genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7027256--7027313	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
7027525--7027556	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
7027651--7027891	49	4.7	50	84	5	288	26	24	29	19	1.99
7027655--7027899	99	2.4	104	86	8	349	25	24	28	21	1.99
7030660--7030831	46	3.7	46	75	16	174	21	20	29	29	1.98
7035958--7036009	21	2.5	20	84	9	68	34	7	26	30	1.85
7040300--7040334	18	1.9	18	88	0	52	48	11	20	20	1.79
7042559--7042590	7	4.6	7	92	0	55	40	43	0	15	1.47
7043187--7043236	24	2.1	24	92	0	82	46	24	16	14	1.83
7052431--7052455	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7054705--7054787	31	2.6	31	80	3	85	60	19	3	16	1.50
7060540--7060571	9	3.6	9	91	0	55	34	0	18	46	1.49
7060540--7060576	18	2.1	17	95	5	65	37	0	16	45	1.47
7060634--7060761	9	13.6	9	75	9	112	31	1	21	46	1.61
7060634--7060761	57	2.2	57	84	0	166	31	1	21	46	1.61
7062924--7062981	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
7062925--7062982	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
7062927--7062982	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
7063335--7063373	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
7063613--7063747	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
7063860--7063908	13	3.8	12	82	12	53	48	0	24	26	1.51
7066616--7066665	11	4.4	11	80	9	64	38	14	8	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7067044--7067079	18	1.9	19	88	5	56	22	25	2	50	1.63
7067663--7067763	40	2.5	41	82	6	118	25	19	14	39	1.90
7068825--7068911	41	2.2	40	83	10	106	42	22	4	29	1.74
7069084--7069150	28	2.4	28	85	7	82	25	0	23	50	1.49
7069058--7069150	21	4.3	21	72	2	60	23	0	27	48	1.51
7069452--7069769	41	7.8	41	78	6	270	28	16	21	33	1.95
7073274--7073386	55	2.1	55	100	0	226	20	14	28	37	1.91
7080453--7080506	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
7090421--7090461	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7106048--7106096	23	2.1	23	85	7	64	57	2	6	34	1.35
7109808--7109846	17	2.2	18	90	4	62	51	0	10	38	1.36
7111052--7111092	21	2.0	21	85	0	55	48	0	4	46	1.23
7112538--7112649	39	2.8	38	75	5	107	25	15	26	32	1.95
7124191--7124231	22	1.9	21	85	5	55	41	0	4	53	1.22
7124529--7124741	44	4.9	44	81	10	258	44	14	20	21	1.86
7124529--7124741	86	2.4	86	92	3	338	44	14	20	21	1.86
7127522--7127555	17	2.0	17	100	0	68	41	17	11	29	1.85
7128691--7128865	54	3.5	54	73	22	180	27	5	25	41	1.76
7128729--7128816	42	2.1	42	89	6	135	21	7	27	43	1.80
7128606--7128912	96	3.2	96	91	4	484	26	6	25	42	1.79
7128834--7128931	42	2.3	42	91	6	155	21	9	26	42	1.82
7130392--7130486	24	4.0	24	91	0	145	40	5	6	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7140046--7140113	24	2.7	25	81	6	66	17	5	10	66	1.41
7154151--7154187	5	7.6	5	93	6	67	18	0	0	81	0.70
7160760--7161005	40	6.2	40	88	2	318	29	28	19	22	1.98
7160756--7161005	79	3.2	80	84	5	328	29	27	20	23	1.98
7162231--7162298	33	2.1	33	100	0	136	25	25	11	38	1.89
7167819--7167870	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
7167826--7167980	69	2.2	69	88	4	229	31	29	14	23	1.95
7167993--7168043	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
7167899--7168109	103	2.0	104	92	2	354	31	30	18	18	1.95
7175070--7175120	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
7174976--7175196	103	2.2	102	91	4	356	31	31	19	18	1.95
7178573--7178819	40	6.2	40	89	1	327	29	28	19	22	1.98
7185602--7185635	18	1.9	17	94	5	59	55	0	2	41	1.15
7188786--7188832	24	2.0	23	87	4	67	27	0	0	72	0.85
7192745--7192891	71	2.1	71	92	2	242	15	13	27	43	1.84
7193992--7194035	23	2.0	22	86	4	61	54	20	0	25	1.45
7200540--7200595	23	2.6	22	72	13	55	42	25	7	25	1.80
7203926--7204040	45	2.6	45	81	4	133	39	21	18	20	1.93
7203968--7204056	45	2.0	45	81	0	106	40	19	15	24	1.90
7204656--7205132	28	17.0	28	78	6	333	55	6	16	21	1.63
7204656--7205132	83	5.7	82	74	8	315	55	6	16	21	1.63
7206944--7206981	16	2.4	17	82	8	53	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7209898--7209950	18	2.8	20	88	5	74	33	0	28	37	1.58
7209902--7209950	20	2.6	19	87	6	64	32	0	28	38	1.57
7218660--7219381	176	4.1	177	83	4	829	30	17	23	29	1.97
7221054--7221103	18	2.8	18	76	11	57	30	4	8	58	1.45
7225691--7226060	130	2.8	131	76	6	356	34	17	17	30	1.93
7227252--7227283	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
7227253--7227283	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
7236166--7236205	20	2.0	20	100	0	80	25	30	20	25	1.99
7237050--7237089	19	2.2	18	90	4	62	57	5	0	37	1.21
7240535--7240682	75	2.0	76	95	1	271	59	6	2	31	1.37
7243159--7243194	7	5.1	7	100	0	72	30	0	0	69	0.89
7254912--7254967	18	3.2	18	76	2	60	37	14	10	37	1.81
7255005--7255189	18	10.3	18	74	11	137	39	14	9	36	1.79
7255023--7255069	19	2.6	18	83	6	60	44	8	10	36	1.70
7255005--7255189	54	3.4	52	75	8	156	39	14	9	36	1.79
7255006--7255189	72	2.6	72	80	6	230	39	14	9	35	1.79
7255347--7255445	45	2.2	45	90	0	153	41	21	19	18	1.91
7255801--7255834	9	3.8	9	100	0	68	52	11	0	35	1.38
7255766--7255832	30	2.2	32	81	10	77	49	16	0	34	1.46
7255777--7255823	22	2.1	22	84	11	60	48	14	0	36	1.44
7261204--7261254	20	2.5	20	81	9	59	39	5	1	52	1.37
7261257--7261369	19	6.2	18	71	18	74	34	6	1	57	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7264349--7264400	22	2.4	22	83	0	59	23	1	9	65	1.32
7264366--7264427	22	2.8	22	80	4	63	27	0	8	64	1.21
7270829--7270890	25	2.6	24	82	5	72	51	0	4	43	1.23
7271307--7271349	11	3.6	11	80	17	50	65	0	0	34	0.93
7271309--7271357	25	2.0	25	84	4	64	61	2	2	34	1.19
7271409--7271455	24	1.9	24	82	4	58	40	2	4	53	1.32
7276898--7276951	26	2.1	25	83	16	67	12	11	0	75	1.04
7279439--7279525	27	3.2	27	86	1	120	32	19	16	32	1.94
7292223--7292337	49	2.4	49	79	7	144	25	19	36	19	1.94
7293697--7293755	31	1.9	31	89	0	91	32	10	13	44	1.77
7295021--7295512	243	2.0	243	97	0	921	24	23	18	33	1.96
7300203--7300227	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
7301036--7301111	24	3.5	21	74	11	64	23	9	2	64	1.36
7301031--7301102	12	6.0	12	76	0	72	23	6	2	66	1.29
7301033--7301102	24	2.9	24	86	0	95	22	7	2	67	1.29
7301761--7302025	69	3.8	70	90	2	401	31	25	12	30	1.93
7301761--7302025	35	7.6	35	87	2	365	31	25	12	30	1.93
7301761--7302027	104	2.6	104	85	4	378	31	25	12	30	1.93
7304045--7304331	125	2.3	126	81	3	310	27	15	19	37	1.92
7311880--7311931	20	2.7	19	82	11	61	53	9	1	34	1.45
7312590--7312633	19	2.2	20	80	4	54	29	6	2	61	1.34
7312601--7312675	31	2.4	30	84	8	89	29	2	6	61	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7312682--7312780	19	5.3	18	69	17	60	39	1	1	58	1.12
7312686--7312777	48	1.9	47	82	12	116	41	1	1	56	1.13
7316704--7316763	24	2.6	23	75	19	61	43	0	11	45	1.40
7318551--7318582	16	2.0	16	93	0	55	46	6	3	43	1.44
7326187--7326264	39	2.0	39	92	0	129	34	19	12	33	1.90
7326658--7326698	21	1.9	22	85	5	57	43	4	7	43	1.53
7326697--7326845	69	2.2	69	81	3	185	40	6	18	35	1.75
7329956--7330162	70	3.0	68	82	8	238	38	5	20	35	1.76
7333641--7333674	11	3.2	11	83	8	52	64	0	8	26	1.22
7338586--7338632	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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