genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80193039--80193079	19	2.1	20	86	13	59	36	0	0	63	0.95
80193048--80193085	18	2.1	18	85	9	51	39	0	0	60	0.97
80194689--80194735	24	1.9	25	91	4	78	17	6	14	61	1.53
80194943--80195017	33	2.2	33	81	9	80	54	0	2	42	1.14
80194982--80195019	14	3.1	12	82	17	51	63	0	2	34	1.09
80207742--80208173	125	3.5	122	80	7	438	25	15	20	38	1.91
80211794--80211834	14	2.9	14	81	3	55	39	2	0	58	1.11
80213553--80213713	40	3.9	40	74	11	137	36	21	18	23	1.95
80213817--80213875	25	2.4	25	88	0	82	23	32	1	42	1.64
80222504--80222540	13	2.8	14	80	16	51	45	0	0	54	1.00
80222660--80222742	28	2.8	30	76	7	80	32	15	4	46	1.67
80223719--80223772	28	2.0	28	85	3	74	35	14	11	38	1.82
80224296--80224330	12	2.8	12	91	4	52	37	0	0	62	0.95
80224282--80224330	12	3.9	13	75	15	50	34	0	0	65	0.93
80224267--80224341	19	3.8	20	70	20	59	33	1	1	64	1.11
80224280--80224345	32	2.2	32	86	8	93	31	0	0	68	0.90
80225964--80226005	19	2.2	20	86	4	59	40	0	4	54	1.21
80235749--80235789	21	2.0	21	85	0	55	31	21	26	19	1.97
80242335--80242386	9	6.0	9	77	8	54	32	3	0	63	1.12
80242586--80242615	15	2.0	15	93	0	51	50	6	13	30	1.67
80245755--80246076	46	6.8	47	71	13	191	24	29	18	27	1.98
80245755--80245978	50	4.7	46	72	13	161	25	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80245859--80246117	46	5.5	48	75	11	193	23	28	18	28	1.98
80245947--80246120	94	1.9	92	84	7	235	23	27	19	29	1.98
80251611--80251664	26	2.2	26	83	12	69	27	0	7	64	1.20
80255723--80255782	30	2.0	29	83	3	75	31	11	6	50	1.65
80256576--80256614	6	6.5	6	81	0	51	2	15	2	79	0.95
80256584--80256617	18	1.9	17	94	5	59	5	11	2	79	1.02
80257403--80257438	15	2.3	16	90	9	65	58	0	0	41	0.98
80262791--80262820	14	2.1	14	93	0	51	40	16	6	36	1.75
80278714--80279168	249	1.8	249	88	4	695	27	17	17	37	1.92
80278714--80279207	125	4.0	126	85	5	635	28	17	16	38	1.91
80279285--80279419	34	3.9	33	81	11	155	43	15	0	40	1.47
80288860--80288916	25	2.2	27	81	12	66	31	7	7	54	1.54
80294925--80295050	64	2.0	63	88	1	189	30	16	13	38	1.87
80295114--80295382	131	2.1	131	93	0	457	26	20	24	27	1.99
80295775--80295910	44	3.1	44	64	23	113	22	25	25	27	1.99
80295685--80295929	88	2.8	89	88	3	345	26	23	22	26	2.00
80295685--80295977	88	3.3	87	83	5	333	27	22	22	27	1.99
80295948--80296328	44	8.6	43	72	9	248	27	18	24	28	1.98
80295655--80296059	176	2.3	175	74	9	383	28	21	22	27	1.99
80295948--80296322	134	2.8	133	83	4	443	28	18	24	29	1.98
80295948--80296377	133	3.2	132	80	7	492	29	17	24	28	1.98
80298582--80298638	25	2.2	27	81	12	66	31	7	7	54	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80302823--80302861	10	3.8	10	89	3	60	69	0	5	25	1.09
80302823--80302866	20	2.2	20	84	8	54	70	2	4	22	1.17
80302853--80302885	14	2.4	14	90	10	50	72	9	9	9	1.28
80303318--80303368	17	3.2	16	73	21	54	17	0	50	31	1.46
80307971--80307996	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
80308033--80308261	122	1.9	123	94	0	406	35	19	24	20	1.95
80308025--80308261	41	5.8	41	90	1	377	35	19	24	20	1.96
80308316--80308352	8	4.6	8	86	0	56	40	45	2	10	1.53
80309917--80309948	7	4.6	7	100	0	64	62	0	12	25	1.30
80310023--80310057	16	2.1	18	89	10	56	71	5	0	22	1.07
80315192--80315227	18	2.0	18	88	0	54	27	0	0	72	0.85
80317673--80317732	24	2.4	26	83	8	79	26	21	16	35	1.95
80327300--80327337	20	1.9	19	89	5	58	44	5	0	50	1.24
80327370--80327451	27	2.9	27	77	15	78	37	2	1	58	1.19
80327546--80327582	17	2.2	17	90	0	56	35	5	0	59	1.20
80327547--80327623	39	2.0	38	82	9	95	32	3	2	61	1.28
80333945--80334025	4	19.8	4	77	5	72	65	3	25	4	1.30
80341188--80341227	8	4.8	8	90	9	62	87	0	12	0	0.54
80341187--80341233	17	2.6	18	90	10	78	82	0	14	2	0.75
80342187--80342399	87	2.4	87	92	0	345	27	15	26	30	1.95
80342370--80342968	44	13.7	44	73	13	394	30	14	25	29	1.95
80342274--80342574	131	2.3	131	90	0	458	29	14	25	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80342370--80343101	175	4.2	175	91	1	1110	29	14	25	30	1.95
80342274--80342924	306	2.1	301	81	7	733	29	14	25	30	1.95
80344813--80344898	5	16.6	5	70	17	52	37	2	1	59	1.18
80344843--80344904	27	2.3	27	81	10	65	35	3	1	59	1.23
80345002--80345038	17	2.2	17	90	0	56	35	5	0	59	1.20
80345003--80345079	39	2.0	38	82	9	95	32	3	2	61	1.28
80348155--80348224	3	23.3	3	85	0	68	30	40	1	28	1.65
80351458--80351581	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
80351468--80351575	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
80356152--80356245	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
80356162--80356239	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
80361149--80361173	11	2.3	11	100	0	50	44	8	0	48	1.32
80362047--80362128	26	3.2	26	94	0	146	30	6	25	37	1.80
80366056--80366080	13	1.9	13	100	0	50	40	0	28	32	1.57
80370175--80370320	40	3.6	41	83	9	185	23	22	27	26	2.00
80374491--80374529	18	2.2	18	90	4	62	66	0	0	33	0.92
80374811--80374889	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
80374832--80374887	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
80374818--80374889	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
80379638--80379682	23	2.0	23	95	0	81	35	8	28	26	1.87
80387857--80387911	2	27.5	2	100	0	110	50	0	49	0	1.00
80390541--80390574	17	1.9	18	88	5	52	11	11	2	73	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80392314--80392362	24	2.0	24	96	0	89	46	6	8	38	1.58
80395150--80395176	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
80395268--80395404	67	2.0	67	97	0	256	30	1	24	43	1.63
80398764--80398811	24	2.0	24	84	8	62	22	12	0	64	1.27
80398893--80398917	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
80410260--80410404	33	4.5	33	79	6	125	35	11	22	30	1.89
80411952--80412109	50	3.3	50	71	18	145	25	18	26	29	1.98
80411938--80412155	94	2.3	94	89	3	323	27	19	24	28	1.99
80412023--80412171	44	3.3	43	74	18	147	28	18	26	26	1.98
80411938--80412197	94	2.8	93	83	6	258	28	20	23	28	1.99
80411936--80412390	238	1.9	238	83	0	597	30	18	21	29	1.97
80412333--80412434	44	2.3	44	93	0	177	34	16	21	27	1.95
80415706--80415881	24	7.0	24	82	10	208	39	14	21	24	1.90
80415695--80415881	76	2.4	78	86	6	251	38	13	22	25	1.91
80415706--80415893	52	3.7	51	85	5	256	38	13	22	24	1.91
80415917--80416114	51	3.9	51	90	2	292	33	12	24	29	1.91
80419207--80419453	42	5.8	42	81	3	298	31	15	24	29	1.95
80419205--80419453	85	2.9	85	92	1	394	31	15	24	29	1.95
80419207--80419453	127	1.9	127	84	3	327	31	15	24	29	1.95
80422252--80422288	19	1.9	19	88	0	56	59	2	8	29	1.40
80422284--80422329	21	2.2	21	88	7	67	60	0	4	34	1.16
80422298--80422344	12	3.9	11	82	17	58	63	0	2	34	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80423922--80424062	44	3.2	43	83	3	183	26	28	14	29	1.96
80424052--80424095	23	1.9	23	90	0	70	25	25	15	34	1.95
80424075--80424391	44	7.2	44	89	2	451	27	26	15	30	1.96
80423948--80424227	155	1.8	155	86	3	411	27	25	15	32	1.95
80423995--80424219	111	2.0	110	79	6	240	28	24	15	31	1.95
80432951--80433583	318	2.0	318	95	0	1140	18	26	14	40	1.90
80436269--80436373	24	4.4	24	70	21	78	57	10	2	29	1.47
80436923--80436969	12	3.9	11	82	17	58	63	0	2	34	1.06
80443082--80443121	20	2.0	20	85	9	55	57	2	7	32	1.40
80443143--80443192	17	2.7	18	87	9	66	66	2	4	28	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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