	22	28	25	1.99
64920011--64920313	80	3.8	80	84	2	342	24	22	28	24	2.00
64920096--64920162	23	3.2	23	60	24	56	26	22	25	25	2.00
64923529--64924449	47	19.3	47	90	3	1249	33	9	28	28	1.88
64923529--64924449	236	3.9	239	88	4	1292	33	9	28	28	1.88
64924567--64924644	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
64932084--64932134	22	2.3	22	86	0	75	17	9	25	47	1.78
64934526--64934568	22	2.0	21	90	4	68	20	2	51	25	1.60
64934595--64934683	32	2.8	32	96	0	160	29	17	25	26	1.98
64936435--64936480	19	2.4	20	82	10	60	34	0	13	52	1.40
64936834--64937278	50	8.8	50	76	6	389	26	17	26	30	1.97
64937042--64937225	101	1.8	101	88	2	280	26	17	26	29	1.98
64936839--64937275	151	2.9	151	88	2	599	25	17	26	30	1.97
64937477--64937508	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
64937496--64937749	126	2.0	127	98	0	492	41	4	18	35	1.71
64937972--64938299	180	1.8	180	87	3	491	40	7	17	34	1.77
64947937--64947971	13	2.5	15	81	18	56	40	22	11	25	1.88
64947942--64947976	13	2.7	13	100	0	70	40	20	17	22	1.92
64948235--64948281	22	2.1	22	96	0	85	25	19	10	44	1.82
64949624--64949795	43	4.0	42	78	11	161	32	22	19	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64955647--64955927	129	2.2	128	81	8	329	28	32	16	23	1.96
64955649--64955927	43	6.5	42	81	8	285	27	31	16	23	1.96
64956096--64956129	17	2.0	17	88	0	50	23	11	5	58	1.55
64960254--64960425	46	3.7	46	77	13	199	27	27	22	22	1.99
64960259--64960429	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	21	1.99
64960850--64960909	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
64963157--64963494	50	6.7	50	76	4	295	31	25	17	26	1.97
64963157--64963495	101	3.4	100	82	2	331	31	25	17	25	1.97
64963157--64963494	151	2.2	151	80	3	367	31	25	17	26	1.97
64964169--64964227	30	2.0	30	82	0	73	27	27	6	38	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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