genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76838845--76838939	29	3.3	29	63	0	82	40	17	9	32	1.82
76838833--76838968	58	2.3	58	96	0	245	33	18	8	39	1.82
76846063--76846112	18	2.7	18	84	9	66	32	4	2	62	1.25
76851474--76851542	29	2.4	28	88	7	95	55	5	8	30	1.54
76853987--76854054	31	2.3	30	82	10	86	36	19	22	22	1.95
76857809--76857856	17	2.8	17	69	12	53	25	0	6	68	1.12
76858841--76858870	14	2.1	14	93	6	51	40	0	0	60	0.97
76860853--76860886	17	2.0	17	100	0	68	35	23	5	35	1.79
76862863--76863377	258	2.0	256	83	3	649	27	16	15	40	1.88
76863641--76863722	43	1.9	43	84	0	110	26	8	12	52	1.67
76871853--76871904	9	5.7	9	82	11	61	34	1	0	63	1.06
76871873--76871949	14	5.6	14	70	13	52	32	2	1	63	1.16
76871904--76871989	25	3.6	25	69	23	78	33	5	3	56	1.40
76871886--76871989	45	2.2	45	80	12	113	33	4	2	58	1.34
76872238--76872289	26	2.0	26	84	0	68	30	11	1	55	1.46
76884266--76884769	205	2.5	205	87	1	697	31	17	21	29	1.96
76884863--76884948	45	1.9	45	92	0	145	31	15	27	25	1.95
76886684--76886735	9	5.7	9	86	2	68	34	1	0	63	1.06
76886684--76886751	27	2.6	27	86	9	88	33	1	1	63	1.13
76886707--76886774	11	5.7	12	75	16	61	33	2	1	61	1.20
76886735--76886819	25	3.6	25	66	26	69	34	5	3	56	1.41
76886684--76886777	14	7.2	13	67	27	58	34	3	1	61	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76886735--76886819	44	1.9	44	83	9	111	34	5	3	56	1.41
76887031--76887056	12	2.2	12	100	0	52	26	7	0	65	1.20
76887077--76887128	26	2.0	26	84	0	68	28	9	3	57	1.48
76888746--76888805	29	2.0	30	83	3	77	41	3	8	46	1.50
76896271--76896309	20	1.9	21	89	5	62	28	7	2	61	1.37
76896459--76896526	18	3.8	18	73	7	57	55	0	0	44	0.99
76899751--76899928	88	2.0	88	93	0	302	42	9	8	39	1.68
76899789--76899962	88	2.0	88	82	5	208	45	10	8	35	1.68
76907041--76907066	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
76919297--76919452	42	3.7	42	76	2	136	43	16	24	16	1.87
76926431--76926513	40	2.0	41	90	2	132	32	22	3	40	1.71
76926851--76926886	18	2.1	17	89	5	54	5	0	11	83	0.80
76927464--76928031	44	12.5	44	72	13	274	30	18	16	34	1.94
76927576--76927695	39	2.9	39	86	8	143	34	15	15	34	1.90
76927908--76928047	45	3.1	44	78	5	129	32	16	12	37	1.87
76928036--76928061	12	2.2	12	100	0	52	34	0	26	38	1.57
76948773--76948819	22	2.0	22	84	8	58	31	12	6	48	1.66
76948965--76949007	6	7.2	6	89	0	59	46	18	16	18	1.84
76952634--76952658	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
76953878--76954043	88	1.9	88	88	0	251	22	24	21	31	1.98
76954854--76954883	10	3.0	10	95	0	51	0	13	0	86	0.57
76954873--76954984	53	2.1	54	89	1	172	8	26	17	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76962878--76962917	21	1.9	21	84	0	53	2	2	12	82	0.87
76964009--76964066	29	2.0	28	83	3	71	22	8	12	56	1.62
76969166--76969220	22	2.5	20	81	16	65	29	0	3	67	1.08
76969177--76969209	17	2.0	17	88	5	50	30	0	6	63	1.18
76970939--76971029	27	3.4	25	77	13	85	16	4	36	42	1.68
76971278--76971310	14	2.3	15	89	5	50	48	0	3	48	1.17
76974238--76974413	88	2.0	88	93	0	298	30	22	9	38	1.86
76977801--76977890	45	2.0	45	97	0	171	32	2	30	35	1.70
76989303--76989389	25	3.5	24	75	6	75	26	18	29	25	1.98
76989355--76989472	25	4.7	25	80	2	112	33	16	28	21	1.95
76995066--76995137	35	2.1	35	97	0	135	29	22	5	43	1.76
76996343--76996377	18	1.9	18	88	0	52	48	5	0	45	1.26
77001894--77001927	17	2.1	17	88	5	52	52	2	0	44	1.16
77011830--77011939	50	2.2	50	82	8	125	30	18	24	27	1.98
77011926--77011975	25	2.0	25	84	0	64	44	14	24	18	1.86
77012335--77012376	21	2.0	21	85	0	57	42	19	0	38	1.51
77017456--77017481	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
77019035--77019094	23	2.6	22	79	7	66	51	3	0	45	1.17
77022207--77022270	19	3.2	20	80	8	69	57	12	3	26	1.50
77034627--77035746	560	2.0	560	99	0	2231	25	17	26	30	1.97
77035698--77035828	27	4.9	27	84	0	154	29	21	7	41	1.81
77035806--77036024	27	8.1	27	78	5	185	41	21	8	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77035733--77035855	54	2.3	54	81	0	138	34	17	8	39	1.80
77035705--77035854	81	1.9	81	79	0	174	33	18	8	40	1.80
77035806--77036135	54	6.1	53	73	12	199	41	19	8	31	1.81
77035820--77035995	80	2.2	81	84	5	232	42	19	9	28	1.83
77035820--77036024	80	2.5	81	82	6	231	42	20	8	28	1.81
77035806--77036137	27	12.3	27	77	5	163	40	19	8	31	1.81
77036168--77036259	27	3.4	27	83	3	105	34	20	23	20	1.96
77037063--77037132	24	2.9	24	89	6	97	27	25	21	25	1.99
77037339--77037514	31	5.7	31	89	0	246	29	15	23	30	1.96
77040898--77040963	32	2.1	32	94	0	114	22	18	30	28	1.97
77074143--77074192	25	2.0	25	88	7	75	58	14	4	24	1.53
77074239--77074333	47	2.0	48	83	6	122	62	6	4	27	1.38
77074240--77074334	25	4.0	22	73	15	82	61	6	5	27	1.42
77074532--77074656	27	4.6	27	72	16	75	56	2	7	34	1.40
77074594--77074657	26	2.4	25	80	10	65	56	3	4	35	1.36
77082744--77082785	18	2.3	19	83	4	50	19	9	0	71	1.13
77084212--77084258	19	2.6	19	83	12	55	12	6	2	78	1.02
77084194--77084278	6	13.5	6	78	14	82	15	4	3	76	1.09
77086053--77086116	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
77086324--77086429	24	4.4	25	91	3	164	27	21	19	31	1.98
77086330--77086430	49	2.1	47	94	3	175	28	20	19	30	1.97
77086478--77086544	20	3.3	20	87	0	98	34	22	10	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77086581--77086628	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
77092074--77092117	18	2.4	18	100	0	88	22	18	13	45	1.84
77106023--77106066	20	2.1	21	88	12	65	31	2	6	59	1.36
77109206--77109321	42	2.8	42	80	2	108	46	15	21	16	1.84
77111011--77111039	4	7.5	4	92	7	51	48	0	0	51	1.00
77113152--77113192	12	3.5	12	86	3	57	17	14	0	68	1.22
77115822--77115902	31	2.6	32	75	13	96	28	3	4	62	1.33
77125753--77125798	23	2.0	24	82	4	58	52	26	2	19	1.58
77126314--77126414	43	2.3	44	83	11	136	30	26	17	24	1.97
77126314--77126428	43	2.6	42	80	16	112	30	25	18	26	1.98
77127982--77128128	63	2.3	64	79	5	165	27	8	31	33	1.86
77136634--77136678	24	1.9	23	86	4	63	57	6	4	31	1.44
77137166--77137252	42	2.1	42	100	0	174	45	16	8	29	1.75
77141759--77141799	21	2.0	21	100	0	82	4	51	4	39	1.45
77142833--77142862	13	2.3	13	94	0	51	46	16	13	23	1.82
77148334--77148385	17	2.8	18	72	16	52	57	0	0	42	0.98
77149207--77149262	22	2.6	23	81	18	68	62	3	10	23	1.43
77156247--77156286	17	2.3	18	82	8	55	37	5	2	55	1.35
77156254--77156293	17	2.4	17	91	0	71	32	5	2	60	1.32
77165662--77165711	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
77169703--77169848	71	2.0	72	96	1	267	23	17	18	40	1.91
77171709--77171812	51	2.0	51	98	0	199	32	15	13	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77175244--77175291	21	2.3	21	85	0	60	16	31	33	18	1.94
77176940--77177028	46	2.0	45	91	4	144	32	13	25	28	1.94
77176933--77177044	44	2.5	45	85	2	136	35	13	23	27	1.92
77183752--77183823	37	1.9	37	85	0	99	45	6	12	34	1.69
77204112--77204199	41	2.2	41	83	2	106	36	19	21	22	1.95
77204125--77204231	41	2.6	41	89	0	151	39	22	18	19	1.93
77204840--77204962	43	2.9	43	69	2	104	25	1	23	49	1.59
77205397--77205430	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
77209039--77209309	85	3.2	85	85	1	355	24	18	29	27	1.98
77209039--77209309	43	6.3	43	84	2	323	24	18	29	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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